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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00006951 ID=TCONS_00006951|Name=TCONS_00006951|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6405bp
CACGTTGATTGGAGTAGTaagaaatttttaatcttttattttagtaagAA
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CTTGAACAGCTCATCCAACTCGTTGAGTCCGATGCTTCGACATTTCCTTG
AGGCTGTTGGAGTCAGCTTGCCTAAGGGTGAAacagaggtgccaactctc
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TCTGAGGGATGGAATTCCATGTAAAAAGGATTTCTGAACTTCTTCCAGTT
GCTGCACAAAACCACATTTCCAGGGTGACCAGAGTTGAGAACAGTAGTCC
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CTAGGGTGACTCAAAGGTCTTTAACTTTTTCCTTACTGTATTTTCGATCA
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TTCCCGTAGGCAAGGTGCATAAAAAAAACTGTATGATgtaattgatttaa
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AAGTTGCACGTTACTAATTTGTGCATAGCTTGAAAGGGCCATTTAAATTG
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GTGAAGGACTATTTTCTCAATGGGGAGGGTTCATATCATAATTGTACATg
cataattgaaaaaaatcttgtATGTAGGTTGTCTTTTTCTAAGATGGGAC
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GAAGCTTTCAATTGATTAAGGGTCTGGGGTTGCTCCAAGATCTGTTATCT
TATGCAACCccacaaaaagaaatcacataCAGTGAGATCTTGGAAACTAA
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cttttgatctacttgACCTAATTTGACAAATGACTCCttcaaatttaagt
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AATGGTATAGTATAACTTTTTTccactttaatttttttgctcaatAGTGC
CTATGTTTGTCTGGAACATTTAAAATGGATCCTTGGGATGTTTGCCTGAT
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ggagtggtcagaaagtatctactagggtaGGGTGgggatatttttttaaa
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ATGTATTTTTGGTACCCCCCTCCTATACTTCCTTTCTTGTCAACAAAGCT
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TTTTACATGTCAGGCTTCTGCTCAAACCACCTTAATAGTAAAACTTGGCA
AGGAGGATCCTCTCTGTTTGCTTGAAATGGGTTTTTGATATGTACTTGAA
ATTATATTCCATAGTGCGCTAAAAAGGTTGTATGTGATGGTTTTTACTGT
CAGCCTTTTTGAcaaatttgttgattttgtaATAGATaaacgtttgtttt
tttataagaacatccaaaatttttgaagccttcaaattttcttaacgttc
gagttttaagcctaaaaatgttcttaacatgttcttattttcgcaatttt
ttgattattttgtccattttcctaaaaaataagGTGAATTAGCGTCcacc
aagccttaaaatgtttttacttaacttgttcataatattttggccatcaa
agccttatgttcttatatatagtttgttcttataaaaaacgtgtatgtat
aAATGTCACTTATAAATCTCAGTTGTACTAAATGCAACGAATAGAACTGT
TTTAAATGACGATataattttcttgttttatcAATGACAACAAATAAATC
