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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00054202 ID=TCONS_00054202|Name=TCONS_00054202|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1018bp
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acaaatttaaaatatttc Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_242:361260..382367+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00054202 ID=TCONS_00054202|Name=TCONS_00054202|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=21108bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_242:361260..382367+ (Clytia hemisphaerica)
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ATCATATTCTTCAGGATAAAGATACAATGCATCAGCTACACTGTCACATG
ACACCGAATGGATGTTACAATATGAGCAGGCTTTGACGTCATACACTGAT
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TCTCAATGCTGGTTCGGAGAGATGCGTGAATGCGGAGTTGTTTTGGAACA
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aatatttc
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00054202-exon-scaffold_242-1491911889:361260..361717 | TCONS_00054202-exon-scaffold_242-1491911889:361260..361717 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00054202-exon-scaffold_242-1510915933:361260..361717 | TCONS_00054202-exon-scaffold_242-1510915933:361260..361717 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00054202-exon-scaffold_242-1575043694:361260..361717 | TCONS_00054202-exon-scaffold_242-1575043694:361260..361717 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00054202-exon-scaffold_242-1491911889:377974..378134 | TCONS_00054202-exon-scaffold_242-1491911889:377974..378134 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00054202-exon-scaffold_242-1510915933:377974..378134 | TCONS_00054202-exon-scaffold_242-1510915933:377974..378134 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00054202-exon-scaffold_242-1575043694:377974..378134 | TCONS_00054202-exon-scaffold_242-1575043694:377974..378134 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00054202-exon-scaffold_242-1491911889:381969..382367 | TCONS_00054202-exon-scaffold_242-1491911889:381969..382367 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00054202-exon-scaffold_242-1510915933:381969..382367 | TCONS_00054202-exon-scaffold_242-1510915933:381969..382367 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00054202-exon-scaffold_242-1575043694:381969..382367 | TCONS_00054202-exon-scaffold_242-1575043694:381969..382367 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_242 | supercontig | scaffold_242:361260..382367 + |
Blast
BLAST of TCONS_00054202 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: KCNH7 (Potassium voltage-gated channel subfamily H member 7 OS=Homo sapiens GN=KCNH7 PE=2 SV=2) HSP 1 Score: 102.834 bits (255), Expect = 1.360e-23 Identity = 48/129 (37.21%), Postives = 75/129 (58.14%), Query Frame = -3
Query: 618 IPIYGLTKPQVPRHLIRHSSIGKSIWDWFILLLILYTSVMVPFLIAFETN-------------LDIVHYLDTFVDVMFIFDIVLTFFTTYV-ENGEIITNAKQIRRHYFRGWFLGDCFGAFPFSFVMYA 962
+P Y L P++ + I H S K++WDW ILLL++YT++ P+ AF N ++ +D VD+MFI DI++ F TTYV +N E++++ +I HYF+GWFL D A PF +++
Sbjct: 385 LPEYKLQTPRINKFTILHYSPFKAVWDWLILLLVIYTAIFTPYSAAFLLNDREEQKRRECGYSCSPLNVVDLIVDIMFIIDILINFRTTYVNQNEEVVSDPAKIAIHYFKGWFLIDMVAAIPFDLLIFG 513
The following BLAST results are available for this feature:
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