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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00017618 ID=TCONS_00017618|Name=TCONS_00017618|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=215bp
ACAGTATAAGTGGCAGTCACGCAAGTGAAAGCACGAGGAATAAACTTAGA
ATTTGTTTTTGGAACCTTAAAAAGGAAAGTTTTAGTGATCCACACACGCC
AACAATTTTATTAACACCAACATCAGATGATAAGATGTCCACAACAGCTC
TGTCAATGAGTGATGAAAATGATGTTTTCTCCAGTAATGGAGATGATTAT
CACAACTCTGANgac Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000271:272630..286150+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00017618 ID=TCONS_00017618|Name=TCONS_00017618|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=13521bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000271:272630..286150+ (Clytia hemisphaerica)
ACAGTATAAGTGGCAGTCACGCAAGTGAAAGCACGAGGAATAAACTTAGA
ATTTGTTTTTGGAACCTTAAAAAGGAAAGGTACAGCTACAGCTCTTAAAA
CGTAACATTTTAGTATATAGAATTTTCAGTTGAAAGATAGGAATCTTGGA
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GaggttagaaaaacattaaCACAACAGACTGGTTTCAATGGAATggaatg
atttcaaaaaatttgaagaagcatgattttttaataactttttgatTAGG
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ATTTGGAGGTTTGGCTAAACAGTTAGGTACGGTactaaagaaaaatgtgg
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CTACGTAACTTTAACTAGTCTTGCAGGTAGATGTCTATAGGTAAGATTTT
AGTATCACTTGATACAGTGGTCAAACCAAggtttttcgtctgagacggaa
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGCTCACCTA
AATagacgacggtatcttggtgtttttaccgtcgtcgagcaaagtggacg
gcgatttcggccccatgtcagctttgctttataccgtccccttCGATtaa
tctcgaatacataaactcgttcTTTACTTCACTAAGACGGAGATCCGTCT
AAGACGGAAGAAGTTTGGACACTTTTGATCGGGTTATTTAGTTGAAAACT
ATGCGACGACTGAGTGTGAAGTTCTTTGGgtaaaaggttctctttttggC
TAAGTAATAGCTGCAATTCTGGGGCTGTAAAAAGACATGGGGAGCGCTAA
AATTAATGATTGCCTGACAAGTAGACATAAATTGTTTCTGTCTCCGCCCT
TCTTGAGACATCATCGCGTGCAAGCAAACAGATAATCAATAGGGATGAGG
GAGGAATATTGCCAGACCAGGCATGATATTTTCTTGACTACATTGACGAC
GATTTCAAGGAGGCCACTTGTGACAGAATGTGATATTCCTCTTGTTTTTG
GATGCCatatttttgagatatttttgagatattttgagaGATGATTtagt
tcttttataagaaaaattggACAAGTGCTTGACTTCCTTTTAACTTTTTG
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ACTAGCTGTTGGGTTGCGCTTGGTTCTGTTTTAGTCAACATTTAGAttaa
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CTATCAatagcttttgaaatttcttataCAATAAACTGTAATGACGTATA
CAAACATTATTATGTCATTAAGGTTAGGTCACTaaggttcaattttcaat
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aaacttccttcaactttttttttgttcgcgcgaaactttttcaTGACATA