AGGTAATTTTGATAGGATTACAAACCCTTAGCAACAATGTGTGGTTTGCC
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TCATTGATCATTGCATTTTATGATACACGTCATGTCATGTGTGTGTGTTG
TCATTCCTTTTGCATTTTGTTTTTCTAACTTCTGGATTTACTTTAGTCCT
ACTAGGATTGTTAACTTATCAAAATGTATTTTATCTATACTTCATCCTGT
AGTGTGTGGTTTGCTGAAGTTGTTACCGTATGCTCTCAAAAAATCTCATC
TACGTCTTAAAAACATGCCTATCCGGACgtgttttttttacataaacGTT
TGATGACGTTTGAATGAGCCCATAATAAATGCAGTCAAggatcaaagatt
ttgtttgCGTTACTAGAAATTGATTATTCTCTTTTCAGACTTAATATCAT
AAAGtaccttataaaaaaataatattaacaATACAAAATGGTTGAATCTG
GTGTCAAACTGAACCTCGATTGCGTCGAAGCTTTCACCAATGTCCACAAA
GCACAAACAAGCCGATTCTGCGTGTTTGGATTTAACGATAAACGAACCAA
AGTCGAGTTGAAGTACGCTgcaggaaaagaagaaaattttgaacagCTAT
TGGCACAGCTCCCAAAAGATCATGTTCGCTTTATCTTCTACGACTGCCAA
TACAAAACGAAGGAAGGACAGGATCggaataagGTACTTTATGCTGTTTG
GTCTAGTGACGACGATGCAccaggaaaagaaaaaatgttgcTCTCTTCAA
CCTCCAAAGAGGTGGAGAAAAAATGCAACGGATTCGCCAAGAAGGCTTCA
TACCACGAATGGGCAGAACTTACCGAAGCCGCCTTCGTTGATGTCGTTTC
CGAGGGtggacaaaaataaacacgCCTCGACGCCCTTCCTTCTCTCCATT
GGTTTACGTcgcgaaaataattaaatttgcTGTCCGTTCATTATATCTTA
AAGATGGAGGTccactttttttgttttaggtTTTTTGTATAAGTCAGATA
ATTAATTGGAAACGAACTTATGTTGTCGGTTGGTGGACAAACCTTTGAAT
ATAATATAATGGAttgttaaatgtttttttataacgAGGCCTTTTGATTT
AAAACCAAGGTTTCCCGAATAAGGGTTGATCTTTGCCATCAATCGTTATC
AAACAAATCTAGTAAAAATCGATATGTTACATAactgttttttttctaaa
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ATAAGGCAACTTTGGATTGAAACGACAGATCATTTCAAACTTTTCCTCTA
TTATGTTCAAATTGATAACAATGATATAATTTATTTTATCTATacgaaat
attaaaaatcttttgaaaacaataaatatacCAAAATTTGTTCCATTTTT
AAATCCAGTCGGTACCTCTGATTGTTTGTCGAAAATCGTGGCTTTCCCCT
TAACAACACGCTCATTGCGTGAATCCttttaaaaatggaaaatattactt
ggaatttcaaaatattgaaggTTTCACATTCAATCTAGAAACGCAGCatt
ttatgtagatttcaaatATACACAATGAAAGCAAATTTTTCTGTTATATT
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TTGGGGTTCCGAAAGCTAATTCTTGGTCATTTTTTCATACTCGGCCCGAG
CTTAG Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000072:486625..494031- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00006951 ID=TCONS_00006951|Name=TCONS_00006951|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=7407bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000072:486625..494031- (Clytia hemisphaerica)
CACGTTGATTGGAGTAGTAAGAAATTTTTAATCTTTTATTTTAGTAAGAA
CTTTGTTTTATGATTGCTGAATGATTCTAATTTTTAACTTTCAAAGAACG
