|
|
Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00061468 ID=TCONS_00061468|Name=TCONS_00061468|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4762bp
TGTCATTGTTGCATGTCATGAAATACTACATAATTATACATAATAAGAAA
CAAATAATAgaattatatataatataataatatccAAAAAAATGATGATA
CTACATATATACTAAACTTAAACAGTAAAAATATTATCCTTTTAAAGTGT
GATAAAATCAGGACCAACAAACAGGAAAATTCGGCGAATTTAGCGAGAAA
CCTCAACAATTCACAAAATTCAGCTAAATACTTCTTGctcaatttaaata
ttttggtcatcgccACTCAAGTCTCATCAAAAACTGGTTGTTTTATAAAT
ATTTCCGTAATCACTATTAGATTTCAATGATCATCCGTGGgtccttattt
ttcaaaaagaaaacaaacttgtttgtgaacagaaaaaaatgaacctagag
aaaaataatccaaaataaaaattaacataaAATAGTCTGAAAAGATACAG
GGACTCATCTATCAAAGGAAGGcgttattttagaaatttttaaagtattt
cctgatttatttaacaaaaaataggttcaatattatcgaatagcgtacaa
actttcgcgattttcgcaaattttaccctttttcgcgaaaataaaattct
tgaaagggccattttcgaaagtttctgctcacgAAAGTTTGTATGCCTAA
TAATGTAGCTTATTGAATAGGAGAACGTCGTATTTTGATTCTCATTTTTG
GATCAGAAATTGAATGATAAGTCGACGTATGAGTTAACCCATATAATTTC
CCAAATTAACGCTTTCCATAGAAAGAGGTAAATTcgaaatttaatttcgt
gaagaacatgtgaaaaaaaacacttaaaaaaattaaactgttgcactttt
tcaaaataataatataaaaaatccTAATGTTCTTGTTCTAATTGGCCAGT
AATTTTATAATCAGTAACTTATAATCAGTTATTTTTAATTGAGAAAAATC
CATTAAACTGCAAAATTAAGTTCTGTAAAAATTAGTTTCTCCTTGGTAGT
GTATTTATACCATTCATTTTTGGCCGTCCTAATGTTTCTTaatctaataa
aaaataaagtgttcgagaataataataataaccttGCACACCCAGCTCGC
ACACAACgatgtttcaacgtttatttaacgttcacaacgtccatataacg
ttagatgaacgttgaaacaacgttgtgtgccagctgggcaatattcttaa
tataatataaactaattataaatttttaaaaatactaGAATGTGTGATAT
TTTAAAAAAGCTGAATATACAAGAACatgaactttttctttttaccgCGT
TTGTGTTTGAGCcacgaatacacgtttttttttataaggaaccttaactt
tgctctgatgctggagttccttattttttacagagaatttcagcctcaaa
gttccttatcgagttccttatttacatagctgcaaagtttggattcgcaa
aaattggattccttaaaacttgttttcttattctcagcctgagcagttcc
ttaacaattccttatctTTTGGACCCCtatcagcctcgagttccttataa
acgtgttccttataaaaaaacaacgaaTATCGTAATATATCTTCTCCTTC
TCAGCTTCTAaaaaactacacgtttttttataagaacatccaaatctttt
gagttttaagactaaaaatgttcttaacatgttcttattttctccagtat
ttttgtccgttttcctaagaaattgggtgttttagagtccgcaaagcctt
acaaatgttcttaacttgttcttaaaatggaagccttatgttcttataaa
agaactttttcttttaaaaagcagACAAAAACCTAGTTGTTAATTTAGAT
TTAAACCGATCGCCGGCACCGCATCATTAAGTATTTTTGTAGCAAACGAT
GGCACATTATTTTTCTTCTCCTACCGTGGCTTGAAAATAGTGTTTTACAG
TAGAAGATATCAATGGTATGAGTTTGAAATTCATGCCATGTATATTCAac
ttttacaaaacttttttttccgtTTTCAATAATTCCTACTAAACATAATG
ATATcgtttaaaaattaattataaacCTATATAAACTTCTAGTGGGTTTT
