TCONS_00012218 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00012218
Unique NameTCONS_00012218
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length3163

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00012218 ID=TCONS_00012218|Name=TCONS_00012218|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3163bp
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Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00012218-protein

>TCONS_00012218-protein ID=TCONS_00012218-protein|Name=TCONS_00012218-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=478bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000141:471055..493989-

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00012218 ID=TCONS_00012218|Name=TCONS_00012218|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=22935bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000141:471055..493989- (Clytia hemisphaerica)
GGCGGGTGGAGAAATTTTATATTCCTTTTGGACAAAATGTCAAATGTATT CATTTGGGTGATTGACTCTGTGGTATGAAGAGGTTCACATCAGCTGATTT ATTGCAAGGCTGAAGATCAAAGATTTTATTTCGTCAGATACGGTAAGGGA TAGGTTAGACTAGCAAACTAGTTTGTTAATTAATTATGTCATAGGGTGGG AACATTGGGGCGGGCGTTTTCTAAAAAATAAGAGCTGTATAGGAGCAAAA GTTGGTGAGAGGGTTCTGATTAACTTATGGGCTTTCAGCCCCTTCCGCCA ACAATATTTCCTTACTACGCTTACCTAACTCCTAGGCTTTCTTTTCCCGT GTGATACCGTTCCAGCCTGACTGGCGTACCAGTCTAGGGATAGGATTCTA TTTTTCCTCTAACGAAAAAGACTTTCAAATAGGAAGTATATAATTCTGCA AATCCAAAGCATAGGCGGTTTTAGACCATGTCCAACTTATGAGAGGAAGA TATTTGTAATTGTATTTTCGTTGTCTTTTAACGAACGTTGCAATCCTTCG CATGTTTCCGACGTACTTGCTCTATTGCCTTAAATCCGCCAGTGCAAAGG ATCGAAATTTGAATTCTCCAAATTTTTTGAGTTTATCAAAATTTCATCTC CAGAAATGTCAGAAGGATCCACATAGGTGGAAGACAAAACTTTAGGTTAT GATTAGGATGGTCTGACCCGGGTTTCAGTTAATACACAATGAACTAAGCG AAACGGGTTATGGGGCTCTTTACAATCAAGCTTTTAAAACTATATTTCAA TTTTTGCCACTTCGTCTCCCTTAGCCTCTATAAGAGAGGACCATCGTTTT CGGTTGCGTATTAGACACAGTTGACGCTCTCTAATTCGAAATTCAAGGGG AATTGAACTTTCATTGAATGAGGAGGGGGTGTATTGAATTGTAGAACATC 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CAAAGTAGGTTGAGAGCGACGAAATTTTGGAAATTTCTTCTATATACAAT ATCCAAGGGGATCGGGAAATCTTAAATGAAAAATTCTCTTGTCCAATATT GTATCTGTCAGAGATGGGCAAACTATTTTGTTCACACGAGCTGCAACAAC CAATAACAAGGAACTTAAAAGAGAGAGAGGGGGTTTGTCATTCTCTGAAT ACTTCTCTGGTATTCTCTAAGCTGGCTTAGAGGTCTAAGCACTTTTCAAT TGACATCTTTACATAGCTTTTTGGAAGGCATTTTGTTTGTCTATTCTCAC TCGTTTGATTTCGCGTTATTTAACTACGTTTGCAGTATAATGTGATGGTA TATATGCTTTGGAGAGAGCGATTTTTAAGTAAAGTTTTAAAGGTATTTTA TTCATGTTTGAAAAGGTGTTCATTTTGAAAGAATTGTCAGAAAGTAAATC TCATTTTTGTTCACTCTCCAAGAAAGTTAACTTTGAATAAGATTGTCGGG CATGTGCCTGTGGAACTTAAAACTCGGAAAAGGTTTCGGGTTGGTTCGGT GTTAAATAACTCTCCTTAACCACACTCTATAACTCGGACAAATTTGCGAT TGATATTTAGCTTGTTTGAGTTATGGAGACTTTGATGTACCATTACAGAC CCCTGTGTCATAGATTCGGTGGGAGCCCCCGCCCCCGCCCCACTTGAAAA TTTCGCCAAAATTTCGTTCCCGATGAGAAAAAAACCCCTCATTTTCAGCC CAACTGGGAAATTGACTTCGTTTTTATTACCAATTTAAATCTCACTGTAT TTTTGATCAAAGAACAATAAAATTTTCATCCCAACTGTAGGAAGAAGCTC CATCGGGGCTCCGAGACAGGAATATTTTTCGAATATTTTGTCTTAAGATA TTTTTTCATGATAAAGAGAGGACGTGCACTTCTTATGCTCCCCGGGAGGG 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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000141:471055..493989-

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This transcript is a part of the following gene feature(s):
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The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
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Expression

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Values :
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Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
TermDefinition
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Blast
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HSP 1 Score: 159.073 bits (401), Expect = 4.459e-41
Identity = 106/279 (37.99%), Postives = 144/279 (51.61%), Query Frame = 2
Query:  935 ENTERVNVGQNCRYRK---RNTTQSKLKHCGMFGDPHLKTFLGVRQTCIVEGTWTLLDNEYMKVEVTNRMVQNVDVSRAATATEKIAIQFKERDLVCSQEKNYVATSQYLPEAFSDGSRTNG---PPGCLTTISKYDQDSVKLKACRSNTTILIRRVGRYLTFNILSPFEIVNK-----SSG--LCHGGCPTSELFDYLSFFANLINQNDVTNDIRTAPRSNDVSVTSQLSYHEAMHLCSVR-NVTDFYYDSCVFDLLMTGERQFSLAAKLAMLDAQSM 1729
            ++ ER +  + C Y K   +++      HCG+FGDPHL+TF    QTC V+G W L+DN Y+ V+VTN  V       AATAT K+ I FK     C  +K Y A    LP AF DGS+  G       L    K     V+++A    TTI++R+VGRYLTF +  P E+VN      S G  LC  GCP ++  D+ +F  N     + T   R A  S   +      Y  A+  C  +  V D YY +CVFDLL TG+  F+LAA  A+ D + +
Sbjct:  134 DSQERSDSPEICHYEKSFHKHSATPNYTHCGLFGDPHLRTFTDRFQTCKVQGAWPLIDNNYLNVQVTNTPVLP---GSAATATSKLTIIFKNFQ-ECVDQKVYQAEMDELPAAFVDGSKNGGDKHGANSLKITEKVSGQHVEIQAKYIGTTIVVRQVGRYLTFAVRMPEEVVNAVEDWDSQGLYLCLRGCPLNQQIDFQAFHTNA----EGTGARRLAAASPAPTAPETFPYETAVAKCKEKLPVEDLYYQACVFDLLTTGDVNFTLAAYYALEDVKML 404          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00012218 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
RGMA4.459e-4137.99Repulsive guidance molecule A OS=Homo sapiens GN=R... [more]
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