GTTGGTAAAGTTTGCTTTTTTGATGATGCATGGACTGATCATTTTTTTGA
CTACGAAGCTTTCAAAAACGTTTAGACAAAATGATGACCAATAATTTGAA
AGTGTTAAGGAAAAGGATTTATTTTATTTTGTATGACACATCTTGCTTGA
TACCTAGTTCTCAAAAAATCATATGGAGAAAGTCAAGTCCAGTGAAATGA
AATAACACAAAGCTTTAACTTAGGGGAAGCATCAATCTTGCCACACCATG
ATCTCTGTCTATATCTATCCTCAATCAGACTTTGTTAGTGTAGGTATATC
AAAATGTAGAGTTATGCTGTTGGCATTATGGTTTGAAGAGCAAGTTCCTA
GGGAAAAAATAGCTTATCGGTTGAAATTTTATTGGTAGNTTTCGAAGAAT
AAAGTACCTTTTAAGGGTGTCACATCCAATGCTTCTGGTTCCCCAATTGA
TATCTTCCGTTGGCTTACTTACTTGCAGGTTACTTGAAATTGATTTTTTC
AATATGGAGACCAGTGTTGTTGTAAGGGATCCATGACTGCCATCTGTTTG
ATTCAGCTTGCCTCAAGCCAGTGTTTCTATTTCTATCCATTTATTTGCAT
AAGCCTAAAAAAGCTAACATCGCAAATAACCTGAAACGAGGGGTTCATCA
GGGACAGTACACAGGAATTTATTAAGTTGACGTTTTAAGGCATCCTTGGT
GCAGTCCTTAACAAACTAAGCTAAGGTAAACCCAATTTTATCAGGCTATA
CAGGGGGTCATTACTAAAAAAAGTCTTAGACATAATCAATGGTCAAAGGC
TTTTGACTTTAATTACATACCACAAATCCATTTAGAGAAGTGGTATATTT
AATTTTAGTGCAAATCTATTTGAACATTTGGGGACATTATGACATAGAGA
CCACCCTATCTTTGATTCCTTTGGACAAATTTTGTAATTTGTAACTTGAT
TATTCTCATACTGTACCTACCTACCTCTTTGTACCTTTTACTGGCTTTTG
CTTGAACAGCTCATCCAACTCGTTGAGTCCGATGCTTCGACATTTCCTTG
AGGCTGTTGGAGTCAGCTTGCCTAAGGGTGAAACAGAGGTGCCAACTCTC
ACGTATTGGACGCTCACGCATTGGACGTGAGACTCGCGCATTCCAACACT
GTCTCACGCAATTTTTCAAGTTTGATTTCTCACGCATTTTTGACATTTGA
AAAAAATTTCCTTGTTTTTCCAATTATTTTGAAAAAAGTTTCCCAGATTT
TGTGATTTTCCGAAAAAACTTTTCCCCGATTTTTTGGTTTTCGGGAAAAA
AGTTTCCCAATTTTTCCTAGATTTCCTATCTTTTGGAAAAATTATCCAAG
ATTTCCATCTTTTGGAAAAAAATTTCCGGTTTCCGAAATCAGAAAATCAG
AAAAGTCGGACTAAGATTTCGGATTTTGCTTCGAAATTTTCATCTCACGC
AAAAAAAACATCTCAAGTTGGCAGGTCTGGTGAAATAGTGGGCAAGCAGT
GGTTCGTCTGGAACAGGTTGTGAGGAAGGTGTCTAAGTGTTTTTTGAATA
CTTCTTTGGGCAGTTTGTCTTAATCTCTTATTGGTCTGGGAAGGGTGTTG
AACAAACGAGGGCCCTCTTAGGAAAGACTCCCCTCCCAGATATTTTTGTG
TTTGATATTGACAGCTTTTAGATTGCAAATTCTCCCCAATCTTTGACTTC
TGTGGCAGGAAATGCCTCCTTTTCTTTCGTCATAATTAAAATTTGGGACG
TTGCCTTCAATGACGTTTGAGGTATAAATTATTTGATAGCGCTCTGTCTT
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TCTGAGGGATGGAATTCCATGTAAAAAGGATTTCTGAACTTCTTCCAGTT
GCTGCACAAAACCACATTTCCAGGGTGACCAGAGTTGAGAACAGTAGTCC
AAATGAGGGATGGCTAGTGCTTTCCATAGAGTTAACATGGTTAAATTTTC
CTTGATTTGAATGTGCGGTATATCCATACCATGCACTTATATTTTTTACC
AGTTTTTACTTTTTTAATTTGTTCTTGGATATGATAAGTCAACTGAGTGT
CTAGGGTGACTCAAAGGTCTTTAACTTTTTCCTTACTGTATTTTCGATCA
ACGTTGCTGTGTCAAAAAAATAGCGAGAACTTTGCTTCAGTGTGTCGTTT
TTCCCGTAGGCAAGGTGCATAAAAAAAACTGTATGATGTAATTGATTTAA
