TCONS_00049766 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00049766
Unique Name	TCONS_00049766
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	4045

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
protein sequence
transcript from alignment at scaffold_166:277526..300696+
coding sequence from alignment at scaffold_166:277526..300696+

transcript sequence

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CACTCACGAGGTGTATACACGGTCACCGTGACTGCAAAGAATGCTGTCGA
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CGAGGTCGGTACTTTCGCACGAGAGATCAAAGTCCATATGCTTGAGAGCA
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GATCCACCCCTAACAACCTTCGAATCAGCCTTGGCAGCGAAAATCGAGGA
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CTAAAGTGGTGCCCGATTGTCTCAAAACACCAGTTAGCATCATCCGATCA
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GTCTTTGAgcaatatcaaaaaatattttgaaattacaCGTTGTGACTTGG
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AACCCCTTCTTTACTCATGGGACTATTTACCAGTCGGCAAACCTGCAGAA
GATCCGGAAAGCTGGAACCCATGCACTTTCCCTAAACCAGGGTTGGGATT
ATCTGAAGAATTCACACTACCAGCGGGTGATCCAGAACGGAGAGACAATA
TGATGATTCGTGTCATTGTTTCCGATTTGTTTGGTGCTGCTATGCCACCC
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GACGGTgaaaagaaggaagaaaaatcaTCTGTTGATGCTGCTGCGGTCAA
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GGCTGGATTTGCTGGTGAACTTTCACCAGCTGAACTTGCCAGTATTGCAG
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TGACTGCAAATGGTAAAACCAAAGTCTCATGTATTGATCCTCGTGACCCG
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AACATGACACAAGCGGAGCaagatcattttgaaaatgaagaacgaTGGAG
ATGCTTTATTACGTCAACTGCTATGAATGATACTTGTACTGGCAG

Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00049766-protein

>TCONS_00049766-protein ID=TCONS_00049766-protein|Name=TCONS_00049766-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=1347bp
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EVTLTQASEGDPKTNFLEQDEELTITTTITKGDNVMYQYILGDQQSDVIT
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GLIRHQFESGEYVTKVNCSSRLHEIEIETISQSYTPVGFFEIDTYRACEG
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CTTKDEYTLSNFLLAIESNQPINGKELILGSYKYPDVLLYPVTVTAKNPV
STIVFVTSVKISDLKCDPPLTTFESALAAKIEDASEKAPMRKCREYKILT
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_166:277526..300696+

