TCONS_00016875 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00016875
Unique NameTCONS_00016875
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length5022

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00016875 ID=TCONS_00016875|Name=TCONS_00016875|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5022bp
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TGTTGTGGTGGCTTTTCCGACATTGTTGTTATCTTCTCCTTCAACAATAA
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GGCTCTTGCGTTGAAACCGATCCAGTTTGTTGAGTTTTTGTAGCTTCATT
TGTTGAAACTTGCTCTAAAGGTTGAGTGGAAACTTTGCCTTGCTTTTGTG
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GTTCTCTCTTCTAAGTCTCCAGTGACCGCTGGTTGTCCTGTAGTAGATTT
TGCTTTCATGGTGATTGGCTTTTGCGTTGAATCTTGTTTTGTTGGAAGGC
TGGTAGATTTTGGAGATTCAGTTTGGATGTTTTTTGTGGTTTGTTGCTGT
GTGGTAGTGGAAATAGAACCCTCAACAAAATctgttgtttgttttgattc
tgtTGATACTTCTGGTGAACTTGTTGTGGTAAGTTGAGGTGCATCTGTTT
CAATCTTGTCTTTAGTTGTGGTTTGTTCAGATTCTGAGTCGGTGGTGATT
TCGTCGGTTGGTGAATCTGTCGTGCGTTCACTGGTGGATCCTTCAGTGAT
CACTAAAGGAGTATGGGGACCTTCTGATGGCTTTGGTAAGGTTGACTTTG
GTGAATCAGTAGTGGTTTGAGCAGCTGTTGTAAGGACTTGTTCTGTGGTC
TTAAAGTCTGGTTCTTGAGTTGTGGATTGTTCAGTTCTAAAATCTGTGAC
AACTTTAGCGTCTGGGCCTTCTGTTTGTTGTGTGGATAATACATAAAGGT
CCTCAGTTGTTGAAACTCGGCGTTGGTCAACATCGTCAACTGTTGTCTGT
TGTTGCTGTGTTGTTGGTGTTGCTTGAGTTGTGACAACAACTAGTTTGTC
GACATCATGTGTTGTGTAAGATTCTGTTGTTCGCTCCTCTTCTGTTCGGA
TTGGATCTGTAATCAGGTCTTTTGTTATCAGATCGTCAGTTCTCGTCTCT
TGAGTTGTGGAGACATACTCAGTTTGTGGCATTTGAGTAGTTATCTCTGT
CTGTCGTTTTTGCTCAGTTGTTTGAAGATCTTCAGTAGCAACCGTTGATC
GTACAGATTCAGTTGACTGTTCGCTTGTTCTAACACGATCAACTGGTGAA
GAGGTCTTTGTGCTTAGTGATTCTGTGGTCGATCGCTCTGTTGACTCTGT
TGTCTTGGCAACTTCTTCGGTAGGTTGTGGACGGGCCGTGGCGACCTCTG
GTTCATCTGTTTCGAGACCTTCAGTGACGACCGTTGTTTGGCGGATTTCT
TCCGTCGTAGGTTTCAATGTTGTAGTAGTTGTAGACGTTTTCGTTGTTGA
AGCGACAGTAGTGGCAACCTTACCGCATCGTTGTTGACATTCGACCAAGG
TGAAAAAGTTGTTTGAGTTTCCATCGCAACCACCGTATGCAAACTGCTCA
CATTTTTGTGTCTCCACATTGAAATAGTATCGAATCATATATCCAAAGCA
TTGTCCAGTATTCTTAGGCATTTCACAAATACTTTTAAATTTCGGACATA
ggacgccattttgttttggtgTTATTCCATCTCTACAGCAGCCGAGATCA
CTTTTGCAGCCTGGGCGCGCAACAACTGGTGTGTCAGTACAGAAGCCACA
TGATTTTGGACACATGGTACCCATGAAGGACTTGTAACGTTTGCAATACC
CTGGGGATGCGTACTCCAAGCATTTCACTGGTTGCTTGTCTTGGCAATTT
GATTTGTATTGATCAACTGGTC
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000253:124445..131647-

