TCONS_00054714 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00054714
Unique Name	TCONS_00054714
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	5667

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_244:94689..118897+

transcript sequence

>TCONS_00054714 ID=TCONS_00054714|Name=TCONS_00054714|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5667bp
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transcript from alignment at scaffold_244:94689..118897+

Legend: exon

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>TCONS_00054714 ID=TCONS_00054714|Name=TCONS_00054714|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=24209bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_244:94689..118897+ (Clytia hemisphaerica)
aaagattgaagaaaattagccaatcaagaaaaaataatgTAAGTATTTCG
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TGGTAgctctgtttttttttacctcATTCAATAGTATTACTCGGGATTTC
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aaaaaaaca

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_034473	XLOC_034473	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_244	supercontig	scaffold_244:94689..118897 +

Expression

Values :

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Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00054714 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: UBR2 (E3 ubiquitin-protein ligase UBR2 OS=Homo sapiens GN=UBR2 PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 619.772 bits (1597), Expect = 0.000e+0
Identity = 407/1235 (32.96%), Postives = 680/1235 (55.06%), Query Frame = 2

Query:  215 IRDTKLEKEIFEYLSNVVPSLLTENDVGGVLRYVTNTEKF---EKLIAQE-----LEYFLCNSYNTK--ETLEEFSNPTKFCGKVFELGDPTYTCKDCAADPTCVFCHDCFFNSEHQHHKYRLHASSGTGGYCDCGDDEAWSTNPACNKHK-EGLDVDEAADPTEKLPEDLKRRSIFLIHFLIQYCVDLICWEETDELPHPLVASESGKENFIVMLFNDESHTYDEVIETLTKTVPGCGNNQALHFATIVDKMGRSAIVKGKKEICTEKVALCRELTSRNNKDPLKCEALIRDLVAHQCVAQSLMNWLLNTVNMSDGLRRILTVLSTKHLY-GRQSSILEQVISVDVQLWKAARHDTHQLFMNGILMDMYGRQQFAITFCKNYSQIMSEFIKDDHEHSISVASLSVQIYTVPTIAHMLLEEQGVLQKCFSAFWNELKPAMNSDHGWLDFQ---PSQVIKVKRADFILRDIGYLLRNKP-KWSDKIKTEFLLAFDKIVQLLKAMQGMDSCERYTKSHVTYEPNWESGFNLQVYLVPIIEMLLHWTCTNFEVYKVVMFKCVTELMKIY-------PKLDFKVVNNSL-ICDYDVSKKLVSVHSPLSRFIAGLIPAAVKFSDINNLKELLQIYDGLPEKDRLKTQVTLIEAPLRTLVLMGQEYAQMWKRNGYAIHHQIFYYHNVKFGTEMFDRDVLLVQIMGSLMSPNHFLDVILQKYKLHDFFSSSMTGEKVEGE-----TIDKTRILAHECFHLLYFILVERYVVNLSEISARDILRREVCHRLALGPATRSSLVKNLPFKDHEDDSSXXXXXXXXXXXXSEYKSPGLDGKGTYQLRDDLMKTTSQYFLHYTRNERAKFVEQKKKHAKLFPNMKEYELTDLPEWNPLFQNILRVFECDRMDYILRCVLK-NPDHFG---SEETVELALFIVGTGLIEAKRHPSKLP-------NFLPMLSKPIEEGKNIKNLLE--EMLKSGKHSD--SGIFKWVIEL------LRQAHPDEDNLTME--LDQDNNKEAEETERLLRKKRAQEQRXXXXXXXXXXXXXXXQSHQGFFSEGMDVGDET----DGASIISPSTFPVVLGSKCTVTDSSIGSDPVQCILCQEEQSIDNDEKMFLMTCFQQKSSVFNKSGTK----PNSRDVSQITAELNGVTMTHVSSCGHILHSECWNKFYTTI----KERYRSLARTRSIDVLQSEYLCPLCNSLCNTVLPIL--PR 3721
            ++ T L +E++++L++ VP +           Y      F   E ++AQ      +E++LC          LE+ + P+  CG+VF++G+PTY+C+DCA DPTCV C +CF  S H+ H+YR+  +SG GG+CDCGD EAW   P C KH+    +++E  DP   L ED+  R+  +     +Y V+++ WE+  ELP  L   E   + +  MLFNDE HTY++VI TL K V  C   +A+ FAT VD+ GR ++  G  + C +  ++    TSR  K PLK + +   +VAHQ     L++WL + +  SDGLRRIL  +  +    G  SS++++++  D +LWK AR   HQLFM+ +LMD+  ++ FA+ F KNY Q+  +F++DDHE ++SV +LSVQ +T PT+A ML+ E+ ++      F + L+       G   F+     Q  K +R   ++ D+ Y+L +KP +WSD+++ +FL  FD  ++LLK MQGMD   R    H+  EP WE+ F LQ+ L  +I M+  W  ++ +V      KC+  LM+ +         +   +  +S+    Y VS++ VS+H P+SR +AGL     K        ELL + +  P          LIE PLR LVL  Q +A MW+RNG+++ +QI+YYHNVK   EMFD+DV+++Q   S+M PNHFL ++L +++L+  FS+   G++   E      + +   L  E  +L+  ++ ER+   + +++A D ++RE+ H+L++ P   S LVK+LP     +D + +  ++ V+  V+ +K PGL G+G Y+L+ +  K  + YF H++R E++K  E ++K  +            LP + PLF +++ + + D M  I+  +L+   +H G   SE  ++  L ++G  L E K+H   +         F   +SKP E  KN  ++L   E L++  + +    + +W+++       +R++ P       E  + ++++++ ++ ER  + + A+ +R K+MA+M+ MQ+ F+  ++  F + +++   T    D + + S  T   +  ++  V +       V CILCQEEQ +  + +  ++  F Q+S+V +K+ +K    P   D   +  +L+    TH SSCGHI+H+ CW +++ ++    + R + L    S DV   E+LCPLC  L NTV+P+L  PR
Sbjct:   29 LQATDLTREVYQHLAHYVPKI-----------YCRGPNPFPQKEDMLAQHVLLGPMEWYLCGEDPAFGFPKLEQANKPSHLCGRVFKVGEPTYSCRDCAVDPTCVLCMECFLGSIHRDHRYRM-TTSGGGGFCDCGDTEAWKEGPYCQKHELNTSEIEEEEDPLVHLSEDVIARTYNIFAITFRYAVEILTWEKESELPADLEMVEKS-DTYYCMLFNDEVHTYEQVIYTLQKAV-NCTQKEAIGFATTVDRDGRRSVRYGDFQYCEQAKSVIVRNTSRQTK-PLKVQVMHSSIVAHQNFGLKLLSWLGSIIGYSDGLRRILCQVGLQEGPDGENSSLVDRLMLSDSKLWKGARSVYHQLFMSSLLMDLKYKKLFAVRFAKNYQQLQRDFMEDDHERAVSVTALSVQFFTAPTLARMLITEENLMSIIIKTFMDHLR--HRDAQGRFQFERYTALQAFKFRRVQSLILDLKYVLISKPTEWSDELRQKFLEGFDAFLELLKCMQGMDPITRQVGQHIEMEPEWEAAFTLQMKLTHVISMMQDWCASDEKVLIEAYKKCLAVLMQCHGGYTDGEQPITLSICGHSVETIRYCVSQEKVSIHLPVSRLLAGLHVLLSKSEVAYKFPELLPLSELSPP--------MLIEHPLRCLVLCAQVHAGMWRRNGFSLVNQIYYYHNVKCRREMFDKDVVMLQTGVSMMDPNHFLMIMLSRFELYQIFSTPDYGKRFSSEITHKDVVQQNNTLIEEMLYLIIMLVGERFSPGVGQVNATDEIKREIIHQLSIKPMAHSELVKSLP-----EDENKETGMESVIEAVAHFKKPGLTGRGMYELKPECAKEFNLYFYHFSRAEQSKAEEAQRKLKRQNREDTALPPPVLPPFCPLFASLVNILQSDVMLCIMGTILQWAVEHNGYAWSESMLQRVLHLIGMALQEEKQHLENVTEEHVVTFTFTQKISKPGEAPKNSPSILAMLETLQNAPYLEVHKDMIRWILKTFNAVKKMRESSPTSPVAETEGTIMEESSRDKDKAERKRKAEIARLRREKIMAQMSEMQRHFIDENKELFQQTLELDASTSAVLDHSPVASDMTLTALGPAQTQVPEQ---RQFVTCILCQEEQEVKVESRAMVLAAFVQRSTVLSKNRSKFIQDPEKYDPLFMHPDLS--CGTHTSSCGHIMHAHCWQRYFDSVQAKEQRRQQRLRLHTSYDVENGEFLCPLCECLSNTVIPLLLPPR 1228