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AGggactttttcgaaatttcttaTAGAAACAAACCCACATAGAGACATAT
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TTAGACGTTAATTTCAATTGTGTGTGATTTGGTATAAACACTAAGAAAGA
CAGTCGGGTAACTTTTTAAAACGATTAGAAAGATTATGATTAGAGGCAGT
GAGGATTATCTGTTTGTCTTTTTTGAGTGTCAAACTTAAGTGTAATTTGT
ATGGAGATTAATTCGTGGTAGTTTTCTATAGCATCAATTGAAAGATTATA
GAAATCAAGCTTGAAAAGCTACAAAGTCTGTGGACTCGTTATTTTTTCTT
AGGATTAATCaggaaaatgaagatgagaatctgaaaacattttctaatGG
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ttaaaaatactTAGGAGACAGAGATTATTTGCCAGGCTACTTGGTAAATA
TGGAAGAAATGAATATGTAAATGAGGAATTTTAGTACATTaataaggttt
tattttcaaaatctagTTTCAGTTTCGAAGATACCGGTGTATAGTaaagg
gcattttgtaaaatcgctcaaTTGTTTTgctcaaagcacttgttatagat
ttttggaaaggtaaggagtaggggaatcaaaataacataggttccaattt
ttttcggacactttggtgtgattttcggacaaaatatgacgtctcaggca
aaaatcatagggtcaagaATTAATGAACATTTTAGCTtgagatttttgaa
aagctctcaaaaaattaagattagagatatattgcgagtataggtgattt
ctgtacttaactcgagatattaGCCCTTAAAAACTGTGTTTTTCAGTCAG
AAACAGCGCTTTTTGcagctttttgaagctcaaccTAAATAATCCCTCGC
CTAAAGCTTCGAGGCCACAAATTTATgattactcttgtctcccgaataga
cactccccccgctaattgctaATTGCTCctaaccccctgcttattcaaAC
CCCCttcccccgtctattcgggagacaagagtaatgaCACAGTGAGCCTT
TTCTTAATCACAAATTCCGcacacgttcttttataagaacaaactatata
agaacataaggcttcgatgaccaaaatgttaagaacaagcgaagaacatt
ttaaggctttgcggactctaaaacacccaatttcttaggaaaatggacaa
aaatactcaaaaaatcgcgaaaataaCCCATCCAGTCATTGAAAAAACAG
TGTATTACATACCTAGATAAATTACGCTGAATTGAAgtaaattttttatc
tttcaggTAGGTCATGCAGGGTCACAAGCATTTCTTCTCGACCTTGCCGG
AAGTCTcctaaaacgaaaaaagaatttacgtaaattaaaaaatcaccaaa
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tgacaaaaaaaaatagaagtaaaatcttttttttcttccctaaacatgat
gaaaatttttgtcaatattcaaaagttaaaattttttacaCATCTCTCAT
TTCTCGGGTACTCTCAAATCAAGAGACTGGTTGTTACTTTTCGCAACTTC
ACAAACAAAGACCAAAAAGACATTTCAAtcgtttaaaaataaaaagttta
tcaagtcattttgaaataattgtcatcatttcattaaaattcttatcaaa
tttgtcaacaaattttcatcatttttcatcATACGGACTCTTTAAGTAAC
GGATGCAGGCAATTTCAAAGTAAGTCGATTTATTTTTCCGATTTCATGCC
CTTACCCTGAGTGACTATCTCATTTCTAGTATACATTCGCTCAAGTGtgc
tttctttttttgctgCCGTGTGGAAACCACTATAAAGTCTAATTATGACA
ATTACGAGTGCATTGTTTCCTCGAGGTAAAGTGTATAGGAATTTTATTTT
GAGCACCTGAAAAACAAATCTCGTTGAATTTTAAGGGGTATTGATAATAC
ATCGAGAGTGCTCATCAATCGATACATGTAAACATCCATATCATACAAAT
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GCAATCAACGACCGTTGACTAGACCGTTGACTAGACCGTtgacgttctta
acttttttagttttaagcctaaaatgttctgaatatgttcttaatttgtt
cttaaacttttggtcatcgaagcttCATTATGCTCACtaatgtagtttgt
tcttataaaaaacgtataccGTTTGAGAAAAGCCCTTAAAGACTTGATTG
