TCONS_00021261 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00021261
Unique Name	TCONS_00021261
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	1967

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000380:191443..200728+

transcript sequence

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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000380:191443..200728+

Legend: exon

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00021261 ID=TCONS_00021261|Name=TCONS_00021261|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=9286bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000380:191443..200728+ (Clytia hemisphaerica)
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GAATTTGGAAGGTAAATCGTTGAATTTGGCTTAAATTTCGTCTTACAATC
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ACCCTGAAAGAATGTCTGCTGCAAATACTGCAAAATATGTAACCGAAGTC
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GGTGGCTCTGACCCTGAAAGAATGTCTGCTGCAAATACTGCAAAATATGT
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CCGAGATGCATTTGTGAAAGATTATCCTCTCTTTGCTGCTGTTGATCGAT
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GGTGCCGACGTGAAAGCTGGAGGCGTCATGGCTGGTATGCACAGGTAAAG
TGGCATTTTCCTGATCCCAACATTAATTTCACCTCTTACAAACTGCGGTA
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CGCCGCCTTCATGATCTCTGCTTCAGGTCTCAAGAAGGTTTgtaattcat
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GGACATCCAAGAGAGCTTGATAATATCTTTTAATCTCGTCTATTTAACTA
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GGGACCCCAACAGGTGCACCACTCATAGCTTTAGCCAAAATGATGAAGAT
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CGGTTTCTTTATTATTCTTGTTCGATCGACTGTCTCGATTAGTTAATTTT
GATCACAATCAAAATgttgtttataattttatttttaaggttAAGAtatg
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tatttctaagagagtttattttgttttttattccaatttctttcaataat
tTTAGAGTTTATTTTTCGAATAATTTTCGATTTAAA

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_011899	XLOC_011899	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000380	supercontig	sc0000380:191443..200728 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.0185915	0.772302	4.34107e-05	5.67966e-08	9.63124e-09	9.53273e-06	1.25951e-05	1.30183e-07	10.0146	18.4323	5.95852	0.0960706	4.41975	4.63992	2.95255	3.52362	12.6539	9.58553	3.06228	0.387757	0.109586	0.0731472	4.47001	0.016465	7.46421e-08	2.47341e-08	0.90924	5.87381	2.10303	3.16757

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00021261 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: PEPL1 (Probable aminopeptidase NPEPL1 OS=Homo sapiens GN=NPEPL1 PE=1 SV=3)

HSP 1 Score: 85.8853 bits (211), Expect = 1.638e-17
Identity = 74/253 (29.25%), Postives = 109/253 (43.08%), Query Frame = 2

Query:  764 HAGRIIELEYTSDNVSDTYMFVGKGVTYDTGGADVKAGGVMAGMHRDKCGAATVAGIFGMLEKLKPKGIK--VVGRMAMVRNSIGKDCYVADEIITSAAGVRVRVGNTDAEGRMAMTDPL-YHTKQQALDEVNPHLFTIATLTGHAVVAVGPEYTCIMDNGPAEETDTARTLQKIGHGLSNPFEISTIRREDY--AFCDGRNEYEDLIQCNNQPSSRTPRGHQFPAAFMISASGLKKHGIDSDRPLKYTHMDI 1507
            H   +  L +T D  + T  +VGKG+ YDTGG  +K    M GM RD  GAA V G F    K   +G K  +     +  NS+G +    D+I    +G  V + NTDAEGR+ + D + Y  K    D +      +ATLTG   +A G  +  ++ N    E    +  +K G  +        +   ++  A  D +N   D    +N PSS         A   I++       I  D P  + H+DI
Sbjct:  237 HPPALAVLSHTPDGATQTIAWVGKGIVYDTGGLSIKGKTTMPGMKRDCGGAAAVLGAFRAAIK---QGFKDNLHAVFCLAENSVGPNATRPDDIHLLYSGKTVEINNTDAEGRLVLADGVSYACKDLGADII----LDMATLTGAQGIATGKYHAAVLTNSAEWEAACVKAGRKCGDLVHPLVYCPELHFSEFTSAVADMKNSVADR---DNSPSSC--------AGLFIASH------IGFDWPGVWVHLDI 465

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00021261 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00021261 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
PEPL1	1.638e-17	29.25	Probable aminopeptidase NPEPL1 OS=Homo sapiens GN=...	[more]

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TCONS_00021261 (transcript) - C. hemisphaerica