HSP 2 Score: 211.846 bits (538), Expect = 9.171e-55
Identity = 120/328 (36.59%), Postives = 184/328 (56.10%), Query Frame = 2

Query: 4352 IFKVCFVAQYVKALLQTPGLHEDDQMQEGENESGQDDENVEYLVKAW-KYVQSMIGPDNQVVNGHVLKERVTSSLLPFLRCSAIFFHLLVGVSMPEDLKLKTMTDSLEMSSLLRYMNLPTNLSEALSFDKLFNDPTIKLMVDRWC--SDIRREQLKLVRPIKDCYLSSRRLVDLPEQYSTLIKRASGFKCP-TVGDTSRSPALCLICGEMICSQCYCCVNEKGMPNQSFGASAVHIQQCGQGVGAFLKIRDCEIYLLYNQRKGVFIAAPYLDSYGEPDRGFHRGNPLFLDKGRYERIQNYWLKHKIPTTIVQAMEKNRNLLAFDWNMI 5323
            IF +  +A  ++ LL +    E++ M + EN   +++  V  L K   +Y  S +    ++ +G  L   V + ++PFL+CSA+FFH L GV  P D+++   +       L  Y++LP NL     F +  N   +  +++ WC  S+++R  L+  R        S +L++LPE YS+LI +AS F CP + GD SR+P LCL+CG ++CSQ YCC  E  +  +  GA   H   CG GVG FL++R+C++  L  + KG F + PYLD YGE D+G  RGNPL L K R+++IQ  W +H +   I  A E N+ L+  DW  +
Sbjct: 1444 IFHLVTMAHIIQILLTS--CTEENGMDQ-ENPPCEEESAVLALYKTLHQYTGSAL---KEIPSGWHLWRSVRAGIMPFLKCSALFFHYLNGVPSPPDIQVPGTS---HFEHLCSYLSLPNNL--ICLFQE--NSEIMNSLIESWCRNSEVKR-YLEGERDAIRYPRESNKLINLPEDYSSLINQASNFSCPKSGGDKSRAPTLCLVCGSLLCSQSYCCQTE--LEGEDVGACTAHTYSCGSGVGIFLRVRECQVLFLAGKTKGCFYSPPYLDDYGETDQGLRRGNPLHLCKERFKKIQKLWHQHSVTEEIGHAQEANQTLVGIDWQHL 1755

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00054714 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00054714 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
UBR2	9.171e-55	32.96	E3 ubiquitin-protein ligase UBR2 OS=Homo sapiens G...	[more]

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TCONS_00054714 (transcript) - C. hemisphaerica