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The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00019972 ID=TCONS_00019972|Name=TCONS_00019972|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1285bp
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TATTGCTCGTTCATTGTTGTTTGACTTCCATCctg Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000345:31815..51766+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00019972 ID=TCONS_00019972|Name=TCONS_00019972|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=19952bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000345:31815..51766+ (Clytia hemisphaerica)
TAAAATTCAAGCTGTCCAAAAGAAGCATGGTGACAAGAAATCTGTTTGAT
GGATATTCCACTTCTCAGGTATGTCTTTCAGGTATTTGGCAGGGCTTTTG
ACTCTGTTCCAGGCATTTATGATTTAGGAATCATTCCACAGGAGACAGCC
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ATAAGGAAtaagttttagttttttagaCGGTTGACTTTCTGGCCTTGTCT
TGGTTCGAGACGAGAGGTGGCATTTGGCGAACTTCGATTTCTTCAAACAC
CTGACTTTATATGGATTTTGACAAAACCGGCTGTCTAAAGTAGAGCTATA
TCAATCAAGAACTCATAGTTCATATTATTTTCTTTATGTTGTGACTGCTT
TTCATTCCTGAAATATAATGGTTTTAACGCAATTTCGTTTTGGGTTTATA
CTGTAAATTTATAAagaccgaagggctagatgtcgtgctttaagacATCA
CTGACAAAAAAGTGAACATCGTAAGAAATATAGTTTCTATTCTTTCCGAA
AATCctcgaagcttctgattggtcaaacgATGAAATTCCATTGTAATggc
acgtgacctaggtaggatatTTGgcaaaagcacgacatctaacccttcgg
gctttataaatctatggtcgaTACAAAACTGTAACCTTGTTATCATAATG
ATAGCCTTCGTCATTTCTTAATTTAGACAAAGTCCGCCTTGCGGGGCGCT
TTTCAAACGAGCCAGTCAATCAAAACTTACAGTCTCTGCTACAGAAAACA
CTTTAAGATTCGGCTGTTACGTGACCAGAGGAAAAGCTACAAAAGGCTTC
TCCCTGCTTTTGAATGCAAAGACTGAAATTGTTACAAAATTGAAAACTAT
GTATTAGTGGTATTACCTTTGCAAAGCATTTCAAATATGCAAAAGTATGA
TTGTAGATAATTATGCTAATAATTATGATAATTATACCTTTTTCGTGTAT
CTAACTCTCTAATTTTATGGatgtcaatttgacgttttatgTCCTTGATT
CGACTTAAGTTTTTCCTCCAACATTTTGTTTtatgtgttattgtttttgc
CACTCTTTCGAATTTAGTGAATTTCCGATGATATTTTCTGTGTATGAAAG
GTCAAAGCTGTCAGGAAACTATAAAGGAGACATTGATGAACAGAAAGTGC
CTTTTCATTTCTGGTTTTGCATTCAGTTTCCATTTTGCTCTTTCCAGCCT
GAAGTGATTAACTTCATTATTGAAATATACAATGTGTCACTAATCAAATC
ACCTTTCTCTCGAAAGAGTCAAATCCCACAGAATGCATGATCATTTTCTT
CTAATTGATAAAAACACTGTTGGGTTAATTGCTATGATAGTAAGCAAAGG
CGCATCAGGTacccttttcaagtcaaaatttaaaaataccgAATCATCAG
GGGTTGAATATATGACCTGGGGGGGGGGTACCTTGGCAAGTGATGGGTAC
GGGCATGTACCGCCCTTAAGGTGCCTTTTTGGAATCTGATAGTCCCTGTA
AGGattgaaaaaatcagaaaattgattCGAAGTCCCACTAAGTGTcggga
aaataggaaaatttcaactttttgttccGAAAAGACCAAAATTTAGTCAG
ATTAGTTTTAACAAGGGttgtaaaattcaaaattcacagattttttctcc
ttttttattCACGAGAGTCAAAATTCGGGCGGCACATACATACTCCCCCA
TGATACATAACCGAGACTTGTTTAGCGGAGTGCTCCTTCTATCAGCTATG
CTATAGACTGCAACTGAATGTAAGAGGATATGCTTCTCGTGCATATGATA
TGGCAAATCTCCAAAGCCGATCGAAAATTGGCAATCTAGCAATCAGAATA
AGACATTTGATGCATAACAAATACGTTAAATGATCTTGATTCGTTGAGTG
CGTGATAAAATGTCCTTAAAGAATTTTAGCTGTGTCGCAAAATGAATCAG
ATCACGTTTTTAGATCAGTACGCTCATCCTTAGATAGAATCATAAGTGAC
GTGGGATAATAATGCTAATCATCTGGACTTCTCCAAATGTAAAAAAAGGA
CCGCAGCCGGCAGAGAATCATAAAATACAATGTAATACAGTGAAGTCTTC
GtaactcgaacacacacggGGAGCAcaaattttttcgagtaattgaAATT
TCGAGATATAGAGTTAGGTTTATAAGGTATTAATAACAGAAGGAAAAcat
gtttgagttaaggagacatttgttTACGCTTCCTTGTGAGATCATTTCGA
ATAATATGAAAACGACTTATAATAGTTCTAAATAAGTCGTCAAATGTAGG