ACATCCGATACAGGAGATTGGAACGAAACTTTTCAAGTATGTGACTCTAG
GTTTTCTTCCTAAGAAAGTCATTTCTCATTGAATGTAAGCACTAGGACTA
TCATTAATTAATTCTCAACGTTCCTTCCTACTGTACACCTGATTTTACAT
GATTGTTtataaaaatggttaaaaaggTTAGAAATGGAAACCGGAGTAAG
TGTACCCCATACTACCCAAAATTATGAATGTGACAGAAGGATAGAGGATA
GAAATTGTAGAATAGTAGAAGAGGATGAATTGGAAGGGATTTAATtttca
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GCTTGTGGATAGAATTTTGCGACTTTGTGAGTTATTATAAGTCACACAGA
AAATGGCGGAAGTATTTATACATGAAAGAAAGCTGTGAGATATAATATCA
GAATAGTATATAATACATTTCCAACTTAGACCCCTAGTGttaacaacatt
gtttcaattCTCCCTCTAACGTGTGGAACAGAAAAAATATGTTATTCTAT
TCTTTGTTAAAAGAAGGCTTGTACTAGTTAGAGTCAATTTCCCGTAGCCT
GTTGGAGGGCTTTCCTCCGTTCAACGCAAGCGGTCTAAATAAAATCTGAT
GAATCTTACAAAACTTATAATAGTTACTATCCATTAATTGTAGTTCAAGT
ATGAAATAAAATCCTGATTCCGTTGTtatagaaagaaaaacattacatAT
AAAACTTTGTCAACTTTTGTGGTCAATTGGTCTTTTGTATTGTGATCAAA
TGACAACTTGACAAGGCTTCTCACTATACTATACTGAATAAAGACAGATT
TCACCACAGAAGATATTTGGTACAGATAAAGTTTCGCTTGATTTATGACT
ATTGCATGTTACTGCACGAAACGTAACCTTACCACGTAATATTTTCTCTT
AAAACAAAAGAGAAGAGTAGTTGTAGATAAAAATCCGTTCAAAAGGGTTT
TTATGTAATGCGCTTATTTTTGTATTCGATCCAAGAAGAGCAGAGAAAAG
GAAGGTAAGCGATTTGTTGTGTCAATTTCTTCTAGACGTGCGAGCGCAAG
AATAAGTTTCTCGTAGAAGGCTCTGCCTCTATATGAACAGACTACTGCGC
AAGAGCTTTTTCTTGTGTATTTGGTGAACTACAGTAGCGTACAGACGCTC
Tattattcgacgttctactatttgatacgctccattatttgataatattg
aaaggcACCATCAACAAGAAACACTCATtaacgacgttctactattcgat
agacttccttattcaatgaaaaaccaaaccatgaaaatcaaattagagag
cgtcaactgtatattcATCACACAAGGAAAACCATATGGAAGACTTAAAA
TCACTAATATCACTAATATATGTagaggaaaagttttttttccttttgtt
tgGAAGAACTATCCAGTCCCACCAGATTCTTCTGTGTAGACtggtaagta
agtaagtatattcatcaggtggctgtcggcggagccgggagtgaggaagt
ctatccccttttctatttgcgctagacctgagaaatcgaatgctgaggtg
gagcgccacacctactctcagctcccagtaacttaccgcctagatcagat
tacccaatctaagctactcatccgctgagttggcggtgaccggggatcga
acccacaaccctgagattgtaaggcgaatgctctaccgactgagctaccc
ggccacTAACTGGTAAAAGTGTCTGATAATCGTATAAATGGATTATTTCC
AGGTTAAAGCTTGATTGCATAAGATGACTTTGTCTTTAATGCGCACCTAT
GATTTTTCTGAGGATCCGAGTCTCTCGGAATAATTCAATCCTATCCATAA
TTtccttttccagaaaaaaattttaatatgcGGGGTGGAGGGTATAACAT
TTCTTGGGAATTTACCCCTcagacattgtgacttttgacccacccccgga
cagcaggtctaaccccctggacaagcatcagttgacccacTGGGCATTCA
agaaattcccccccccccccccccaaggcTTCCCCCCCCGGAAAAACCCC
Ctttcccccccttttttttaaaaaaattcccccccccccccggacaaggc
aaattttatagatttttcactaccccgcggacactatatcctccaccaac
ccatgtacggacattttctggagcCCATTGCACCAAAATATGAGACGATC
CTCCTTCTCTTGTTTGTTTATTTGCAAACTACATCTAAAAAATCCCCTTA
ACACTCAAAACATTATGAGTACCTATATCCGATCCAATTTCTATGTTGCT
