TCONS_00056388 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00056388
Unique Name	TCONS_00056388
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	2560

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_275:55440..67338-

transcript sequence

>TCONS_00056388 ID=TCONS_00056388|Name=TCONS_00056388|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2560bp
TATTCCCAAAGTTTTACAGTATAATTCAAAGGGTTTCACTTATCTTTTTT
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GAATCTTTTTATTATACGTACCAACCGCTCTGGGGGGTTACTTCGTACTC
GGTAAAGACATCCGATCAAGCATCCTAAGGACCTTATCACATTACGATAA
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CCGCGCATTTTGTGACTGGATTTGTATTGATGTTAAACCCTTGTCTACAA
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TCCCGCAATTCGGACCAATCGTTGATCTGGTTGGTGGCTCCATCAATGTC
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GTaacaaaattcttatttttttatttgaactaTCCTAGTTAGATAACATG
GTGATCTTTTgttctaatttttattttcttgggGTGTTCTTTGGGCGTTC
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acttttttatgacgtaatcttttcttcaggcaaaaaaggttgagaaaaaa
ctgtcgccca

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_275:55440..67338-

Legend: exon

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>TCONS_00056388 ID=TCONS_00056388|Name=TCONS_00056388|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=11899bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_275:55440..67338- (Clytia hemisphaerica)
TATTCCCAAAGTTTTACAGTATAATTCAAAGGGTTTCACTTATCTTTTTT
TAGACGACAAATTTCAAAAATGGATATCTAAGGAAGGCATGAATTCTCAG
CTTACAAAATGGGTGACAAGAACAAGGATTTTAACTATGGATACCAGCCA
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TTATTCATTATCTAAGAATTGAAGCGGGCAAAGATTACCGCGCGGCTGAT
AGCGGACGAAGGTTTTTTTGAAGATATTTTCAGTTATAATCCAAGGTAGA
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GCTATTTTATTTAAATTCTATGTTTAGATTTTTCTACCCAGCCCCGTTGC
TATGTACGCGCGCCCTGTTGCTAAAACCTTTGCTTGAAATCGAAAGCGAA
ACCAAGATTATTTAGCGCACACTGCCGTTTGCGTAATATTGATAAAGTGA
AATGAGGTCCTGACTGTAGGTAAGGCTCCACCCACCGAAAACCCACCGGA
CGCCCGCTCAATGTACGGCGGTGTCCAGGGTCATGTATATGGAGTAACTT
GTTATTCAATAGGCTGTCCAAAACAACTATAGTCAAATACAATTGTATAT
GATCAACCTTAGGTAAAGCCAGACAGTGTGTCAATCGAACAAATCGAACA
