|
|
Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00008630 ID=TCONS_00008630|Name=TCONS_00008630|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2721bp
CTTGTTTATCCCGTCGTACTGGCGTCTCCTGCTCCTTTTTCTCCGCCGTA
ACACGATGCGGATGAATTCTTGTTACGCTCTGCGCCTCATTCGCTATCGT
TTGTTCCTCCATTCGTTCGTTAGCTAAGAAGCTAGTCAGCGAGGCTACGT
CACTTTGCCCTAGCCCAGTCGTCTCGCTTACTCTGGAATCTGGTTTTAGC
TGTCTTGGGACTACAGACCCATCCAGAAAGTCGTTAACATCTTCACTATA
GACTGTGGGCGCATACATTGGAATATATTCACGGGCTAGACGGTCACGTG
GGCTGGGCGTTGGGATTATATTCTTGCGTTGGAGCTGTATAGAAGAATTG
TTTGTTTTCGTGGTGTTAAATGATGCTGGCAATTCCATTATATCCTCTAC
ATTGGTGAACGAATCGTTGGTTTTCTTTTCTGGGGATAAAACTGCAGTTG
GATTCATTGGATATTCACTGTTTTTGAGTGACGATGTATTATTTGCCTTA
TGTTCTGGAATATCAATGTTTGCACCTACTGTTGTGGTGTTTGATGTTGA
AAATGTCATTTGTTCCTGTGTTGGAGACTTCAACGTTTCATCTGAATTGT
TTATTAGTTTTGGTTCTGTGATTTGGCCTCCTTGATTATCCATTGAATAT
GGATCTGATATTTGTGCATTGTTGGTTTTGGTATTTGCGTTTTCCAAAGC
TGGTGGTATCAATGGAACGTTTAGATTTTCTTGAGGTAGATTCTGTATTG
CCATCATATCTTCATTGGTCGGTTTGTCAAAATATTGTGCAGCTGAATGA
TCCTCAGCTCCTACTTCATCAGGGGGCTGTTGAAGATTTGACGTTGTTTG
GTTTGAAATTGATGAATTCGCTTGTGGTTCTAGAGCATTGTTTATCGTTA
AATTTTCTGAGGTTGAGTTTCTTGTATTGGGGTCGCTGCTTGTATTGGTG
TATATGTTTTCTGAAGATTGATTTTCCAGGAACGATCCACCAGTTGAAAC
GACATATGGAGTTGGATTCGCTTGGTAGTTGCTGAATGGTTGATTGATAC
TTGAATTGTTAATCGAAATACCTTCTGTTGTTTGGTTTTGTGGCTTTAAA
AGATCTACGGATTGTGGGAACTTCTCATTTTCATTCTTTTGATATTTGGT
AGAATTTACTAGTAATAGATTATCATTGTCAGATTTAACGTTGTAATGGT
ATTCTGTTGACATTGTTGAATTGTCTATGGCAAGTGGTTTCGTTGAATTC
CCGGATAGTGTAGAAGCCGGGTTGACACCACTTGAAGTGTTTGCTTCTCT
ATTTCTATCTGTATATACTGTTGATTTATTGTTCAGACTGACATCAATTC
CAGAAGTCGAACCATTCTTTGAATTGAGTTGAGTTACTTTTTCAGGTGGG
ATAGAATTTGTTGCATTATTAATCATAGTCCTCAAAATACTCTCATTGGT
CAATTTTCCATCATCTTTCACTGTCAAAGGCGTTGTAAGATTCCCCGTTC
CAAACTCTTTCCTCGTGTCATTAATATTTGATGGTGTTTTGGAGAAATCG
GAAAGCATTTTAACGTTCGTTTCATTACGTATAGGTTCGTTCTCATCGGT
CACGTTCGATTTGACTGAGCTTAAAGATTTACCGATATCTTCGATGGAGT
TTATAATTTCTTTCCCTTCGCTCTCCGTAAATTTATTAGCCCTGTTATCA
AAATTGGAAGAGTTTGCCTTAGTTGAAATGTTAGTGTTTGGCGCTTGATT
CTTTATCATGTCACGTGGTCTCTGTTCTCTTTGTTCTGATTGGAAGCTCT
GCTCCTTTGAATTGCGTAAAGCAAACTTCTTTTCAGCGTTTGGATATTGA
GTTATTTTGTCAGTACCTGCAGACTTTTTTACTCCagtcaaaatattcaa
atcagCGATACTTTTATCCCTTTCAGTCGCAGTTGAAGGTAAGTCAGTAT
CAATTTCAGATATACtttcaaatttatgaaatgCCTTTTTCTCATCATCC
AGCACTGTAAATTCATCGGAAGCAATTTTGGTGAGATTATTCAAATGGGT
TATTCTTTGTCTCCCTATTGAATTCATTGATgtgtttttatgaaaaagta
CTAAAAATTGATCTGTAGGTTTTATTAAACGCTTTCTGTTGGACACGAGT
ACTGTGGGAACTGATTGGAAGGCTGCATTTAACAGGTTGCTTACTTTCTT
ACCCCTTTCTTTTGGTATAGCATTGTGAAAAGGTCTTCTTCTCGTATGAT
TTGTGATTCGGTTTACGAATGGGGTTACAGTTCTTTGAGTAAAGTTTTTT
