TCONS_00046594 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00046594
Unique NameTCONS_00046594
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length467

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00046594 ID=TCONS_00046594|Name=TCONS_00046594|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=467bp
acaaagtccaaatgagtgaaaaatgagTGAAAATGGCTAAGTCCAGAAGT
CAGAATGCCTGAGGTCAAGTAGACCATGAATACAATATGAAAATCTGAAT
ATAAGAGCTATGAGTATATAAATATATAATGTCTATGTCTAACTTAACCT
TAACCTAaatgtgaaaagaaaagcaaaaacaagatggctgaCTTACCAGT
TAGGCCATGAATGAAAACTGTGAAGGTGTGGCCATACAGGTAAGTGTGAG
AGACAAAACAAAACTAAGACTATGACTTGTCTTCAGTTGTTGAATGAATT
GAGTTTATGTTTATTTGAATTGACTTGTGAGTGACTCAAGTCTGGAGCTG
AGGTCCTTACTCCATGGCTGTCATGAGTCAAGTGAGAAGCTGAATGCCTT
TAGGCATTAAATACACTTGATGCACCAAGTTGTCAAGGCAACAAAAAACA
ACATGGTTTGAGAGCAT
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_114:150030..158080-

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00046594 ID=TCONS_00046594|Name=TCONS_00046594|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=8051bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_114:150030..158080- (Clytia hemisphaerica)
ACAAAGTCCAAATGAGTGAAAAATGAGTGAAAATGGCTAAGTCCAGAAGT
CAGAATGCCTGAGGTCAAGTAGACCATGAATACAATATGAAAATCTGAAT
ATAAGAGCTATGAGTATATAAATATATAATGTCTATGTCTAACTTAACCT
TAACCTAAATGTGAAAAGAAAAGCAAAAACAAGATGGCTGACTTACCAGT
TAGGCCATGAATGAAAACTGTGAAGGTGTGGCCATACAGGTAAGTGTGAG
AGACAAAACAAAACTAAGACTATGACTTGTCTTCAGTTGTTGAATGAATT
GAGTTTATGTTTATTTGAATTGACTTGTGAGTGACTCAAGTCTGGAGCTG
AGGTCCTTACTCCATGGCTGTCATGAGTCAAGTGAGAAGCTGAATGCCTT
TAGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAAAAATGTAAACAAAATGTAAACA
AATATGGTGGCTAAAGCTATGAAATATTTTACGATACAAATTTTTATGAA
ATTTTCTTTTTATAATTTTTATAATTTTGGTTTTATAATCAATAACTTTA
CACTCCCCACAAAGAAAATTGAGTTGAAATTTATTAAATCACTTGGCATT
TGACTTTAAGTCAATGTCTTTTGCGAGAGCACCAAGCTCGGCAATCAAGT
CATTTTCATCAATACCACATATTTTCACAAGACCACGAACTGATCGATAC
GTTTCACGACAAACTGCCTCGTTGGCATTACGATATCGAACTTTTGCCCT
TCGTGGCAATGAATCATTTCCGTACTCAAGTGCGCTGATGATCCCGTATG
TGTATCGATTTTGAATCACTGAATCGACTTTTGTGAATATGACGATGTCA
CCTTCGGATAACGAATCATCGTGGAACCACTTCTGTTGCTTCATGAGTTT
GGGAACATGTACGAGAAGCCANATTGGCATTACGATAGCGGACTTTTGCC
CTACGTGGCAATGAATCATTTCCGTACTCAAGTGCGCTGATGATCCCGTA
TGTGTATCGATTTTGAATCACTGAATCGACTTTGGTGAATATGACGATAT
CTCCTTCGGATAACGAATCATCGTGGAACCACTTCTGTTGCTTCATGAGT
TTGGGAACATGTACGAGAAGCCATGTCTCGAACCAGGCGTTGAAGCACTT
TTCGTTTTCTTTGATGATCTTGGTGGGAGAATCACATGTGATCAAGCCAT
CGATGCTTCTATCGTTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTTTCGAA
GTGTTTGATCCAGATGGGTCGAAGTTCAGTTGGAATTGTGTCGTCCCAAT
CTAGTTGTCTTGTTGAAAGATCGTGTAAGTCAAGCTTCATAGCAGCAACT
ATTGGTGTCATCATTCCTGTGATGTCAAAAATTTCTGCAACTTTGGAAGC
ACAGTGCCTTCTAGTGAGATTGGTTGGAATGATGTTTGATGCATTGGTTG
GTTTCTTGCCTCTTTGCTTCTTTGCGAAATTCAAATCTGAGATGCAGAGT
GAGAGTCGATCGGCTTTGGGATACCACTTCATACCACCAACTGAAATGCT
AACACCATCGTCTGTGAGGTCTGGTGATGGATCAATGCCAGAGAATGTCA
CACCTTTGAGGTTGAATCCTCCACGATTGATGACAACTTCTAACTGATCA
GCTCTGTTGAAAGCTTCGTCAATGTCTTTCTCGCCTGTTATGCAATCGTC
AACGTATACATCTTCATTGATGATTAGCTTCACTTCTGGATATTCATCTC
CAAATAGGTTTGCGATTGCACGGAGACCACATTCTGCTTGGTTTCCACTT
GATCGTATCCCATAAATGAGTGTCTTGATTACCTTTTCCTTTGGAATCTT
TGATGGGTTGAGGTTATTCTGCCAGATGTAACGCTGGTAACACCAATCTT
TGCAGTTGAGTCTGATCGTGTTATACATTTTTCGTATATCCGTGTGTATG
NCTTGGTTTCCACTTGATCGTATCCCGTAAATGAGTGTCTTGATTACCTT
TTCCTTTGGAATCTTTGATGGGTCGAGGTTATTCTGCCAGATATAACGCT
GGTAACACCAGTCTTTGCATTTGAGTCTGATCGTGTTATGCATTTTTCGT
ATATCCGTGTGTATGCTAACTTGATGTATGGACCATCTGATAAGAACTTC
TTGGAGCTTGTTGAGGTTGTTCTGTCCTTTTGCCAACAAATCATTCAGAC
TATAACCTGAGCTGGTTGGGTGTGATGCGTCATATACGACTCGACATGGT
GTACTTAGTGATGTGGTTTTCCATACAGCACGCCATGGGATGAAGTTGTG
CGTTGGTGAGTCAGCTAACATGGTTTGTTGGTCAGCAGTGAGATTNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNAGATTTTCAACGAAGTCGACGTAACCCATCTCTTGCAATTTG
GCTTCTGATTTGATGATGTCGTCTTTGTCTTTTGGATTAGCTCCCAACTT
CTTGAGCTGTTGGTAGTAAATTTTCAGAGCAATATTCTTGTTTGGTGCTA
ATTTTGATACTTTGTCGACAAATGGAAGACGAGCTGTGATAATGTTTTGG
TTGGTGTCAATGTCAATGGATGAGTTAATGACGTCTTGCTCAACCTCCTC
TTTGATGCTAACTTCCCTTTGATGAATGGAGTTTTTGCAATCTTTGCAGT
TTCTGCACATTACACATCGATAGGTGATTTCTGTCCCAGTTGATTCAGTT
GATTCGAAGCGTTTGAGATTCTGGGATGGAAATGAGAGTTTGGAAACATC
TGGATTGACTTGGAGTCCATTCTGGTAGAGCTTGAATTGCTGACTGCAGA
AGCTGTTGAAGGTTGATTGATTGAAGAACTGTCGATGGATTGCAGTGAAG
ATGGGATGTGGACCACCAATTACACCTTTGCCACCATCTGGATTGCGGAA
CACTGATTTGTAGATTGATAATCCTGATGGCATTTGAAATACAAGTTTGG
GGCTGTATCTCAAATATTTGACCCCAATCATGAAATGTACGTCACCACCC
ACTGTTGCTGATGTCTTCGGGAGTGTTGATGGGTTGCCGGGGTAGCTCTC
TCTGATGGCTTGGTTGACCTCATGGAGCGGATATTCAGGAAAAGTTGCAG
TGAGCTGTTGCAGGCATGTACCATCAGATAGCATAGCATCTTGTCCGTTT
GCCATTGGAATCTTGACGATGTATGATCCAAGAGATGTGCAGGTTGTTGT
GTTACCTACACCACCAATCTGAGTGGCAATGGATGATTCTTTGATAGCTG
ATGTTCCAAGGTCCTTGATTGCAGAGTGTTTGATCAGGAAATCGCTGCAC
CCATTGTCAAAGAAGATTGTAAAGTGTTTGTTGTTGANNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGACTTTCGTCAATGACATCCTGAA
TTTCGGAAATGATGACGTTGGTGTCCATTATGAGTTCTGACGGTTTCGAC
ATCTCGTCTAATGTCAGGTTATGGAATTGAGTTGTGATTGTGTCTTCAAC
TTCAGATGATGTCGGTTGATCAGGCTGCAGTGGTTGAGGGTTGGCTTCAG
