TCONS_00009534 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00009534
Unique NameTCONS_00009534
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length2443

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00009534 ID=TCONS_00009534|Name=TCONS_00009534|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2443bp
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Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00009534-protein

>TCONS_00009534-protein ID=TCONS_00009534-protein|Name=TCONS_00009534-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=782bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000095:561463..586172-

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00009534 ID=TCONS_00009534|Name=TCONS_00009534|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=24710bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000095:561463..586172- (Clytia hemisphaerica)
CTCATTTGAAGCCACGATGGCACCAGGGATGATTGCGATTATCTTCACTT TATTATCGATCGGAATGCCTCTGGTTTTTGCAAGAGCTTTTATACCAGGT AAGGACATCTTCCTTATTATCTCTTGAAAAGAAACAAAGTATTAGTGTAA ATCATTGAGTTTCAAGCCNGCACCAGGGATGATTGCGATTATCTTCACTT TATTATCGATCGGAATGCCTCTGGTTTTTGCAAGAGCTTTTATACCAGGT AAGGACATCTTCCTTATTTTCTCTTGAAAAGAAACGAAGTATTAGTGTAA ATCATTGAGTTTCAAGCCCGAAGGGCTAGAGGCGAGACTCCTGGATGGGA AATGAAAGCACTTATTATTTTTACACAAACGCCAGATTGAAACTAAAGCC TATCGCTAGATTTCAAAAAATGAAGTCCTCAAAAACAAAAGAACCGTTAG ATACAATCCGTCGTCATGATTATGGCGCGTTTTGGATGGGAAATAAGTAG CTTCAATTTCTCTTGCCTGAGAAAGGTTAAAGTTTCGCTTCTAGCCCTTC GGGCTTGAAACTCAATGGTGTAAATAGTGATCCTTAAAGAGACTGAAAAG TGAAAAGACCCTTAAAGGATTTGCAAAAAGAATCAACCCTTTAAGTATTC TCTTATTTTTCTTAGTATGGTAGAAAACCTTCTAGAGGTCCTTGAGGCCA GCCCTTATAAACACAAGATTGACCTTAAAATTTTGACCGGTTTGACTGAT AAGTTTCTTAATGAAAGATTGTTTGTCAAAAAAAAGTGACCAAGTGTCAA ATACTTCGCAAAACAGTCTGTAAAAATTCACGTCGACCAGTGGAAACTCA GGAACTACCGGAGCTTTTGACTTGTAATTTTTACCAGTGGTAGATATTGA CCATATTAGACAATGTTGGTTGTAAGCTATCACCAATACCTAGCACTAGT 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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000095:561463..586172-

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CAATGACATCAAAATATAAGCAGATTGCAAACTCTATGTGAGAATTGTAC
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GAAGCCACGATGGCACCAGGGATGATTGCGATTATCTTCACTTTATTATC
GATCGGAATGCCTCTGGTTTTTGCAAGAGCTTTTATACCAGGGCGGATGT
ATGGCGGTATCAGTTTTGTCGTATTTTTTCACCCTCTGTTCATTCTCTTG
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CAGTCACCATTGACGACTGAAATGGCATCTTCAATTAAACTGACCACTTT
GGATACGCTGGAAGAAGTGTTATCAGCTATCAGTATCGTTAGCTTGGGCA
TCGGTTTGATTGCTTTTAGACTTGTCAGGTTGAAATGGCGAAAGAAGATT
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ACATAAACAGATGGATTATATTTTCTTGACATTGATTCCTGCTTATAAAT
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TCCATCAGCATTATAACATCTCACCAAGTAGCATCCAACATTTCAATGTT
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CTCGGAAGGGAATTTCGTTTATCAAACTGAAGAATGGCGTAGAAAGAATT
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TATGATAACTTTGAAGTGCTATGGAAATCAGTTGGTGCGGGAGAAAATTT
CGAAACCCAATGTGATCAGATCCCAATTTTAGCCACAAATTTTTCACAAT
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TCTACACTATTGGAACATTCCCGGATATATTGAATTTTGGTTTTTCGCAC
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000095supercontigsc0000095:561463..586172 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
TermDefinition
IPR000832GPCR_2_secretin-like
IPR001879GPCR_2_extracellular_dom
IPR017981GPCR_2-like
IPR002172LDrepeatLR_classA_rpt
Vocabulary: Cellular Component
TermDefinition
GO:0016021integral component of membrane
GO:0016020membrane
Vocabulary: Molecular Function
TermDefinition
GO:0004930G-protein coupled receptor activity
GO:0004888transmembrane signaling receptor activity
GO:0005515protein binding
Vocabulary: Biological Process
TermDefinition
GO:0007186G-protein coupled receptor signaling pathway
GO:0007166cell surface receptor signaling pathway
GO Annotation
GO Assignments
This transcript is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway
biological_process GO:0007186 G-protein coupled receptor signaling pathway
cellular_component GO:0016021 integral component of membrane
cellular_component GO:0016020 membrane
molecular_function GO:0004930 G-protein coupled receptor activity
molecular_function GO:0005515 protein binding
molecular_function GO:0004888 transmembrane signaling receptor activity
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00009534 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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