TCONS_00058763 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00058763
Unique Name	TCONS_00058763
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	592

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_313:477514..485200-

transcript sequence

>TCONS_00058763 ID=TCONS_00058763|Name=TCONS_00058763|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=592bp
AAAATAAACAGCCATACAGTGattttcaaaaaactggaAATTACAATGGT
AAGCCTACAGCTTCAACTAGAAACTAAACTTTGGATAGCTGATCTTCATG
ACCTTGACCAAGCTGCTAATGGGAGAAAGTTGACATGTTTGCGCACATAT
GGGGaaacattgaatatcaaacaaCATGCTGTTTTTGCCAATTCTTATCG
AAAGTGCTCACCAATGATCACTGTTGAAATGTCCACACAGGGTTATATTC
CATCAGTAGAAGATTTGGTCCATGTCTTGAATATAAGGTCCTGTTTTAAA
ACAGATCATACTATTTTAGCTGGGAGTTATTGggaaaatgaaatcaaaga
cACAAATGTAATCCAATTTTatgagaaatatcttttggatgATCCTGCTG
TGCTGGATCATTGTAAGTCTCGTAACAAAGGACAAAATAACAATCTTTGT
AAAGAGACCTGGTCATGGAAGCAATCTTTCAGTAACTTCCCTTTTCTCTT
GTTCACATCTGAAGAACCACAACCTCGTCAATTATCTTTATCCAATCGTA
ATGAAGTTGATTGTATTATTTATTGGGACGTCAATCAGAGTG

