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transcript sequence >TCONS_00054202 ID=TCONS_00054202|Name=TCONS_00054202|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1018bp CTTATATACAACTTTATAATAAAtgacaaaatgtttttatttacaaGGGA GGGAGGAGAAAAATCATGTACATGCATAATATCTTTAAAAGGCTACATAC ATTACACAATATATCGACGAAATAATGCtgaatatattgtcagctcgatt tgcaatattccaaagaaaattcttttttataatagagtaccagttgcATT ACGGTCCGCGAATCATATTGTTGAATATCGTTCGTCAATATTATTATGTG TATAGTCTAAAGTAGCCCTTAACACAAATCAAGATCTGACAGTTTTACTG AAGAAACTAcctttttatttgtttctttagcATTCATTATATTATTCTTC TTTCagaataaatataaaaattcaaaaactactCATGAATGGATTTAAAA TCAACAAATTGATGAGAAGAATATTTCTGGTGGCAACACACTGGCCATTA TTGAAGAgGATAAAGATACAATGCATCAGCTACACTGTCACATGACACCG AATGGATGTTACAATATGAGCAGGCTTTGACGTCATACACTGATTTCGTG GTATCTTCATCTGTAAGACGTTTACCGAAAGAGTCTTTGGGTCCTATGGT GGATGATTGGAAAGGAAAGcGTACATCACAAAGCTGAAGGGAAAAGCACC AAAACAGTCTCCTAAAAACCAGCCACGAAAATAATGACGTCGTATCTGCT TCGCGTTCGTGATAATTTCGCCATTTTCGACGTACGTCGTAAAGAACGTC AAAACGATGTCGAATATAAACATGACGTCGACGAATGTATCCAAATAATG GACAATATCGAGGTTagtttcgaatgcaattaaaaatgGTACCATAACGG ACGTGTAAAGGATTAGAAGtaaaataaaccaatcccaTATGGATTTTCCG ATGCTTGAATGACGGATTAAATGTCTGGGTACTTGCGGCTTTGTGAGGCC GTAAATTGGGATGAATGAGTAGTTAATCTTTGCCTTGATCTATGATGAgt acaaatttaaaatatttc Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_242:361260..382367+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00054202 ID=TCONS_00054202|Name=TCONS_00054202|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=21108bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_242:361260..382367+ (Clytia hemisphaerica) CTTATATACAACTTTATAATAAAtgacaaaatgtttttatttacaaGGGA
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CAAGTAAGAAAATCTTCTTTCTTCAATAAAGTGCACGCTTATTGTTCAGA
ACCattaaattttggctcagaatgggctgttcttaattttttgaaagaat
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tcagtctcttgctcttataaaattgttcttataaaacaaagcGTGTAATT
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ATCATATTCTTCAGGATAAAGATACAATGCATCAGCTACACTGTCACATG
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aatatttc
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature Name | Unique Name | Species | Type |
TCONS_00054202-exon-scaffold_242-1491911889:361260..361717 | TCONS_00054202-exon-scaffold_242-1491911889:361260..361717 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00054202-exon-scaffold_242-1510915933:361260..361717 | TCONS_00054202-exon-scaffold_242-1510915933:361260..361717 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00054202-exon-scaffold_242-1575043694:361260..361717 | TCONS_00054202-exon-scaffold_242-1575043694:361260..361717 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00054202-exon-scaffold_242-1491911889:377974..378134 | TCONS_00054202-exon-scaffold_242-1491911889:377974..378134 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00054202-exon-scaffold_242-1510915933:377974..378134 | TCONS_00054202-exon-scaffold_242-1510915933:377974..378134 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00054202-exon-scaffold_242-1575043694:377974..378134 | TCONS_00054202-exon-scaffold_242-1575043694:377974..378134 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00054202-exon-scaffold_242-1491911889:381969..382367 | TCONS_00054202-exon-scaffold_242-1491911889:381969..382367 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00054202-exon-scaffold_242-1510915933:381969..382367 | TCONS_00054202-exon-scaffold_242-1510915933:381969..382367 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00054202-exon-scaffold_242-1575043694:381969..382367 | TCONS_00054202-exon-scaffold_242-1575043694:381969..382367 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
scaffold_242 | supercontig | scaffold_242:361260..382367 + |
Blast
BLAST of TCONS_00054202 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: KCNH7 (Potassium voltage-gated channel subfamily H member 7 OS=Homo sapiens GN=KCNH7 PE=2 SV=2) HSP 1 Score: 102.834 bits (255), Expect = 1.360e-23 Identity = 48/129 (37.21%), Postives = 75/129 (58.14%), Query Frame = -3
Query: 618 IPIYGLTKPQVPRHLIRHSSIGKSIWDWFILLLILYTSVMVPFLIAFETN-------------LDIVHYLDTFVDVMFIFDIVLTFFTTYV-ENGEIITNAKQIRRHYFRGWFLGDCFGAFPFSFVMYA 962
+P Y L P++ + I H S K++WDW ILLL++YT++ P+ AF N ++ +D VD+MFI DI++ F TTYV +N E++++ +I HYF+GWFL D A PF +++
Sbjct: 385 LPEYKLQTPRINKFTILHYSPFKAVWDWLILLLVIYTAIFTPYSAAFLLNDREEQKRRECGYSCSPLNVVDLIVDIMFIIDILINFRTTYVNQNEEVVSDPAKIAIHYFKGWFLIDMVAAIPFDLLIFG 513
The following BLAST results are available for this feature:
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