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR

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>TCONS_00049766 ID=TCONS_00049766|Name=TCONS_00049766|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=23171bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_166:277526..300696+ (Clytia hemisphaerica)
TTCTAGACGTTGTTGGTTACGCTATTTTCGGACGTGGTAGCCTGACGTAT
CACTCACGAGGTGTATACACGGTCACCGTGACTGCAAAGAATGCTGTCGA
TGAAATGACCATTACAAAAGAAGTTTCCATCGGTAAATATTATGGGGAAC
TCTAAAAACAAAAGCTGGAATGAACTATCTCTATGgcaattttagtaaaa
aaagtgAAGTCACCCTCAAAAGAATAGATATCTTTGCCGCCCTTTGCCGG
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TGGTTCGTGCAATGTTTACATTTTACTACTTTTATGTCCCTTTAAGTCTT
TGCTTTCATGTAATTGTTCGACTAAAAATAATTCTTTCATCTCTAGATAA
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CGTAGGACAAGATGATGTCATATTTTTTTAACGGATTTTAACGGAAAAAT
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TTCTCCCGTATCGAAATATCCAGTTTAGCACTTAGACTTTAAAATTGGAA
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gcggccttgagcggctcgcctggtttttacacaaatgacagattgaaact
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tagcccttcgggctttaaacgcAATGGTATGGACGCCAGTGCATGCGTAG
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>TCONS_00049766 ID=TCONS_00049766|Name=TCONS_00049766|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=96984bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_166:277526..300696+ (Clytia hemisphaerica)
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ATGATTCGTGTCATTGTTTCCGATTTGTTTGGTGCTGCTATGCCACCCAT
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ATGCCATGTTAAACGATGAAGCTGCTATGAGTGATCCAGCAGTTATGGGA
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TGCTGGTTTCggtaaaaagaagaaagttgCTAATCTAACCAAACCCATCC
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GATGTTTTTCTGTGGAAAACAACTTGGACGAAATGTGACTTATTCCTTTG
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CTTTCGCACGAGAGATCAAAGTCCATATGCTTGAGAGCATAAAAAATTTC
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GAGATATGTTTCCTATTGAGTGTCCAGTGATGTTTTTCTGTGGAAAACAA
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TTCACCTACAGAATTGATGACTTATCAAATGTATAATACATCTACACCTA
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AACTGCTCGTCACGTCTTCATGAAATCGAGATAGAGACTATCTCACAATC
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GAGTGTCCAGTGATGTTTTTCTGTGGAAAACAACTTGGACGAAATGTGAC
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CCTgaagGACTTAACAATTACAAATTCCAAGTCAAAATTGAAGCTCGTAG
CGAGGTCGGTACTTTCGCACGAGAGATCAAAGTCCATATGCTTGAGAGCA
TAAAAAATTTCACAGTGGGATTGAAAGAACCGACTGTTATGATTGGACAA
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CTTGATCGATTATGGTGATGGAAATACACAAGGTATGTTTGGTAACCCAG
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ATATCCGGACGTACTTTTGTATCCTGTTACCGTCACCGCTAAAAATCCTG
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GATCCACCCCTAACAACCTTCGAATCAGCCTTGGCAGCGAAAATCGAGGA
CGCCAGTGAAAAGGCACCAATGAGAAAATGTCGTGAATATAAAATCTTAA
CTAAAGTGGTGCCCGATTGTCTCAAAACACCAGTTAGCATCATCCGATCA
TGGGCACTTCATCGTGTTGAAATGATTAATGAAACTCATAATGGCGTCGA
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GTCTTTGAgcaatatcaaaaaatattttgaaattacaCGTTGTGACTTGG
TGGCTACCATTGCAGGTGGTTCTGGACGCGCTGTAGGACAGAATGGTACT
ATTGAGATTGATGCTTCGGCGAGTACAGATCCTGACTTGGAGCCTGGTAC
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GAGAAGATTTGCCTCAAGATGCAGAGGGTTTGTTAGCTGATACAGATGAT
GTGTCCATGCCGGCTACTCCTTTCCCTGCTACTACTAACAAAACTTTACC
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GGATGCCATGTTAAACGATGAAGCTGCTATGAGTGATCCAGCAGTTATGG
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CAAAGACTTTATCTGCTTCATCCAAATTTACAGGAGTCATGACTGGAGAT
AATGCTGCTGATAATATGAAGGCCGCGATGGATTCAGAAGCTCTCCTTAC
ATCTGGTGCAGCAGGGAACATGGTTGCAGGTGAAGAACCTACTGCAATTG
TGACTGCAAATGGTAAAACCAAAGTCTCATGTATTGATCCTCGTGACCCG
ACCGCTATTGAAGGCTTTACAATGCCCGATATGTCAGATGGGGAAGACGA
ACCAGAATGCCAGGGAGCTACCAACCCTGAAGGCAACAATCGttatggat
tctcaaaaacagCTGGTTCTGTCCACGGTGGTACCAAAGGTCTCAGTTTA
TCTGCTGGTTTCggtaaaaagaagaaagttgCTAATCTAACCAAACCCAT
CCGATTAGTTTTACCGAACAATGATGTGATCCCACCACCTGAGACGCACA
ATGCGTATTGCGAGATCATGCGCGTCGTTCATTTGGTCGAATGTAAAGAG
AATCAATCGAATATCTTCATGAAAATGAAACCATTACATAATAATTATAC
AGACAAGTTGTTCATCTTTATGAATAAAGGTATCGCTCCATCTTTGATCG
ATCACCAACACAATTGCACACTTCCTAACCCTTATCCGGACAACTTTGAG
AACATGACACAAGCGGAGCaagatcattttgaaaatgaagaacgaTGGAG
ATGCTTTATTACGTCAACTGCTATGAATGATACTTGTACTGGCCTAGACG
TTGTTGGTTACGCTATTTTCGGACGTGGTAGCCTGACGTATCACTCACGA
GGTGTATACACGGTCACCGTGACTGCAAAGAATGCTGTCGATGAAATGAC
