TCONS_00007001 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00007001
Unique Name	TCONS_00007001
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	6726

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
protein sequence
transcript from alignment at sc0000073:21418..48253+
coding sequence from alignment at sc0000073:21418..48253+

transcript sequence

>TCONS_00007001 ID=TCONS_00007001|Name=TCONS_00007001|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6726bp
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ggggggacggctattaggtacccgagagtatacaCATAAAATAATCCATT
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TCAATTCAAAGATGATAACATCGAACCTAATACACAAGGAGAATGCACAG
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GTGTTTCGTCAGATTCCACCTTCAATCTAGCTGGTGGTGTTGCAGTCTAT
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CGTAATGGATACATTGAACAATTTTTGATTGACGGTGTTCGTGATGTCAA
CAAAGGAACCATGGATGATCCACTACGAATGGTTTTTCCAGGTCGGACTC
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GGCTCATGGTATCATCGGTTTTTCAAATAATcgagtttcaaaaatcttac
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AGAGTACACCATTCCGACAGTATCGGATGTCAACGCAGAACCAATTGGTG
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GTTAATACCGTTCGAGGAGATACCAATGCTTATCTTCATGTCGAGGCACA
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AAAAAGTTATGTTGCTTTCAATTCAAAGGAGCCACTTTCTTTGATGCTGC
TTATTTGGTCGGTGGTTGGACCACAGCTGAATGGCTAGGCATTATGGGAA
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GAACGATTAGTGGTACTACCCTTTCGAAAGAAATTCGTGAAAATACCAAC
TTTACTGGCTTGACAATGCTAGTAGAATTGGATAAACAAACTGGAATGCG
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TCTGCAAATGTAATGTCGGATCAAATGGCGAAAATTTATGGACTGGTCCC
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ATACTGCAGTATGCTCCTCATGTTCGTCGACCGGTGGCAATTGTATTTCT
CCAGAAGTTTGTGTTTGCAAACCTGGACAATTTGGCCCATCTTGTGAACA
GAAATGCACCTGTGAAAACGGCATATGTAACGGAGGACAAACAGGAGATG
GTACTTGTCAATCGTGTGATTCCGGATACACTGGCACAAATTGTGAGATC
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GGGATGGTATTGATATTCACTACCAAACACTTGACAAAGATTCCATTGCT
CTTACCGACGCCCTTCGACTTGAAGTCAAACAAATGCGTGATATGAGACA
TACTAATATCTGTCTTTTTGTTGGTTCGTGCATTGATAGTCCCAATGTTT
CCATCTTAACTGAATTGCAACCTAAAGGTTCTTTGGATGACGTTCTAACC
AATGAAGATATTAAGCTTCCATGGAATTTCCGATTCGCTATTTTGAAGGG
AATTGTAGCTGGTCTAGATTTCATTCACAGAAGTGAAATCAGAAGTCATG
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TGGCATGAGGATCCTGATCACCGACCTACAATTCGGGAATGCAAGGCCAA
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TCTTTTACCAAAATCTgtcgctgaaagtttgaaacaaggAAAACGTGTTG
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TTCACAAACATTGCACGTGCCAGTACACCGCTAGAAGTTGTGGCGCTCTT
GAATGATATGTACACCAGCTTTGATGGTATTGCTGCTAATTATGATGTTT
ACAAAGTCGAAACTATCGGTGATGCATACATGATTGTCTCTGGATTACCA
ACACGGAACGGAGATCAACACGCAGGAGAAGTTTGTACCACTGCTATGGA
CCTGTTGCATGCTATCGGGTCTTTTACCATCAGACACATGCCCAAAACCA
AAATGCGTCTCCGTATTGGTGTCCATACAGGAGTTGTTGTGGCTGGTGTG
GTAGGTTTGAAAATGCCTCGATATTGTTTGTTTGGTGATTCTGTCAAAGT
TGCCGAATCTATGGAATCAGGTGGTGCTCCTATGAGAATTCAAATCAGTG
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AGAGATGAAGTTGACGTGAAGGGCCATGGTAAATTAAAGAGGTACTGGCT
CAAAGGGAAAGTCGGCTATGATAGAGAACTTCCCGAAGGAGAAGACCCTT
AAAAACTTATACAAAATAGTAAAactgaaaatatatattttttttattcc
ctataaatatattttaattttaattgccttgattaatttattttgaattg
taaaatttatgtaaatatTGTTCAAAAAGATATTGAATTTTAGGCTtagt
ttttaaatcaaatgttGTGCTTTGTTTATGTGTAACGCTTTAGAGAACAG
GCTAAACTGGTGGAAAcctcaagaaaaattaaaacagcGAAGTTTCCAGC
GAttgaaaaaagctggaaaagcagaTTCTCGTGCATTTTCGCACGCTAAT
TACTTTTGCATGCGTATCATTACGTC

Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00007001-protein

>TCONS_00007001-protein ID=TCONS_00007001-protein|Name=TCONS_00007001-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=1428bp
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VRAYHDANPSKRAHGIIGFSNNRVSKILLPKATADGIAVTSFKEDISNDF
SDKVKYPFFNRIHYPESMLEYAFALYLKERLWTKIILISGLDTKLNKEFY
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GDTNAYLHVEAQDGGIASVDGYQWVGYRNAKSFPSGNFPLRCRNLKKLCC
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GVLYVNTLFKVEGSSYEYELKADGGKSHRKRIDLYNDIDSVVGYIQVDKK
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YCTDGCGGNITDPSNINVYSNGVCIKQNVCKCNVGSNGENLWTGPTCAIA
QCPDGCFKGSCTAPKTCTCINGWSGIDCNTAVCSSCSSTGGNCISPEVCV
CKPGQFGPSCEQKCTCENGICNGGQTGDGTCQSCDSGYTGTNCEIDLVVL
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LHHLKSNQKNVGHFNPHEMSTTTVDDAKANYGSLIWTAPEILHTGVYHLD
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DHRPTIRECKANLEVVEPQRGELMDHLVTMLEKYSSNLEEIVTKRTKQLT
KEKQKTEDLVSRLLPKSVAESLKQGKRVEPENFDHVTIYFSDIVGFTNIA
RASTPLEVVALLNDMYTSFDGIAANYDVYKVETIGDAYMIVSGLPTRNGD
QHAGEVCTTAMDLLHAIGSFTIRHMPKTKMRLRIGVHTGVVVAGVVGLKM
PRYCLFGDSVKVAESMESGGAPMRIQISETTFEVLQRLGGYKTDYRDEVD
VKGHGKLKRYWLKGKVGYDRELPEGEDP