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_313:477514..485200-

Legend: exon

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00058763 ID=TCONS_00058763|Name=TCONS_00058763|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=7687bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_313:477514..485200- (Clytia hemisphaerica)
AAAATAAACAGCCATACAGTGGTAAGGGCGTTCATATCATATAACTAGTC
ATAGCTTTCACTAAATGCCCACGCAGAAGATCATGTCATGCACTTATAAA
GTTTTTAATGCTTTAAAGATTAAAAGCATTAAAAGTAATCAGGGATAATT
GATTGATTTAATTATTGAATGGTTGATTAATTGATGAGGCATATGCTTGA
AAAAATAATTATATTCCATTAACACAATACTTGAAGAATTTGTGCAGCTT
GATAATTTGATAAAATTTAAGGAAAAGCTTCTCAAAAATATATTTCAAAA
ATTATGGTACATTAGCTTACTGGTTTTCACATCTCCTGTTTGTTTTTNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNGAAAAAGTTGAATATGCGCATGTAAAGTTAAACGAATG
TTAAAACAGTGAATACACTCTAAGTGAGGTAAATCTATTTTGAAGACCAA
AAGAAAAAGTTTGTTTACGTTGATTGACATTCAACATTCATTCAACCACT
TTTGGATTCAACTTTTTACATATGGCCATATGCATACATTCAACATTTTT
TAATTTTGCCAGTACTGTATTTGTTTTACTAAGTTAAGAAGGACTTTCTC
GAGTTACGACCATATGATGGTATTTAAAGCTCAAGAAGCTCTACAGTATA
AACAATAAAGCTAGTTATTAATATAATAACAGACAAAGATAAATTACAGT
TTGAACAAAAATATCAAATGTACGTACATTAAAAAACTTGANAAGCCTCC
TCGTCGCTGCGCTCCTGCGGGGGCAATAAGACTAGAAACATGCCAATTTC
ACTTTTTATGAAAATCTGACACCTCCTTGGCAGCTCTCTGTCTAGCTGGG
AGACCGACTTCTCTGTCTATGTGGTTTCAAAAAAATATCAAAGTATAGAC
AGTAGTAGCCGGGAATTATACAAGATGCAAGAATTAATCGCAGAATTTGA
TTGGCTAATATATCTTATTGTTATGATTTGATAAACAAAAGTATGACGTC
AAACAGCTCTATTGTTTCAAGAAGCGAGCTTTTGAATTGTTTTGAAAAAA
TAACGGTTTTTTTCTTTTGTGATTAGAAGTGATTTGAATCGAGTCAATAA
TTCCATACTCTGTATTTCAGTGAAGTTGTTGGGATTTTGACAGGATAGAA
ATATTTTTGTAACAGAGTATGGTCTCCAGACTACTCTCTGTCTCAAATCT
CAATTATATGCACATATTCATTGTTTTGTTAGTTATTAGTCGTTTAGGCA
GGGGGGAATGCCAGCCTGGAATTAGAGCACAGTAAGTACGCCGAATATAT
ATGGCGTGGAACAGTAATTACTTTTGGCGTATTGGCGTAAGGAGCGGATA
TAAAGTAAGGTAGGCCAAATCTTTTAAAGACGACCAGACGTTACTAATCG
ATTATCGCTTAAAATCGATTATCGATTAAAATCGATAGCTAATCGATAAT
TAATCGATTGATTAAATATCGATTAAAAACGATAATCTAATCGATACTCA
CAATTTTTTAGCACTCAATTTTAAAATTATTACCATGCCATAGATTTTTA
ATCGATAATATTGATTACATTGTTAATAATTGATAATATCAATTAATATC
GATATAATCGATACCTTGACCCTATCGATTTTTGATCGATAATATCTCTA
ATTGATATATCGATATCTTATATCTGATTGATATAATCGATACTCACAAT
TTTTTAGGTGCCAATTATTTATCGATTATCATTTTTAATCAATATTTAAT
CAATCGATTAATTATCGATTAGTATGGAGACGAGAGAGGAGCACCGCCAT
TCTAACGCCCAATCAGTTACATCAATATGCCAAAAACATTTTGTTCAACC
ACCTTCACTTCAAGATAGGCCACCATAGAATGAACTTCCTTTTATAGGAT
GAACCATATTCATGTGGCTTTCAGCCTTGCACTTCATTGCAGAGGCTAAT
CAATTTTAATGACTTTTTGGACTAATGACCAAGTTAAATTTTTTTAATTT
TTTCATATTTGAGTATTAAAAAGGCATGCATTCAAATAATAAAGGTTTAA
AATTTGTGATGGAGTGTACACATGAATATGGTTCATCCTATAAAAGGAAG
TTCATTCTTTGGTGGCCTATCTTGAAGTGAAGGTGGTTGAACAAAATGTT
TTTGGCATATTGATGTAACTGCCAATTTTATTACGCCAGGTTTAAATGTA
CCCACCTTGCTCTTTGACAGCCATATAACAACGTAGAGTGTAAATAGAAT
ATAAAGTGCTTTTAATTCATATACCGTGAGTGGTCCTAAATCTGACAGCC
ATGCTTAAATCCAATGGGGTCTTTCAAAGATACAAACTAAAATAAAAACA
AACCTTTCGCTGTGACGAAACGAAGATACCAAAGTGTCAACTAAACTGAG
AGATTTGATACACTGAACCAATTGAACCAAATATCAATAATTGCTTCAAT
AAAAAACATAATTTTTTATTACAAAATTGTCAACGTTTTAAACACGAGCA
ACCCAACAGATTCAGAATAATATAGAGGTAATTATTTTTACAACTCACAC
TCTTTTGATCACATTAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATTAG
AAAGTAAATGATTAATTTTCAAATTTGAATGATAGATATTTAAATATAAA
TGAAGATTTCTAAGTTTATTTACTAAAATAATGGATTTAAAATATAAAAA
TCGGGTCCAAAATGAAATTAAATGCACAGTCAAAGAAAATTTCCAAAAAA
TCTGGCCTGAACATCATGACTTAAAATTGGAAGGACCTGCGCGGGGCATG
TTCGAGCCATTTAAAAAAAAGCATTAATGGATGATATTTTGGCCGATTTT
TCCAGTGGGAAAGGTTCCCAGTGGGTCTATAAGAAGGGGGTGTACATGAT
CATTTACAGTTTGATAAATGACCTACCTGAATGTTTATTTAGAGACTCGA
CAGCAAAGGTTATTTGGCCAAATCGTATCTTTAAAATCAGAAAATATTTT
CCCATCTATCTTTTAGATTTTCAAAAAACTGGAAATTACAATGGTAAGCC
TACAGCTTCAACTAGAAACTAAACTTTGGATAGCTGATCTTCATGACCTT
GACCAAGCTGCTAATGGGAGAAAGTTGACATGTTTGCGCACATATGGGGA
AACATTGAATATCAAACAACATGCTGTTTTTGCCAATTCTTATCGAAAGT
GCTCACCAATGATCACTGTTGAAATGTCCACACAGGGTTATATTCCATCA
GTAGAAGATTTGGTCCATGTCTTGAATATAAGGTCCTGTTTTAAAACAGA
TCATACTATTTTAGCTGGGAGTTATTGGGAAAATGAAATCAAAGACACAA
ATGTAATCCAATTTTATGAGAAATATCTTTTGGATGATCCTGCTGTGCTG
GATCATTGTAAGTCTCGTAACAAAGGACAAAATAACAATCTTTGTAAAGA
GACCTGGTCATGGAAGCAATCTTTCAGTAACTTCCCTTTTCTCTTGTTCA
CATCTGAAGAACCACAACCTCGTCAATTATCTTTATCCAATCGTAATGAA
GTTGATTGTATTATTTATTGGGACGTCAATCAGAGTG

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_037009	XLOC_037009	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
TCONS_00058763-exon-scaffold_313-1575043694:485180..485200	TCONS_00058763-exon-scaffold_313-1575043694:485180..485200	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00058763-exon-scaffold_313-1575043694:477514..478084	TCONS_00058763-exon-scaffold_313-1575043694:477514..478084	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00058763-exon-scaffold_313-1510915933:485180..485200	TCONS_00058763-exon-scaffold_313-1510915933:485180..485200	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00058763-exon-scaffold_313-1510915933:477514..478084	TCONS_00058763-exon-scaffold_313-1510915933:477514..478084	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00058763-exon-scaffold_313-1491911889:485180..485200	TCONS_00058763-exon-scaffold_313-1491911889:485180..485200	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00058763-exon-scaffold_313-1491911889:477514..478084	TCONS_00058763-exon-scaffold_313-1491911889:477514..478084	Clytia hemisphaerica	exon

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_313	supercontig	scaffold_313:477514..485200 -

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
6.13208	4.55357	8.5734	7.25328	2.6745	1.21581	1.69651	1.91761	0.817688	1.57617	0.31191	1.37514	0.67547	0	0.795073	1.09833	0.394035	1.46523	0.163358	0.258148	0.900123	0.832832	7.17531	7.5635	1.23264	1.08766	0.700703	0.25299	4.20156	6.19108

Blast

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00058763 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00058763 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

You are here

TCONS_00058763 (transcript) - C. hemisphaerica