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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00061601 ID=TCONS_00061601|Name=TCONS_00061601|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=910bp
CAATTTGAAAGCTGttGATGCATACTTTTGTAAGGGAAAATCTGGCAATT
ATCGTCATCCAAATGGAGCCTGTGATCACTACATTGCCTGCGGTGTTGGA
tgtaaaaatgctaaaaacagACGATCCTACAAACGTCTTTGTACACAAAA
CATCATGCCGTGTCCTGGTGGTCTTTTCTACGATGAGAAAGCTTATGGAG
GATATGGAGCTTGTATTTATAAAGCTGAATCTAACTGTCTTCAATTTCAA
GGAGAAGTTTGCTATGGATCCACTCAAGAGTCATATGGCACTTACACTCA
TCAATGTACTGGACAAGTCACCTTATTGAAACTCGTCTCCAAATCTGGAA
GTGTTGGATGTTACAAAGGTGTCACGCCTGGTTACTGGGGTGGATGTCCA
CACGCCCCACCAATCAACGTCTGGATCACCGAGCACAGAGGTGACAACTt
caaatacgtcaaaaaatcaTACTACGACATTAAACATGACGTTAAATTTC
CCGAACCATTCACTGCTTACGACGCCAATAAATACGGATTCTATTATTTG
AACGGATTCCATGACAAATCATCCTTCATCTATTTCACTGCAGAACATAA
TGATTATTATACCTACTTCATCAAAGGAAAGAAATACCGTGTCTATTATG
GTGAAGATTTGTTTGATCAAGGAGTCGGAAACAATGTAGGCAAACATTGC
GTTTACGTCTACGCATCGTTCTACAAATACTACAAACctaatcaagttat
caaattttaagtttaataattgatttactgaaattttttaacaaaaccGA
TATTTTTTTTAACCCAAATACTTTCTaaaactttgtatgttttattttga
atcttttagatttttttaaaatctttaaaatcttttatatttctattgtc
ataatacaaa Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_36:926423..934881+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00061601 ID=TCONS_00061601|Name=TCONS_00061601|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=8459bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_36:926423..934881+ (Clytia hemisphaerica)
CAATTTGAAAGCTGGTAAGTAGGAATTCATTTAAAATGGATTGAGCGAGG
ACAATAACACCTAAGTCTTAAAGAGAGCATATAAAGTGTCAAAGCTGTGT
AGtttgagtgtttttttttttgcttaaatgggataaattttcgggaatta
aatttcgtggatggtgctcacagatatctgtaaagcccgaagggctagat
aggcaactttaagctttcttcagcaaaaaaaagtgaatatcggaaaaatt
attgttgctattgttttccaaaacccgggaagcttctgattggtccatcg
ctgaaattctattgtataatgtcacgtgactctggtaggaaatccttcca
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ataCTATATCATTGATGGTGCTACGTATAGACTGAAAATATCTTGATGAT
TTTGTGCCTTTTAACACTAATTATGCATATCGGTTGtcgaaatacgcatt
attagcgcttctttgataaCATTAAACATTCAAATCGTTATTCGACATTT
ATGGAGTTTTTCTCAAAACGATTTCGTGGTTGGGGCTAATTCCGCGTAAA
TAGCCGAAGAATCCGTATACACCTTCTTTATTTTGAGTTATTGAGAAATT
TATCATTACTATAATTTCCTTCTTTTACATTTTAGTCGATGCATACTTTT
GTAGGGGAAAATCTGGCAATTATCGCCATCCAAATGGAGCCTGCGATCAC
TACATAGCCTGCGGTGTTGGATGTAAAAATGCTAGAAGCAGACGATCATA
CAGACACCTTTGTACACAAAACATCATGCCGTGCCCAGGTGGTCTTTTCT