CACTTTGTTCGTTAGAACCCTGAAAACACacacgaaaatgaaaaacaggC
AGTGTGACTGGCATttaaaattgcacaaaaatatttttttgctaaacAAA
CTTGTATTAAAATACGAATCCctgtttttaaacaaaagaaaatctttcac
aATTTTACGAATCTTGTAACACCAAAAACGCTACATCTATAAATCCTTAT
TGGCGCGTTCAGCTCTTTAGGGGACTGGAAATGAATTTACAAAGAACATT
TCTTTTCGGCGCACGGCATTTATAGACTGCCTCTAAAACTAATCTATCAG
ATTCCCGCCAAAACCTTGTTCCATATGAGAAGAGAGAAATTACCCTGAGT
CTCTGCAGTGGAGTGGAGAATATTAGTTAGTATTCGAATTATTtaacagt
ctgttcctctaaaggatcctgcattgtaatacgcatgcgtaatttgtcgt
tcttttagaccacatgtagttaattcccgtgataaacgaaTGGGAATGAA
tcggggtggtacagtcactttcggtcggggttgtggacggcgaaatatgt
cgttttttatgaaatttgtcgttcttttttgtctatttttagtaatgcag
gattctttagataaaccccctctaACCAAATTATTGACGTTACTATCTCA
CTTCAATGCAAAAATACctttcattttttaatagaTCATTCCTATACTTG
TGTTTTCGACACATACAAATTTCCTTGTATATTAATTACAAAGCTGACCG
CACCGCTAAGAGTTGATGGTGTATTCGTGTCAGGGACTCGTATTTTAAAA
TACTTAACACTAcgaaaaatagaataaaaaatgataaagcCTATCTAAAA
AGGTCTTAACAGTGAGAGCCCTTATACTAGCTTATGAACGAGAGCAATAT
AGAGTTATTTTTCAGATGCAAAGGTGACGAGTAAATTTGTCACGCAGAAC
TGCTGAAAAAAAcaacttataaaataaaacgCCCTCAGCATCCTTGACGC
CCGTCAGTTCATAAGCGAAGTTATTCATGACTTAATATTTCATATACGGT
AACATTCGAAGAACAAAGGTTTTGCCTTACGTCCAGTGTTTTTTCCGGCT
GTTTccgtattcatgatgtcataaataaacCATGAATAGTGGGATGAAAA
GTAATCAATACTTATAATGATAACGATAATAAAATTGTTCATAAAAATTG
TCGTACGTAATGAGATGATATTTTATCTTAACAATATAATAAATCCTAGA
TAATAAATCCTAGACaatatatataatatactaAAAGAATAGATTGCAAA
GTGTGAGGTTAAGAGAGCCCGCCCTCCCAACCAAACCCGACCTTCTTTAT
GCTTTTGTAAGAAAATTAAATCGCTAATGACCTTTAGTGAGAAAATCGTA
GGATGAGTGTTTGGAATGATTATAAGAGCCGCTCTCGATATCCAACTAAA
ATATTGTGGAGATTTTCGAGCCCGTTGGATTTTTATCAGCAAAAGAAGGg
aatttgaagatgaaaaaagaaagttaaagCAAAATTGAATAGTCAGTAAA
TTTCTTGGATTTTAGTAGCTTCTTTTTGCAATAAGCTTAAAATGTTTGTG
AAAGATATTTGAATTACGATTTTATGGATTCTCTGAAAATGTTCTCATTA
TCAGTTATCTGTTATTACACAGTCAactctctttaactcgaacctttatt
attcgaatctttctgtaattcgaactaaaatatcgGTCCCTTCAGCTAGA
AAGTGATTAATCAAAGtaatctctgtaattcgaatcatTCTATAATCCGN
TCAGCTAGAAAGTGATTAATTAAagtactctctgtaattcgaatcatGTT
ATAAtccgaagaaaatttttggtctcttaaagatcgaattagagagaggg
cCAACTGTATTTAATTTAATGTGCGTTCTTAAGCGATCACTTTTTATGGT
TTTTGATCGTTCTTACAAtaagtattcttaaatttttggcccaCAAGCAT
CATGTTCTTACATACTTCGTTCTTATTCAAAAATTGCGTtccagaattta
aaaaaacatcattttaaCTGATAAATAAAACACTTCAAAAGAAATTGCGG
TTAAAAACCGATTGATTGAGAGGTCCTTCACTGGAGTGCTCAAAGTTTGC
AATTGGAAAGGCATGATAACAATAGAGctagacaaaaacaaaaaacatca
atAGGGACTAGAAACAAGACTGGAGAGCTCAAACGAGAGGCCTTTGAGGG
