TCONS_00051658 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00051658
Unique NameTCONS_00051658
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length1802

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00051658 ID=TCONS_00051658|Name=TCONS_00051658|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1802bp
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ttaaaacttttaaaaaagaaGTTCTAATTTAATATTTACAAACATAAAAA
GC
Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00051658-protein

>TCONS_00051658-protein ID=TCONS_00051658-protein|Name=TCONS_00051658-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=296bp
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KDAQLKQPWKASPGQYATQFLPLPYEIKDNFVEEMRLKDQQKKSTK
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_202:1082182..1110229-

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00051658 ID=TCONS_00051658|Name=TCONS_00051658|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=28048bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_202:1082182..1110229- (Clytia hemisphaerica)
TGGTGGTTGAATTTAGAAGGTTTTGAAGTTTGCACATTTAGGGTCTTGAT TTTTATGATGGTATTGAGACATTTTGTTTCTTCGTTTGTATGAATTCCAA GGTGCGTATTATTTTGATTATATTTAATTACACCATTGTGTCACAGTCCC GGTGAGAACGCTGCCCCACTGGAAGAATTGACCAAAATACTGTCCCCTGT TCGAAAAATGGTCTCCTTCCCTAGAAAATTTGACGTTGTTTTCATCCCCA TTTGAAATTCAATGAAAGAAATAGCACTCCAAAACCATCCCCACTGGATT TGTTGGACTGGGATTTCCATTGGAATTTTCATCCCGATCGTGGGATGGGA AAAAGTCCCACCGGGGCTGCGAGGCAGGGATGTTTCGACTGTTTGTCTTT TTATTTACTTTATCATTTCAATTTCCGCTATTCGTCTGCATAAAATCATA CTCTCGATGCCAAATTTGTTTCTTGGGTGAATTCCTTGGTTTCTTTTGTT TTACACCAGTGTAATTTTTTGGCACATGTCTTGCAATCCATTCGACAGAA CAGATACATCTCATTCAAACCCCCAGGAAGATTCTTGCCACACTCAGGGT AAAAATCGCAATTTCTAATCGTCTAGCCTGGAGACCGTAAACTACTTCAC AGTCTAGTTTTTTAGGATTCTGTCTATGATTTGAATGAAGAACAAAAAAA CTGACCCTGTGAGTAAAGGCTTTCGAAATTCAAAAGTCTGTCAGTTAGAG TACGATTGATGACAAATTTTGTCAAAAACGTAACAGATTCCAGAGGATTT TGAACTTTAAATTGTCATATCTTTTTGTGTATTAGACTTGTTGTAGTATA CTTTTTTTGCTCAGGATTTCATGCNATCTTTTTGTGTTTTTGAGTATTAG ACTTGTTGTAGTATACTTTTTTGCTCAGGATTTCATGCTCCATCCGTTAA 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GTAAAAATAAGGAACTCTAGGCTCAGAGCAAAGTTAAGGTTCCTTATAAA AAAAAAACGTGTATACATATTATGATTCTAGCATCATTTGAAATCATATT TCATTACAATTAGAACATAGCTTTAATTGAAATAATCTTAATTTAGGATA TTTTAGATTTCCTGCCTTTTCCTGACGATCTATAAAGAAATAAATATTTC TCTAGACATTGGGAAAGAGGAACTAGTAGTGGGCCAAGAGATATCCACAT TCCATAACACTCGTTTCCGGACCTCTGTTATGTGAAATGCAGGATGAAAC TGAATATAGAGGTTGTATAAGTATTATGTTAAAAACAGGATAACTATATT TCTAGATTACTCTGTCAGTACAATTATGATATCCTTTAGTCTCAAAACGA GGCTACAAGGTCATAACTGTGAAACTATGAAACAAAACAATAGATTAACT ATAACAGCTACAGTAGATGCAAAAAAAGAATCATTTTTAGAGTTAGTCCA AAAGTCTCTTAGTTTGGATGTTCTTATAAAAAAACGTGTAATTCAAAAGT AGCTAGTAAGGTTACTAGCTATTGGACAAGTTTAAAATGGCATTATGAAG TGTCTAGGTTGTATCCTGTTTCCGTCACAGAGGATTTGAATATTCCCACA GGTTTATCATAAAAGACGTAACCAGCATGAAACACTACATGACCAACTGG GTCAAGACAATAATTCATACCTTAAAACCCGGAACTGGGTTAGATCAATA CTACTTAGTCTTAATTACGTAGTCAATTGCATCTATTTGATCATTATGTG TTATGGATTATTAGATTAATTAGTGATTGTATAGAATGCAAATAATGAAG GGATAATCGATTGGTTAATGATCTTCTATTGTTCTTTGTCCCAAGGATTT ATGCGATTATCCATTGAGGGTGGTAGGAGTTTTCCCTCACAATTAAGTTA 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Coding sequence (CDS) from alignment at scaffold_202:1082182..1110229-

