TCONS_00012504 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00012504
Unique NameTCONS_00012504
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length765

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00012504 ID=TCONS_00012504|Name=TCONS_00012504|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=765bp
acttttgacaaaaaaaacttgCAATTTGTTGAGTCAAATTACAATGGCTT
ATCCAGGATATGGTGCTCCTGCCCCAGGAGGCTATCCAGCTCAAGGCTAC
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ATTTAACAAGCGTTTTTACCTAAAAACGTGTAGTCACATTCCAAGAACGC
AAACTCAAAGTCGGT
Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00012504-protein

>TCONS_00012504-protein ID=TCONS_00012504-protein|Name=TCONS_00012504-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=205bp
LLTKKTCNLLSQITMAYPGYGAPAPGGYPAQGYPPQQPADPLYGYFQAVA
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EFRELWGALNQWKNTFVAFDRDRSGTIDPNELHQAIAQWGYRLTPQALNI
IVTRYSINNQIKFDDFISAAVRLRLLTDHFRRRDTTQTGYSNFGYDDFIQ
VTMFA
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000145:255576..268527+

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00012504 ID=TCONS_00012504|Name=TCONS_00012504|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=12952bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000145:255576..268527+ (Clytia hemisphaerica)
acttttgacaaaaaaaacttgCAATTTGTTGAGTCAAATTACAATGGCTT
ATCCAGGATATGGTGCTCCTGCCCCAGGAGGCTATCCAGCTCAAGGCTAC
CCACCACAACAACCAGTAGGTGTTATTTATGTGCAAATTGCAAGTgcaaa
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ATTTGCCGACGTAATTTACACTCTAGGTAGGCGTCAtgacaaaagaaatg
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tccattctctttataaaacataaaacttattAACACAATTATTAATGATA
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TGAGTACATCACAAGCAATGTATGAAAAGCTATACTGGATGACCAGTTTT
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tatttaggcaaatggagggtacggtatatgtgccgcccttaagggtagct
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CCCCTCCTCCTTAACGCCATAATGTGTGTGTCACTCTACCcccaagttac
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TTGTGGCTTTCGACCGTGATCGATCAGGAACCATTGACCCAAACGAACTT
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ATTATCTAATCATTTTAATAGGTTATAGATTGACTCCTCAAGCATTGAAT
ATCATTGTTACTCGTTACTCtatcaacaatcaaatcaaattcgACGATTT
CATCTCAGCTGCTGTCCGCCTTAGGCTCTTGACAGGTATGTAGACCTTGA
GCAAGTTAATTTCAACTTGTTTTTTAgcctttttagaaaaagaaacatgc
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CTCtttgttggacctacctccgggtaccccggtggaggttctataaatta
acccatgtccgttcgttcgtccgttcgttcgtccgtccgtccgtctgtta
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tttggactttgtgcaaaatcctgtcattacttttttctgattttttgtac
aaagatggagggaagactctctaaagaatggctgaagtggtttttcctgg
aaaattcttattcgccttaaaagacggattttcgtattttggggaaattc
cctttaaccaaataagaaaNatttttctgattttttgcacaatgatgcaa
