TCONS_00011936 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00011936
Unique NameTCONS_00011936
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length4316

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00011936 ID=TCONS_00011936|Name=TCONS_00011936|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4316bp
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Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00011936-protein

>TCONS_00011936-protein ID=TCONS_00011936-protein|Name=TCONS_00011936-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=1327bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000134:167283..180347+

Legend: exonfive_prime_UTRCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00011936 ID=TCONS_00011936|Name=TCONS_00011936|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=13065bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000134:167283..180347+ (Clytia hemisphaerica)
CACGCAGCAGGCTTAGAGAATGGTGCATGAGTAATAACTTCGATTCTCTG ACTCAATTGCTTTGTTACAAAAAGAACAGTAACAGTAGCGAaccaaatag aataaaaattgatatagtttttttgttgaatttcgttGAGACACtgtttt tttatctattttggtTGACTTTCGATCACCTGGTAAAAAGTTGTCCCTGG TATCGTCGGGACAGATCTTTTGGTGttggtaatttttttctggataaTAA TATGTGGATAAGTTAATGTTATACCGTTGAATTTTAACAATCTAATATTT GTTATTTTGTCATTCATTTACCGTCGAATGCTGAAATGAAATTGGCCCTG TTTATTTGTTTTCTTGTGGCCAccataatttcaaaatgtaagtatttttt CGTTGGTTTTTCtaggagatttaaaaaaaaaatgtgaatttaCCGCAATA ATCCATAAAAGACaagatttgattttcaaacGTAAACGCAAgtaaaataa atcagaaaaatgAATCTTGAATAAGTTAAAAATGAAGGAACAGGGATGTG CGTTTTATAATAAAAGCTATAAAATTTCGGCTAAATTTCAGGGGTTCTTG TTTTTACAAAGAATTTAGGTTGTTTTAACCCCCTGTTCCAGTGACAATTT CAATTTGCAGGGAAGTACCAGGAAACTAAataaatttcatccaaaaaagG CATTTTGGCCTTATGTTCATCAAGTTGTCTTACATATCTAAAATTGTATT TCATGGCTAGACTACTGGCCTTACACGTTACTCGCCaactatttttttct taatatcAACATTAATTCACAGCTCGGAAAGAGTAAAATGTTGATAGCTT CCTCTGTTTAATaagttttttcattaaatttgtaATAAAATTCATCTAAA ATCCTAAAGTCAATGCAATTTTTATATTcttagaaattaaatttttcata 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CAATGTGTCGCGCAACACCCGGCGACGGACGTCATTATGAATGTGACTGC
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CGATACTCCATGTGCTTGGGGAAATGATACTTGTGATAAAGATATATCAA
CATGTATCGATACTTACACGCATCCAAACTACTTTGACTGTAACTGTTCA
GCCGGATATGTCAAACAAAATCATACGACATGTTTCGACTTTTGCGTTGA
TAACTCCGACACATGTAACGACACATCAACGACGTGTTTGGCGACACCTG
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GATAACAACACGGACTCATGTACACCGATGCCAAGACCTTGTGATACAGG
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CTCCGGTTTACTTCAACTGCTCGTGTGGTGATGGTTATCTCAAATTCAAC
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CAACAAAACTTCAACGATGTGTGAGGCAACTCCTGGCAAAGGACGACATT
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TAAAACTTCATCCAACTGTACAAACAGCTTCGAAGCTCCTTTCTACTACA
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TGTCATGAGTATTGTCGTATTGAGGCTGATACCTGCAATACAACCTCTAC
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AACATGGCTTTGAGAGACTCGACAACAACATGGACAAATGTACGCCGATG
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AAGGAGGCTCACTCGATAAGTGTTCGGATCATTGTCAGTTCGGAGTCGAC
ACCTGCAACACAACTTCCACCACTTGCAAAGCCACTCCTGGATCTGGTAG
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TGGACAAATGTACACCGATGCCCAGACCTTGTGACACAGGGAAAGATACT
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CAATGCCAAGACCTTGCGACACAGGGAAAGATACTTGCAACATGACTACA
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ATACTTGCAATAAAACTTCATCTAACTGTACCAACAGCTTCGAAGCTCCT
TTCTACTACAATTGTACCTGTGAAGATGGTTATTTGAAGTTTAACANN
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_006702XLOC_006702Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00011936-proteinTCONS_00011936-proteinClytia hemisphaericapolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000134supercontigsc0000134:167283..180347 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
2.71832 2.1232 0.538387 1.15075 21.0188 13.0837 3.57321 7.37514 2.53109 5.05587 3.02784 2.95488 0.0909888 0 0 0.00444088 6.36695e-06 0.0307411 0 0 9.74641 7.24193 2.25266 3.40973 5.79508 8.28921 2.58849 0.427861 0 0.501195
Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
TermDefinition
IPR000742EGF-like_dom
IPR000884TSP1_rpt
IPR013032EGF-like_CS
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00011936 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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