AAAAGTGCCATTTTAACCTCAGTTTTCAATATCAATGTTTTTGCCGCTTA
AAGTTGCACGTTACTAATTTGTGCATAGCTTGAAAGGGCCATTTAAATTG
GAAGATTTTAAATGAAATACATAATGCCACTTTAAATCTGGCGTTTATTA
ATGATTAACATCATTAATTTCAATTTTGTCCAACTTCCTCATACATTTCT
TTTTTAGAAAACTTTAAACAGAATTGCAATTTCATATTAAAAAGATAATT
CCTTGAAAAGCCTCAAATAGTAAACACCAGTGACTTAGACAACGCTAACA
GTGAAGGACTATTTTCTCAATGGGGAGGGTTCATATCATAATTGTACATG
CATAATTGAAAAAAATCTTGTATGTAGGTTGTCTTTTTCTAAGATGGGAC
TAGCGTTTTGAACCATTTGATGCTTGAGATTAGCTGCAACATTTCTTATT
GAAGCTTTCAATTGATTAAGGGTCTGGGGTTGCTCCAAGATCTGTTATCT
TATGCAACCCCACAAAAAGAAATCACATACAGTGAGATCTTGGAAACTAA
CCTCAAGGTAAGGAAGAGACACATTGCATTGCTGGTGTGGAGAGTTAGTA
AATTAATAGAAGAATTGCTTTCTTCATAATGATTCAATACCCTCGTTTTT
TGCCTTTTTTAGCATTTTCAAAAATTAATGATTTAGCATCTATGCCATAA
CTTTTGATCTACTTGACCTAATTTGACAAATGACTCCTTCAAATTTAAGT
TTATCCATCCTCTTTCTAATACAAAAGGATTGATTCCTTAATGCTTCATA
GGATTTTAGAAAATTCAATTCAAAGAGGGGACTTTTTTCTGGGACACCTG
GTATTATCAGAATAACCAACTTTCAACAGTGTCTATCAAGTTTAACATTG
TAAACTTCTTCATTTGAATTTTACAGTGGGCTTAATTTTTGAGTTTCTTT
TTCTAATGTAATGCCAAGTTTGGAAAAGTAGATACCCTGAAGTGTCTGAA
AATGGTATAGTATAACTTTTTTCCACTTTAATTTTTTTGCTCAATAGTGC
CTATGTTTGTCTGGAACATTTAAAATGGATCCTTGGGATGTTTGCCTGAT
TAAACTGGATGAAATTAGATGATTTTTTTTCTTCTCAGCTAAAAAAGTCA
TGGAATTTGAAAAACGTTTTATTGACATCATGCCTAGGATGTAGGAACAC
AAATTTGTGGTTTTCAATAGTATTTTCTTGCACGTGATTGACAAGTGTGA
ACACAAAAACCCTGAGTTATGAAGTAACTCAATAGGTCGATCATAAAATA
TAGTTAAAAATTATTCTTCCAGAGGAATTTCTAATTTTTATGCAAGTCCT
ATTTTTTTATGTATTGATGATTCTCAAAGAGTTATAAAGTGTTCTGTTGG
GGAGTGGTCAGAAAGTATCTACTAGGGTAGGGTGGGGATATTTTTTTAAA
ATTCCGAAATAAATTTTCACTCCCCCGCATAATAAGCCCCTAACCAGTCA
ATGTATTTTTGGTACCCCCCTCCTATACTTCCTTTCTTGTCAACAAAGCT
AAAATTTAATGTGAATAACCTTGAGCATACCATAGGCTCTTTTTTTAAGG
TATATAATATAATTGTGTGTATACAAGGTTGAGGCATGTAGTAAGCAAAT
TTTTACATGTCAGGCTTCTGCTCAAACCACCTTAATAGTAAAACTTGGCA
AGGAGGATCCTCTCTGTTTGCTTGAAATGGGTTTTTGATATGTACTTGAA
ATTATATTCCATAGTGCGCTAAAAAGGTTGTATGTGATGGTTTTTACTGT
CAGCCTTTTTGACAAATTTGTTGATTTTGTAATAGATAAACGTTTGTTTT
TTTATAAGAACATCCAAAATTTTTGAAGCCTTCAAATTTTCTTAACGTTC
GAGTTTTAAGCCTAAAAATGTTCTTAACATGTTCTTATTTTCGCAATTTT
TTGATTATTTTGTCCATTTTCCTAAAAAATAAGGTGAATTAGCGTCCACC
AAGCCTTAAAATGTTTTTACTTAACTTGTTCATAATATTTTGGCCATCAA
AGCCTTATGTTCTTATATATAGTTTGTTCTTATAAAAAACGTGTATGTAT
AAATGTCACTTATAAATCTCAGTTGTACTAAATGCAACGAATAGAACTGT
TTTAAATGACGATATAATTTTCTTGTTTTATCAATGACAACAAATAAATC