aatgacaatgcccaaaatgtgacggagccagatttttaaggaaaattttt
ttgggcaaatttGGGCCAAAAACAGgttaaaaggttttttgggcctgaat
gatttaagtgattttcgtatttggggaaattcctttttaccattttacat
tattcaacacacgagctttatttttccattctgaatttttgtacaattat
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AGGTGATAGGACAATACTGTAAATAATCTATGCTATTTTCTATAATTAAT
AATCAGAATCCAATTTTCCGTTGTGGAATAAGCTTCGCAACATTTTTTTA
CCTTATCACCTTTTTAATACTCTTTATAGATCACTTCAGACGAAGAGATA
CGACGCAAACTGGATATTCCAATTTTGGATATGACGACGTAAGTCTTATT
CTATCGatcctttttcgaaaatttatttGAGTCTGttcaattacttttta
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TGTCGAAAAATGATAACTTCCATTCTAGTAATTGTTGAGgaaatttgaaa
tgtttgcTTCTTTGAATCTAATTAAATAGACAAGATACCATAAGTGGATa
gattttggcgggaatttaattttaatttggcgaatgctcaattttataaa
atttggtgTGGATTTAATATGGCGAAAGACAAAGTGTTTTTTATTAAGGT
GTTTTGTTGAAGCAAATCGGTTATAAAGGTAGAAAATAGTTTGTTAAATT
TATACGGTTAATACACGATCGGCTTAAGAAAGGCAAGAAtagttttctga
aatttctcgataaaaacatgatttttctttaatttagcCGTAGAGAAACT
TCTAAAAATTtggcggaaatttaatttgccaaaatttattcACTTATGGT
AGCTACTTAATGTATCCGTGTTCTATTACGACTGAGATTGTTGCCTAGAT
CATGATCAGCTGAGGACAACGATTTTGcaggtcaaaactgcgggtttttc
tTAATCGTCACTCCACcctcctcaaaagtgcaaatacattaAGATCTCGT
AATTTataaaatgatttctttttaattttcagtttatTCAAGTTACGATG
TTTGCttgagcttcaatcaaactaaACTCAATTGATGTGGACGAGTAAGC
Agaataatctaaaatgaaaatgcagaataacaatgtaactttttcatcaa
tttaCTACAGAATTTACACAAATGCAGATTCATATttattttctgtaatt
ttttccACATAATTTTCTTGATGCACTTTTTATTATGTGAacctcttttt
tattttatatgcGTTTGTTTTAGTTGGGAATTATTTTGTCGATGTACTCA
GATGTACTTATGATTTGGAATATAGTAGTATTTTATGAAAAGatcttaaa
ataaaatttatttggaaATCAGTTTGTTCATCATTCGTCCGTTCTCATAA
TGTCTCGATTTCTGTGTTTTTCTGTTTGCAGGTCCAAATTTAACAAGCGT
TTTTACCTAAAAACGTGTAGTCACATTCCAAGAACGCAAACTCAAAGTCG
GT

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000145:255576..268527+

>TCONS_00012504 ID=TCONS_00012504|Name=TCONS_00012504|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=4326bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000145:255576..268527+ (Clytia hemisphaerica)
cttttgacaaaaaaaacttgCAATTTGTTGAGTCAAATTACAATGGCTTA
TCCAGGATATGGTGCTCCTGCCCCAGGAGGCTATCCAGCTCAAGGCTACC
CACCACAACAACCAGCTGACCCATTATATGGCTATTTCCAAGCTGTTGCA
GGTGCTGACGGTGCAATTGATGCACAAGAATTACAAAGATGCTTGACCTC
ATCTGGTTTTTCAGGAAATTATCAAATGTTCAGTATGGAAGCTTGTCGCC
TCATGATTTGTATGTTGGACAGAGACTATTCAGGGAAAATGGGTTTCAAT
GAATTCAGAGAACTATGGGGTGCTCTCAACCAATGGAAGAATACATTTGT
GGCTTTCGACCGTGATCGATCAGGAACCATTGACCCAAACGAACTTCATC
AAGCTATCGCACAATGGGGTTATAGATTGACTCCTCAAGCATTGAATATC
ATTGTTACTCGTTACTCtatcaacaatcaaatcaaattcgACGATTTCAT
CTCAGCTGCTGTCCGCCTTAGGCTCTTGACAGATCACTTCAGACGAAGAG
ATACGACGCAAACTGGATATTCCAATTTTGGATATGACGACtttatTCAA
GTTACGATGTTTGCttgacttttgacaaaaaaaacttgCAATTTGTTGAG
TCAAATTACAATGGCTTATCCAGGATATGGTGCTCCTGCCCCAGGAGGCT
ATCCAGCTCAAGGCTACCCACCACAACAACCAGCTGACCCATTATATGGC
TATTTCCAAGCTGTTGCAGGTGCTGACGGTGCAATTGATGCACAAGAATT
ACAAAGATGCTTGACCTCATCTGGTTTTTCAGGAAATTATCAAATGTTCA
