TCONS_00021256 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00021256
Unique Name	TCONS_00021256
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	2203

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000380:191412..200728+

transcript sequence

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AAA

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000380:191412..200728+

Legend: exon

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00021256 ID=TCONS_00021256|Name=TCONS_00021256|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=9317bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000380:191412..200728+ (Clytia hemisphaerica)
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TCTTAATTCACATTTTAGATTAATCTATTTTCTCCcctttattttgaatt
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TGATGGTCGAAATGAGTATGAAGACCTAATCCAATGTAACAATCAACCTT
CTTCAAGAACACCGCGCGGTCATCAATTTCCCGCCGCCTTCATGATCTCT
GCTTCAGGTCTCAAGAAGGTTTgtaattcattttctttttcaatctgcat
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GGATATTGCTGGATCATCCGGTAGCTACCCGGGGACCCCAACAGGTGCAC
CACTCATAGCTTTAGCCAAAATGATGAAGATGTTTTGAATGGTTGGTCGT
CGCCCTTACAATTTCTTAGGATGTATTCtaatttttaggtttttaaactC
TTAGGtaattaactttctttattctCAAAACATAAAAGGGCATCTTTCGT
CTTATCTTAGCGAGAAATTGTAATAATATGGCGGTTTCTTTATTATTCTT
GTTCGATCGACTGTCTCGATTAGTTAATTTTGATCACAATCAAAATgttg
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ttgtgGATTAGTTTTTTATGTTtggtatttctatttctaagagagtttat
tttgttttttattccaatttctttcaataattTTAGAGTTTATTTTTCGA
ATAATTTTCGATTTAAA

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_011899	XLOC_011899	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000380	supercontig	sc0000380:191412..200728 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
1.08069	0.0887585	1.57324	1.56045	0.256748	0.11562	0.3031	1.76728	0.126286	3.2224	3.01067	1.0302	0.993209	0.0504275	0.905675	0.203822	0.185244	2.13169	0.104189	0.120088	0.075502	0.0831502	0.112017	0.849819	0.119998	0.178811	0.118984	0.125011	1.68376	0.274208

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00021256 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: PEPL1 (Probable aminopeptidase NPEPL1 OS=Homo sapiens GN=NPEPL1 PE=1 SV=3)

HSP 1 Score: 85.8853 bits (211), Expect = 2.499e-17
Identity = 74/253 (29.25%), Postives = 109/253 (43.08%), Query Frame = 1

Query: 1000 HAGRIIELEYTSDNVSDTYMFVGKGVTYDTGGADVKAGGVMAGMHRDKCGAATVAGIFGMLEKLKPKGIK--VVGRMAMVRNSIGKDCYVADEIITSAAGVRVRVGNTDAEGRMAMTDPL-YHTKQQALDEVNPHLFTIATLTGHAVVAVGPEYTCIMDNGPAEETDTARTLQKIGHGLSNPFEISTIRREDY--AFCDGRNEYEDLIQCNNQPSSRTPRGHQFPAAFMISASGLKKHGIDSDRPLKYTHMDI 1743
            H   +  L +T D  + T  +VGKG+ YDTGG  +K    M GM RD  GAA V G F    K   +G K  +     +  NS+G +    D+I    +G  V + NTDAEGR+ + D + Y  K    D +      +ATLTG   +A G  +  ++ N    E    +  +K G  +        +   ++  A  D +N   D    +N PSS         A   I++       I  D P  + H+DI
Sbjct:  237 HPPALAVLSHTPDGATQTIAWVGKGIVYDTGGLSIKGKTTMPGMKRDCGGAAAVLGAFRAAIK---QGFKDNLHAVFCLAENSVGPNATRPDDIHLLYSGKTVEINNTDAEGRLVLADGVSYACKDLGADII----LDMATLTGAQGIATGKYHAAVLTNSAEWEAACVKAGRKCGDLVHPLVYCPELHFSEFTSAVADMKNSVADR---DNSPSSC--------AGLFIASH------IGFDWPGVWVHLDI 465

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00021256 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00021256 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
PEPL1	2.499e-17	29.25	Probable aminopeptidase NPEPL1 OS=Homo sapiens GN=...	[more]

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TCONS_00021256 (transcript) - C. hemisphaerica