TCONS_00021760 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00021760
Unique Name	TCONS_00021760
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	4545

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000394:240795..258137+

transcript sequence

>TCONS_00021760 ID=TCONS_00021760|Name=TCONS_00021760|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4545bp
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CTGATGGAAGCCATTTTGAACAAGCCTGATGTTCCATGTCTTGTTGGTGG
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GAGTATTGGTGCAAGACTTCAAAAGAAGATATGTCGCAATCAAAGATGAC
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AATCCGAAGATAAGAGGACTCCATATCAATTGGCGGAAGATGCTGGACAG
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TGAATACTATGACGTGCATGTCATCTGTGGCTTGTTGAAGAAATATCTTC
GAGATTTGCCTGAACCTCTTGTCACCAACATACTCTATGAAAGCTTCCTG
CAAAACACTTACGAAGGTGAAATCGAACACAATGAGCGTTTGTACCGGTA
CCGAGATTTGATCAAAGGATTACCTGCCATCAATCTCCTTTGTTTACGCG
CGCTcattcttcatcttcatttaGTGGTGGAGCTATCATCTTTTAATTTA
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TTGTATTATTGTTTTGAATGCAgttttttgataataattttcttttgttt
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transcript from alignment at sc0000394:240795..258137+

Legend: exon

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>TCONS_00021760 ID=TCONS_00021760|Name=TCONS_00021760|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=17343bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000394:240795..258137+ (Clytia hemisphaerica)
CTCTGCGCAATAGCAGCCAGACTGTCTGGTGTTTTTGTCCAGTGCTAAAA
GGTATTATTTAATTAGGCCAGACAAAACTGTCCAATTTCCTACATTACGc
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GGCGTCTATGGCCTGTACTAGTGACTCCAGGTTCAAACCCCCTCTGTTAc
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ACAATTAAGACGGCTTCCACAGATCCAAGATGATAACACCGTATATTATG
AGAAAGCTGGAGAGCTGATGATGAAAATGCACGAAAAGGAGAATGTACGT
ACTCGGCTTTTCATTTTCTTACTCGTTAGAACTTGGAAGCGGTTATCATT
CCTTTTCTTTCGATAATTCATACTGATGTCCCATGAATTTTACTTCTcaa
agaagaaatattttttatggaTGACTATATAACCTTGAATTCTAAAAATC
ACATTTCAGTGGAGAGATGCCAGGATGTTTCAACTTAAAGAGAAGATCAT
TCACCGCAGTATTGTAAGTTTTCTTCAAGCTTCTAtcgtttttttgaaat
ctatacAGTGACCCGTGCAATCCGAATAATTAACCATTCGAATTGTTTAC
TTCAGCGAACGGAAGAAGGGAAGCCGCGAACAGAAGAAGTCATTGATTTA
CGTCAAATGGAAGAAATCAAAGCTTTGGATGACCAAGTCACTTTCTTTTT
GCAAACATCCTCAAATCACAGTGCCAGGTAAGTTCCTTAAGCAACGTTTA
GTTTGGAATTCAGCAGCACTTTTCATCACCTTGCCACTACAACTTGAATT
TGTTCTCTTTTAGAACGTATTACTTTAAAGCATTCACACCTGAAGACTGT
CGTAGTTGGTTTACAGCCATCAAAAATAAACAGGTAGATACAATTTAACC
AGCCCATTCTGCAAAAGTAGGTTTAATGCTTTTTCGCCATCAATTTCTTT
CTTAAGGATTTGATTGTTCTCCTTTCTGTACATTTTCACTGTATCTCTTG
CAGGTTTTCGAAGTGGCCCTTGACAAACAAGAAGTTAGTGCAGATAAAAT
CCCTTACTTGGTAGACAAGTGCATTAAATACATGGAAACGAACGGTATGT
ATTCCTCATTCACCCCTTCTATGTTCTTCTCTCAATTCTTGCAAATACCT
CACCTTGTACGTTCTCCCTTTTTGTTTCAGCGTTAACGGATATGAAGACA
TTGACGCAGGAAGGCATCTATCGCAAAAACGGGAGTCAAGCACAGATCAG
AGACTTAACGAAACTTTTCAACCAAGGTACTTTGCAAGAGTCATTAATCT
TAACCACCATTGTATGAAGCTAAATTCTTGTTTATTCAGTCCTTTCAGTC
GTCTTTCAATTGAAAATTGACAATGAGAAATGTGCAACTTATTACTGTAT
ATGTTTTCATTTCAGACGCTGCTAACGTGCGCTTAGATATCAGTGAATAC
TATGACGTGCATGTCATCTGTGGCTTGTTGAAGAAATATCTTCGAGATTT
GCCTGAACCTCTTGTCACCAACATACTCTATGAAAGCTTCCTGCAAAACA
CTTGTAAGTTTTTCCTCGAACATTTTGATCATCTCAAAGTTGTAACAGTA
