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transcript sequence >TCONS_00055484 ID=TCONS_00055484|Name=TCONS_00055484|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1008bp ATTCATAAATatacatcaaaagaaaattattccAACATTGTACCGATTAC ATCCCCAAGAAAAATAAATCCAACGAAAGCTGTTGACTCTCTGCTATTCT AAATAATCAATGGTCGTAGTATATTTGGATTGAGTCATTTTTAATTGAGC TCATAACTAAACTGTTTTAGTAATTAGCCAAGATAGAAGGGTGATTTCAC CAAGTTTGTAACTCACAACTCACAATTTTTAGCTCGtgagtttttctctt tctttttttatttacagCGCAACAATGAACGAATGGTTTTATCTTTACTG GCCACCTCGAGGAATTCTTCCAACGTTAAATATCCATCATGGTCAGTATC TACGGATGAGAAAATTTTGTTGACTCGCTTTTCCGGTGTACTTTCATCTT CCGGTAATTCTACGGTATCACCCACCATTTTGTAAATTGCACTAACAACC TCCAACATCTCTGAGTGCGAAATTTGTCTACAGAAAGATGAAAAGAATGA ATTTGTACTTTCAAGAggaattttgtttctttttaaagGATGGAGAAATT TGTATCCATAATCTACAGATTACTGAGTAAAAACAAGAATATACCCTGGA TCACGCATGCAATCGTGAAATATTACAAAAGCCATTTGCATGGTCACGTC ATTAAATGCTCCATGGCAACCATATCCAAGGTAAGTGCTttatattctgg tctgtaaaataccttATTGTTTGTGTGGTTGGCACGTTAGAAGGGAGGTA TCAATGACTTTTTTCTGATCAAGGAAATGTCTCCAAACTGAGTTCTTATC ACAGATAAAAGTTGGGAAGTGTTTGAAGCCAGTTGCTTGACCACCAAAGT CATGCGAAAAGTTTTGATCACAGTCCATTAAGCAAGTAACTGAATCATCA GACTGGTCGACAGTACATTTCAGTTTTCCGTTCGTTGGAGGGAACTTGGG TGTTTTAGCACAAGCATGTGTGGAAAGAACGCCATCTGTTAGTAAATGAT CGCCAAGT Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_253:265373..297835- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00055484 ID=TCONS_00055484|Name=TCONS_00055484|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=32463bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_253:265373..297835- (Clytia hemisphaerica) ATTCATAAATATACATCAAAAGAAAATTATTCCAACATTGTACCGATTAC
ATCCCCAAGAAAAATAAATCCAACGAAAGCTGTTGACTCTCTGCTATTCT
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GAATCCGCCATTATGGATTTCGAAATTCATTTAGAAAAAAAACTTTTCCT
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AATTAAAATATTCATTCACGTTGCGAACTTAGTGGGATCCAGGTTTGGTG
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CAATGCCATTGAAACTAAAAAAGAATAAAGATGAGCTCACCTCCATACCT
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AAGTTATACACGTCCATTGCGTCATGGTTATTCTCAAAATTATCCTGAAA
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AATGATTAGAATTTCAAAGGGAAGTTAAATGTATTGATTTCAGCTTAAAA
AATGTCTTTTGATGGAAATTTATTCTGTTTGTTCTTCAATATGAACAAGA
ATGCTGAATTTTCTATTCAGGAGTCCCTCACCGAGTCTATGTATGACACA
GGGGTGTCCTCACGTCCTCACTCGAATTCCAAAACATATCTCCAGACAGA
ATTAACGAAAAGCCTTACATAAGAAGTAATTCACTACGCATCTGCAAACC