GTATGGAAGCTTGTCGCCTCATGATTTGTATGTTGGACAGAGACTATTCA
GGGAAAATGGGTTTCAATGAATTCAGAGAACTATGGGGTGCTCTCAACCA
ATGGAAGAATACATTTGTGGCTTTCGACCGTGATCGATCAGGAACCATTG
ACCCAAACGAACTTCATCAAGCTATCGCACAATGGGGTTATAGATTGACT
CCTCAAGCATTGAATATCATTGTTACTCGTTACTCtatcaacaatcaaat
caaattcgACGATTTCATCTCAGCTGCTGTCCGCCTTAGGCTCTTGACAG
ATCACTTCAGACGAAGAGATACGACGCAAACTGGATATTCCAATTTTGGA
TATGACGACtttatTCAAGTTACGATGTTTGCttgacttttgacaaaaaa
aacttgCAATTTGTTGAGTCAAATTACAATGGCTTATCCAGGATATGGTG
CTCCTGCCCCAGGAGGCTATCCAGCTCAAGGCTACCCACCACAACAACCA
GCTGACCCATTATATGGCTATTTCCAAGCTGTTGCAGGTGCTGACGGTGC
AATTGATGCACAAGAATTACAAAGATGCTTGACCTCATCTGGTTTTTCAG
GAAATTATCAAATGTTCAGTATGGAAGCTTGTCGCCTCATGATTTGTATG
TTGGACAGAGACTATTCAGGGAAAATGGGTTTCAATGAATTCAGAGAACT
ATGGGGTGCTCTCAACCAATGGAAGAATACATTTGTGGCTTTCGACCGTG
ATCGATCAGGAACCATTGACCCAAACGAACTTCATCAAGCTATCGCACAA
TGGGGTTATAGATTGACTCCTCAAGCATTGAATATCATTGTTACTCGTTA
CTCtatcaacaatcaaatcaaattcgACGATTTCATCTCAGCTGCTGTCC
GCCTTAGGCTCTTGACAGATCACTTCAGACGAAGAGATACGACGCAAACT
GGATATTCCAATTTTGGATATGACGACtttatTCAAGTTACGATGTTTGC
ttgacttttgacaaaaaaaacttgCAATTTGTTGAGTCAAATTACAATGG
CTTATCCAGGATATGGTGCTCCTGCCCCAGGAGGCTATCCAGCTCAAGGC
TACCCACCACAACAACCAGCTGACCCATTATATGGCTATTTCCAAGCTGT
TGCAGGTGCTGACGGTGCAATTGATGCACAAGAATTACAAAGATGCTTGA
CCTCATCTGGTTTTTCAGGAAATTATCAAATGTTCAGTATGGAAGCTTGT
CGCCTCATGATTTGTATGTTGGACAGAGACTATTCAGGGAAAATGGGTTT
CAATGAATTCAGAGAACTATGGGGTGCTCTCAACCAATGGAAGAATACAT
TTGTGGCTTTCGACCGTGATCGATCAGGAACCATTGACCCAAACGAACTT
CATCAAGCTATCGCACAATGGGGTTATAGATTGACTCCTCAAGCATTGAA
TATCATTGTTACTCGTTACTCtatcaacaatcaaatcaaattcgACGATT
TCATCTCAGCTGCTGTCCGCCTTAGGCTCTTGACAGATCACTTCAGACGA
AGAGATACGACGCAAACTGGATATTCCAATTTTGGATATGACGACtttat
TCAAGTTACGATGTTTGCttgacttttgacaaaaaaaacttgCAATTTGT
TGAGTCAAATTACAATGGCTTATCCAGGATATGGTGCTCCTGCCCCAGGA
GGCTATCCAGCTCAAGGCTACCCACCACAACAACCAGCTGACCCATTATA
TGGCTATTTCCAAGCTGTTGCAGGTGCTGACGGTGCAATTGATGCACAAG
AATTACAAAGATGCTTGACCTCATCTGGTTTTTCAGGAAATTATCAAATG
TTCAGTATGGAAGCTTGTCGCCTCATGATTTGTATGTTGGACAGAGACTA
TTCAGGGAAAATGGGTTTCAATGAATTCAGAGAACTATGGGGTGCTCTCA
ACCAATGGAAGAATACATTTGTGGCTTTCGACCGTGATCGATCAGGAACC
ATTGACCCAAACGAACTTCATCAAGCTATCGCACAATGGGGTTATAGATT
GACTCCTCAAGCATTGAATATCATTGTTACTCGTTACTCtatcaacaatc
aaatcaaattcgACGATTTCATCTCAGCTGCTGTCCGCCTTAGGCTCTTG
ACAGATCACTTCAGACGAAGAGATACGACGCAAACTGGATATTCCAATTT
TGGATATGACGACtttatTCAAGTTACGATGTTTGCttgacttttgacaa
aaaaaacttgCAATTTGTTGAGTCAAATTACAATGGCTTATCCAGGATAT
GGTGCTCCTGCCCCAGGAGGCTATCCAGCTCAAGGCTACCCACCACAACA
ACCAGCTGACCCATTATATGGCTATTTCCAAGCTGTTGCAGGTGCTGACG
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TCAGGAAATTATCAAATGTTCAGTATGGAAGCTTGTCGCCTCATGATTTG
TATGTTGGACAGAGACTATTCAGGGAAAATGGGTTTCAATGAATTCAGAG
AACTATGGGGTGCTCTCAACCAATGGAAGAATACATTTGTGGCTTTCGAC
CGTGATCGATCAGGAACCATTGACCCAAACGAACTTCATCAAGCTATCGC
ACAATGGGGTTATAGATTGACTCCTCAAGCATTGAATATCATTGTTACTC