TTGAATCAATAGTTGTTTTAGAGAACGCGACGGCCCATACCATTGAATAA
CTAATTTATACTCCACAGTCAAGAACAAGTGCAAATTAGGATACCTTCGG
CAATCTCTCCTACTTAGGAGAGTACCTTAAATTGGATACAAAAAAGTATC
CAAAATAGCAATCAACATCCTAATTAGGAACTATCTTACCACTTCGAAGA
TGNCAACATCCTAATTAGGAACTAATTTTTCACCAACCAGAGACATCCGC
GCCATCTTACCACTTCGAAGATGTAAAATAAGCAAATGAGATTGTGTACT
GAATTTCATCGTGTTTGGCTGGCGGAATGCAAAAATATAGCCCAAAACAC
CACTCAAATGTGCTTACTAGCATTACGCTTTTTTCGTGCGAAAATCGGAC
CGTAGCGGGCCGTTCCGTAAAAAGAAAAACAAATCTTTAGCTCGTGTTCG
CAAAATTTTAGGCTTTGAACGGCAGATTATTAAGGATGTTAATTTTCGAG
GAACCCGGCAGAGAAATTACTTGAAATTTTGGTCAGTGGTGCAAATCTCG
ATGAAGAAAAGGTTTAGTGTCATAGTTTTCCAAACGCGGATTGAAGCAGT
AACCTCAAAAATTCAGGTCAAAGTGTCTGCTCTCCTATCTAGGATACCTA
AATCTCCAAATTAGGATACAACTCTCCTAGTTAGGAGAGATTGGCCGAAG
GTATTCTAATTTGCACTTGTTCTTGACCTTGTTCTTGTTCTTGACGGATT
TAGGCAGGGCTGTCGAATTTAGGACCACTCAACGTACTTTCCCTGAGCCA
ATAAAAATGTGATAAATTATCTTGTCTCTAGGTAACTGTTGTGGAGTAAT
TAGTTATTCATTAGGCTGCTGCGTTCTCCAAAACAATATCTAATCGAAAT
CTCAATCGAATGTAATTTGAACGCAATCCAACACAATAAAATATAACCCA
GTAATTGGCCGTTCGATTGAGATTTGATTGCATTCGACAATCGATTGCAT
TTTCGTTCGATTGCGATTTTCGTTTGAACTATTTCGATTGACAGTTGACA
CTGTCTGGGTAAAGAAGGTTGTCAATTTTCAAGGCATACGGAAAATTCTT
TCGGAAGATATGGGACCCGAAATACCACTTGGTTAAATCATTTTGGTGTA
ACCTCTGGCATAACCTGGTGATAGGGGAGGTGAATTTTGGGGGTATATAC
CTATAAAATGTCTGTACACCTTTTCGCCCTTCCATCTGGCATATTGAATT
ATATGCAAAAATCATGGTGGCGGAATCGCTATGGTGAGATTTCATAGAAA
AATATGCAAAACCTGTTCAAAAAAAAGTATATATTTTTAATCGAACTTTG
TTTCTTCAAAATGTAGAGTTCAATTAATAGCCTTTTTGATTGGGAAACTT
ATTTGCCATACTCGCCAGCTTTGCCACATCCAAAATTCTACACGGCTACG
CTGCCATTTTGATTTCTGTTTCGTGATGCTTCGTCAGCAGTTTTTAACAA
ATCAAATTTCCTATATTGCTTTTTTAACATTGGAAGGCTTTTGGAAAGAA
AAGTTGATTTATTATTGAACACATGGTATTTAGGAATAATAAATAGGAAG
TTCAGAATCACTCATAGACAAAAATTTTTTTCTTCTATGATTGGTAAAAG
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CTCTAAAGAAAGGTGTTTCGAAATTAGATGAATGATGTCAACATTAGACC
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GCTGGGACAAAAAGTTGAATTAATAAACGGCATCAAAACAGAATATGCTA
TGTCTTTAAGAGGCACCTCTGGTGTTTTCTTTATGTCGCCTGCCGTTGTG
TCCTGTATTTGATCTAATATATTTAAGCCAGCCCTATGTTACTACATCTC
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CAATTTCAGCAAAGCGGTTATGCTTTGAGTGATCATTTTGGGTAACATAT