ACGATGAGAAAGCTTATGGAGGATATGGAGCTTGTATTTATAAAGCTGAA
TCTAACTGTCTTCAATTCCAAGGAGAAGTTTGCTACGGATCCACTCAAGA
GTCATAGTAAGTACTTGTTTCCGTCACAACTGGCGGCCATCTTAAAATCA
TagccaaattttaagaaaacgagAATATTTATACAGGTTTAGGGAAATAT
TTCTTGCCCATCCTTTGCAAGAGAACAAGAACAAAATATCTTTAATGATG
TGATAATACAATATCTAGAAATTCTGGTATTATTCGCTCATCACTTAACT
TTCATTCTTTAAGAAGCTTTCCcttaaaacaatttaatttaCCTTTACAG
TGGCACTTACACTCATCAATGTACTGGACAAGTCACCTTATTGAAACTCG
TCTCCAAATCTGGAAGTGTTGGATGCTACAAAGGTGTCACGCCTGGTTAC
TGGGGTGGATGCCCACACGCCCCACCAATCAACGTCTGGATCACCGAGCA
CAGAGGTGACAACTTCAAATACGTCAAAAAGTCATACTACGACATTAAAC
ACGACGTCAAATTTCCCGAACCGTTTACCGCTTACGACGCCAACAAATAC
GGATTCTATTATTTGAATGAATTCCATGACAAATCATCCTTCATCTACTT
TACTGCAGGGCATAATGATTATTACACCTACTTTGTCAAAGGAAAGAAAT
ACCGTGTCTATTATGGTGAAGATTTGTTTGATCAAGGAGTCGGAAACAAT
GTAGGCAAACATTGCGTTTACGTCTACGCATCGTTCTACAAATACTACAA
Accaaatcaagttatcaaattttaatttttatatttgattcactcaattt
ttttaacaaaaccgATATTTTCTTTTAACTTAAATACTTTCTAAAACttt
gcacgttttattttgaatcttttaaattttttcaaatcgtTCAAATCTTT
TATATTTCTATTGTCATaatacaaaacttttaaataattttaccTTAACC
AGAACTACCCATTTTCTTCCATACTGAATTTTGAGTGATCCGTCATCTGT
CTAAGTTTGTGGCATTTAAGAAAATTGCCTCTTTTCCTTATGTTGTGGAA
GACTATTTTGAAATTAGACTTTATTGGTGACTGAACCTTAGAATCACCTA
CGAATCCATGGCTAATCTGACCTCCTGCTTACActattgatgattttgat
ggaaGCATTGACGGGGATATATTCCTCTAATGTTACAGCGCTGGTCTATT
TATGTTGCAAAATTATTTAATGCGTCACTGGCTTGCGAGGTTGATAAAAT
TGTATTCATAAAAAACCAGTGACATACTTGAAACTTAGACCCAGAAGATA
TCATTCCAAAAAAACGTAGTATAAAAAAGCCATAGTATGATATGATGAAA
ATAATTTCATGAACACAGCTTTGGTCGGCCTGAAAATTATCCCGGTGATA
AAAATACCCCTGAGTTTTGTTCTCATTCTGCAAAACACTGGTATTTTATT
CATTACTATATATATGTTGTGATCTCTAATCTACCTCAATATCAGTATAC
ATCAGCGGACACTTGGTGCAAAGTTGCCCAAAATTTTCctatattatttt
atatttatttgatGAACCTTGAGAGCCGCTTTATAACTGACAGTAAGCTA
GTAAATATTTAGTTAATTAAGAATGCTATACAGTATTCTACAAATTGCTT
ATTAAACTGGCGACTAATAGAAACAATTAGTCAACGTAAAGCAGgtaatt
tcattaatttgaatAATGCTTAGAAACACATCATGTGTTGAGTTAAGTAA
ACAATCAACAAAGTAATAAAATCGCCAAATTTCCTATCAGCTAAGAAact
gcaaaaattcaaaatcgaaaatcaaaTAGAAAACGAGAGGTTTAACCCTG
TGATGATACACGTTTTTCATGAGAACCTCCAAAATTTTTGACGCCTCTGG
ATGTCctttaattttgttttaagcctaaaaaaatgCTCTTATCatctttt
gagattttttgtctATTTCTTCGAATTCAGGTGTTTTAGTGtctcttttc
tttttggtcatcgaagccttattctCTTATCTAGTCTGTTTTTAATAATA
GATTTcataataaaaagttaaaagctaAAAGTGTGAAAGCAGCAAGAGCC
AAAACACGCAAATTCtcaggaaaatgggcaaaagaCACTTTTTgttactt
gcttttatttaaTTTACTTATTTTGCCTTTTATcgattaaataaataaaa
tgatcTTGTACACAAAAGCATCGCCTAGATTCCAATGTTATTGTGCTATT
GATCTTTACTTTTGATAAActtaatcgtcagccgtgcaaaattactcgaa