TCAGGTATTTTCACATTAAGCTCGATTTACGGAAATCCTCTGTTTGGTGT
TCAATGGGAAGCGAACCGGTAGACTTCATTAGATTCCCATCTTTATTTGG
ATATTGAACGTGCATGAAATTGATGATTAATCACATGATCTTTTGACAAG
TTTGATTGTAATTGTGTGAAATGTGGTATGAAATATGTCTTTGAAATTTG
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GCCCCGATAAAATTTTTTCCCACGGCGGGAGTGCAATTTTTTACAATGAA
ATTTCAATGGGGATGTAATCAAAGTCAATTTCCCAGTGTGGCTGAAATTT
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GCTGGGGTTCCAGCGGGTATGTGACACAGGGGGTGTAATTGGTAATCGTC
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TTAATAACCAGTCGAATATGACCATAATGACGTCATAAACATAAATTTCG
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ATAGCAATGTGCCCTCCCGGTTATTACCATAATGGCTTTATGGCAACTCC
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CCCTCTCTACTAAGTGTCGATTTTCGATTTTTGGCTCAGACATACCCGTC
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ACCCTGGAATTTCAGCCCCACAGGGAAATGGACTTTGATTTCATCCCCAT
CCGAAAATCAATGTTTAAAAACTGCACTCTAAAACCATCCCCAGTGGAAT
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GTAGGGAAGTGAAAAGATCCTACAAAGGATTTAATGTGTATTCAGTGTCT
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GATCCAGGTTTGGTGATGTGTACTCCGTTGTACAAACATGCATTCCATTG
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TGTTGTCTGAGTCAGCAATGTTTCCACTGAATTTTGGTCCACGGTGTGGG
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TTAACTTTAAGTTTTATGCTTGAGGTGGTTGACAGTTTGATTAGCCTTCC
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GTTCTTTTGTGTCCCAAATTTAGTTGACATTGAATTGTTGAGAACACACG
CTTTCTTATAAGAATGGTGTTCATTTCGTCATGGTCATTCTCAAAATCAT
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AGTTTTTGCCCACCAGGATGATTTTTTGCTGAATTTTCTATTCATGAGTC
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ATTCCAAAACATATCTCCAGACAGAATTAACGAAAAGCCTTACATAAGAA
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GGTATGAAATATGTCTTTGAAATTTGACTGAATTTTTGGGCATGTTTTCA
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TTTCAATGAAATTTCAATGGGGATGTAGTCAAAGTCAATTTCCCAGTGTG
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AGGTCTGGCTTTTTTCAATATCATTACTAGTACATTTGAGGGATACAATT
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AGGGGTATACAATTCGTTTTTGTAGTTGTTTACACAATCAGGTTTTGATT
TGGAAAAAAATAACCAAAAAGTTTTTTTGACTGAAATTTAAGTTCATAAT
GACCTGAAAATGGACTTTATTTTCAGAGGAAATAAAATGAAATATCAGTA
ATTTAGCAGAGAATTAAAAAAAAATTGCTCAAAAAATTTTTTTGATGTGG
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GTGTCGTTTATGACAGTTTTAGAATATATGAAATTTTTTACATTGTTTGT