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00016875 ID=TCONS_00016875|Name=TCONS_00016875|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=7203bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000253:124445..131647- (Clytia hemisphaerica)
ACTTCAGTTTGTTGTGTGCTAACTGATTCAGTACCTTCAGTCTCCGTTTG TTGAGTACTGACTGCACCCGTTTGTTGATTACTGGCTACTTCAGCTTGCT GAGTTGCAACAGCTTCAGTTTGTTGCGTTGTAGCAGCTTCAGTTTGTCGA GTACTGGCTGCACCCGGTTGTTGAGTACTGGCTTCTTCATTTTGTTGAGT ACTGGTTTCTTCAGTTTGTTGAGTTGTAGCAGCTTCAGTTTGTTGTGTAC TTGCTACTTCAATTTGTTGAGTGCTGGCTATTTCAGTTTGTTGAGTTGTA GCAGCTTCAGTTTGTTGAGTTGTACCTGCTTCAGTTTGTTGAGTACTGAC TGCACCCGTTTGTTGATTACTGGCTACTTCAGTTTGCTGAGTTGCAACAG CTTCAGTTTGTTGAGTACTGGCTGCTTCAGTTTGTTGCGTTGTGACTTTC TCTGTGGCTTCAGTTTCGGTTGGGACTGTTTTCTCTACAAGTGGTGCTAG CGTTGCTGTATCGTCATTTTTTTCTGTTTGAATGTTTGTTGTCGCAGATA TTGTTGACTTTGTTGTTGATGTTGTCTGTTCAATCTGTTGAGTAGTGACT GCCTCTGTTTGCTCAGTAGTTACAACTTCTTTCGTTGCTAAAGCCTCTGT TTGTTCAGTGGTAGGTTCTTGTGTTGCAATTTCTTCAGTTTGTTGGGTAG ACTTTACAGCTTCAGTTTTCTGAGTAAATGATTCAGTTTGCTCAGTGAGA GGCTTTTGAGTCGTTGAAGTTATCGTTTCAGTAAGAGCAGCCGTAACCTC CTTCATAATTGCTGTAGTGGATTGAGCTACGGTGTTTTCAGTTTGTTGAG TTGTTTTAACACTTTCTGTTTCTGGTTCGACAGTCGTAGCCAGGTCAGTT ATTTCCCTTGTTACAGCAACGGTAGTCTCAGCTTCAGGTTGTTGTGTAGT CTTTACAACTTCTGTAATTCCGTTAGCTTCTGTGGTAGACGTCGTTGTTG GAGCTACGGTCGTTTCTACGGCTTCAGTTTGAACTTGTTTTTCATCCGGA AGTGTTTTAAGTGTTTCGGTAACAGCTTCTTTAGTGACGATTTTGACGAG TGTTGTCGATGCTGTCGTGGTTGTTGTGGTGGCTTTTCCGACATTGTTGT TATCTTCTCCTTCAACAATAACAATAGGAGAAACTGGTTCTTTTGTTGTG GAAGTACGTGGTTCTTTCGTTACGACAGACTCCCCTGTTGTGATGTCTTT GGTTACAATTGGCCCCTCGGTTGTGGCTGACTCCGTAGTTTCTGATTCTT GCGTTACAGACTCTTGAGTTGTAGGAGATTCTGTTATTTTGGCCTCAGTC GTGACTGATTCTTGGGTAGCAGTTACTTGCGTAGTTTGAGCTTCAGTTTG TTGAGCAGTAACTTGCTCTTGTGTTGAGGCTGATTCAGTTTGGTGACTAG TAACAGATTCTTGTGTCGTAACTGACTCAGCTTCCCGTGCTTTAGTTGTG ACATCTGAGGCTTCTGTTTGAGTAGAAACAGCAGTGGGTTGTTGTGTTGT TGCGGCGGTTACGTCTGGTTGTGTTACTTCTACAATAGTTCCTTGCGTTG TTTCTTGTTCAGTACTTTCAGTTTGAGGGGTCTCAGTTGAAATCTCTTTG ATTTCATCTGTTGTTTTTGAATCTGTTGCAAGCTCTGTTTGCCCAGTGGT AGCTGCTTCTGTTTGGACTTGCTGAGTAGTGGCTGATTTAGTTTGTTGGG TTAACACTTCTTCAGTTGTCGATTCTCGCTCTGGTAATGGAGTTGTTGTA GCTTCAGTTTGTCCCGTTTTAGGTTCTTGCGTTGAAACCGATACAGTTTG TTGAGTAGAAACATCTTTTGTTTTAAGCTCTTCTGTACTAGCAAGTTCAG TTGGTTTTTGGGTCGACAATGCAATGTTTTGAGTGCTTTCACTTTCAGTT TTTCCTTCGGTACTTGAAACACTCTCTGGTGCTTTGGATGGTTGTTGGGT TGTGGTGATCTGTTGAGTAATGACTGTTTCTGTTTGTGTGCTGACATCTG