GGTTTCGTTGACAGTcgaatttgttttcttttctttgctttcttcGTTCG
CTTTTTTATCTTCCGTTTCTCATTGGCTGGAATATCATTTTTCAGAAGTT
TCTGTAACAGTTTATTGAAATCTATCTCGTGAAGTCGAAATTCGTTTGGT
GTAGCTGCTCTCGTCTTGGAGGTTTCTCGCCTCAAATCTTTATCAACTCC
ATCGAaatttatcaataattttttctcCTTAATAAAGGATGGCGAATGAT
GTCCGTCCAGTGAATGTCtactttgtttttgttgtttgttcGGTATTTTT
TCACGGCGTTCtgcattttcttttttactGTGTTTTGCAATGATCCCATG
AACAAAATTTAAGTCCGGTAAAATGTCCTGGAGAATATTTGCTTCGTCCT
GGTCGATTCGTAGAATggtat Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000086:587684..590721- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00008630 ID=TCONS_00008630|Name=TCONS_00008630|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3038bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000086:587684..590721- (Clytia hemisphaerica)
CTTGTTTATCCCGTCGTACTGGCGTCTCCTGCTCCTTTTTCTCCGCCGTA
ACACGATGCGGATGAATTCTTGTTACGCTCTGCGCCTCATTCGCTATCGT
TTGTTCCTCCATTCGTTCGTTAGCTAAGAAGCTAGTCAGCGAGGCTACGT
CACTTTGCCCTAGCCCAGTCGTCTCGCTTACTCTGGAATCTGGTTTTAGC
TGTCTTGGGACTACAGACCCATCCAGAAAGTCGTTAACATCTTCACTATA
GACTGTGGGCGCATACATTGGAATATATTCACGGGCTAGACGGTCACGTG
GGCTGGGCGTTGGGATTATATTCTTGCGTTGGAGCTGTATAGAAGAATTG
TTTGTTTTCGTGGTGTTAAATGATGCTGGCAATTCCATTATATCCTCTAC
ATTGGTGAACAAGTCATTGGTTTTCTTTTCTGGGGATAAAATTGCAGTTG
GATTCATTGGGTATTCACTGTTTTTGAGTGACGATGTATTATTTGCCTTA
TGCTCTGGAATATCAATGTTTTCACCTACTGTTGTGGTGTTTGATGTTGA
AAATGTCATTTGTTCCTGCGTTGGAGACTTCAACGTTTCATCTGAATTGT
TTATTCGTTTTGGTTCTGTGATATGGCCTCCTTGATTATCCGTTGAATAT
GGATCTGATATTTGTGCATTGTTGGTTTTGGTATTGTCGTTTTCCNTAGT
TCCATAATATCCTCTACATTGGTGAACGAATCGTTGGTTTTCTTTTCTGG
GGATAAAACTGCAGTTGGATTCATTGGATATTCACTGTTTTTGAGTGACG
ATGTATTATTTGCCTTATGTTCTGGAATATCAATGTTTGCACCTACTGTT
GTGGTGTTTGATGTTGAAAATGTCATTTGTTCCTGTGTTGGAGACTTCAA
CGTTTCATCTGAATTGTTTATTAGTTTTGGTTCTGTGATTTGGCCTCCTT
GATTATCCATTGAATATGGATCTGATATTTGTGCATTGTTGGTTTTGGTA
TTTGCGTTTTCCAAAGCTGGTGGTATCAATGGAACGTTTAGATTTTCTTG
AGGTAGATTCTGTATTGCCATCATATCTTCATTGGTCGGTTTGTCAAAAT
ATTGTGCAGCTGAATGATCCTCAGCTCCTACTTCATCAGGGGGCTGTTGA
AGATTTGACGTTGTTTGGTTTGAAATTGATGAATTCGCTTGTGGTTCTAG
AGCATTGTTTATCGTTAAATTTTCTGAGGTTGAGTTTCTTGTATTGGGGT
CGCTGCTTGTATTGGTGTATATGTTTTCTGAAGATTGATTTTCCAGGAAC
GATCCACCAGTTGAAACGACATATGGAGTTGGATTCGCTTGGTAGTTGCT
GAATGGTTGATTGATACTTGAATTGTTAATCGAAATACCTTCTGTTGTTT
GGTTTTGTGGCTTTAAAAGATCTACGGATTGTGGGAACTTCTCATTTTCA
TTCTTTTGATATTTGGTAGAATTTACTAGTAATAGATTATCATTGTCAGA
TTTAACGTTGTAATGGTATTCTGTTGACATTGTTGAATTGTCTATGGCAA
GTGGTTTCGTTGAATTCCCGGATAGTGTAGAAGCCGGGTTGACACCACTT
GAAGTGTTTGCTTCTCTATTTCTATCTGTATATACTGTTGATTTATTGTT
CAGACTGACATCAATTCCAGAAGTCGAACCATTCTTTGAATTGAGTTGAG