AGCCAGAGTACTAGGTGTGATGTATAACCTCTCCATTCAAAAGGTTTTCT
TTACACTTTTACAGACACCTGATTGCAAACAAATCTCACAAAAAAGTGCG
TTATACTGCATCCAATTAGATTTGAGTATTTCACCTGTCAATAAAATAAT
AAAATAATACGCTACAAACAAAGAAAAAAAAAGCTTATCGTTTTTTAATG
CTCTTGGGAATAACCTAGATGTTATTGTTTTAACCTTGGATACAAAACAT
TTTTATTGTCTTGATCATATGAAAGATCTTTTGGCAAGGGCTATCATGTT
TTACCAAGTTTGTTTGCTACTAATCTAATAGTAGTCTCTTCAGTATTGGG
GAAATTGGAAGTTGAAAGCTCCAGTAGTTTCTGAGTTGGTAGAAGGTTAA
GGTGTATTTTACAAACTGGTCTGCCAAGTACCTAATACTAGTAGACCAAT
TTTTTCTGTTACAAATTTCAGTCAAGCCAAATGAGTCAATTTGTCAATAT
GTGATTTTTTCCAAATTAACATTCTGGTCTATAAAATACCAAACAGATAG
GTGGCCGAAACCAAAATTCGGTAAATAATCTCTAGTAATGTGTGATCATG
GTGTGCACCCCCAGATGCTTCCGCTGGTGCTTAAAGGGTTAAAAGTGGAT
ATTTTGCTGGAATTTGCAAACATTTTTTAAAAATCTAGTTAGTGAATATC
TCTGTTTTGTTTGGATTATTTCCAATTTATTTCAAATCGTAAAATAAGTG
ATATAATGATGTGCATCATGTCGAAACCCTTGATATATTGTTGTTACTAC
TTCCTCACCACTAATAGGCTATCAAGATAATTAAAAGTCATTATCATTAT
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TTATTATTCATGCCATTATAATAAGTTCATATCTATAGAAGCTAATATAA
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TGTTTATAATTTTGACAGTAGCTGGTGCTTATCAAAGTTTGAGAAAATCC
ACGAATATAGTTTGCTGATTCTTCCTTGTGTCACTTCCTTCTATTTTTAA
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TTTATTGTTGTTTTTTATCATTAAAAAATCTTCCGCAAAGCTGGAGAGTG
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GCTTGCGCTGCTCAAATTTAAGATGGCCTTGAGAACTTGCTTTTGATTTG
GGGTAGTTTATATGTGACGATAGAGATTTTGATTAACTATTGCAGGTGTG
TACCGAGTTAATCGTTCTCTANTTATATGTGACGATAGAGATTTTGATTA
ACTATTGCAGGTGTGAACCGAGTTAATCGTTCTCTACTGCAATTTGAGCT
TTACTAAGCTCGTTAAACATTCACTCACCATATGGATAAGGCTATCACTG
TGTCTCACACATTCTGCACCGCAATGGGCTGTGTTCGAGTCCCAAACACT
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CCAAGGTTTTAAGTAAATACCAGATTTCAAACTTCAAACACGTTGTTGGT
TAAAAGGTTTTCAACGCCTGTTGATTTATTCGTTTTTTCAGAATTCGCAC
AAGAAGGCGATGGTAGTGGTGTACATGACAAACTGACCGAATCTTATGAA
CTGGAAAATATCGATAAAAATAAATCAAACGATGGCTTGGGAGCTTTGGA
AGAAAAGCCGGCTTCAGAGTACGTTATATTTTGTTTCTTCATTACCGCCA
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GTTCTTTCATAATTTAGCTTAGACTTTCGAACATTCGACTTTTAAAGTAT
TAGAATTGCGGCTGTTGACGACTAGATTTGAACAAGATGGTGGGCAAGTG
AGCTCTAAAACTGGGCACGCTTTCTTTAATAAGGAAGCCTAAACCTGAGT
