TCONS_00057471 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00057471
Unique NameTCONS_00057471
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length2393

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00057471 ID=TCONS_00057471|Name=TCONS_00057471|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2393bp
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Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00057471-protein

>TCONS_00057471-protein ID=TCONS_00057471-protein|Name=TCONS_00057471-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=322bp
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VDYLPNGVAKTCTEKGCAIFYV
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_289:94447..120989-

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00057471 ID=TCONS_00057471|Name=TCONS_00057471|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=26543bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_289:94447..120989- (Clytia hemisphaerica)
CAAACAAGTCAGTGAAACAGTTGAAAATTTTGGATGGATATTTATGAAGA CATGCTATGTGGAGTGAATACTTTAGGACATTCAAGCTTAGCAGGTATCA ATTATTCTCTACCATACAACCATAAACCTTCTTTTTTGCTATTTAAAGCT ACACACGTTCTTTTTATATAGGAAAATCCAAAAAAAAATTTTCCTAACTT TTTGAGTCTTAAGCCTTAAAAATGTTCCTAACATGTTCCTATTTTCACCA TTTTGTGGGTACCACCTCTGTCCATTTTCCTAAGAAATTTGGTGTTGAAA AATTTTAACTTGCTGTTATTGGCATTTTGGCCATAGATGCCTTATGTTCT TATAAAAAAACGTGTAATGTGTCTGAAAAAAATTAAAATTTAGATCTTTG TGTCTCCATGACACCTCGAGAATTTTTATGTTTTTGAGTTCTACTCCCCT GTGTTACAGACCCGCCGGGACCCCAGCCCCACTGGAAAATTTGTGGGCAA AAATTTTGTCCCCGGTGGGTAAAAAATACCTTAGTTTCATGCCCACTGTA GGAAGAAATTCAACCAGGGCTGTGAGACAGGGGTGTAGTTCTCAACCAGG TGGTTGCAAACCTGCGAGAATTCCCCCAACGGGAATTAAGTTTTTGCGAA TTCTTCACCAACCTAATCTCAATTAGCCTGCTCAGGTAAGTTATGGCGTG TCTTAAAAACGAAGGATACCAAGATGAAGTTTCCCTGTAGGGGTGTGACC TAATTGTTTACGCCCTCATTTTCGCGAAAAACCGCAAAAACCAAAAAGTA CTGCCGTCAGCAAAACTTGTTTTTTTAAATAACTTCAGTTTGGCTAAAGG TAGAAACTTGGAAATGNCAAAAAGTACTGCCGTCAGCAAAACTTGTTTTT TTAAATAACTTCAGTTTGGCTAAAGGTAGAAACTTGGAAATGAAATGAAA 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GATGATCAAACAACCGTTNGAGTAAAATGTCGGATAGTGAAGACCTCAAC GAGGATGAAGTTTTGATGATCAAACAACCGTTGACACCAGCTCCTCGTCG CGTCACACAATCACCGTTTAAGAGGCTGACTAAAACAGGTAGTTCATTGA AACTTCAAAATGGTAGCTATCCGACGCGATATAGTACGCGTCATGGCAAC AACAATAACAATAACAACAGTGTTACGAAAAATAAAAATGAAAAGAAGAA GAATCTCAAAAATAAGAAGAGCCAGCCAATCAAAAAGAAGAAGATTATTA GTGAAATCGATTGTACCGAAAGTGAAGTCAGTTTCGCTTCTGAATTCCCC GATGACGCTATATCGAACGTTTCCTCGGAGCTTTACGACGAATCAATGCG TAGCTCTTCGCCTATGAGTGACGTTCCGTCTTTACGTTCTGAGCAAGCAA GCATGGTCTCCGTTGATAGCACGTACGGAACTTCCGAGTTCTCGTCCTTC AGCAGTGCTTCGAAAGCTAGCCGCGACTATATGTATGATTTTGAACGATT AGCAAATGTATTGGATCATATTGACGGAGAAGTATTAAAAGAACAATTAA AGTCATGCTTAATGTCAAAGAAACCTCGAAATATTAAAACATTGAGTTCA CTATTACCGGCGAGTAAATTCAGCGGTAAAACTACGCATTGTTTTCGGTG CCATAGTGAATATGACGAAAAGCACGGTTGCCGAACATGTATAATACGTC ATCCAAATTCGGAAGTTTTGTTAATATCAGAAGACGGTACAAACGCTGTT TTTCAATGTGAGCGTTGCGCATGCGTGTTCAAACTAGACAATAGTTTAGA GTATGATGAGCAGACCACTGACATTTCAAATTGCGGTGCTTGTTACGTCG GTGAACATACTAGCAACTCTAAGAGTGTGGATTATTTACCCAACGGGGTA 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Coding sequence (CDS) from alignment at scaffold_289:94447..120989-

>TCONS_00057471 ID=TCONS_00057471|Name=TCONS_00057471|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=969bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_289:94447..120989- (Clytia hemisphaerica)
ATGTCGGATAGTGAAGACCTCAACGAGGATGAAGTTTTGATGATCAAACA
ACCGTTGACACCAGCTCCTCGTCGCGTCACACAATCACCGTTTAAGAGGC
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GTCAGTTTCGCTTCTGAATTCCCCGATGACGCTATATCGAACGTTTCCTC
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_036217XLOC_036217Clytia hemisphaericagene
The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00057471-proteinTCONS_00057471-proteinClytia hemisphaericapolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
scaffold_289supercontigscaffold_289:94447..120989 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
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Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00057471 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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