ACCCACAGAATCAGAAATgtttattttggcttttttacTCTAGCTTGAGg
tatttttgtaaactttacaTCCATCCTTAGTTTTGTGGCTTTAGAACGTA
CACACATTTGAGCGCGTCAAGATTTCTTTTGGACCAGATAGTTGTGAAGG
TGAAAGTAGCTTCACGAGTTTTCGAGGTAGTCATCTTTGAGTCTCTCCCG
TATCTTCACTATGAGAATCATATAAGAATCTTTGTTCTGATTTCGTAAAA
AAATATTGCATGcacagaatggatgatctgttatgagattacaAAAACAT
TGAAGGCTCATTCATTGTGTACTATGAAATTTCGTTACTTAAAGTTTACA
ATCGTCGAGGTTTGAGGTAATCATTTTATTAGATTTGAAGGTTAAGTTGG
GTTAAAGTTGAGGTCAActtaaaaaactttgaaaacaaaaacaaacattt
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tccaaaaaaaagttaagtatTTAACCCCTTGGTTTGATAGTTCACTGGAC
GACTTAACGACTTCATCGCAAGCAGTAGGCAAGAGACTGGAGCTAATTAA
TTTAAAGAACTAGATATCCTGTTTCATCAAACTTTGTACCAGCTCATAGG
CTTTTatacaaaaactttcaaaatcataATCTTTGGAAATGTTGTTGGAA
ATCTTCAAGTTCTAAGACCCGAAAACAAAGCTTCGAAGATTCAAAGGTTG
GTGAAGATCGTATGACTTTGGCACAGTATGAGAAATTCTAGTCAAACGTT
GGACGAATTTGGATTATTAGTTATTAGAATATTATATATAGTTGGAAATT
TAATGGCAGATGTAGATGAAACAAAACTAAACTAGAGATTTTGATATAAG
AAATGCAGacgaaaaagtttgaaaatagttttaaatgaAACAGTTTGAAA
CTGGTTTTTGAGACATGTGCGTAAAATATGCTAGTGTATGTTCCATTCGT
GAAGGGGGGATTATAGAAAAGTCAATGATATGTAAGGTTTTCAAAGGTTT
AAGAGTCGAATAATTTTGAAACTGCAGTAACGAACATTTTCTTTTAGAAC
TCTATAAAGTTAGGTTAACTATTTGCAAAAAATccatttgaatttcaaag
gggTGTTTCGCGAAAGGCTAAGGAACGGATCTGTTGTTGGCTATCGACAT
TACCGAGTGTTAAAGTGGAACAACGTTTGTGCCAAGAGAATCTTTGAGAG
TTCTAGGTAgtaatgttttttaaatttcaatataATGAGAACCAAGACCT
ATGCTAGGATGGCGTGATGTTAGGGTAGAAATGCAATAGCTTAGAAAATT
AAGAAGATCAAAATACTTAAGAATTAGTCAATATTTATGAAACGTTTAAA
GGTGCTCAAGATTAACACTGTAAGTGTTGGCCACTAAGATctttaaaaca
aatatttttcaaggatTTGCACTAAAAATATGGTATCTTTTGGCACGTGA
AATGTATGTATGCCTCGTAATGCTTTTCTCTAGTGTGGATTTTTAATGTT
GTTTCTATTTTGACAAGGATACGTAGTCAGGAGGACACACTGCTGGTTCA
AAAGTAACAACATTAGTATCAACAAACTTAATTGGTAAAGTTGAAGGGTA
GCGACCGTCGATTTGTCAGCTTTTGGAACAGGTTAATGGAAGAAAAGTAT
AGTAGGAGTAAAAGTAGAATTTTCGTATTATTTGTGCTCCTGTACGAGGG
GGCCAAAAGGGACCGTAGACACATCTTTCTCTGAGATCTCTCTCTCTGAG
AGACTCTCTTCACAGAAAGACCTTATAGAGTTTAAGATTTCAAGAGAGAA
AAGAGTGTGGTTATTAACTAACTGCGGGTGGGATGTTTCACCATTGTTAA
TAAATTTTGGATATGTTTTCAAAGTGTTTATAATGCACGGCGGTTTTGGA
TGGAAATAAAATGTTCCCTAATTGAGGTTACACGAACGGCAGGGGCAgag
ttttaaattcttttagtTTGCAAAGAAATCTACACTACTACTGCAGTGCA
AGTGTTACACGGCCTAGTGATGGATCAATGTAAAACAATTTAGTCTTCTT
ACACTTTATGGCTttaaagcaatttagaaaagGGCAAATTGTTGGCGATG
ACTATatgatattttgtttattttgactaTTTCAAATGAGACGAAATATG
GTTAGACAAAAGTCGACAGGAACGTAACTTTTATTTAAGGTGAATTTCTC
GTAATAGAGGTACGTTTCGTCGTCCTCAGAAGCTCAGTTCCACGCCTCTT
TGAATAGGGCGTGACACCCCTTTAAAGCACCCTTAGAAAGTTTTCCAGTC