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TCGTTTACTTTTTGTTTCAAAATTGTATATTTTTTTCTTTACAGGACCAA
TGCAAATGGTTTGGGTGTTATGACAGCCGCCATCTTTATTGTTGGAGAAA
TTTGTGGTGCGGGTGCCATCTCGTTTCCCGCCGCCCTCTCTAAAACAGGA
ATATATGGTAAGTGGTTAATAGCCAACCTTTCTGCATTTGCCTATTTTTA
AGATGCGTTATGGGAAAAAGTGTCAGGGTATTTTGTCGGGGAAAGCGTTT
ATTTACAATCTATTTTTCCCGATAAGGTATGGAACTAATTGAGTGCAGTT
TGTCTAATTCAAAAATGAACATTTCTTATTTTACTTGTTGCGAATTTATT
TTTCGTTGAGATCAGACTTCTCGTATGTATTTAGAACTAGAAATAATAAC
TGTATTCATAAGTGAGGCGAAAAGAATTTTTAATATCTTCTTGTTAAGAT
GATTTGTCGTCAGAAAAACACAAGATATTGAACAAGGGTATACATATTTA
TCTCCTTATAATCTACTCGCGAAAGTGCATAACCTCAGTTGCTTAGACGT
GTATAGCTATAAGGTTTCATTTTCAGGCTTATTTCTTATTGTTGTGGTTG
TATTCGCTTGCGTGTACGCTGGTCTTTTGCTCGGTCACTCATGGAAACGA
ATCGATGAACAACGGCAAAATAAGGACCCACTCCGGGACCCTTATCCTTA
CATGGGTGAGGTCGCTGTGGGCCGGAAATTCCGACATTTTATCACGGTGA
CGTTGAATGTTCAGTTGTTTTTAACGTGTGTCGTTTATCTGTTGTTGGCA
GCTGAGATTGTGGGTAGCTTTGTCTCATTTCATGTTGGGCACATCCATCA
GCAAGGCAACTTAAGGCTCTGGTTAATTATATTAGCTTGCATAATTACTC
CTTTAACCTGGTTGGGGACACCCAAAGATTTCTGGTTTGTCGCCGTCGCC
GCTGCTGGGTCCACAACCCTTGCCCTCCTTTTGGTTTGGATTAAATATGG
AATGATCGCGCCTGAAGATTTAGGGGCCGTTGAAAAAGCGCCAGTAACGT
TAGGCTCCTTTGCGTCAGCGTTTGGAACGTTTGTGTTTGGTTTTACCGGA
GCGTCCTTGTTCCCGACCATCCAATCAGACATGCGGAACCCTGGCGAGTT
CAGTAAAGCAGCTTACCTAGGTTACCTCGGAATCTTTTTATTATACGTAC
CAACCGCTCTGGGGGGTTACTTCGTACTCGGTAAAGACATCCGATCAAGC
ATCCTAAGGACCTTATCACATTACGATAAAGTCCATCATAGCAGCCGATC
GATCGTAAGCATAGCGGAGTGTTTATTTGCCGCGCATTTTGTGACTGGAT
TTGTATTGATGTTAAACCCTTGTCTACAACAACTTGGCGAATTCTTCAAA
GTACCCCATAGTAAGTTTTGTTATTTCATTTGCTTATTTACTCTGAAGAG
CTCTGAAACTACTGAACCTCGATTGTAAAAACTGATATGGAAATTTTCAT
ATTTTAAAAGATTTTAATTCTAAACAAAACATTCTATGCCTCATTCTTTT
CAAATTTTAAAATATTTTTTATTCCAAACAAGCCATTTTGTGTCTCGAAA
CCACTGTAATATTTGCTTGGATCAGATAATGCAATTTATGAAAATAGTTA
TCGAAGTATTGTAGAAATTGCCGGTATCGCATTTTTGTAGTAGTTCTATC
GTTATTTTAAACTTTTTGAACGGATCATTTTTATCATTGATATAATCAAA
TGATTTTCAACTTTCTAACATTCAAACTGCTTCATTGCACCGATAGTTCC
CACACTGTAAAATTCGAGGAAACTTGAATGACAAGGTGTTAAATCTTTGA
GATAAGCTATCCCCAAGAACGAATCATTTTCTTCCATTCTCATAAACGTA
ATACTATTCTTTTTCTTTTTATCATTCAGAATTTTGTTTTCAACGTGTCG
CTCTTCGATCATTAGCCATGTTGGCTATACTCGTGTCATGTGAAATCTTC
CCGCAATTCGGACCAATCGTTGATCTGGTTGGTGGCTCCATCAATGTCCT