GAAAAAGAGCTAATAATATAAATGTTCTCTCCTCTTCCCTTATTCTCGTT
TAGACGAAGGTGAAATCGAACACAATGAGCGTTTGTACCGGTACCGAGAT
TTGATCAAAGGATTACCTGCCATCAATCTCCTTTGTTTACGCGCGCTcat
tcttcatcttcatttgtAAGTGATGCCTGTTGTTTTTCTTCGCACTACAA
ACTAAAGTTTGAGAAGAATCTTTTTGTCAAAACTTTTGAGTGGTCTGAAG
ACGTTATTGGATATCGATTGGTTGCTTTGTAATGTTAATATTATTTTTGG
GACCTGCCCTTTAACTCGCCAATGGTATCTTTCTTactttgtaattattt
tttttgtagaGTGGTGGAGCTATCATCTTTTAATTTAATGACAATGGAAA
ATGTCAGTTTGCTTTTCGGACCAATCATCTGCTCATGTGTAAGTTGTGCT
TGATAGAAGTGTTCTTCTGTTCTTCGATTGATCTATTCATGAGAACCTGT
TAATGAtgtttctttctctttttcatAATAGGGAAGAACATTAAACCAGG
ATAAACTGCGATTGGAGTACAAAGTCCTTCAAGATTTATTGACTTACTAT
AAATGGCTTTTTGATGTGagtacttgtttttttattgtgAAGCCCTCCTG
TAACCCCCATTTTGTCAATTAAATATATTATTATACTTCATATTTTGGTC
ATGGAATGATAGTCaggaaaaaaagacactttttttattctgctactggc
agtttcatgtcACTTTGGTGACAATCTTCAAGCAATGATTTAAAATTTAA
GGATATAATTTGGATATAATCTTTCAACGAGCTATTGACTAGCCAAAAAC
TCTTCTTGTTCCGGAGATAACGGATTAAAGTTTTAACTTGTCAATTTTCT
ggaaagaaaactttaaaaaggcCTTGGTACTTAGAGGGTGAATGAGAGAA
TTAGGTCACAAATTATCACCNGAAAAGACCTTGGTACTTAGAGGGTGAAT
GAGAGAATTAGGTCACAAATTTTCACCACGACACCAAcattctttcttta
tttttcataggTTGATGAAAACGAAACAAAAAGTCAAGAAGTAAGTCAAC
AtttataactttttatcttgaactaattttaagtaaaaacttACCTGATT
ATGTGATATTAAAATACTTTTCTGTTTCTTCTCCAGGCCATTTTGAAATT
CACAAAAAGTGCTGCTGAAAGCACTGTCACACCAACGGTAagtctctttt
tttttgctcgaaatcgaagttttttctgtttttgccgTCATTCTTCGTAC
ACGAAGTGAAATTTCTTACCTCCCATCCTTGATAGATCAACGAAGGTGGA
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TAGCAGTACCAGACCTTCTGATGTTTGCGCGTTCTTCATCAAAACACACG
ACTTGGATCGAGCTACCAATTGGGCTTTGTTTGAATCCATTAATGACGGA
ACTTTTGAAAGACCACTTAGTTCCAAAGAATCCGTCTATGACTTGGCTTT
GTCTCTCTCTGATAATGGAAAGCTCATCGTCAAAGAGAATTATCTGCTGG
AGAAACTGGCACCACATGTAAGTTATTGACCCTTGTGACATTTTGAAGAA
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ACAGTGGAGGGGTGATACACTTTTTACGTGACAAGTCTAGTTGGAAGAAA
GTTTACCTGGAAATCAAGCAAGGAATGCTTCGAGTTGCTTCCTCCAAAGA
CTCCAGTAAAGACATCGATAAATTTGGTATTGTAGATGCACAAGTGCTCC
TTTACAGTGGCATTGACCCCAAGAAGAAAGGACCGGCTAATAATAAGTAT
GCCGCCTTGAAACCTTGTTTATATACCGTGTTTCGTCTTTTCAGCACAGC
CTTCTTCtgaagaaatcttgaaaatttgaagagtTCCGCCACGAGActat
tttgaggatttttttctcggttttttattctatttcaaggttctttaatt
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GTTCATGATCAAGGTCAATGGTTCCATTAGCAATACTCAACCAAGGTATG
GTCTCTTTTTTCAGAACAAAAagcttttcttctttctttcaacTTTCAAC
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TTTTGTTGATTGCAGGTACTTTTGTTCGGACCAAGAAGAAATCATCAACA
TGTTCATGGCAGTCATCCTCAATTTGAGGGTAGGTATCATCCCTTactta
ttggacctacctggaggttcTATGAATAAACCCCTGCTCGTTCGTTCTAG
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CTTCTGTTTAGTCCATTATCAATGAAATATTAACCAACTTCTTTTCGCTT
TCTTTAGGCTGAAAGTAATCGCAACTCGCAGTTCTGGGGTCGTCAGGTAT
TTATTAAGCTTTATCCAATATCAAGAgcatttttatatatttaataCATT
CAAATGAACATAGTTTTTACTTGGTGAAAGAACGAAAGTTTTGACCTATC
ATTTTATCGCTTTCAGTCGATGGTGATTCAGCAAGAAGGAGCAGCACACA
GATTTACTGAACAACTACAAAGCAAAAGAAGTACTCTCAGAAGACTTTTC
AGAACTTGACCCTTCTTCATCctaatgaaaaatttactttAGGGGTTTGA
AATAAAGAGGTGTAAAATTGGGAGGCTCTACATAATCCTCtttgatggaa
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CGTCTCGCTTAATACTTTATACTCGAAATTACTTTGGTTTAAATCAGCAT
GACAAATTTAAGATTATTCGATTTTTTGATCACTTAACTTTTCTAGTTTC
TAGATGTTTATGTATGTAATGAGTTTCTTTATATGATTGTACAAATTTTT
GTATTATTGTTTTGAATGCAgttttttgataataattttcttttgtttat
tttaaataTCATTTACAAAGGTTTATAATTAATTAGAAGTTTT