CATTACAAAAGAAGTTTCCATCGAATCACCTGTGGAGAATTTGGAAGTGA
CATTAACTCAAGCATCAGAAGGTGATCCCAAAACCAACTTTTTGGAGCAG
GATGAAGAATTGACTATCACTACCACTATCACCAAAgGTGATAATGTGAT
GTACCAATACATTCTCGGTGACCAACAATCAGACGTCATCACGTCGGATC
CGTCAATCACAATAAAGTATCCGGTATGGAGAGTCGATCCACCATACACC
ATCACCATCTTCGCAACCAACATCGTCTCAAATGTCTCTGTCACCACATC
AATCCCAGTTCAAAGGCCGATTCAACCATTAACTGGTTTCAAACTCATCC
ACGGTCCAGAGAATTCAACAGAATTAATGGAATTTGTATTGGATGTTGAG
CAGGGTGATTTCTTCGATTGTACTTTTAATTGGGGTGATGGTTCACCTAC
AGAATTGATGACTTATCAAATGTATAATACATCTACACCTAAAGGATTAA
TTCGCCATCAATTCGAATCTGGAGAATACGTAACCAAGGTTAACTGCTCG
TCACGTCTTCATGAAATCGAGATAGAGACTATCTCACAATCATACACACC
CGTTGGTTTCTTCGAAATTGATACTTACAGAGCGTGTGAAGGAGCAGATA
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GTGATGTTTTTCTGTGGAAAACAACTTGGACGAAATGTGACTTATTCCTT
TGACTATGGCTACAAAGATGAAGAAGGCCTTCCGCAGGTGTCTTCACAAT
GGACTGAAACTGATAATGAAACATACCATCTTTTCAAAATGCCTgaagGA
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TACTTTCGCACGAGAGATCAAAGTCCATATGCTTGAGAGCATAAAAAATT
TCACAGTGGGATTGAAAGAACCGACTGTTATGATTGGACAATTGGCAAAT
TTTACGGCAACGATCATAGGGTCACCATATAAACCATGCTTCTTGATCGA
TTATGGTGATGGAAATACACAAGGTATGTTTGGTAACCCAGAATGCACTA
CAAAAGACGAATACACACTCTCAAACTTTTTGTTGGCAATCGAATCAAAT
CAACCTATCAATGGTAAAGAGTTGATTCTTGGATCATACAAATATCCGGA
CGTACTTTTGTATCCTGTTACCGTCACCGCTAAAAATCCTGTCTCAACAA
TTGTTTTCGTCACTTCTGTTAAGATAAGCGATTTGAAATGTGATCCACCC
CTAACAACCTTCGAATCAGCCTTGGCAGCGAAAATCGAGGACGCCAGTGA
AAAGGCACCAATGAGAAAATGTCGTGAATATAAAATCTTAACTAAAGTGG
TGCCCGATTGTCTCAAAACACCAGTTAGCATCATCCGATCATGGGCACTT
CATCGTGTTGAAATGATTAATGAAACTCATAATGGCGTCGAAGAAATTGG
AACAAAGATTCTTGAAACCATTGAAATTCCTGgtaACGACACGCGTTACG
TCATCAATCCACGACAACTGCATTATGGTTTATACATGATCGAGTTCAAT
GCTTCGATGTGGGACCATCTAAAGGAAAGAACCGTTCCAGAGTCTTTGAg
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TTGCAGGTGGTTCTGGACGCGCTGTAGGACAGAATGGTACTATTGAGATT
GATGCTTCGGCGAGTACAGATCCTGACTTGGAGCCTGGTACGGAAATGGG
TCTTCAATTTAATTGGTTCTGTAAAAGAGCAGGTCACGCTGGAGAAGATT
TGCCTCAAGATGCAGAGGGTTTGTTAGCTGATACAGATGATGTGTCCATG
CCGGCTACTCCTTTCCCTGCTACTACTAACAAAACTTTACCAAGAGACCA
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TCATACAATATCTTTTTGGTCTTATCACAAGATGGACGTGAAAAGAAAGA
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CTATTTCGTGTATCTTGAATTGCGAAGGTAAACAGAATCCATCAGATAAA
ACAACACTTTTGGCCAAATGTAAAAATTGTAATGGTGCCAAGCCCTTATA
CAGTTGGGAGATGTTTGAACGAAAGGAAGGTGAAGGGGACGATGCATGGA
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CGTGGTCAAACTCTCTGTCTATTGGGACTTGTTCTCCCTAGACACAGGTG
GTTTCTCACAATTTACAATCAAAGTTAACACGCCCCCTGCACCCACCAAT
GAATGGGGTGGTTGTTATGCTACGGTTGGCTCTGGAAAAGCCTTAGAAAC
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GTTAAACGATGAAGCTGCTATGAGTGATCCAGCAGTTATGGGAAGTGTTA
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GATAATATGAAGGCCGCGATGGATTCAGAAGCTCTCCTTACATCTGGTGC
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GAAGGCTTTACAATGCCCGATATGTCAGATGGGGAAGACGAACCAGAATG
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TTCggtaaaaagaagaaagttgCTAATCTAACCAAACCCATCCGATTAGT
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GCGAGATCATGCGCGTCGTTCATTTGGTCGAATGTAAAGAGAATCAATCG
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GTTCATCTTTATGAATAAAGGTATCGCTCCATCTTTGATCGATCACCAAC
ACAATTGCACACTTCCTAACCCTTATCCGGACAACTTTGAGAACATGACA
CAAGCGGAGCaagatcattttgaaaatgaagaacgaTGGAGATGCTTTAT
TACGTCAACTGCTATGAATGATACTTGTACTGGC

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_031555	XLOC_031555	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
TCONS_00049766-protein	TCONS_00049766-protein	Clytia hemisphaerica	polypeptide

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_166	supercontig	scaffold_166:277526..300696 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.143354	0.148811	0.115189	0.117817	0.0249446	0.0295673	0.0297264	0.0723568	0.0194841	0.0241342	0.0140552	0.0092393	6.27707	7.22146	0.530419	0.670667	0.388803	0.451883	9.23178	13.3229	3.07161	2.40108	0.450683	1.37864	3.1428	4.3203	0.190226	0.0473699	0.0307958	0.0522934

Annotated Terms

The following terms have been associated with this transcript:

Vocabulary: **INTERPRO**
Term	Definition
IPR002859	PKD/REJ-like
IPR013783	Ig-like_fold

Blast

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00049766 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00049766 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

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TCONS_00049766 (transcript) - C. hemisphaerica