CAGTGTTCCTTTCTCTTGAAACCTTCCACGAATCTCGTTTGcatgttttc
tatttctatacAAGCTGTGAATGAGAGTTTATATCGCAACATAGCTTCCG
TTACGTCACACCGAGCGATGTTATAACATGCATAAAACAGCTAATCTCAT
TGTAACTATCATAACATGTCCTACAATATGTTATAtgttatttttttgat
aattggATAATAATACTTAATACGTATTATAGCCTTTTTGTATCTTAACC
GGCCAGGACGTCGCGTTATATTTTGATCTGTTGAACTACAGCTGATTCCG
ACTCTctatttcgatttttgagggTTCTATAagaccaATAAGAAATGTAA
AAAGTAAACGGGACCATAGCTTTTTTACGCATTATAGAAAGTTCGAAATC
AAGGGACCACGTATACAAACAGCGCATCCCATTCTAGAAATTGGATAACG
TGAAAGTGGCCTTCTCGAAGGCATGTGGGCACtacaatacaaaaaaatat
ttgagtaACCATCGAACCATGTTTCATGTACCACTATGTATATATTTTGC
GCGTGCGTTGATTCACAGAAAAATACTTaagatattttctaaatttttct
aaaagatctTCACTTGATGTTCATCAGAGATATTTTGCCTTGCCTTCCAT
TTTCCAAGAACATTACTTTTTATTCGCATTCTTGTGAAATGCGCAGCAGA
AGTTTCGATAAATTTCTGAACTggaatcaaaatattttggaaaacctATA
AAGGATAATCCCATaatattttcaatagtttgaacTCAAAGCATTTATCA
cctatatttaaaaaaatacatgtGTAAAGCTACGCGTTCTGCTTTTAAAA
GAAAGACGCAGAATTTAAGCTTGAAGCTCAACGAGAGAGAAATTTATGCA
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GGAATTTCGGAAAAAGCAAACGGTTTGAGCTTAGAGCTACTATATCAATC
TATGGGTTTCTATACATGGCTTATGGTacttatgataaaaataaaaattg
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GTAACGCAAACAAAAAATTGAGTCCGCGGCAGGATAAACTtgcgaaaaaa
aacaagctgAACAACTAAACAAAGGAAAGCTAAGAAATTTCTCAGTTAAA
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TAATATTGTataaaaattttttggaaaaagcaaAGGGATTTTTGATACAC
CTATTTTGTAacgaaatttaattttggcagaACAATGGATTATCCTCTGT
AAGTAAAGAACATTCTTCAAAAATCATTCCTTATTAGTTTGCCTTAAATT
AACTTAAAGTTGTGGGTTGTTTTATTCACCCAAAATTTTTCAGGCAAAAG
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AGCAACTCagttaataaaatcgaacgtttACCGATTAGGACAAATTAGAC
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CCAAAGGATTACTTGTGAAAGACAGTCAGCCAGATAGAAGTTTAGAGAAA
TGAATGGATATTAATTAAAGTAAGCTTACATTTTTAGTGTGATTTCAAGT
GCTTGCTGTGATCTATGCAACCAATTTTTATACCACTGCTATTCTTTCAC
GATCTTTCGAAATACTTGGTCATGCCTAGAAAGATTGGATGTTGTGAAAT
AAGTTTACAAAATAATTCATACGCATGCTGGTAGAAACCTATAGAAATAc
aactttaaaaatatatttcaatcatTTCTGACCAACCTACTATCGAAATA
TTAGGACGATATCACTTAGTTCTAGAATGGTCAGGACAACTACCGTAAAC
AGAAATTGTTCTTTTCGttcatttcattaaaaacactcTCGGGGGGAATA
TTTGTAAATctaggtttttttttatatggTTTTTAAGTTTACTTGTGAAG
GCTCATTTTACCCATTGGCCATTTTGGCCCGACTTTGATGTGCTGTAAAA
CTTGAAATATATGCCAAGCCAGCAAACTTTTTCTTGAGTAATAATTTTCT
CCAATTTCAGAAAATCTTCACTTTTCACTTacattcattttcaattttaa
aatttttttgaggaatttttataaaatcccactttgaattttttttccaa
tctcTCAATACTATGTTTGGGTGATTTAAAATAGAAAGTCTCGTCTGAGT
GAGGTCATCTTACTATTCTTGACTGCTTGATGATGACTgcgtcaaaaatt
