TCONS_00010993 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00010993
Unique Name	TCONS_00010993
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	4125

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000119:305072..322763+

transcript sequence

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transcript from alignment at sc0000119:305072..322763+

Legend: exon

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>TCONS_00010993 ID=TCONS_00010993|Name=TCONS_00010993|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=17692bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000119:305072..322763+ (Clytia hemisphaerica)
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TGATTTTTCACTGGCTGAACGACACAGTTATGGACTCGTACCTGAAGCAC
CTCTTCAAGGAGAATGTAAGAAGTATTTTGAAATGAgtagtttgaaattt
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ACAAAGGCAGGGTACTagcccatagccgggtggtggtgtctattttagtt
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TTAACACTGATAGTTTGAAAGTAATTGGCTGGTGCGGTAAAATTAATACG
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GACCGAAACGTAATTGTTCATGGCAGTCGAAAAAAGAGGACGACTTCGTC
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GAGAAAGATTGAGTGATATTGGTGTTAACGTAGATTCTCTAATTTAGAAC
GTCCTCTAATTAGATCAAAAGAACCTAAATTTAAACGATATGTCACATGG
GATTTATCAGTCTCAATTTTTAGATATCATTATAATGCAACAGACAACTG
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GTTTATTATGTTATTAGCGACGTTACCCTTTAACTCTTAGGCATACacgt
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ctcaatgtttcttaagaaatcattTATTTGAgtctaaaatattcttagat
gTTTCTCATATAAAAACCagaaaacatatttttaaaccTGGC

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_006165	XLOC_006165	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000119	supercontig	sc0000119:305072..322763 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0	0	0	0	0	0	0	0	0.234685	0	0	0.0547001	0.319513	0.404891	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00010993 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: SCND3 (SCAN domain-containing protein 3 OS=Homo sapiens GN=ZBED9 PE=2 SV=1)

HSP 1 Score: 88.9669 bits (219), Expect = 1.631e-17
Identity = 53/177 (29.94%), Postives = 87/177 (49.15%), Query Frame = 3

Query:  456 RKVFRINEMFDLVKECHSSESVHAGEKKTYQNVCQFACNVSMAIVKFFIENCVPCSSKKPQLSVAKLTPIVSRFFMDRMQIDLIDMTHDPDEKFRYIGHIVDHFSKYRVIFALKSKQPAEVGLHVKARYLAYFGLPKIVQSDNGAEFVDLIIRAIIVLWPGNARIINGSPRHSQSQG 986
            R      ++FD++   H S   H G  +  + +     N++  ++  ++  C PC  K  +L    LT    +    R Q+DLIDM  +PD ++R+I H  D  +K   + +LKSK+P EV  H         G P ++QSDNG EF   ++  +  +WP   +I++G  +  QSQ 
Sbjct:  299 RYYLHSEDLFDILHNTHLSIG-HGGRTRMEKELQAKYKNITKEVIMLYLTLCKPCQQKNSKLKKV-LTSKSIKEVSSRCQVDLIDMQLNPDGEYRFILHYQDLCTKLTFLRSLKSKRPTEVA-HALLDIFTIIGAPSVLQSDNGREFSSQVVSELSNIWP-ELKIVHGKSQTCQSQS 471

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00010993 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00010993 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
SCND3	1.631e-17	29.94	SCAN domain-containing protein 3 OS=Homo sapiens G...	[more]

You are here

TCONS_00010993 (transcript) - C. hemisphaerica