GTTATGTTTTGTATTCCCAATTACCATCTACTTAAAGTTATACCCTGAAA
CCACAACGAAAAGTAAGCTCGTAATGGCTGCTATTATTATTTTCGCCGTA
TTAGGAGGTACAGCATCTACTGTTTCTAATGCATGGAACATTTCTAAAGA
ATTTCATAAATTATATTTTGCGAAAGGAGCAACAGGTCATCCTGAAATAT
AACAAAATTCTTAATTTTTTAATTTGAACTATCCTAGTTAGATAACAAGA
TTATATTTTGTTCTAAATTTTCTTTTCTTGGGATGTTCTTTGGGCGTTCT
TAGTGCTGAGCGGTTGTATTTGATAAATAAATAAAAAGGTAAATGGAATC
CTTCCAGTTTTTTAAGGATGCAAAATTCGAATTTTCTGACGTTCTTTACC
TATAAAGCTACTAAAACATATTTGTGAAAACATTCTTAGCAGTGGACGGG
GTTTATATCGATTTACATGTGGTTTGCAATGATGGGAGTGAAAGGGTTGC
ATAATTATTAGAATGTTTTTTTGTCAGTTTATGTTTAGNAAAAGAATTTT
TAATATCTTCTTGTTAAGATGATTTGTCGTCAGAAAAACACAAGATATTG
AACAAGGGTATACATATTTATCTCCTTATAATCTACTCGCGAAAGTGCAT
AACCTCAGTTGCTTAGACGTGTATAGCTATAAGGTTTCATTTTCAGGCTT
ATTTCTTATTGTTGTGGTTGTATTCGCTTGCGTGTACGCTGGTCTTTTGC
TCGGTCACTCATGGAAACGAATCGATGAACAACGGCAAAATAAGGACCCA
CTCCGTGACCCTTATCCTTACATGGGTGAGGTCGCTGTGGGCCGGAAATT
CCGACATTTTATCACGGTGACGTTGAATGTTCAGTTGTTTTTAACGTGTG
TCGTTTATCTGTTGTTGGCAGCTGAGATTGTGGGTAGCTTTGTCTCATTT
CATGTTGGGCACATCCATCAGCAAGGCAACTTAAGGCTCTGGTTAATTAT
ATTAGCTTGCATAATTACTCCTTTAACCTGGTTGGGGACACCCAAAGATT
TCTGGTTTGTCGCCGTCGCCGCTGCTGGGTCCACAACCCTTGCCCTCCTT
TTGGTTTGGATTAAATATGGAATGATCGCGCCTGAAGATTTAGGGGCCGT
TGAAAAAGCGCCAGTAACGTTAGGCTCCTTTGCGTCAGCGTTTGGAACGT
TTGTGTTTGGTTTTACCGGAGCGTCCTTGTTCCCGACCATCCAATCAGAC
ATGCGGAACCCTGGCGAGTTCAGTAAAGCAGCTTACCTAGGTTACCTCGG
AATCTTTTTATTATACGTACCAACCGCTCTGGGTGGTTACTTCGTACTCG
GTAAAGACATCCGATCAAGCATCCTAAGGACCTTATCACATTACGATAAA
GTCCATCATAGCAGCCGATCGATCGTAAGCATAGCGGAGTGTTTATTTGC
CGCGCATTTTGTGACTGGATTTGTATTGATGTTAAACCCTTGTCTACAAC
AACTTGGCGAATTCTTCAAAGTACCCCATAGTAAGTTTTGTTATTTCATT
TGCTTATTTACTCTGAAGAGCTCTGAAACTACTGAACCTCGATTGTAAAA
ACTGATATGGAAATTTTCATATTTTAAAAGATTTTAATTCTAAACAAAAC
ATTCTATGCCTCATTCTTTTCAAATTTTAAAATATTTTTTATTCCAAACA
AGCCATTTTGTGTCTCGAAACCACTGTAATATTTGCTTGGATCAGATAAT
GCAATTTATGAAAATAGTTATCGAAGTATTGTAGAAATTGCCGGTATCGC
ATTTTTGTAGTAGTTCTATCGTTATTTTAAACTTTTTGAACGGATCATTT
TTATCATTGATATAATCAAATGATTTTCAACTTTCTAACATTCAAACTGC
TTCATTGCACCGATAGTTCCCACACTGTAAAATTCGAGGAAACTTGAATG
ACAAGGTNTCGGGGAAAGCGTTTATTTACAATCTATTTTTCCCGATAAGG
TATGGAACTAATTGAGTGCAGTTTGTCTAATTCAAAAATGAACATTTCTT
GTTTTACTTGTTGCGAATTTATTTTTCGTTGAGATCAGACTTCTCGTATG