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_012211	XLOC_012211	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000394	supercontig	sc0000394:240795..258137 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.840449	0.223987	0.214776	0.19711	5.044	9.35372	1.74336	4.10607	2.74088	0.505997	1.86056	2.13437	4.55047	2.17795	3.45054	2.81843	4.11385	7.86707	0.00601257	1.99053	7.9178	2.78546	4.66185	4.41003	10.5948	2.38108	3.61355	2.88374	8.86417	5.70639

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00021760 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: ARAP1 (Arf-GAP with Rho-GAP domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 1 OS=Homo sapiens GN=ARAP1 PE=1 SV=3)

HSP 1 Score: 193.741 bits (491), Expect = 1.380e-49
Identity = 138/385 (35.84%), Postives = 191/385 (49.61%), Query Frame = 3

Query:  891 RWVEFDGIELKYFKEKGDD-PRQIIPVSRMMDVQAQPDAKKPTFHLLTPNRKFTFFDNNGDLNETSVWMQCLMEAILN-----KPDVPCLVGGQMSD-PDMEGWLLKQGHGVLVQDFKRR-YVAIKDDKLCYYNSFSHFEEDLPIFKLQMSLASLKEDVSRRRLLLSYHTQRTYVFEVPPKDSYEQWKDAIEGSIEKALGDDSVLQILMKDESNLRCADCGTTKNVNWASIKCLVIICKRCCGRHRGYSQKFFLPRSILMDVKIWTNELIEIFKLMGNKNANMLWAAKLPPDEQISPDCSTEERITFLKDKYIHKKYFKLSEHFGLEHELGEALRKAVVTEDLIQTFRLIQSGASVMYIPEESEDKRTPYQLAEDAGQSLQVALL 2021
            RWV  D   L+YF    D   ++ I V+ +  V A  D K   F ++T NR F F     D+ E   WMQ L +A+       +     L+G   S+ PD  G L  +G       FK + YVA+  DK+  Y +   +   + I  + MS+ ++KE V RR   L+    R + F    +   EQW +A++G+I +AL    V + +     N  CADCG  +  +WASI   V+ICKRC G HRG        RS+ MD K+WT  LIE+F  +GN   N  WAA +PP E + P  S   R   L+ KY   KY +    FG + EL +AL  AV T DL +T  L+  GA +     + E   TP  LAE AGQ+LQ+  L
Sbjct:  348 RWVRLDTDHLRYFDSNKDAYSKRFISVACISHVAAIGDQK---FEVITNNRTFAF-RAESDV-ERKEWMQALQQAMAEQRARARLSSAYLLGVPGSEQPDRAGSLELRG-------FKNKLYVAVVGDKVQLYKNLEEYHLGIGITFIDMSVGNVKE-VDRRSFDLTT-PYRIFSFSADSELEKEQWLEAMQGAIAEALSTSEVAERIWAAAPNRFCADCGAPQP-DWASINLCVVICKRCAGEHRGLGAGVSKVRSLKMDRKVWTETLIELFLQLGNGAGNRFWAANVPPSEALQPSSSPSTRRCHLEAKYREGKYRRYHPLFGNQEELDKALCAAVTTTDLAETQALLGCGAGINCFSGDPEAP-TPLALAEQAGQTLQMEFL 716