GTTACTCtatcaacaatcaaatcaaattcgACGATTTCATCTCAGCTGCT
GTCCGCCTTAGGCTCTTGACAGATCACTTCAGACGAAGAGATACGACGCA
AACTGGATATTCCAATTTTGGATATGACGACtttatTCAAGTTACGATGT
TTGCttgacttttgacaaaaaaaacttgCAATTTGTTGAGTCAAATTACA
ATGGCTTATCCAGGATATGGTGCTCCTGCCCCAGGAGGCTATCCAGCTCA
AGGCTACCCACCACAACAACCAGCTGACCCATTATATGGCTATTTCCAAG
CTGTTGCAGGTGCTGACGGTGCAATTGATGCACAAGAATTACAAAGATGC
TTGACCTCATCTGGTTTTTCAGGAAATTATCAAATGTTCAGTATGGAAGC
TTGTCGCCTCATGATTTGTATGTTGGACAGAGACTATTCAGGGAAAATGG
GTTTCAATGAATTCAGAGAACTATGGGGTGCTCTCAACCAATGGAAGAAT
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ACGAAGAGATACGACGCAAACTGGATATTCCAATTTTGGATATGACGACt
ttatTCAAGTTACGATGTTTGCttga
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_007028XLOC_007028Clytia hemisphaericagene
The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00012504-proteinTCONS_00012504-proteinClytia hemisphaericapolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000145supercontigsc0000145:255576..268527 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values : 
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
321.736	348.799	374.222	347.298	113.28	130.896	135.096	156.921	379.631	424.191	376.798	253.599	266.825	281.01	312.579	346.801	289.036	308.167	235.181	257.444	213.746	218.06	194.477	198.331	118.315	102.109	242.938	219.723	174.127	146.141
Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
TermDefinition
IPR002048EF_hand_dom
IPR018247EF_Hand_1_Ca_BS
IPR011992EF-hand-dom_pair
Vocabulary: Molecular Function
TermDefinition
GO:0005509calcium ion binding
GO Annotation
GO Assignments
This transcript is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
molecular_function GO:0005509 calcium ion binding
Blast
[Close]
BLAST of TCONS_00012504 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: SORCN (Sorcin OS=Homo sapiens GN=SRI PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 232.261 bits (591), Expect = 7.921e-76
Identity = 105/164 (64.02%), Postives = 124/164 (75.61%), Query Frame = 2 
Query:  119 DPLYGYFQAVAGADGAIDAQELQRCLTSSGFSGNYQMFSMEACRLMICMLDRDYSGKMGFNEFRELWGALNQWKNTFVAFDRDRSGTIDPNELHQAIAQWGYRLTPQALNIIVTRYSINNQIKFDDFISAAVRLRLLTDHFRRRDTTQTGYSNFGYDDFIQVTM 610
            DPLYGYF AVAG DG IDA ELQRCLT SG +G Y+ F++E CRLM+ MLDRD SG MGFNEF+ELW  LN W+  F++FD DRSGT+DP EL +A+   G+RL+PQA+N I  RYS N +I FDD+I+  V+LR LTD FRRRDT Q G  NF YDDFIQ  M
Sbjct:   33 DPLYGYFAAVAGQDGQIDADELQRCLTQSGIAGGYKPFNLETCRLMVSMLDRDMSGTMGFNEFKELWAVLNGWRQHFISFDTDRSGTVDPQELQKALTTMGFRLSPQAVNSIAKRYSTNGKITFDDYIACCVKLRALTDSFRRRDTAQQGVVNFPYDDFIQCVM 196
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00012504 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
SORCN7.921e-7664.02Sorcin OS=Homo sapiens GN=SRI PE=1 SV=1[more]
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