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000073:21418..48253+

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00007001 ID=TCONS_00007001|Name=TCONS_00007001|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=26836bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000073:21418..48253+ (Clytia hemisphaerica)
agatttttgaaaaggaggctaatacagcagaaataggacaaaagagggaa
ggggggacggctattaggtacccgagagtatacaCATAAAATAATCCATT
TTAGCTCGTTAATGAGTTGTCTTTGTtgtcttttgttgtttttttattgg
aactgagatttttttatttatttgggtTTATTTTTTAGACTAAATTTTAT
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AACCGAGCGTTTTTGTCGAGTCTCCAAAATTAGCTTCAATTTCTAAAGAC
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GATGTTTCTACACCCATCAAAGAAGACGAGTTGCCTTTATCTTGGTTTTA
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CTTGtagtttttcttctctttttcaatgttttgatttagatttagcctag
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gaaaaattgaagttcaatttttgataaaattagatttttaaaaattcttc
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CAGAGTGTTTTCAAGTCTTTTTTAAAACTCAGATCCGACTGCTTTTCTTT
TCCCTGCGTTTTGAGACTCTTTATCTATAAGGTTTGGGGCAAGTTGGATG
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GCTTCAAGCATTGCAATTGTAGTATCAGAAACAGCCTTCCCTGAATTGGA
TAGTTACTGATTGATGCCTTAGTCTCCTATACTGGCTATCATATTATCTC
TGACTGACGACTTTTAAAATAATACTGCATTTTTCTTTCTAGGTCTCAAG
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GAGAGTATAGTAGCATGATATTGTTCGTCTTGCCTTTTTTTCATCTCAAT
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ATCTAGCTGGTGGTGTTGCAGTCTATCCAGGTTCTGTATGTGAACCAACT
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TCGTattctctgaaaatttgaattagTGAAGGCAGATCAATTACACgttg
ttctttttataagaacatctaaaacttttgaaacctttggatgttcttat
ttttgagttttaagcctgaaaatttttgccattatttgagcatttttgtc
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ttggtcaaaatgaattcccaataATTCTTTGCTTGTCGATTTTCTTTGgg
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TGCTCAAAAAATTGACTACAGATTTGCACCGTCTTGTCATTTGAGTTTTT
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GTTTGATTTCGATCCTCATTTTTACTGATTTATCCCTTATGTAATGCTAA
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GtatattttaataatttaaatttacttGTTTAGGCCAACCCAAGCAAACG
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CGAAGACTTATCAGCACGTATCAATCTTTTCTTCTGACCATCATGACCGA
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CCATTCCAGTGGCACCATCTTTGCCAAACTTACAATTTATACAGGATTCA
CCACAACCCTTAAACCACCAGCCAGCATTTCCTGCCTCTGAGCAGGAAGT
AGTACTTTTATCGTGGTCTTTATCATGAGTTGAGAATTCCATATTCTGGT
GGTACTTGAAATCATTATTTCCTGAAACAGATTTTAGTTTTGGTAATTTA
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TCTAAAATCGTATTATCATAAAGATGGAAACGTCGGTGAGAATTTCAATT
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CATGGTATCATCGGTTTTTCAAATAATcgagtttcaaaaatcttacttCC
TAAAGCCACAGCTGACGGCATTGCAGTGACTTCTTTTAAGGAAGATATCT
CTAATGATTTCAGTGATAAGgTGAAATATCCATTTTTCAATCGAATCCAT
TATCCAGAAAGCATGTTGGAATATGCGTTTGCTCTCTACCTCAAAGAACG
TCTCTGGACTAAAATTATTCTCATTTCTGGATTAGACACTAAATTAAACA
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TACACCATTCCGACAGTATCGGATGTCAACGCAGAACCAATTGGTGGATT
GAATAATGTTATTCAGGATATCAAGAAATCTGGAATTCGTCTGATCGTTA
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gGAGGAATTGCATCAGTAGATGGATATCAATGGGTTGGTTATCGGAATGC
AAAATCCTTCCCAAGTGGAAATTTCCCTCTGCGCTGTCGTAATcTTAAAA
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TTGGTCGGTGGTTGGACCACAGCTGAATGGCTAGGCATTATGGGAAAATT
TTATGATGCTGATGTTGAGAAATCACTTGGTCATTACCGTGAATTTCCCA
TCAATGATATTTTTACGgtTGGTCCTGAGTATGGTATGATTTACGATGCG
TTGAAGACCAAAATTTACGCCATGGAGAATATCATGAAACGAAATGGAAC