CGTACTTAAGGTCGTGTCCTCAATCAAACCTCTTTAATAATCAACGTGAC
GTTATTCTTAagtatgacgtcattttttgtccttttttgtcaagcttttc
tggttctcttttaaaatcattgagcgcgcgtgagagaaattACGAGAGAG
GGAGGGTTACTTGGCTCATGTGAGACTCGCTTAAGTAACctgaaaattaa
ccatctgaggaaaatagtcctcccgcgggaAATTCtataacaagaatctt
gttgtgtgccggaaagtcaaaaactaaattttcctgatgATATGGCGCCC
TATTCTCAAACACAATCacttcccagtccttttagacgagcGCAGTCCTT
ACAAATTCGAGATAGCATATTCGttagattgttttgtttttcacaCATCC
CATAGAGTCTCAGCGTGGTGGGAAGAAAACAAttacaatctgatctcagg
ctacacttgtttttgtttttgtgagtTCTATTGATTAATAAAGAAACATA
TGACCATATTGTAGTCACATAAGCAGTACGTGACAAATAAATTCAGAAAG
TCTTTCCACTCATCAAAACTTTTcatattcttttataaaaactttttttc
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GCTTAGCCTGGAAAGTAAAAATTATTgctaaataagaacaggataagaac
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ACCTGTTTAATGCCCAAAATGATCAATATTGTGGGCCAAAATAATTTTAG
GTGACTTTTCATTAGTCTCATGGGTCTTACTTTACAACAAATTGATACAC
TCAAATGTCCAGTGAATTTTTGTTGCGGTTCAATTTCGTATTTTCAGAAT
ATTAGTCCACCTTTATTTACTCAAAACCTCAAGCAACAAGGCTGaagatt
gtttttaaaattgctTTTGCTTGCGAGTCTCTCtatcttttaataaaatt
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tg
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00019972-exon-sc0000345-1491911889:31815..31882 | TCONS_00019972-exon-sc0000345-1491911889:31815..31882 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00019972-exon-sc0000345-1510915933:31815..31882 | TCONS_00019972-exon-sc0000345-1510915933:31815..31882 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00019972-exon-sc0000345-1575043694:31815..31882 | TCONS_00019972-exon-sc0000345-1575043694:31815..31882 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00019972-exon-sc0000345-1491911889:34638..35217 | TCONS_00019972-exon-sc0000345-1491911889:34638..35217 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00019972-exon-sc0000345-1510915933:34638..35217 | TCONS_00019972-exon-sc0000345-1510915933:34638..35217 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00019972-exon-sc0000345-1575043694:34638..35217 | TCONS_00019972-exon-sc0000345-1575043694:34638..35217 | Clytia hemisphaerica | exon |
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Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000345 | supercontig | sc0000345:31815..51766 + |
Blast
BLAST of TCONS_00019972 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: RIT1 (GTP-binding protein Rit1 OS=Homo sapiens GN=RIT1 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 102.064 bits (253), Expect = 7.245e-25 Identity = 49/119 (41.18%), Postives = 76/119 (63.87%), Query Frame = -1
Query: 914 TTMNEQYLRQGGQAYIGVYSITSLPSYNRLRKQIQTLKRLRANERIPLIIVANKLDLFNDRVVSTMDGIALAREFDCPFYEASAANRINVEDAFNGLIRQVRKMENDIMFECENLKKPK 1270
T M +QY+R G+ +I YSIT S++ +R+ Q + R+R + P+++V NK DL R V+ +G+ALAREF CPF+E SAA R ++D F+ L+R++R+ E + + E KPK
Sbjct: 83 TAMRDQYMR-AGEGFIICYSITDRRSFHEVREFKQLIYRVRRTDDTPVVLVGNKSDLKQLRQVTKEEGLALAREFSCPFFETSAAYRYYIDDVFHALVREIRRKEKEAVLAMEKKSKPK 200
The following BLAST results are available for this feature:
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