GAAATCGAAAGCGGAACTAAAATCGTACACTAATCTACAAAAATCTCACT
TTCAGTCGCAAAcgaatttcttttcttattaAGGCACCCTCCCGCGCCCG
TGTGACCTTCGTAGTACACCTTAAGGGTGCACACCCGCCGCCCTCCCGCC
CAAAAATCAACCAAGACGCCACGCCTTGTTGCCAGTAAACAGACCACGCC
GCAGTTTTGACATTACAAAAACCAGGGACACGCAGTTCACCgactttgtt
gattttttgaCCCGGTCATTAAGTTATCCTCTCTTCAACATTAAAGATAA
AACAAACCCAAAAAGCGGTTGAGAAAGTCCCTCCGATGGAGGACTCTTTC
TCGAATTGAATCTCCTCCTCTGTGACTCCTGTTCTCCACTTCAACAGCTT
CAACACATCTGT Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_358:785647..790568- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00061468 ID=TCONS_00061468|Name=TCONS_00061468|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4922bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_358:785647..790568- (Clytia hemisphaerica)
TGTCATTGTTGCATGTCATGAAATACTACATAATTATACATAATAAGAAA
CAAATAATAGAATTATATATAATATAATAATATCCAAAAAAATGATGATA
CTACATATATACTAAACTTAAACAGTAAAAATATTATCCTTTTAAAGTGT
GATAAAATCAGGACCAACAAACAGGAAAATTCGGCGAATTTAGCGAGAAA
CCTCAACAATTCACAAAATTCAGCTAAATACTTCTTGCTCAATTTAAATA
TTTTGGTCATCGCCACTCAAGTCTCATCAAAAACTGGTTGTTTTATAAAT
ATTTCCGTAATCACTATTAGATTTCAATGATCATCCGTGGGTCCTTATTT
TTCAAAAAGAAAACAAACTTGTTTGTGAACAGAAAAAAATGAACCTAGAG
AAAAATAATCCAAAATAAAAATTAACATAAAATAGTCTGAAAAGATACAG
GGACTCATCTATCAAAGGAAGGCGTTATTTTAGAAATTTTTAAAGTATTT
CCTGATTTATTTAACAAAAAATAGGTTCAATATTATCGAATAGCGTACAA
ACTTTCGCGATTTTCGCAAATTTTACCCTTTTTCGCGAAAATAAAATTCT
TGAAAGGGCCATTTTCGAAAGTTTCTGCTCACGAAAGTTTGTATGCCTAA
TAATGTAGCTTATTGAATAGGAGAACGTCGTATTTTGATTCTCATTTTTG
GATCAGAAATTGAATGATAAGTCGACGTATGAGTTAACCCATATAATTTC
CCAAATTAACGCTTTCCATAGAAAGAGGTAAATTCGAAATTTAATTTCGT
GAAGAACATGTGAAAAAAAACACTTAAAAAAATTAAACTGTTGCACTTTT
TCAAAATAATAATATAAAAAATCCTAATGTTCTTGTTCTAATTGGCCAGT
AATTTTATAATCAGTAACTTATAATCAGTTATTTTTAATTGAGAAAAATC
CATTAAACTGCAAAATTAAGTTCTGTAAAAATTAGTTTCTCCTTGGTAGT
GTATTTATACCATTCATTTTTGGCCGTCCTAATGTTTCTTAATCTAATAA
AAAATAAAGTGTTCGAGAATAATAATAATAACCTTGCACACCCAGCTCGC
ACACAACGATGTTTCAACGTTTATTTAACGTTCACAACGTCCATATAACG
TTAGATGAACGTTGAAACAACGTTGTGTGCCAGCTGGGCAATATTCTTAA
TATAATATAAACTAATTATAAATTTTTAAAAATACTAGAATGTGTGATAT
TTTAAAAAAGCTGAATATACAAGAACATGAACTTTTTCTTTTTACCGCGT
TTGTGTTTGAGCCACGAATACACGTTTTTTTTTATAAGGAACCTTAACTT
TGCTCTGATGCTGGAGTTCCTTATTTTTTACAGAGAATTTCAGCCTCAAA
GTTCCTTATCGAGTTCCTTATTTACATAGCTGCAAAGTTTGGATTCGCAA
AAATTGGATTCCTTAAAACTTGTTTTCTTATTCTCAGCCTGAGCAGTTCC
TTAACAATTCCTTATCTTTTGGACCCCTATCAGCCTCGAGTTCCTTATAA