ATAGCGGAGCTGTCTTTCTACCAACGTCGTTGTATACAGAATAATCAATC
CGGGGGAATCTCCGAGGTCTTGACATTCAATTGAAATGATTGATGATTGA
GGTGTCTCGGTCGTGTGACTTCCTGTTTGACTGTGGGGTTTACCACATAT
GGTCACGTTCAAACGATTGAAATTGTTGAATTGATATTTCAATACCGTCA
AACTAAATAAATACAATGAATGAATGCTAATAAATATCTAGTTTGTACAT
GAGTAATTGATAATTGAAAATGAAAAAATTATATATTTTCAAATTTTAAA
TATTTGTGAGAGACTAAGTCGAAAATGAGCAAAAACGACAAAGTCCAAAT
GAGTGAAAAAATGAGTGAAAATGGCTAGGTCCAGAAGTCAGAATGCCTGA
GGTCAAGTAGACCATGAATACAATATGAAAATCTGAATAAAAGAGCTATG
AGTATATAAATATATAATGTCTATGTCTAACTTAACCTTAACCTAAATGT
GAAAGGAAAAGCAAAAACAAGATGGCTGACTTACCAGTTAGGCCATGAAT
GAAAACTGTGAAGGTGTGGCCATACAGGTAAGTGTGAGAGACAAAACAAA
CTGAGACTATGACTTGTCTTCAGTTGTTGAATGAATGATTTTATGTTTAT
TTGAATTGACTTGAGTGACTCGAGTCTGGAGCTGAGGTCCTTACTCCATG
GCTGTCAAGAGTCAAGTGAGAAGCTGAATGCCTTTAGGCATTAAATACAC
TTGATGCACCAAGTTGTCAAGGCAACAAAAAACAACATGGTTTGAGAGCA
T
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_029738XLOC_029738Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00046594-exon-scaffold_114-1575043694:157678..158080TCONS_00046594-exon-scaffold_114-1575043694:157678..158080Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00046594-exon-scaffold_114-1575043694:150030..150093TCONS_00046594-exon-scaffold_114-1575043694:150030..150093Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00046594-exon-scaffold_114-1510915933:157678..158080TCONS_00046594-exon-scaffold_114-1510915933:157678..158080Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00046594-exon-scaffold_114-1510915933:150030..150093TCONS_00046594-exon-scaffold_114-1510915933:150030..150093Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00046594-exon-scaffold_114-1491911889:157678..158080TCONS_00046594-exon-scaffold_114-1491911889:157678..158080Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00046594-exon-scaffold_114-1491911889:150030..150093TCONS_00046594-exon-scaffold_114-1491911889:150030..150093Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
scaffold_114supercontigscaffold_114:150030..158080 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values : 
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.291275	0.537193	0.902593	0.609299	0.980084	0.976717	0.353583	0.993061	0.270233	0.508373	0.41795	0.276284	2.02607	2.1007	1.09449	0.0837951	0.206457	0	0.877061	2.11336	0.398859	0.19455	0.157667	0	1.03347	1.97647	0	0.402461	0.166562	0.155502
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00046594 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
back to top