tctgattggtttagaggagtgcgattaatcgttaattgcactattaccac
tttttgcactcttcggcggggggacacttttgtccccttattcttttctc
tcccaagttcTGTGTCAGATACTTTTTTTtgctatacagggtgtccctaa
ttaaagtatcgagtttgaacatgcgattgagtagaaagttttatgtgcgt
gttcacaaaattgtatttcaagttctccctcttttttctttgtcattacg
attaatttatacgttgtaaataccttttgtaataagcctgtgtgatggag
aacgttcttatattttagcgataacacacacaaactcttctactcaatcg
catgttcaaactcgatactttaattagggacaccctgtataataaaaaac
tcgtaacaaaggagaaaataccgtaatttgcattcgtccttcggactcgt
gcaaattactattttctcctttgttactcgtgattaatctttaattgcac
tccaaaccatacgattactagtacaaattcaaaaagtaaatAGACCATGA
AGTTTTCAAGCAAAACCNTTTCATTCGTATTGATAAACTAAATTCAAAAA
GTAAATAGACCATGAAGTTTTCAAGCAAAACCCCCTGGTTTGTGACTTGA
TCTTTATGCTGCTTCAAGTTTGGATCTGCTTTAATTTTGGCTTCTAACAC
GGGTGAAAGAAGGCAGGAAAACATTATACGCGCAAAGTTTACAGTCGTTA
TGGGGGTATACGGGTAAAAATCAGCGGTAGAGCTTCGAAGAAACTTGCAA
ACTCTACCGGctgtaaaatcttttaaacaaaaaaaaaataacagttTGTG
AATTTTCTTCCTTGTTTTCTTCACACCACTGTCTCTGTGCCCCAGTGGGT
GTCGAGCATCCAGTGGGGTAGGCtgtgaaaaatctgaaattcacTGCGGT
GCaagatattttctaaaaattgagtggGTTGACCAATTTAACTTTGATTT
TCACTGGGGCGAGGGAAATTTTTAGACAATTCTTTGTATGCGCAGAATAG
CTAGACGTAGAATAGCTAGTTATTCTTGGTGCTATTCATTATGTAAAATG
TCCCAATAAAAAGGTatcaaatacacctttcccgttaTTCAGATTTCGCC
CAGAAAAACTTGTTCTCCATCGTTGTGTTAAAAATTCACGAGACAAACTC
GATTTTGACTGCGTTTGCTTAGGGGAAAGTAATTTTTGTCTTCTATCTTT
TGATGACCAAATtagtttgaaaagaaatttggaGGGTGATATTATATATG
GATACGATAGAAGTTGagaaaagtccaaaaaaccacCTTTTCCTAAGCAA
TCGCAAGCAAAAATGGATTTGTTTACCTCCTGTCCAAAGAACGATGGAGA
aatacgggaaaggtgtattccaAAATGCAGTCCAAAAGTCTAAACTATCA
CGGAGATACTGAGGCTACTGACAGggaatatatttttcaactgttttttt
ttaagacgaTGTAGGTTGACTCAATAACGTTACATGGATAAAAAAAGTGG
AGTATCTAAGGAAGTTCCTTTGGAAGTAAGGAGACATATAAacttaactt
taaaaaaaggaaaaggaaatatatagtgactaaggaggcgcaaccatggt
ttgcgccgacagaagaaattttgattttcgactttcTCGTTTGGCTAAAA
TCACTCCCTTTTCTCCTCAAATTTTGTAACTTTGAagaatttaaatgaaa
ataaaaccaatttcaaagtttttatgcTTCTTTTTTATATTACAGATACA
ACCATTCATATCAATCAATtttatcttcaattttttcCCGATTACGAATC
ATTTTCGCACTTGCCTTATTCAAAAAGAGGGACTTTCATGCACattgaat
atattttacacCATATGTTTAGATCATGACTTCGACAATTTCAGCATGCT
CAGCTATCCAGTTTTGATTACTATTGactgcgagcgaagcgagcaaaaaa
ttttgagctttttttgTGTATTTCACTTTCAAAGCATGGGTTTAATAAGA
GAAGGGAAGTTTCGAGTGGGGTGACCCTTTTCATGTGAAATTTCTACTGG
GGTACATCAAAAGCAGAACATTTTGAGTGGGGTATGTTTGGATTCTTCGC
TATTTTCAGTTGGGTCATTTTCAGCTACAAGattccagtggggtgagtga
tttCTCTAGTGGGGTGAAAAAATGggccatttttggaaaaattttccact
ggggtgaccagtggggtggatcccactgggtcacagacacaggggtgttt