TGGCGACTTTTTTGGTTGTAGAAACTTGTGCTTCTTCTGTCGTTGCTTTT GGTTCTGGAGTGGTTCTTGTTTCAGTTTTTTCTCCAGTACTGCTAACAGT CACATAGACAGTAACATCCTCTGGAGTTTCGGATGGTTTTGGAGATGGTG TTGTTTGAGAGACTGTTGCAACTTTTTCTGTTGGTCCTGTCTCAGTTTGT TCTGTAACGACCTCAACAGTTTGTCTTGTGCTAGCACTAGGATCAGTAGT AGTAGTCGGTGCTGGTACTTGAGTGGAAACGACTAGTGGTGCATCAGTTT CTGGTTGCTGTGTAGTAGCTGATTTGGTGATTTCAGTTATTTGTTCTGTT TGCTGAGTAGTCATGACTTCAGTAGCTTCTGTCATTGTTTGTCGAGTCGT TGGCGAGTNGCTTCAGGTTGTTGTGTAGTCTTTACAACTTCTGTAATTCC GTTAGCTTCTGTGGTAGACGTCGTTGTTGGAGCTACGGTCGTTTCTACGG CTTCAGTTTGAACTTGTTTTTCATCCGGAAGTGTTTTAAGTGTTTCGGTA ACAGCTTCTTTAGTGACGATTTTGACGAGTGTTGTCGATGCTGTCGTGGT TGTTGTGGTGGCTTTTCCGACATTGTTGTTATCTTCTCCTTCAACAATAA CAATAGGAGAAACTGGTTCTTTTGTTGTGGAAGTACGTGGTTCTTTCGTT ACGACAGACTCCCCTGTTGTGATGTATTTGGTTACAATTGGCCCCTCGGT TGTGGCTGACTCCGTAGTTTCTGATTCTTGCGTTACAGACTCTTGAGTTG 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TGTCTTGTGCTAGCACTAGGATCAGTAGTAGTAGTCGGTGCTGGTACTTG AGTGGAAACGACTAGTGGTGCATCAGTTTCTGGTTGCTGTGTAGTAGCTG ATTTGGTGATTTCAGTTATTTGTTCTGTTTGCTGAGTAGTCATGACTTCA GTAGCTTCTGTCATTGTTTGTCGAGTCGTTGGCGAGTCTGTTTGTTCTGT GACTGTCTCCTGTGTGGTGACAATTTCTGTCTTTTCCGTTTGAGGCGCTT GGGTCGTAGCAGATTCGGTAATGTCGGTAACATCTGTGATTGATTGAGTT TGTGGAGCTGCGGATTGTTGTGTTGTAACTGAATCAGTTTGCTGAGTTAC AGGTTGTTGTGTTGTAACTGAATGAGTTTGTTTAGTTACAGGTTGTTGTG TTGTGACTGAATCAGTTTGTTTAGTTGCAGGCTTTTGTGTTGTAACTGAA TCAGTTTGTTTAGTTACAGGTTGTTGTGTTGTGACTGAATCAGTTTGTTT AGTTGCAGGCTCTTGTGTTGTAACTAAATCAGTTTGTTTAGTTGCAGGCT CTTGTGTTGTGACTGAATCAGTTTGTTTAGTTGCAGGCTCTTGTGTTGTA ACTAAATCAGTTTGTTTAGTTGCAGGCTCTTGTGTTGTAACTGAATCAGT TTGTTGAGTTACAGGTTGTTGTGTTGTGACTGAATCAGTTTGTTGGGTTG CAGGTCCTTGTGTTGTAACTGAATCAGTTCGTTTAGTAGCAGGCTCTTGT GTTGTAACTGAATCAGTTTGTTGGGTTGCAGGTTCTTGTGTTGTAACATA ATCAGTTTGTTGAGTTGCAAGCTCTTGTGTTGTAACTGAATCAGTTTGTT GGGTTGCAGGTTTTTGTGTTGTAACAGAATCAGTTTGTTGAGTTGCAGGC TCTTGTGTTGTAACTGAATCAGTTTGTTTAGTAGCAGGCTCTTGTGTTGT 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CAGTGACCGCTGGTTGTCCTGTAGTAGATTTTGCTTTCATGGTGATTGGC TTTTGCGTTGAATCTTGTTTTGTTGGAAGGCTGGTAGATTTTGGAGATTC AGTTTGGATGTTTTTTGTGGTTTGTTGCTGTGTGGTAGTGGAAATAGAAC CCTCAACAAAATCTGTTGTTTGTTTTGATTCTGTTGATACTTCTGGTGAA CTTGTTGTGGTAAGTTGAGGTGCATCTGTTTCAATCTTGTCTTTAGTTGT GGTTTGTTCAGATTCTGAGTCGGTGGTGATTTCGTCGGTTGGTGAATCTG TCGTGCGTTCACTGGTGGATCCTTCAGTGATCACTAAAGGAGTATGGGGA CCTTCTGATGGCTTTGGTAAGGTTGACTTTGGTGAATCAGTAGTGGTTTG