>TCONS_00051658 ID=TCONS_00051658|Name=TCONS_00051658|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=3564bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_202:1082182..1110229- (Clytia hemisphaerica)
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CAGATGGGACACTATCGCATCATATAAATATTATTTCGAAGAGAAGTTTG
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GTGCCAGCAGGCGAAGTAAGATATTTTTGCCAGGTCGTGGCAATCGTCAT
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GGACAATATGCAACTCAATTTTTACCATTACCTTATGAAATTAAGGATAA
TTTCGTTGAAGAAATGCGCCTGAAAGATCAACAAAAGAAATCAACAAAGT
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TATCTTAATATTGACACAAACTACGGACAGTACGCATGCGCTACCACGAC
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ATTACCGTGGTTCGAGAATTTTTAGATAAAAACAGTAATCCTGAAGAAGA
GATTGAAGCTGTAGAACGGACTTCATTGAGTGTGAGAACCACTTCACTTG
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GAACAAAGAGGACCCTTACAATGAATTCCAAGGCTGATCCACATTTTTTC
GACAGTTTATTCCGTTTAACAGAAGAAGAAAACAGATGGGACACTATCGC
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GCAACTCAATTTTTACCATTACCTTATGAAATTAAGGATAATTTCGTTGA
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AGATATTTTTGCCAGGTCGTGGCAATCGTCATTTCATCTTTTATCTTAAT
ATTGACACAAACTACGGACAGTACGCATGCGCTACCACGACACAGAGACA
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TGTAGAACGGACTTCATTGAGTGTGAGAACCACTTCACTTGGTGCTGGAA
GCAGTAGCGTAGGGGAACCATCCCATTCACGGGAACCGACCTGGTTTTCG
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AGTTCAAGACGAACCAAAGAGTATATAAGTATTGCAACAAGTTAGGATTT
TGCTTGCGGCTGAATGCCGATGGGAAGGTCGACGGTACGAGGAACAAAGA
GGACCCTTACAATGAATTCCAAGGCTGATCCACATTTTTTCGACAGTTTA
TTCCGTTTAACAGAAGAAGAAAACAGATGGGACACTATCGCATCATATAA
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TTTTTACCATTACCTTATGAAATTAAGGATAATTTCGTTGAAGAAATGCG
CCTGAAAGATCAACAAAAGAAATCAACAAAGTAGCTGTCCTGTTATTCGA
ATCACATGGTAGAAGCATCATACGTATAAAGGGTTATTACGCCAACAAAT
ATCTAACGATGAATCAGAAGGGTGTGCCAGCAGGCGAAGTAAGATATTTT
TGCCAGGTCGTGGCAATCGTCATTTCATCTTTTATCTTAATATTGACACA
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CGAGCACGGGTAGTAGAAAGGGTCGATTATCAATTACCGTGGTTCGAGAA
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GACTTCATTGAGTGTGAGAACCACTTCACTTGGTGCTGGAAGCAGTAGCG
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CTGAATGCCGATGGGAAGGTCGACGGTACGAGGAACAAAGAGGACCCTTA
CAATGAATTCCAAG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_032698XLOC_032698Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00051658-proteinTCONS_00051658-proteinClytia hemisphaericapolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
scaffold_202supercontigscaffold_202:1082182..1110229 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
1.9341e-07 0 6.18833e-08 3.94165e-08 0.257521 0 17.174 10.9204 14.1055 7.3265 3.76011 6.61334 0.532375 0.0791327 0.351253 0.00136596 2.54894 1.1773e-06 0.673675 0.232875 1.00955 8.57794e-05 0.000154528 0.98213 1.85441 0.511192 0.223971 0.547996 0.0742126 0.203312
Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
TermDefinition
IPR002209Fibroblast_GF_fam
IPR008996IL1/FGF
Vocabulary: Molecular Function
TermDefinition
GO:0008083growth factor activity
GO Annotation
GO Assignments
This transcript is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
molecular_function GO:0008083 growth factor activity
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00051658 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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