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CTGGCTTGACAATGCTAGTAGAATTGGATAAACAAACTGGAATGCGTCTA
CATTTTAATGGTTACGCAAGTGTCAACTGGCCCAACTCCGATTTCTTTCA
GTCTCAACACGTTATTGAATTGTTGACTGGTCGTCTACAAAAATGGGATT
ATTCAAACTTAGGTGTTTTATACGTCAACACTCTTTTCAAAGTAGAAGGT
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TCAAACATCAATGTTTATTCGAATGGTGTCTGTATCAAACAAAATGTCTG
CAAATGTAATGTCGGATCAAATGGCGAAAATTTATGGACTGGTCCCACAT
GTGCTATAGCTCAATGTCCCGATGGATGCTTCAAAGGCTCCTGTACCGCc
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AAGTTTGTGTTTGCAAACCTGGACAATTTGGCCCATCTTGTGAACAGAAA
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GGAAACGTCGGTGAGAATTTCAATTTATGGAAACAAGTTCGAGCATACCA
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ATCAATGGGTTGGTTATCGGAATGCAAAATCCTTCCCAAGTGGAAATTTC
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CAGACGGTGGTAAATCTCACAGGAAAAGAATTGATTTGTACAATGATATT
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ATTTGGCCCATCTTGTGAACAGAAATGCACCTGTGAAAACGGCATATGTA
ACGGAGGACAAACAGGAGATGGTACTTGTCAATCGTGTGATTCCGGATAC
ACTGGCACAAATTGTGAGATCgatttggttgttttggtggTTCCTCTCGT
CTTTGGTGTTGGAGCACTAGCTTGTCTTCTCTACTTTTTGGTCCAATATT
TCATTGCTCAAACACGATTGAAAGCAGCGTTGTACAATAATGATTGGATA
GTCAATTGGCCAGATGTTACACGAGATGATGGAAACACTGGAAGAAGTTC
CATGTTTATTTCTGCCATGTCCATGAATAACAACAACAGAAAAGAAAGaa
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CTTGACAAAGATTCCATTGCTCTTACCGACGCCCTTCGACTTGAAGTCAA
ACAAATGCGTGATATGAGACATACTAATATCTGTCTTTTTGTTGGTTCGT
GCATTGATAGTCCCAATGTTTCCATCTTAACTGAATTGCAACCTAAAGGT
TCTTTGGATGACGTTCTAACCAATGAAGATATTAAGCTTCCATGGAATTT
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GTCGAACCAAAAGAATGTGGGTCATTTCAATCCCCACGAGATGTCAACCA
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CCTGAGATTTTACACACTGGagtttatcatttggatcaCGTTGGACGGGG
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GTACACGTGATTACCCATTCGCTGATGTCATGTTGGAGAAAAGTGAGTTG
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GTATTAAAGACAAAGAATGGCCAAGTAAATACGAAAAGAGAAAGGCTTTC
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AACTGATGGATCACTTGGTCACCATGTTAGAAAAATATTCCAGTAATTTG
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ATGATTGTCTCTGGATTACCAACACGGAACGGAGATCAACACGCAGGAGA
AGTTTGTACCACTGCTATGGACCTGTTGCATGCTATCGGGTCTTTTACCA
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GTTTGGTGATTCTGTCAAAGTTGCCGAATCTATGGAATCAGGTGGTGCTC
CTATGAGAATTCAAATCAGTGAGACCACCTTCGAAGTTTTACAACGTTTG
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ATTGTTCTTCAACAAGGGACAATTGCGCAGGGTCTCAAGCTTCAAATCGT
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TCGTCCCGTCCATCCTCGTTGAAATTGTTGACGGTGCAGGAGCACGTGTG
ACAGCTGGTGCAAATTCCTCTGTGGAAGTATACACAGAAGCGTCAGATCC
TTCACTATGTGTTTCGTCAGATTCCACCTTCAATCTAGCTGGTGGTGTTG
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ATCTTTTAATGTAACAGATGAGATTCATTTGGCATATTTTGCTAAAGATA
ATCGATATCGTAATGGATACATTGAACAATTTTTGATTGACGGTGTTCGT
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AGCAAACGGGCTCATGGTATCATCGGTTTTTCAAATAATcgagtttcaaa
aatcttacttCCTAAAGCCACAGCTGACGGCATTGCAGTGACTTCTTTTA
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AATCGAATCCATTATCCAGAAAGCATGTTGGAATATGCGTTTGCTCTCTA
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AATGTGGGTCATTTCAATCCCCACGAGATGTCAACCACTACTGTTGACGA
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ACACTGGagtttatcatttggatcaCGTTGGACGGGGAACTGTTCAAGGA
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Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_003921	XLOC_003921	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
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Position