aaaaagatcctAGGTTTATCTAAGTAAAAAAGGGTTTAGCAAAATTATGT
TGCAATATGTAATTTGAATAAATACTCCGTGCCAAACATGAATATCCAAG
TTCACGCTGTCACACTGTTTCTGTCTTTAGAGTTTGATTTCTTGACATTC
TCAGACAATTCACAATTAACCGAATTCTTCATCAAAAAAAGTATCATTTG
AACATGATAACATCTCTGGCTGTAGGCTTTGTATATATGATAGCCTATAA
AGTAATCTACTAATATAAAAAATCGGCTCATTTGGGTGACTGATATCCAA
AAATTTTCCGTTTTCTACTGATGTATTTGTACCCTGTTCTTTTCACAGTT
TTAGTGATCCACACACGCCAACAATTTTATTAACACCAACATCAGATGAT
AAGATGTCCACAACAGCTCTGTCAATGAGTGATGAAAATGATGTTTTCTC
CAGTAATGGAGGTAAGTTCACCTACCAAAATAGTTGATAGCTTgtcaata
aaaattcattgggcCAAATTCGTGTAGAATTTCGGAGTCTAAAATAATCT
ACCGTTTAAGCGATAGATTTCCGTGGATCAGTGCCGTTTTAAGAACGTCG
AAACTATGATTAGTTTATCTTTCTAACAGTTTTCTTCACTGAAAATATTC
TAATACATCAATCAGTTGAGCAAAATTATCTCTCATTCTTTTTATCAGAT
GATTATCACAACTCTGANgac
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00017618-exon-sc0000271-1491911889:272630..272708 | TCONS_00017618-exon-sc0000271-1491911889:272630..272708 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00017618-exon-sc0000271-1510915933:272630..272708 | TCONS_00017618-exon-sc0000271-1510915933:272630..272708 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00017618-exon-sc0000271-1575043694:272630..272708 | TCONS_00017618-exon-sc0000271-1575043694:272630..272708 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00017618-exon-sc0000271-1491911889:285778..285890 | TCONS_00017618-exon-sc0000271-1491911889:285778..285890 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00017618-exon-sc0000271-1510915933:285778..285890 | TCONS_00017618-exon-sc0000271-1510915933:285778..285890 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00017618-exon-sc0000271-1575043694:285778..285890 | TCONS_00017618-exon-sc0000271-1575043694:285778..285890 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00017618-exon-sc0000271-1491911889:286128..286150 | TCONS_00017618-exon-sc0000271-1491911889:286128..286150 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00017618-exon-sc0000271-1510915933:286128..286150 | TCONS_00017618-exon-sc0000271-1510915933:286128..286150 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00017618-exon-sc0000271-1575043694:286128..286150 | TCONS_00017618-exon-sc0000271-1575043694:286128..286150 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000271 | supercontig | sc0000271:272630..286150 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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