AGGTAATTTTGATAGGATTACAAACCCTTAGCAACAATGTGTGGTTTGCC
TTAATGTTGTTTTGATAAACTTAACTCTCTTCTCTCTCTCTCCTTTCATG
TCATTGATCATTGCATTTTATGATACACGTCATGTCATGTGTGTGTGTTG
TCATTCCTTTTGCATTTTGTTTTTCTAACTTCTGGATTTACTTTAGTCCT
ACTAGGATTGTTAACTTATCAAAATGTATTTTATCTATACTTCATCCTGT
AGTGTGTGGTTTGCTGAAGTTGTTACCGTATGCTCTCAAAAAATCTCATC
TACGTCTTAAAAACATGCCTATCCGGACGTGTTTTTTTTACATAAACGTT
TGATGACGTTTGAATGAGCCCATAATAAATGCAGTCAAGGATCAAAGATT
TTGTTTGCGTTACTAGAAATTGATTATTCTCTTTTCAGACTTAATATCAT
AAAGTACCTTATAAAAAAATAATATTAACAATACAAAATGGTTGAATCTG
GTGTCAAACTGAACCTCGATTGCGTCGAAGCTTTCACCAATGTGAGTAAC
TTTTTTTCTGCATTTTAATTATCCATATTTTTATTACCTTCATGGTTTAT
TTAAGTCATTTTGAATACACGTTTTCGACCGTAGTCGCACGGGCATTTTT
TGGCATTTCACTGAAACTGTCCCAATCCTTTTTTGACGCATCTTTCTATT
GTCTATAGGTGCGAAAAAAGGGCTGGGACGATTTTAGTGGGAAAAAAATG
CCCGCGGGACTACGGTCGAAACGGTGTATTGTATGAACGTAAATAACGGT
GAAACAAAACGAGGCAGAATTTGCCTTTAAATTAAAGTAACTTTTTGAAA
TAACCAACTTGACAATTCGCTAAATTTGAGGCAGACCTTTGATGGTTACA
TTACCAACCTCATCTTTAAAACTTTATTTCATTCCAAAGGTCCACAAAGC
ACAAACAAGCCGATTCTGCGTGTTTGGATTTAACGATAAACGAACCAAAG
TCGAGTTGAAGTACGCTGCAGGAAAAGAAGAAAATTTTGAACAGCTATTG
GCACAGCTCCCAAAAGATCATGTTCGCTTTATCTTCTACGACTGCCAATA
CAAAACGAAGGAAGGACAGGATCGGAATAAGGTAAAAATAGAGTTTCGGA
TTCAACTTATGACACAGTCTCTCAACTTTGACATACTATATTTTTCAAGC
CATAAAAAGGAGTGACAAAAGTGATTCAAAAGTATACACGCAGTTGAAAT
TTTGCATTTCAGCGTTGAAAAATGTTGATAAAATATATTGCAAACTTGTG
AAAAATCTTCGAGAATAATTCTTTTGTGAATTACAAGTATGTTCAAGCTC
TAATAAAATACATAAAAAGTACATAAAAATACTTTTAAATGACCAAACTT
TTCTTTTTGAATTGATAAATTTTTCAAACAAATCAATTTTATACTCTAGT
CAAGTGGAAAAAAAGCGAAGGCTCTCAGGCCGGTTAGGTCGAAGTTTTTT
ATCACTCCTGGAAATGGGTTGTAAATATTTATCGGTGTCTACAGGGAGTG
GTTCTTTTATGAGTCCAAACTGATGTTTTGTGTCCGATTCGGATAAAAAT
TGCAAATTTTAGAAAGTGTAAAATCAATATCATTGAAATAAGTTTCAGCC
TAGGGTAAAGAATCTAAAATCACAGTCCATGGTGAATATTTGTGTTTTGC
AATGACTCAACCTTTTTCTATTGTCTTTTATACAGGTACTTTATGCTGTT
TGGTCTAGTGACGACGATGCACCAGGAAAAGAAAAAATGTTGCTCTCTTC
AACCTCCAAAGAGGTGGAGAAAAAATGCAACGGATTCGCCAAGAAGGCTT
CATACCACGAATGGGCAGAACTTACCGAAGCCGCCTTCGTTGATGTCGTT
TCCGAGGGTGGACAAAAATAAACACGCCTCGACGCCCTTCCTTCTCTCCA
TTGGTTTACGTCGCGAAAATAATTAAATTTGCTGTCCGTTCATTATATCT
TAAAGATGGAGGTCCACTTTTTTTGTTTTAGGTTTTTTGTATAAGTCAGA
TAATTAATTGGAAACGAACTTATGTTGTCGGTTGGTGGACAAACCTTTGA
ATATAATATAATGGATTGTTAAATGTTTTTTTATAACGAGGCCTTTTGAT
TTAAAACCAAGGTTTCCCGAATAAGGGTTGATCTTTGCCATCAATCGTTA
