TCONS_00012501 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00012501
Unique NameTCONS_00012501
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length855

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00012501 ID=TCONS_00012501|Name=TCONS_00012501|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=855bp
ctTTTACAAGGTCAAAGTATATACTAACTTTCACCCGTTACTAAATTTGT
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TCGGT
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000145:255180..268527+

Legend: exon
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>TCONS_00012501 ID=TCONS_00012501|Name=TCONS_00012501|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=13348bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000145:255180..268527+ (Clytia hemisphaerica)
ctTTTACAAGGTCAAAGTATATACTAACTTTCACCCGTTACTAAATTTGT
TTTGGGTCTGCTAATAAAAAATTCTATAAGAGCAAAGAAGTAAAAAGTAA
CAGCAGGAAAGCGGGCTTGCATTCTCAAACAGTCTCGAAGCCAATTCTTG
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TCGATTTCTGTGTTTTTCTGTTTGCAGGTCCAAATTTAACAAGCGTTTTT
ACCTAAAAACGTGTAGTCACATTCCAAGAACGCAAACTCAAAGTCGGT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_007028XLOC_007028Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00012501-exon-sc0000145-1491911889:255180..255384TCONS_00012501-exon-sc0000145-1491911889:255180..255384Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00012501-exon-sc0000145-1510915933:255180..255384TCONS_00012501-exon-sc0000145-1510915933:255180..255384Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00012501-exon-sc0000145-1575043694:255180..255384TCONS_00012501-exon-sc0000145-1575043694:255180..255384Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00012501-exon-sc0000145-1491911889:262454..262495TCONS_00012501-exon-sc0000145-1491911889:262454..262495Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00012501-exon-sc0000145-1510915933:262454..262495TCONS_00012501-exon-sc0000145-1510915933:262454..262495Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00012501-exon-sc0000145-1491911889:262835..263017TCONS_00012501-exon-sc0000145-1491911889:262835..263017Clytia hemisphaericaexon
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000145supercontigsc0000145:255180..268527 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values : 
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
91.0639	99.8978	78.654	120.399	15.5191	49.6603	7.82377	21.6822	7.81316	11.4786	9.61537	6.96828	6.88511	24.3536	1.9879	5.21789	19.9064	7.82393	4.41875	9.59251	7.97989	10.5636	17.6144	20.5319	48.5284	11.1166	8.92992	3.76789	1.43387	6.21701
Blast
[Close]
BLAST of TCONS_00012501 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: SORCN (Sorcin OS=Homo sapiens GN=SRI PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 233.417 bits (594), Expect = 6.773e-76
Identity = 105/164 (64.02%), Postives = 124/164 (75.61%), Query Frame = 2 
Query:  209 DPLYGYFQAVAGADGAIDAQELQRCLTSSGFSGNYQMFSMEACRLMICMLDRDYSGKMGFNEFRELWGALNQWKNTFVAFDRDRSGTIDPNELHQAIAQWGYRLTPQALNIIVTRYSINNQIKFDDFISAAVRLRLLTDHFRRRDTTQTGYSNFGYDDFIQVTM 700
            DPLYGYF AVAG DG IDA ELQRCLT SG +G Y+ F++E CRLM+ MLDRD SG MGFNEF+ELW  LN W+  F++FD DRSGT+DP EL +A+   G+RL+PQA+N I  RYS N +I FDD+I+  V+LR LTD FRRRDT Q G  NF YDDFIQ  M
Sbjct:   33 DPLYGYFAAVAGQDGQIDADELQRCLTQSGIAGGYKPFNLETCRLMVSMLDRDMSGTMGFNEFKELWAVLNGWRQHFISFDTDRSGTVDPQELQKALTTMGFRLSPQAVNSIAKRYSTNGKITFDDYIACCVKLRALTDSFRRRDTAQQGVVNFPYDDFIQCVM 196
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00012501 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
SORCN6.773e-7664.02Sorcin OS=Homo sapiens GN=SRI PE=1 SV=1[more]
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