HSP 2 Score: 115.161 bits (287), Expect = 1.627e-25
Identity = 140/538 (26.02%), Postives = 236/538 (43.87%), Query Frame = 3

Query: 2271 EEVIDLRQMEEIKALDD---QVTFFLQTSSNHSARTYYFKAFTPEDCRSWFTAI-KNKQVFEVALDKQEVSADKIPYLVDKCIKYMETNALTDMKTLTQEGIYRKNGSQAQIRDLTKLFNQDAANVRLDISEYYDVHVICGLLKKYLRDLPEPLVTNILYESFLQNTYEGEIEHNERLYRYRDLIKGLPXXXXXXXXXXXXXXXXVVELSSFNLMTMENVSLLFGPIICSCGRTLNQDKLRLEYK---VLQDLLTYYKWLFDVDENETKSQ-EAILKFTKSAAESTVTPTINEGGMQITIYLKNIEDRMLVDSSTR-PSDVCAFFIKTHDLDRAT-------NWALFESINDGTFERPLSSKESVYDLALSLSDNGKLIVKENYLLEKLAPHQSASFNSG--GVIHFLRDK--------------------SSWKKVYLEIKQGMLRVAXXXXXXXXXXXFGIVDAQVLLYSGIDPKKKGPANNKFGFMIKVNGSISNTQPRYFCSDQEEIINMFMAVILNLRYPVGIWTDRCSKDFR 3770
            EE + LR+++E+    D   QV   ++       RT Y +     D   W  AI K        L +Q++    IP +V +C+ Y+    LT       EGIYRK G  ++ + L +   QDA +V L   E + V  +   LK++LRDLP+ L T     ++L+ +     +  E++ RYR+L+  LP +N   ++ALI HL+ V   S  N M + N++++FGP +    +T  QD     YK   V++DL+ +Y  +F VDE E + Q E I    K     T + T + G    T+YL+  E +   +   + P+ + A  +    LDR          W  FE       ERPL   E V  +   L  +  L+VK++  +E +  + ++       G++ F  D+                    SS  ++Y E++       + + S +   ++ I   +V  Y G+  K + P    +GF +         Q  Y C D +  +  + A  L +++   +W    S+  R
Sbjct:  901 EEPLQLRKLQELSIQGDSENQVLVLVERR-----RTLYIQGERRLDFMGWLGAIQKAAASMGDTLSEQQLGDSDIPVIVYRCVDYITQCGLTS------EGIYRKCGQTSKTQRLLESLRQDARSVHLKEGEQH-VDDVSSALKRFLRDLPDGLFTRAQRLTWLEASE--IEDEEEKVSRYRELLVRLPPVNRATVKALISHLYCVQCFSDTNQMNVHNLAIVFGPTLF---QTDGQD-----YKAGRVVEDLINHYVVVFSVDEEELRKQREEITAIVKMRVAGTASGTQHAGDFICTVYLE--EKKAETEQHIKVPASMTAEELTLEILDRRNVGIREKDYWTCFEVNEREEAERPLHFAEKVLPILHGLGTDSHLVVKKHQAMEAMLLYLASRVGDTKHGMMKFREDRSLLGLGLPSGGFHDRYFILNSSCLRLYKEVRSQRPWSGAPETSHRPEKEWPIKSLKV--YLGVKKKLRPPTC--WGFTVVHETEKHEKQQWYLCCDTQMELREWFATFLFVQHDGLVWPSEPSRVSR 1410

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00021760 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00021760 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
ARAP1	1.380e-49	35.84	Arf-GAP with Rho-GAP domain, ANK repeat and PH dom...	[more]

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TCONS_00021760 (transcript) - C. hemisphaerica