TCONS_00008384 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00008384
Unique Name	TCONS_00008384
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	3349

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000085:115560..137078+

transcript sequence

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transcript from alignment at sc0000085:115560..137078+

Legend: exon

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>TCONS_00008384 ID=TCONS_00008384|Name=TCONS_00008384|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=21519bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000085:115560..137078+ (Clytia hemisphaerica)
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CCACAAGCAAATGGAATCAAACTCAAAATCAACGATGGTGGTGATAATAC
GCCCACGCTCCGTACGCGCGACCCGGCCGATCGGGCCGCACGCAGAGCTA
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GAAAGCGTTAAACAAATTCGGACCACAGGTATGAGAGCTTTAACTTTCTC
TTCTGCGACTAATAAATACTAACATGATCATCTTTTTAAGCGATACTGAT
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AGGCGCACGCCGACCCTCATTTAATAAATACACGACACCTGCCATGAACT
TTAAGAACTCTCAAgctataaaagaaaatttagacAGTTCACAAGAGCCA
CAAGAGTCCAAAGTGTCTAGTGACGTTGGTACGGCTTTTGTACCGAGAAA
ATTCTCTCCCACTAAAGACATTATGAACCAATTGGAGAAAAATAAGTCAA
GCACATCGACACCCAGTTATAATAAATACACACCCAATAAAAATCCGGAT
AGTGGTTTAAACAAAGTAAGCCGGTCAGTTTCAATGTCTGCTTATGAGAG
GAACCTGAAGAAAACACAAACACCTCCTGAGCCTTCAGTGTCTTATAACA
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GACCGGTTTAAACAGGGTCGGTAGCACAAATAGTGCAACTGGTTTGAGAT
CTGTTAGTGAAGAGGTAAGTCTTCTTCATTATAAGACGATTAATATACGG
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TGAATGCTGTTTGTTGTTAGACGGTTTATGGTAAATATACCGTTCCCTTA
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ACCCAATCAGCGGCCGATCGAATGGCGTATTTCAGACAAGCAGCAGAAGC
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AGCAACAAGAaagaggaagaagaaaaaacaccAGCTACACGTAAAGAGAG
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AGAAGACAAATTAAAAGTGGGAATTAGATTTTAACTCATACATTGTGAAA
AATTTGTTCAACTTTATTGACGTCTGTTGAAGTCAATGAGTTTAAATTTG
GgctttataatttattttaaatttgacgaatttttgaaaatccacCCATG
AGTTGTTTTTTCAACTTTGCTTTTTCATTATGTaactattttcgaaaaaa
aaaatttatgataaTACCCCACTCATAGAACTCCATCAAAAGTTATTCGC
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aaaattaTTGAATAACACTTTCCTTTCCCTTCTTattaattttcccaaaa
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TCTAAAAATTGCTTACAAAAGGGCTGACCCTTTTTCAATTACCCCTTCCC
CCTTTATAACCTTCAGGTGACACCTtgctgtcagaaatgtcatcattcTC
AAAGTGTGGatatttttag

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_004709	XLOC_004709	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000085	supercontig	sc0000085:115560..137078 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00008384 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: SMTL1 (Smoothelin-like protein 1 OS=Homo sapiens GN=SMTNL1 PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 116.316 bits (290), Expect = 4.494e-27
Identity = 50/101 (49.50%), Postives = 71/101 (70.30%), Query Frame = 3

Query: 2211 IGSIVLDWVQEMIKDYP-VEVTNFSSSWNNGMAFCALIHAFNKDEFDFSELKPENKRYNFDLAFDTGYKVKKIPKLLDTDDMVAMARPEPRSVQTYIQWIW 2510
            + +++L+W + M K Y  V++ NFSSSW++GMAFCALIH F  D FD++EL P  +R+NF LAF T  K+    +LLD DDMV +A P+ + V TYIQ ++
Sbjct:  343 VKNMLLEWCRAMTKKYEHVDIQNFSSSWSSGMAFCALIHKFFPDAFDYAELDPAKRRHNFTLAFSTAEKLADCAQLLDVDDMVRLAVPDSKCVYTYIQELY 443

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00008384 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00008384 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
SMTL1	4.494e-27	49.50	Smoothelin-like protein 1 OS=Homo sapiens GN=SMTNL...	[more]

You are here

TCONS_00008384 (transcript) - C. hemisphaerica