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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00054702 ID=TCONS_00054702|Name=TCONS_00054702|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=7050bp
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AATACTAACAATGAAATGGTTTCAACTACACAAATACTCTACGAAACCTA
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ATTATCGCCTAGTTGACTTTAAAAAGCTTGCAAGTGATGAAAGCAGTTAT
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ATTGTttagaaaatgatatttttgtcGACAAAGAAGACGGGAAcataaaa
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GTTTGGTGTTGAATTTTCTGTCGACATCGAGAAACCAGCAGGagaaaaaa
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AGTACTGAAGATAATATTGCAGTAATTAGCAAAGAAGAGCAAACATCTGG
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CTACGGATTCCGGTCATTTTTCGGATCCACTTGAGCTACCACCACTATAT
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AATTTACGTCAAAACCACCAATCGTATGGGAACAGTTACTCAGGTGAGGA
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TATGAGTTCAGGTCGGAACAATATATATTGCGTACATTCACCTGGTACAT
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gtacggtattgcgggatttgacgaaaaaaaaagacgggaaaacggtatgt
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tttgaacctgtacaaaccggtgtgacggtgttataattttttttcaattt Run BLAST on NCBI protein sequence of TCONS_00054702-protein >TCONS_00054702-protein ID=TCONS_00054702-protein|Name=TCONS_00054702-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=2199bp
NLQLKLFYANNQEIDSNEWIQLNKEQAIFGIVTEVVKTNSPQNGYRYLLK
AFDYSGRSTSISVIVNIIGNIPDYEAYFVTGYSNTNNEMVSTTQILYETY
QHLLGMIDSQNQVDSPNIFIKEFQYPEVITWTKCELSECDHGKFTSILDK
FQIQRHDAIPNTKFIESASSQMTPYWIQSFIFNQQCGSGIIIITVNPEIP
KEENKGNCEMFTYQIPSNLFVASTQMDSRNFVMTARFVGSQSITTSSLIQ
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TDNLNETICLINTTLISKYRAVYPDVDILSKFSQLITSYIKTSNIEIVWY
KRQQLNNSVWSILWTDCFALYTFYQNKNGIQYFNTMETTISSLIQSNGEL
NQDFQQFLQKYEFFKFINITTSEGCGEPPNTPPDPKTPVEVLMPDCGAFE
FPLEEDAFVDGIDGNTRNLDVEMMFVDGKAVPEDYWIVLNKTQFFVGSVN
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VNPDFQLEMKYCEYYRYSFVQQFGEYFKNQLDYKLTDKNGNEFPRDYFLY
FNKDELTVEAFPTPQIWNDAPTIYEFHFLVTFAFQPNTPAKFLYNLTVPE
VRTFPKTADYSIVIQTLESQELPDGYFISKTLNNIRKIINDNEGNITFYN
FQRLSTDPFQYRIDWKICIVGEKCDSNFVKNITEKLLNNELQPSDDIVAA
FSPDSIQNIETECENRPPTAMENYTIVIKSCGHFIYQLPRSLAKDEEDGD
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EDSIKLAIDSCCHSRLYCLENDIFVDKEDGNIKNLKLSLMRRDASPNSDF
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KCYGNEARADPTDDEIPWWIILLIILLLLLLIFFWCLWLLIPRLCPGCCC
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KRGDDHLLVRRNKSNRIENEDRYRRNYHIIDERNLRQNHQSYGNSYSGED
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MSSGRNNIYCVHSPGTSSSNDIYITDTTTGYTSDTSDRNFYIVRRKRDAS
TTNSSSRKARRVRLTKQHAARSNNVHTNRHYKSESSHRYGESRGQLILR Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_243:763211..770260 Legend: exonthree_prime_UTRCDSfive_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00054702 ID=TCONS_00054702|Name=TCONS_00054702|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=7050bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_243:763211..770260 (Clytia hemisphaerica)
aaattgaaaaaaaattataacaccgtcacaccggtttgtacaggttcaaa
taccggcataatgacaaaaaaaggCCAAacaccgtcaccgtctgatttta
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GTTTGGTTAATCGAACTCGTCTCGCTTTTCTTGAAGAGCTGTTGGTTGTT
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CCAGATGTTTGCTCTTCTTTGCTAATTACTGCAATATTATCTTCAGTACT
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GTTGTTGCATTTGTCTTGAGCTTCCAAAACGAAATAGTAAATACCTGGAA
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TTCCATCGTCgttttgtaattgtttttcagATGTTTTGATTTCGTTTTCT
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ATAACTGCTTTCATCACTTGCAAGCTTTTTAAAGTCAACTAGGCGATAAT
CATCCAAAGATTTAGTGCTATCCATAGAAGCAATGTCCTGCAGGATCTCT