GTTCAGTGTAGGAGATATAAGTGTAGGAGTAGTGAAAAGACACCAGAAAG
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TCAGCAATGTTTCCACTGAATTTTGGTCCACGGTTTGGGCATTTGTCAGG
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TTAATTGTTTTGATAAAGGTTAGTAGAATGCTTGTAAGTTCACATGGGTT
TGAAATCATATAGGTCTTCAGGCTTTTTCAAGTCTTTCAGATCGATGTTT
CAAAATAAAAGCATTTTCCTTACCATGAGCAGAGTAAAGACATTGGTTGC
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TTTCCATCAGCACATTGAACGAATTGGTTTTTGACATATCCAGAATATGG
TCTGTATTCGAAATTTCCATCGGGTTTTCCATTACACAAATATGATGGAC
AATCAACATCTTTGGCAATATGTGGTCCTTCTGCTGCTTGTGGAACTTCC
AATGCCATTGAAACTGTAAGAAAAAGAAACAAAATTCGATTAAAAAGATT
AACTTGCTGATTATTAAAGATTATCTTCTATAAGAACCCCTTTGCTTTTT
TGACTTTAGACTTTTATACTTGAACTGTATGACCATACCAGTTTACACTC
GGAAAGAAATTGAAAAGTGAAAATAAACTGAATATAAATATTATAGATAT
TTTTCCATTGTAGCATCAAATAAATGACCAGCCTCAGTTGTGAAGATTTT
CAAAGAGCTTTAAAAGTATACTATAATTGGACTTACCGGCCAATAAAGTT
GCAAGAACTGTGAATTTCATCATTTTGAATGAATGCTGTGATTTCTCTTC
ACCAATTGAATGATTGTGGATGATGTTCGGTTGTTCAGATCTTCCACATT
TTATATGATGGCGTTATGTAAGAAATACACCAAAACAACATCGTTAACTT
TCTCCTGTAATTTCCGAATTCCAAAAATTATATTTCAATAAAAATTAAAG
TAATTAACTTGTTCCTCAAGTTTTATGCTTGAGGTGGTTGACAGTTTGAT
TAGCCTTCCAAACAACATTTTATTGCAACTCCCTTAGATTTGTTATATTT
TAGAATATGTCTGTTCTTTTACGATACAAATTTAATTGAAATGCACATTT
ATTTTATGAGAACATCCAAGATTTTTGAAAGCATTAAAATGTTCTCAACT
TGTTCTTAACATTTTGGCTATCGAAGCATCATGTTCTTATATAGTTTGTT
CTTATATAGCAAGGTCAAACAGATCTGATTTTATGATGGAATTTTCTGTA
TTTTTAATAGATTTTCCCAATTAGGAAAAGATTTTAAAATATTTTGCCCA
TCAGGATAATCTTTTTGCCGAATATTCTATTCGAGAGGGACTTCATCGGG
TCCATGTATAGACTAGAGTCTACTTCTAGCTGAACTTTGTTTTCTAATAA
TTTTTGATGACGCAAAGTCCTTTGAAGTAGACTACAATCAAAGTCATAAT
ATTTGAGAAAAAAAGGAAATTCCCCCGAAATCTTACAACCACAAACGATT
TGGAAGCGCTCTAAATTGTGTTGGATGGGTAGAGTTTTAACTCTGAGTTT
TAACACTAGATTTAAGACTTACGAGCTTAGGATCTGAGGAACTAAAAGTC
CAAGAATGGTCCAATAGGGCTCAGAATATAGCTTGGAAGTCTATAAAGAG
GCCCCCCCCAGCGGACCCTCAATTCACGCAATCACGTAATTTTTTTTCGA
AATTCACGCATTCACGCAAATTTTCCTCGAGTTTCACGCAATAACCTGAT
TTTTCAGAAATCGGAAAATTTGTTGGGAAAAATCGGGGAAACATTGGAAA
ATCGGGAAAACTGCACATAATCGGGAAAACTGCACATAATCGGTGGAAGA
AAGGAAAAATTCACGCACAAAATATCCCAGATTCACGCATTCACGCAATC
AAAAAGTACATTTTCACGTTCACGCAAGTTTTTTCAATTCACGCATTCAC
GCATTTTTTTTTCAATTTTCACGCATTCACGCAACCGAAAATGCCCATTC
ACGCAATCACGCAAACCGCTGGGGGGGGGGCTATAAACCCCTCCCGAATT
GAAATATTATTGAAATTTATTAATAAATTTATCAATTTGCCCAAAAACCA
CTTTTTCGCCCGAGCTTTAAATTGCTGAAAACGAGGAATTAACTAAAATT
CCCAATATATTTGGACCCTGATTGTAGGAGCATTTATCCTCACTTAAAAT
TCCAAAACATATCTCCAGACAGAAATAACGAAAAGCCTTACATAAGAAGT
