TCONS_00012502 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00012502
Unique NameTCONS_00012502
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length975

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00012502 ID=TCONS_00012502|Name=TCONS_00012502|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=975bp
CCGTTACTAAATTTGTTTTGGGTCTGCTAATAAAAAATTCTATAAGAGCA
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000145:255214..268384+

Legend: exon
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>TCONS_00012502 ID=TCONS_00012502|Name=TCONS_00012502|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=13171bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000145:255214..268384+ (Clytia hemisphaerica)
CCGTTACTAAATTTGTTTTGGGTCTGCTAATAAAAAATTCTATAAGAGCA
AAGAAGTAAAAAGTAACAGCAGGAAAGCGGGCTTGCATTCTCAAACAGTC
TCGAAGCCAATTCTTGGGGAAATAATCAAAGTTCTACTACGAAGAATTTA
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TCTATAATTAATAATCAGAATCCAATTTTCCGTTGTGGAATAAGCTTCGC
AACATTTTTTTACCTTATCACCTTTTTAATACTCTTTATAGATCACTTCA
GACGAAGAGATACGACGCAAACTGGATATTCCAATTTTGGATATGACGAC
GTAAGTCTTATTCTATCGatcctttttcgaaaatttatttGAGTCTGttc
aattactttttaaaatttggagGGATGGTATGACTTCAGTAGTTATTGAT
TGGTACTCAGTATGTCGAAAAATGATAACTTCCATTCTAGTAATTGTTGA
GgaaatttgaaatgtttgcTTCTTTGAATCTAATTAAATAGACAAGATAC
CATAAGTGGATagattttggcgggaatttaattttaatttggcgaatgct
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TTTTATTAAGGTGTTTTGTTGAAGCAAATCGGTTATAAAGGTAGAAAATA
GTTTGTTAAATTTATACGGTTAATACACGATCGGCTTAAGAAAGGCAAGA
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TGTTGCCTAGATCATGATCAGCTGAGGACAACGATTTTGcaggtcaaaac
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ttaAGATCTCGTAATTTataaaatgatttctttttaattttcagtttatT
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ttttctgtaattttttccACATAATTTTCTTGATGCACTTTTTATTATGT
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TCGATGTACTCAGATGTACTTATGATTTGGAATATAGTAGTATTTTATGA
AAAGatcttaaaataaaattt
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_007028XLOC_007028Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00012502-exon-sc0000145-1491911889:255214..255384TCONS_00012502-exon-sc0000145-1491911889:255214..255384Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00012502-exon-sc0000145-1510915933:255214..255384TCONS_00012502-exon-sc0000145-1510915933:255214..255384Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00012502-exon-sc0000145-1575043694:255214..255384TCONS_00012502-exon-sc0000145-1575043694:255214..255384Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00012502-exon-sc0000145-1491911889:262454..262495TCONS_00012502-exon-sc0000145-1491911889:262454..262495Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00012502-exon-sc0000145-1575043694:262835..263017TCONS_00012502-exon-sc0000145-1575043694:262835..263017Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00012502-exon-sc0000145-1491911889:265619..265697TCONS_00012502-exon-sc0000145-1491911889:265619..265697Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00012502-exon-sc0000145-1491911889:267305..267363TCONS_00012502-exon-sc0000145-1491911889:267305..267363Clytia hemisphaericaexon
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000145supercontigsc0000145:255214..268384 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values : 
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
270.422	286.066	341.262	305.723	122.804	44.2041	80.9052	66.4429	70.2477	70.8742	66.0751	53.523	43.9825	16.913	38.9505	36.4235	66.0822	87.0042	53.8098	46.1325	70.3329	75.2885	92.0329	85.4311	0.548595	30.7155	35.9867	28.3225	29.5152	39.775
Blast
[Close]
BLAST of TCONS_00012502 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: SORCN (Sorcin OS=Homo sapiens GN=SRI PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 233.417 bits (594), Expect = 2.587e-75
Identity = 105/164 (64.02%), Postives = 124/164 (75.61%), Query Frame = 1 
Query:  175 DPLYGYFQAVAGADGAIDAQELQRCLTSSGFSGNYQMFSMEACRLMICMLDRDYSGKMGFNEFRELWGALNQWKNTFVAFDRDRSGTIDPNELHQAIAQWGYRLTPQALNIIVTRYSINNQIKFDDFISAAVRLRLLTDHFRRRDTTQTGYSNFGYDDFIQVTM 666
            DPLYGYF AVAG DG IDA ELQRCLT SG +G Y+ F++E CRLM+ MLDRD SG MGFNEF+ELW  LN W+  F++FD DRSGT+DP EL +A+   G+RL+PQA+N I  RYS N +I FDD+I+  V+LR LTD FRRRDT Q G  NF YDDFIQ  M
Sbjct:   33 DPLYGYFAAVAGQDGQIDADELQRCLTQSGIAGGYKPFNLETCRLMVSMLDRDMSGTMGFNEFKELWAVLNGWRQHFISFDTDRSGTVDPQELQKALTTMGFRLSPQAVNSIAKRYSTNGKITFDDYIACCVKLRALTDSFRRRDTAQQGVVNFPYDDFIQCVM 196
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00012502 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
SORCN2.587e-7564.02Sorcin OS=Homo sapiens GN=SRI PE=1 SV=1[more]
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