AGCAGCTGTTGTAAGGACTTGTTCTGTGGTCTTAAAGTCTGGTTCTTGAG TTGTGGATTGTTCAGTTCTAAAATCTGTGACAACTTTAGCGTCTGGGCCT TCTGTTTGTTGTGTGGATAATACATAAAGGTCCTCAGTTGTTGAAACTCG GCGTTGGTCAACATCGTCAACTGTTGTCTGTTGTTGCTGTGTTGTTGGTG TTGCTTGAGTTGTGACAACAACTAGTTTGTCGACATCATGTGTTGTGTAA GATTCTGTTGTTCGCTCCTCTTCTGTTCGGATTGGATCTGTAATCAGGTC TTTTGTTATCAGATCGTCAGTTCTCGTCTCTTGAGTTGTGGAGACATACT CAGTTTGTGGCATTTGAGTAGTTATCTCTGTCTGTCGTTTTTGCTCAGTT GTTTGAAGATCTTCAGTAGCAACCGTTGATCGTACAGATTCAGTTGACTG TTCGCTTGTTCTAACACGATCAACTGGTGAAGAGGTCTTTGTGCTTAGTG ATTCTGTGGTCGATCGCTCTGTTGACTCTGTTGTCTTGGCAACTTCTTCG GTAGGTTGTGGACGGGCCGTGGCGACCTCTGGTTCATCTGTTTCGAGACC TTCAGTGACGACCGTTGTTTGGCGGATTTCTTCCGTCGTAGGTTTCAATG TTGTAGTAGTTGTAGACGTTTTCGTTGTTGAAGCGACAGTAGTGGCAACC TTACCGCATCGTTGTTGACATTCGACCAAGGTGAAAAAGTTGTTTGAGTT TCCATCGCAACCACCGTATGCAAACTGCTCACATTTTTGTGTCTCCACAT TGAAATAGTATCGAATCATATATCCAAAGCATTGTCCAGTATTCTTAGGC ATTTCACAAATACTTTTAAATTTCGGACATAGGACGCCATTTTGTTTTGG TGTTATTCCATCTCTACAGCAGCCGAGATCACTTTTGCAGCCTGGGCGCG CAACAACTGGTGTGTCAGTACAGAAGCCACATGATTTTGGACACATGGTA CCCATGAAGGACTTGTAACGTTTGCAATACCCTGGGGATGCGTACTCCAA GCATTTCACTGGTTGCTTGTCTTGGCAATTTGATTTGTATTGATCAACTG GTC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_009445XLOC_009445Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00016875-exon-sc0000253-1575043694:128364..131647TCONS_00016875-exon-sc0000253-1575043694:128364..131647Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00016875-exon-sc0000253-1575043694:124445..126182TCONS_00016875-exon-sc0000253-1575043694:124445..126182Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00016875-exon-sc0000253-1510915933:128364..131647TCONS_00016875-exon-sc0000253-1510915933:128364..131647Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00016875-exon-sc0000253-1510915933:124445..126182TCONS_00016875-exon-sc0000253-1510915933:124445..126182Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00016875-exon-sc0000253-1491911889:124445..126182TCONS_00016875-exon-sc0000253-1491911889:124445..126182Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000253supercontigsc0000253:124445..131647 -
Expression

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Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00016875 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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