AATTCACTACGCGTCTGCAAACCTCGGGTATTTTCACATTAACCTCGATT
TACGGAAATCCTCTGTTTGGTGTTCAATGGGAAGCGAACCGGTAGACTTC
ATTAAATTCTCATCTTTTGAACGTGCATGAAATTGATGATTAATCACATG
ATCTTTTGACAAATTTGATTGTAATTGTCTGTAATTGTAGTTTCCTTAAT
TTAATATGATTTTAATGTTTTAGAAGTATTTGAAATTTTGTTTTGTGACA
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TATAGAAAATTGACATTTGGAGTCAATAATTCAAATTTTAGTTCAATCAG
TAGCGTGGGGGGACCAAAATTGGGGCAAACTGAGTAGGCAATTTTCTGAT
GCTGGCATTTTGCGTTCCCTTTAAGAAATCTTTGGAACAACTGTGCGAGC
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GGCGCGAAGCGCCCGAATAGGCAGTGTAGCATCCTTTCCCTAGTGGCATG
ACGTAAAAATCTGTGTATTACGGAAATGAGGGGAATGGATGATGAAGTAT
CGATTTTGTGTAATTTTTCATCTTTGCTTTTTTCCCGCTTTTAAGAATAA
GTCGTTGCAGTGCAATCGAAATCTGAAATTTGTGAATTTACTGTTGGCAA
CGTTAGGGGTAAAGAGACCCAATGACGTCATGGATTTGGGATTAACTTCA
AAATGCGATATCTCGAGTTTGAAAAGGAGTTGGGAGGTCGTTGACTCCTC
ATTGGATTGAAAGTTTTATGGAGAATAAGATGAGAGCAATGAGGCTTGAG
TATGTCTTTGAAATTTGACTGAATATTGGCATGTTTACCACTCATTTAAT
TGGTAATCATTGACAGAATCTCTTGGAACAACGAGAAATTGATTTCAGTA
AAGTTTATTACCATGCCAAATACATCATTTATGATAGTCCAGATTGTATG
GGGCATGAGGTACCACCTTGAGGTTGAAAAAGGTTTGAAACTATTTTTCG
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GGTCTACCCCTTGGTCTTTTTCCATGAAGGGGCTCCCAAAGTATTACCTC
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GCAATAATAGCGATTTTAATCATGATGGTTTGAAGTTTGATTCAATATTT
CTTCTTTTGCTTTTCTTTATGCTGTTGTTGAAGGTTTGTGATGAATTCAC
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GTTTCTAGTTTACTCAGTAATGATATTCTCAATCAAGGAGATCTCGGATA
GCTTTTAGCTTTGCGGGAATTTGAGACGTTCCACTGCTGAATATATTTTG
GCTATTATGGTGGCCCTTTTCAGCTGGGACGATTATTGGAACAGGTAAGG
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CTCGGTCCCATTAAAGGGCAGAAAAGTAAAAAAAATCAAAATTTGGTCAA
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
scaffold_253 | supercontig | scaffold_253:265373..297835 - |
Blast
BLAST of TCONS_00055484 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: HPCL1 (Hippocalcin-like protein 1 OS=Homo sapiens GN=HPCAL1 PE=1 SV=3) HSP 1 Score: 90.1225 bits (222), Expect = 3.453e-21 Identity = 42/70 (60.00%), Postives = 54/70 (77.14%), Query Frame = -2
Query: 264 ISHSEMLEVVSAIYKMVGDTVELPEDESTPEKRVNKIFSSVDTDHDGYLTLEEFLEVASKDKTIRSLLRC 473
IS SEMLE+V AIYKMV +++PEDESTPEKR +KIF +DT++DG L+LEEF+ A D +I LL+C
Sbjct: 116 ISRSEMLEIVQAIYKMVSSVMKMPEDESTPEKRTDKIFRQMDTNNDGKLSLEEFIRGAKSDPSIVRLLQC 185
The following BLAST results are available for this feature:
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