The following features are aligned


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Expression

Values :

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Annotated Terms

The following terms have been associated with this transcript:

Vocabulary: **INTERPRO**
Term	Definition
IPR000742	EGF-like_dom
IPR001054	A/G_cyclase
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IPR013032	EGF-like_CS
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Vocabulary: **Biological Process**
Term	Definition
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Vocabulary: **Molecular Function**
Term	Definition
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GO:0005524	ATP binding

GO Annotation

GO Assignments

This transcript is annotated with the following GO terms.

Category	Term Accession	Term Name
biological_process	GO:0009190	cyclic nucleotide biosynthetic process
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biological_process	GO:0006468	protein phosphorylation
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Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00007001 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: ANPRB (Atrial natriuretic peptide receptor 2 OS=Homo sapiens GN=NPR2 PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 402.905 bits (1034), Expect = 1.520e-117
Identity = 236/552 (42.75%), Postives = 340/552 (61.59%), Query Frame = 1

Query: 4738 NTGTWDGIDIHYQTLDKDSIALTDALRLEVKQMRDMRHTNICLFVGSCIDSPNVSILTELQPKGSLDDVLTNEDIKLPWNFRFAILKGIVAGLDFIHRSEIRSHGRLKTSNCLIDNRWTVKLSGFGLHHLKSNQKNVGHFNPHEMSTTTVDDAKANYGSLIWTAPEILHTGVYHLDHVGRGTVQGDVYSLGMVMSEMCTRDYPFADVMLEKSELVQLLTGESDDVILRVWNDYIARLNIEAGGWVRPCIKDKEWPSKYEKRKAFKKLMESCWHEDPDHRPTIRECKANLEVVEPQRG-ELMDHLVTMLEKYSSNLEEIVXXXXXXXXXXXXXXXDLVSRLLPKSVAESLKQGKRVEPENFDHVTIYFSDIVGFTNIARASTPLEVVALLNDMYTSFDGIAANYDVYKVETIGDAYMIVSGLPTRNGDQHAGEVCTTAMDLLHAIGSFTIRHMPKTKMRLRIXXXXXXXXXXXXXLKMPRYCLFGDSVKVAESMESGGAPMRIQISETTFEVLQRLGGYKTDYRDEVDVKGHGKLKRYWLKGKVGYDRELPEG 6390
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Sbjct:  539 NTGHFKGNVVAIKHVNKKRIELTRQVLFELKHMRDVQFNHLTRFIGACIDPPNICIVTEYCPRGSLQDILENDSINLDWMFRYSLINDLVKGMAFLHNSIISSHGSLKSSNCVVDSRFVLKITDYGLASFRS--------------TAEPDDSHALYAKKLWTAPELLSGNPLPTT----GMQKADVYSFGIILQEIALRSGPF---YLEGLDL------SPKEIVQKVRNGQRP--------YFRPSI------DRTQLNEELVLLMERCWAQDPAERPDFGQIKGFIRRFNKEGGTSILDNLLLRMEQYANNLEKLVEERTQAYLEEKRKAEALLYQILPHSVAEQLKRGETVQAEAFDSVTIYFSDIVGFTALSAESTPMQVVTLLNDLYTCFDAIIDNFDVYKVETIGDAYMVVSGLPGRNGQRHAPEIARMALALLDAVSSFRIRHRPHDQLRLRIGVHTGPVCAGVVGLKMPRYCLFGDTVNTASRMESNGQALKIHVSSTTKDALDELGCFQLELRGDVEMKGKGKMRTYWLLG----ERKGPPG 1045

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00007001 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00007001 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
ANPRB	1.520e-117	42.75	Atrial natriuretic peptide receptor 2 OS=Homo sapi...	[more]

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TCONS_00007001 (transcript) - C. hemisphaerica