TCAAACAAATCTAGTAAAAATCGATATGTTACATAACTGTTTTTTTTCTA
AAAATTTCCCCACTGTGATTCATCGTGGTTTGATTTTGCAATGATACTCT
TTATAAGGCAACTTTGGATTGAAACGACAGATCATTTCAAACTTTTCCTC
TATTATGTTCAAATTGATAACAATGATATAATTTATTTTATCTATACGAA
ATATTAAAAATCTTTTGAAAACAATAAATATACCAAAATTTGTTCCATTT
TTAAATCCAGTCGGTACCTCTGATTGTTTGTCGAAAATCGTGGCTTTCCC
CTTAACAACACGCTCATTGCGTGAATCCTTTTAAAAATGGAAAATATTAC
TTGGAATTTCAAAATATTGAAGGTTTCACATTCAATCTAGAAACGCAGCA
TTTTATGTAGATTTCAAATATACACAATGAAAGCAAATTTTTCTGTTATA
TTTGATCCCTCTAATACGTATTTGTTTGGTGATCCGCAGTGAACGTGATG
ACCAAGACTTCGTGAATTTCTTTTATGAGCTCTCATGGGTTTTAGAGAAG
ATGTGAACATAGAGTGGTGAGATGTTAAGAACATCTCAAGGGCTTCAAAA
AATTGGGGTTCCGAAAGCTAATTCTTGGTCATTTTTTCATACTCGGCCCG
AGCTTAG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00006951-exon-sc0000072-1575043694:488941..494031 | TCONS_00006951-exon-sc0000072-1575043694:488941..494031 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00006951-exon-sc0000072-1575043694:488351..488542 | TCONS_00006951-exon-sc0000072-1575043694:488351..488542 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00006951-exon-sc0000072-1575043694:486625..487746 | TCONS_00006951-exon-sc0000072-1575043694:486625..487746 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00006951-exon-sc0000072-1510915933:488941..494031 | TCONS_00006951-exon-sc0000072-1510915933:488941..494031 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00006951-exon-sc0000072-1510915933:488351..488542 | TCONS_00006951-exon-sc0000072-1510915933:488351..488542 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00006951-exon-sc0000072-1510915933:486625..487746 | TCONS_00006951-exon-sc0000072-1510915933:486625..487746 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00006951-exon-sc0000072-1491911889:488941..494031 | TCONS_00006951-exon-sc0000072-1491911889:488941..494031 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00006951-exon-sc0000072-1491911889:488351..488542 | TCONS_00006951-exon-sc0000072-1491911889:488351..488542 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00006951-exon-sc0000072-1491911889:486625..487746 | TCONS_00006951-exon-sc0000072-1491911889:486625..487746 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000072 | supercontig | sc0000072:486625..494031 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
|