ACGTGTTCCTTATAAAAAAACAACGAATATCGTAATATATCTTCTCCTTC
TCAGCTTCTAAAAAACTACACGTTTTTTTATAAGAACATCCAAATCTTTT
GAGTTTTAAGACTAAAAATGTTCTTAACATGTTCTTATTTTCTCCAGTAT
TTTTGTCCGTTTTCCTAAGAAATTGGGTGTTTTAGAGTCCGCAAAGCCTT
ACAAATGTTCTTAACTTGTTCTTAAAATGGAAGCCTTATGTTCTTATAAA
AGAACTTTTTCTTTTAAAAAGCAGACAAAAACCTAGTTGTTAATTTAGAT
TTAAACCGATCGCCGGCACCGCATCATTAAGTATTTTTGTAGCAAACGAT
GGCACATTATTTTTCTTCTCCTACCGTGGCTTGAAAATAGTGTTTTACAG
TAGAAGATATCAATGGTATGAGTTTGAAATTCATGCCATGTATATTCAAC
TTTTACAAAACTTTTTTTTCCGTTTTCAATAATTCCTACTAAACATAATG
ATATCGTTTAAAAATTAATTATAAACCTATATAAACTTCTAGTGGGTTTT
CACTTTGTTCGTTAGAACCCTGAAAACACACACGAAAATGAAAAACAGGC
AGTGTGACTGGCATTTAAAATTGCACAAAAATATTTTTTTGCTAAACAAA
CTTGTATTAAAATACGAATCCCTGTTTTTAAACAAAAGAAAATCTTTCAC
AATTTTACGAATCTTGTAACACCAAAAACGCTACATCTATAAATCCTTAT
TGGCGCGTTCAGCTCTTTAGGGGACTGGAAATGAATTTACAAAGAACATT
TCTTTTCGGCGCACGGCATTTATAGACTGCCTCTAAAACTAATCTATCAG
ATTCCCGCCAAAACCTTGTTCCATATGAGAAGAGAGAAATTACCCTGAGT
CTCTGCAGTGGAGTGGAGAATATTAGTTAGTATTCGAATTATTTAACAGT
CTGTTCCTCTAAAGGATCCTGCATTGTAATACGCATGCGTAATTTGTCGT
TCTTTTAGACCACATGTAGTTAATTCCCGTGATAAACGAATGGGAATGAA
TCGGGGTGGTACAGTCACTTTCGGTCGGGGTTGTGGACGGCGAAATATGT
CGTTTTTTATGAAATTTGTCGTTCTTTTTTGTCTATTTTTAGTAATGCAG
GATTCTTTAGATAAACCCCCTCTAACCAAATTATTGACGTTACTATCTCA
CTTCAATGCAAAAATACCTTTCATTTTTTAATAGATCATTCCTATACTTG
TGTTTTCGACACATACAAATTTCCTTGTATATTAATTACAAAGCTGACCG
CACCGCTAAGAGTTGATGGTGTATTCGTGTCAGGGACTCGTATTTTAAAA
TACTTAACACTACGAAAAATAGAATAAAAAATGATAAAGCCTATCTAAAA
AGGTCTTAACAGTGAGAGCCCTTATACTAGCTTATGAACGAGAGCAATAT
AGAGTTATTTTTCAGATGCAAAGGTGACGAGTAAATTTGTCACGCAGAAC
TGCTGAAAAAAACAACTTATAAAATAAAACGCCCTCAGCATCCTTGACGC
CCGTCAGTTCATAAGCGAAGTTATTCATGACTTAATATTTCATATACGGT
AACATTCGAAGAACAAAGGTTTTGCCTTACGTCCAGTGTTTTTTCCGGCT
GTTTCCGTATTCATGATATTCATTACGTAATATTTTCTACGGAAATATCC
CGGTTCTTGTCAGTAGTGGCAAATTCAAGCTACAGAAAAGTTGTTCAAAA
TTTGCCACTGCTGGCAAAAATCAAACTGTTTCCTAAAAAAAAACATTACG
GCATGAATATCATGAATGAAAGATGACGTCATAAATAAACCATGAATAGT
GGGATGAAAAGTAATCAATACTTATAATGATAACGATAATAAAATTGTTC
ATAAAAATTGTCGTACGTAATGAGATGATATTTTATCTTAACAATATAAT
AAATCCTAGATAATAAATCCTAGACAATATATATAATATACTAAAAGAAT
AGATTGCAAAGTGTGAGGTTAAGAGAGCCCGCCCTCCCAACCAAACCCGA
CCTTCTTTATGCTTTTGTAAGAAAATTAAATCGCTAATGACCTTTAGTGA
GAAAATCGTAGGATGAGTGTTTGGAATGATTATAAGAGCCGCTCTCGATA
TCCAACTAAAATATTGTGGAGATTTTCGAGCCCGTTGGATTTTTATCAGC
AAAAGAAGGGAATTTGAAGATGAAAAAAGAAAGTTAAAGCAAAATTGAAT