TTACTTTTTCAGGTGGGATAGAATTTGTTGCATTATTAATCATAGTCCTC
AAAATACTCTCATTGGTCAATTTTCCATCATCTTTCACTGTCAAAGGCGT
TGTAAGATTCCCCGTTCCAAACTCTTTCCTCGTGTCATTAATATTTGATG
GTGTTTTGGAGAAATCGGAAAGCATTTTAACGTTCGTTTCATTACGTATA
GGTTCGTTCTCATCGGTCACGTTCGATTTGACTGAGCTTAAAGATTTACC
GATATCTTCGATGGAGTTTATAATTTCTTTCCCTTCGCTCTCCGTAAATT
TATTAGCCCTGTTATCAAAATTGGAAGAGTTTGCCTTAGTTGAAATGTTA
GTGTTTGGCGCTTGATTCTTTATCATGTCACGTGGTCTCTGTTCTCTTTG
TTCTGATTGGAAGCTCTGCTCCTTTGAATTGCGTAAAGCAAACTTCTTTT
CAGCGTTTGGATATTGAGTTATTTTGTCAGTACCTGCAGACTTTTTTACT
CCAGTCAAAATATTCAAATCAGCGATACTTTTATCCCTTTCAGTCGCAGT
TGAAGGTAAGTCAGTATCAATTTCAGATATACTTTCAAATTTATGAAATG
CCTTTTTCTCATCATCCAGCACTGTAAATTCATCGGAAGCAATTTTGGTG
AGATTATTCAAATGGGTTATTCTTTGTCTCCCTATTGAATTCATTGATGT
GTTTTTATGAAAAAGTACTAAAAATTGATCTGTAGGTTTTATTAAACGCT
TTCTGTTGGACACGAGTACTGTGGGAACTGATTGGAAGGCTGCATTTAAC
AGGTTGCTTACTTTCTTACCCCTTTCTTTTGGTATAGCATTGTGAAAAGG
TCTTCTTCTCGTATGATTTGTGATTCGGTTTACGAATGGGGTTACAGTTC
TTTGAGTAAAGTTTTTTGGTTTCGTTGACAGTCGAATTTGTTTTCTTTTC
TTTGCTTTCTTCGTTCGCTTTTTTATCTTCCGTTTCTCATTGGCTGGAAT
ATCATTTTTCAGAAGTTTCTGTAACAGTTTATTGAAATCTATCTCGTGAA
GTCGAAATTCGTTTGGTGTAGCTGCTCTCGTCTTGGAGGTTTCTCGCCTC
AAATCTTTATCAACTCCATCGAAATTTATCAATAATTTTTTCTCCTTAAT
AAAGGATGGCGAATGATGTCCGTCCAGTGAATGTCTACTTTGTTTTTGTT
GTTTGTTCGGTATTTTTTCACGGCGTTCTGCATTTTCTTTTTTACTGTGT
TTTGCAATGATCCCATGAACAAAATTTAAGTCCGGTAAAATGTCCTGGAG
AATATTTGCTTCGTCCTGGTCGATTCGTAGAATGGTAT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00008630-exon-sc0000086-1575043694:590322..590721 | TCONS_00008630-exon-sc0000086-1575043694:590322..590721 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00008630-exon-sc0000086-1575043694:587684..590004 | TCONS_00008630-exon-sc0000086-1575043694:587684..590004 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00008630-exon-sc0000086-1510915933:590322..590721 | TCONS_00008630-exon-sc0000086-1510915933:590322..590721 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00008630-exon-sc0000086-1510915933:587684..590004 | TCONS_00008630-exon-sc0000086-1510915933:587684..590004 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00008630-exon-sc0000086-1491911889:590322..590721 | TCONS_00008630-exon-sc0000086-1491911889:590322..590721 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00008630-exon-sc0000086-1491911889:587684..590004 | TCONS_00008630-exon-sc0000086-1491911889:587684..590004 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000086 | supercontig | sc0000086:587684..590721 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
|