TATTTAGAACTAGAAATAATAATTGTATTCATAAGTGAGGCTNTAAGCTA
TCCCCAAGAACGAATCATTTTCTTCCATTCTCATAAACGTAATACTATTC
TTTTTCTTTTTATCATTCAGAATTTTGTTTTCAACGTGTCGCTCTTCGAT
CATTAGCCATGTTGGCTATACTCGTGTCATGTGAAATCTTCCCGCAATTC
GGACCAATCGTTGATCTGGTTGGTGGCTCCATCAATGTCCTGTTATGTTT
TGTATTCCCAATTACCATCTACTTAAAGTTATTCCCTGAAACCACAACGA
AAAGTAAGCTCGTAATGGCTGCTATTATTATTTTCGCCGTACTAGGAGGT
ACAGCATCTACTGTTTCTAATGCATGGAACATTTCTAAAGAATTTCATAA
ATTATATTTTGCTAAAGGAGCAACAGGTCATCCTGAAGTGTAACAAAATT
CTTATTTTTTTATTTGAACTATCCTAGTTAGATAACATGGTGATCTTTTG
TTCTAATTTTTATTTTCTTGGGGTGTTCTTTGGGCGTTCTTAGTGCTGAG
CGGTTGTATTTGATAAATAAATAAAAGGGTAAATGGAATCCTTCCAGTTT
TTTAAGGATGCAAAATTCGAATTTTCTGACGTTCTTTACCTATAAAGCTA
CTAAAACATATTTGTGAAAACATTCTTAGCAGTGGACGGGGTTTATATCG
ATTTACATGTGGTTTGCAATGATGGGAGTGAAAGGGTTGCATAATTATTA
GAATGTTTTTTTGTCAGTTTATGTTTAGGGGTCAAATAAATTTTTTGACT
GTATTTTTTTTTATATTTTTACTGTAAATCAGTAGGGTGGTGACAAGGGC
GCCGAGGTAGTGGCTAGCACCCCTGATCACAAATTTTGGTTCCCTTTGCC
TTTTCTTCTCTTTATCAAACGGGCTCTTTAGACAAAGAGTGGAATGTTGT
CTAAAATTACAACGCGTTACTTTTTGACAACCTTTTCCCTTACAAAAGGG
GTCTTGATACAGAATACCACTTCACTACTGATTTGAATCTTTTTAAACTT
AGCAAATTTCCACTTGACCATTTTACAAAAGTAGTTCCATATGTCGCAAA
CATTATCTGCATGTGTCTTACTTAAAATTTATACCAAACACTATCGCGGG
TTTTCAAAATCTTTTTTAGAATTTTTTTGTTATGTTTAAATTTAAAAAGT
TTATTTTTATAGCTCTATTTTTTACGAATGTCATAATGATACTCTTAAGG
CCGGTCTCCACTTTCGCGCGAAATGTGCGACAGTTTTGTCATTGGTCGGT
TGAAAAATGAAGCAATTCCATTGGGCAAATATGACGTAACGATTGAAAAA
AAGTAGAACTTCCTTCAACTTTTTTTTTGTTCGCGCGAAACTTTTTTATG
ACGTAATCTTTTCTTCAGGCAAAAAAGGTTGAGAAAAAACTGTCGCCCA

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_035536	XLOC_035536	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_275	supercontig	scaffold_275:55440..67338 -

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.32428	0.287404	0.829331	0.249752	0	0	0	0	0.178623	0.212351	0	0.510629	0.0687711	0.138686	0	0	0	0.258617	0	0	0.525428	0.591761	0	0.413293	0	0	1.84406	0.944524	0.8715	1.08816e-06

Blast

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00056388 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00056388 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

You are here

TCONS_00056388 (transcript) - C. hemisphaerica