AGTCAGTAAATTTCTTGGATTTTAGTAGCTTCTTTTTGCAATAAGCTTAA
AATGTTTGTGAAAGATATTTGAATTACGATTTTATGGATTCTCTGAAAAT
GTTCTCATTATCAGTTATCTGTTATTACACAGTCAACTCTCTTTAACTCG
AACCTTTATTATTCGAATCTTTCTGTAATTCGAACTAAAATATCGGTCCC
TTCAGCTAGAAAGTGATTAATCAAAGTAATCTCTGTAATTCGAATCATTC
TATAATCCGNTCAGCTAGAAAGTGATTAATTAAAGTACTCTCTGTAATTC
GAATCATGTTATAATCCGAAGAAAATTTTTGGTCTCTTAAAGATCGAATT
AGAGAGAGGGCCAACTGTATTTAATTTAATGTGCGTTCTTAAGCGATCAC
TTTTTATGGTTTTTGATCGTTCTTACAATAAGTATTCTTAAATTTTTGGC
CCACAAGCATCATGTTCTTACATACTTCGTTCTTATTCAAAAATTGCGTT
CCAGAATTTAAAAAAACATCATTTTAACTGATAAATAAAACACTTCAAAA
GAAATTGCGGTTAAAAACCGATTGATTGAGAGGTCCTTCACTGGAGTGCT
CAAAGTTTGCAATTGGAAAGGCATGATAACAATAGAGCTAGACAAAAACA
AAAAACATCAATAGGGACTAGAAACAAGACTGGAGAGCTCAAACGAGAGG
CCTTTGAGGGGAAATCGAAAGCGGAACTAAAATCGTACACTAATCTACAA
AAATCTCACTTTCAGTCGCAAACGAATTTCTTTTCTTATTAAGGCACCCT
CCCGCGCCCGTGTGACCTTCGTAGTACACCTTAAGGGTGCACACCCGCCG
CCCTCCCGCCCAAAAATCAACCAAGACGCCACGCCTTGTTGCCAGTAAAC
AGACCACGCCGCAGTTTTGACATTACAAAAACCAGGGACACGCAGTTCAC
CGACTTTGTTGATTTTTTGACCCGGTCATTAAGTTATCCTCTCTTCAACA
TTAAAGATAAAACAAACCCAAAAAGCGGTTGAGAAAGTCCCTCCGATGGA
GGACTCTTTCTCGAATTGAATCTCCTCCTCTGTGACTCCTGTTCTCCACT
TCAACAGCTTCAACACATCTGT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00061468-exon-scaffold_358-1575043694:787352..790568 | TCONS_00061468-exon-scaffold_358-1575043694:787352..790568 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00061468-exon-scaffold_358-1575043694:785647..787191 | TCONS_00061468-exon-scaffold_358-1575043694:785647..787191 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00061468-exon-scaffold_358-1510915933:787352..790568 | TCONS_00061468-exon-scaffold_358-1510915933:787352..790568 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00061468-exon-scaffold_358-1510915933:785647..787191 | TCONS_00061468-exon-scaffold_358-1510915933:785647..787191 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00061468-exon-scaffold_358-1491911889:787352..790568 | TCONS_00061468-exon-scaffold_358-1491911889:787352..790568 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00061468-exon-scaffold_358-1491911889:785647..787191 | TCONS_00061468-exon-scaffold_358-1491911889:785647..787191 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_358 | supercontig | scaffold_358:785647..790568 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
|