ctTCGGCTATGAGCTTTCTTTTTacatagtgattcgtcttagaatATAGA
GTAGTCTACAAGCGAACCACTAAACTGAAAATCAGAGTCGCATCCATAGT
ACCATTGTTCTAATGATCGAGCTATCCTTGAGATCTAACAGAAATGGTCC
CTCAGCCAATCCTCTAATGTTTTCGTGTCCTGTCTCTTCAAATTCCTCGC
CTCTAGCTCACCATAAAGTAACATTCAACAAACCGCAAACTTTTGTATTA
TTTCTGTTTATTGTTTGTAAACAGAAAATGGCAAAATCTATATTCAGACT
TCCTACGCACAGAAAATGTAATCAATATAGAACAAACATAAAGCTAATTA
ACAATCTGCCCGGATGGCTAATTGAATATccgtgaaaaagaaaaacagaa
agtttGTAAAAGACTGAACGAAAAGGATAGACTAAGGGAAAACAATATTC
ATGATTTCCGGAAGTCGTAAATTTTGCAACAAAATGATTAATTTCCTTGG
TTCTCACAACAATTTGGTGTATAAAAGGGGGAAGTTTTGGAGGAATGTAC
ATCATCACACAGCTCAACACAGCTTGTGAAGAAGAGCAACTAACAGAAGA
AAATAAATTCACAAGCATCATGTTGGCAATCTATATTCTAGCCGTTGCTT
TGGGTAAGTGCTTTATCAAGCCTTAAACAGGACATCTTTATCTCAGTACT
CTGATAAAGTTTTTAAAGACACTTCTTCCCACGTCCTTACTGGAAAGTTC
TCTCAACATTTtatccccggtgggaaaattaCTCCACAATTTCAGCCCAT
TCTCATAcccatttgaaaaaaaattccaatccCAAACCACCCTCACTAAG
ATTTttaatttaagaacaatagaatttccccattgagattttctACTGCG
GGAAAAATTCTCACCGGGGCTGTATGACAAAGGTTTTCTGTGGCATAAAG
CTTAGACAATGCCGGGTGTAAAAATGTTATNAATTCTCACCGGGGCTGTA
TGACAAAGGTTTTCTGTGGCATAAAGCTTAGACAATTCCGGGTGTAAAAA
TGTTATAAATCTTAAGTATATTTAGATTTTAGGTTTTAAATTCTATTTTC
TACATTTTACATTGGATTTTTTTGagtgaaacaaaaatttctttgcAACC
GAAAAAAACTTCCTATATTCTTGTGGATACGGTTGAATATTTGCCGTTTT
GTATATCTAATTCCTTCTCTATGGTTGTAGTGACGATCCAAGTGCAAGCC
AGTGCTAATAATCCTTTCACCtatgaagaaaatttgaaagctGGTAAGTA
ggaatttatttaatttgaattaAGTGAGGACAACAATGTTTAAGTTGTAG
TCTCAAGGAGAGTCTATGAAGTGTCAATTTGAGTGTTATTTGCTTTaatg
ggatatatttttgggaattaaatttcgcagatGGCTCGAACGTAGTAGCG
taggttgaaaatatttgaagatcTTGTGCCTTTTTACACCAAATCATGCA
TCAGTTGtcgaaatacgcattattagcgcttctttgataacagtaaacat
tcaaattgTTATTCGGGACTTTCATCAAAACGATTTCGTGTTTGGGGTCA
ATTTCACGTAAATAGCCGACGAAGTCGTATACTccttcttttattttgag
ttATTGAGAAATTCATCATCACTATAATTCCcttctttttatattttagt
tGATGCATACTTTTGTAAGGGAAAATCTGGCAATTATCGTCATCCAAATG
GAGCCTGTGATCACTACATTGCCTGCGGTGTTGGAtgtaaaaatgctaaa
aacagACGATCCTACAAACGTCTTTGTACACAAAACATCATGCCGTGTCC
TGGTGGTCTTTTCTACGATGAGAAAGCTTATGGAGGATATGGAGCTTGTA
TTTATAAAGCTGAATCTAACTGTCTTCAATTTCAAGGAGAAGTTTGCTAT
GGATCCACTCAAGAGTCATAGTAAGTACTTGTTTCCGTCACAACTGGTGG
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GtttagggaaatatttaatgcCCATCCTTTGCAAGAGAACaagaacaaaa
tgtttttaatgaTGTGATAATACAATATCTAGAAATTCTGCTATTATTCG
CTTATCACTTAATTATCATTCTTTAAGAAGTNTATGTTTTGTCGACAAGC
CTTCCATTGAAACATTATTTTGTATTAACTTGAGGCTTATTAATTTCTGA
ATCTTCAAAAGATTTCGTTTTCACCACCTTGGCGATGGCATTCAccagaa
