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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00012519 ID=TCONS_00012519|Name=TCONS_00012519|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=487bp
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ACTGTTGCTGTTCAAGGCTCCGGTTGGGGATGGCTTG Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000145:338957..356423+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00012519 ID=TCONS_00012519|Name=TCONS_00012519|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=17467bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000145:338957..356423+ (Clytia hemisphaerica)
ttttacagAAACTAAAtaattaaaacataaaaaatgctGTCGACAGTCGC
TCGAAACACGCGTCGTGCACTTTCAAAACAAGCTCTGCAATCAGTACAAG
TGGCATCAAAACACACTTTGCCAGCTCTAGATTATGAATACTCATCATTG
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GATTTCATTCGAGAAAAATAGCTCCTATTCACTCTTTAAGGTTGGGATCC
AGAAAACAAGAATCTATAAGAAAAGCAAAGAAATTAAACAACTTACCCAT
GATTTGTTCAACACGTTTCTCCATCTCTTTTACGCGACTTTGCTTCTTAG
CGTAATGTTGTTTTTCAGGCGCCTTAAAGCAGCTTTGCCACTCTCCCTTC
TCTTGCTTTTGATTCAAAAGGAAGGATCTCTCTTGAATCACCTGTTCAAC
GACATCCCGCTCCTCTTGCCAAAGACCCAAGTCTTGGCACGGCaaaacaa
aaacctttaaaGAGTTCCTCATTTCTATGACGAACTGatggtttttattt
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TTGAATTGACTTCTTTTAATCcaattaaaatatatttcactATAAATCCA
ACTTTAAAAAAGCtcctttcaaactttttgcGGCTTGATAGGTTGGGTTT
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TACGGCGAAAGtctgaaaaaattatttcttgaaaatagttttataaaaga
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CTCTTGCAGGTGATTTGTTAGCAGCGATCGTTCGTGATTTCGGATCATTT
GCAAACATGAAAGAACAATTGACGAATGCAACTGTTGCTGTTCAAGGCTC
CGGTTGGGGATGGCTTG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00012519-exon-sc0000145-1491911889:338957..339218 | TCONS_00012519-exon-sc0000145-1491911889:338957..339218 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012519-exon-sc0000145-1510915933:338957..339218 | TCONS_00012519-exon-sc0000145-1510915933:338957..339218 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012519-exon-sc0000145-1575043694:338957..339218 | TCONS_00012519-exon-sc0000145-1575043694:338957..339218 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012519-exon-sc0000145-1491911889:340757..340873 | TCONS_00012519-exon-sc0000145-1491911889:340757..340873 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012519-exon-sc0000145-1510915933:340757..340873 | TCONS_00012519-exon-sc0000145-1510915933:340757..340873 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012519-exon-sc0000145-1575043694:340757..340873 | TCONS_00012519-exon-sc0000145-1575043694:340757..340873 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012519-exon-sc0000145-1491911889:356316..356423 | TCONS_00012519-exon-sc0000145-1491911889:356316..356423 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012519-exon-sc0000145-1510915933:356316..356423 | TCONS_00012519-exon-sc0000145-1510915933:356316..356423 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012519-exon-sc0000145-1575043694:356316..356423 | TCONS_00012519-exon-sc0000145-1575043694:356316..356423 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000145 | supercontig | sc0000145:338957..356423 + |
Blast
BLAST of TCONS_00012519 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: SODM (Superoxide dismutase [Mn], mitochondrial OS=Homo sapiens GN=SOD2 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 198.749 bits (504), Expect = 6.808e-64 Identity = 96/151 (63.58%), Postives = 114/151 (75.50%), Query Frame = 1
Query: 34 MLSTVARNTRRALSKQALQSVQVASKHTLPALDYEYSSLQPIISEEIMTLHHSKHHQTYVNNLNAAEEQLQDALSQGDLPKVIGLQPALRFNGGGHINHTIFWTNLSPNGGGEPKGDLLAAIVRDFGSFANMKEQLTNATVAVQGSGWGWL 486
MLS T R L+ AL + KH+LP L Y+Y +L+P I+ +IM LHHSKHH YVNNLN EE+ Q+AL++GD+ I LQPAL+FNGGGHINH+IFWTNLSPNGGGEPKG+LL AI RDFGSF KE+LT A+V VQGSGWGWL
Sbjct: 1 MLSRAVCGTSRQLAP-ALGYLGSRQKHSLPDLPYDYGALEPHINAQIMQLHHSKHHAAYVNNLNVTEEKYQEALAKGDVTAQIALQPALKFNGGGHINHSIFWTNLSPNGGGEPKGELLEAIKRDFGSFDKFKEKLTAASVGVQGSGWGWL 150
The following BLAST results are available for this feature:
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