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TATTGTAGCATTGTAATAAGAATCGCTTGATTTTTCCTCGCCAGTCAATA
TGAGAATTGTTTCTACCGACTTTCCTTCAGTATCGGTGAcgagtaaaaga
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TGCTTTTATAGATTTCGTCTCTTCGTTAAGTTGCACCCAGGACGTTCTAT
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TCTCCGTCTTCTTCATCTTTGGCCAGACTCCTTGGAAGCTGATAGATGAA
ATGCCCGCATGATTTGATCACTATTGTGTAGTTTTCCATAGCTGTAGGAG
GTCTGTTTTCACATTCCGTTTCAATGTTTTGTATGCTATCAGGAGAAAAT
GCTGCTACTATATCATCTGATGGTTGAAGTTCATTATTTAGTAGTTTTTC
AGTTATATTCTTCACAAAGTTGCTGTCACATTTTTCACCAACAATGCAAA
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TTGTAAAACGTTATATTTCCCTCGTTATCATTGATGATCTTTCGAATGTT
ATTTAGCGTTTTACTGATAAAATAACCGTCTGGCAATTCTTGACTTTCCA
ATGTTTGAATCACTATTGAATAATCGGCTGTCTTCGGAAAAGTTCTAACC
TCTGGTACCGTTAGATTGTATAAGAATTTGGCTGGGGTATTTGGTTGAAA
CGCAAAAGTTACAAGGAAATGAAATTCATAGATTGTTGGGGCATCATTCC
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TACAGGAAATAGTCACGAGGAAATTCGTTTCCATTTTTGTCAGTGAGTTT
ATAATCAAgttgatttttaaaatattcaccaaactgCTGGACGAAGCTGT
ATCTATAATATTCACAATATTTCATCTCCAACTGAAAATCAGGATTCACT
GTTTTAATTATGTCGCACTTATCGAATATTTCAGCGTTTGCATCTTCGAC
GTTTACGATGCTCTCAAATATACTTTCTGCTTTTGACTTATCCATCAGCT
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AAACGTATTTTATCACCAACAGTGAAGGTTTCGAAGTAGAATGTTTTGTA
GGCTTCTACTTGGTTTGGTCGAACATAGTTGCTAACGGCCTTaaggattt
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TTCAGGAACAGCTTTTCCATCCACGAACATCATCTCTACATCCAGATTCC
TTGTATTTCCATCAATACCATCCACAAAGGCATCCTCTTCTAATGGGAAT
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AATTCACCATTCGATTGAATAAGACTGCTGATGGTTGTCTCCATGGTGTT
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AATCTGTCCAAAGTATTGACCAGACAGAGTTGTTTAATTGTTGCCGTTTG
TACCACACGATTTCGATATTGGATGTTTTTATGTAGCTTGTAATCAATTG
TGAAAACTTTGACAATATATCAACATCAGGATAGACTGCTCGGTATTTTG
ATATCAAGGTCGTATTTATAAGGCAGATGGTTTCATTTAGATTGTCAGTT
ATTGTTTTGTTCGGAAAGTTGATCTTGATTCCAGTTGAAGTTTTTTGTCC
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GGAATTTCTGGGTTAACTGTTATGATGATGATCCCAGAACCGCACTGTTG
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TTGTCCAAAATGCTAGTAAATTTTCCATGGTCACATTCAGATAATTCACA
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TGGGAGAGTCAACTTGGTTTTGTGAATCAATCATCCCTAACAAATGCTGG
TAGGTTTCGTAGAGTATTTGTGTAGTTGAAACCATTTCATTGTTAGTATT
TGAATATCCTGTCACAAAATAAGCTTCATAATCTGGTATATTTCCAATGA
TGTTTACAATCACACTGATACTTGTTGATCTGCCAGAATAATCGAATGCT
TTTAAAAGATATCTGTATCCGTTTTGAGGAGAGTTCGTCTTGACTACCTC
TGTGACGATCCCAAATATTGCTTGCTCCTTATTAAGTTGGATCCATTCAT
TACTATCAATTTCTTGATTATTCgcataaaataatttcaattgtAAGTTT
Coding sequence (CDS) from alignment at scaffold_243:763211..770260 >TCONS_00054702 ID=TCONS_00054702|Name=TCONS_00054702|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=6600bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_243:763211..770260 (Clytia hemisphaerica)
ttatctcaaaataagtTGTCCTCTGCTTTCGCCATATCTATGAGAAGATT
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CTGTGACGATCCCAAATATTGCTTGCTCCTTATTAAGTTGGATCCATTCA
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00054702-exon-scaffold_243-1491911889:763211..770260 | TCONS_00054702-exon-scaffold_243-1491911889:763211..770260 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00054702-exon-scaffold_243-1510915933:763211..770260 | TCONS_00054702-exon-scaffold_243-1510915933:763211..770260 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00054702-exon-scaffold_243-1575043694:763211..770260 | TCONS_00054702-exon-scaffold_243-1575043694:763211..770260 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_243 | supercontig | scaffold_243:763211..770260 . |
Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
| Term | Definition |
|---|
| IPR013783 | Ig-like_fold |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
|