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CAATGTACTGGACAAGTCACCTTATTGAAACTCGTCTCCAAATCTGGAAG
TGTTGGATGTTACAAAGGTGTCACGCCTGGTTACTGGGGTGGATGTCCAC
ACGCCCCACCAATCAACGTCTGGATCACCGAGCACAGAGGTGACAACTtc
aaatacgtcaaaaaatcaTACTACGACATTAAACATGACGTTAAATTTCC
CGAACCATTCACTGCTTACGACGCCAATAAATACGGATTCTATTATTTGA
ACGGATTCCATGACAAATCATCCTTCATCTATTTCACTGCAGAACATAAT
GATTATTATACCTACTTCATCAAAGGAAAGAAATACCGTGTCTATTATGG
TGAAGATTTGTTTGATCAAGGAGTCGGAAACAATGTAGGCAAACATTGCG
TTTACGTCTACGCATCGTTCTACAAATACTACAAACctaatcaagttatc
aaattttaagtttaataattgatttactgaaattttttaacaaaaccGAT
ATTTTTTTTAACCCAAATACTTTCTaaaactttgtatgttttattttgaa
tcttttagatttttttaaaatctttaaaatcttttatatttctattgtca
taatacaaa
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00061601-exon-scaffold_36-1491911889:926423..926436 | TCONS_00061601-exon-scaffold_36-1491911889:926423..926436 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00061601-exon-scaffold_36-1510915933:926423..926436 | TCONS_00061601-exon-scaffold_36-1510915933:926423..926436 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00061601-exon-scaffold_36-1575043694:926423..926436 | TCONS_00061601-exon-scaffold_36-1575043694:926423..926436 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00061601-exon-scaffold_36-1491911889:933622..933892 | TCONS_00061601-exon-scaffold_36-1491911889:933622..933892 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00061601-exon-scaffold_36-1510915933:933622..933892 | TCONS_00061601-exon-scaffold_36-1510915933:933622..933892 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00061601-exon-scaffold_36-1575043694:933622..933892 | TCONS_00061601-exon-scaffold_36-1575043694:933622..933892 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00061601-exon-scaffold_36-1491911889:934257..934881 | TCONS_00061601-exon-scaffold_36-1491911889:934257..934881 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00061601-exon-scaffold_36-1510915933:934257..934881 | TCONS_00061601-exon-scaffold_36-1510915933:934257..934881 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00061601-exon-scaffold_36-1575043694:934257..934881 | TCONS_00061601-exon-scaffold_36-1575043694:934257..934881 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_36 | supercontig | scaffold_36:926423..934881 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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