TCONS_00006539 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00006539
Unique NameTCONS_00006539
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length3253

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00006539 ID=TCONS_00006539|Name=TCONS_00006539|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3253bp
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AAACTGATGCAGTCAGGATGGAAGCTGTATTGGGTTGGAATTTATGCACT
GATAGTCTCTTTAATGATGTATGCAACATTCCATGTCATGTATTTACCTC
CAAGTGAACACACCCTTGATGTTCATTTTGTTTACAAGACAGACTGCGAT
AGTGCAAGTACACAAGAGTTATGTTCTTTTCCTACAGGAAATGTCAAATT
GCATAGGCGACCACATTCTAAAGAAGCTAAAAATGCACACAGGGTTTTAA
CAAGAGGTCAAGGCTATGACGTTAGTTTGGAATTAGATATGCCATTGTCT
GATATCAACCAAAACCTTGGCATGTTTTTAATTCAACTGGAATTTCTTCA
CAAAGACAACAGCGTGGTGGATTCGCATTCTCGCTCTggtTTGTTGAATT
TTCAAAGTAGTTTATTACAAACTATGAGTACTGTGTTTTATATCGTTCCT
CTCTTGACGGGTTGGAAAGAAGAACGACAGAAATTGAACATACCTTTAGT
GGAAAATTATATCGACGATTCTtACTCTCCAACATTTTCTATCAATGTCA
CGTTACATTCAAAACGAATTCAAATCTATGGTGCAAAGCTACGACTGAAG
GCTCTATTCACCGGCTTAAGgtATTACATGCATCATTGGCCGATGACGTT
CAGCGCAATGGGTTTCACTTTTGTTCTCTCCTCTGTTTTCCTTGTCTCGC
TGTTCCGCTTTATACGCCGCGAGTTCGTAGGCGATGATGAAAATCGACCG
CGCGATTTGACATCGATGCCAATCCCAGAAGACGATTACGGTAATTTGAG
TGACAGTTCAGGTGATGAAGgagtcaatgacgtcatcaataatGACGCCA
TTACTGTAGAAGACATTAATACACAACCTGAGCAACAGCTCAGGCATAGA
AAACCATATAATGATAAAAACGAAAGGGAGAGTAACTTTAATAACGAACG
AGAGAATAATTCGAATCGCGAACGAAAAGATTCTGGAGTAGATGATGATG
AATGGACTAGAAATGCTATTAATGATCCTATGGATACAATGGGACGTTTG
ATGCAGTTTTAATGGATGGGGATGATCTGCAACTTGGATATCTTTCTATA
ATTCCATATATTATGGCTGGTAATTAAGCTTGGGTCGCTTTTGTTCGGCT
TTTACGTACAaactacagttgactctcgctaaaaTTCTAACTCGAGCGTG
GAATTTCAATTGTTAGAATTACAGAGATATTTGGATAGTTTTTTTAGTGA
GTGTCTTCCTTGAGGTTGACTGGGAATAACTTACTGGGTGTCCCAAAAGA
AACTTTACATGTCTTCAAATGCTAATATTTTGCCGTAANATAATTTAAcg
ggtgtcccaaaaaaaatctttgtctTCAAATGCTAATATTTTGACGTATT
TTTGTTAAAACACTTCGAAATTTTAATGGTTTCTAAAGAATTCATATTGA
TAACTTTGTGCGAAATTTCAGGTAAATTTCATTTGTTGATAGGCtttaaa
aaagtaacaaaaaggTCTGAATAAATAATAGgcgagagtctactgtattG
TGAAACTTAAGCTCTAAAAATAAGGAAAGCAACACGCGGCAAGGGGCAAT
TCTCGTACTTTCATGAGAACGTGCTCCTGTAAAAAAACCTCCCACTCAAG
AAGGAAAGTCAGtcatcaatgttttttttcgtttgtaggtctaaaagaaa
catttttttaagggaaatctTCTTTTTGTGTTTGAAGGGAagtcttcttt
ttgtttttgttttgctttacaGGATGAATTTTGAGGTTTTGCTAcaattt
taaagatttgaatTAAGAAATTTGTTACTTAAACATAAGATTATGGGCTG
ATAAGGGGCTCGACTTGGTTCCTAAACATAAGATAAAGAAGACTTTTTTA
TTAAAGATTTGACTGATAGTCTCTCAAAATAACCTATACAGaactttatt
aaattttgacTGACGCTCTGTTGTTCAAAGTAGTTCgttatatatatttt
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ttttcattgtcTAAGTCGTTTTATGAAGCTTTTAGTTtgctttttttgtt
gtttttaattgtttcttatAGAGAGTCTGTGTATAGTGAAGAAAACCAAA
ACAACTCTTCGAAACGACATAACTTTAGAACGAATGGGAGATTTTCAGGT
TAAAGTtcgtttagtgagagcatagtCATATGAATATATGGTGAGAAGGT
GTGAAAAGGAGTTTCGTTTTCGATTACGATATTTATCAGTGCTCTCGACT
TGTTTTGCGGATGACCACTATTCTCAATTTCGAAGTATTGAAAATGCTTC
GAAGTAGGCTGGAGACTTGATTGAATCGACTcaaatggttgaaatttggt
TCATTTGTTCCTTGGGAATGGGGGCGTTTTTTTattcccgaaaaaaattt
tttttttagaattcatTTGACTGGAATTTGTTTATGTTCCTTGGATAACC
ATAAAGTGgtgattctttattttttaaatcatgtttttgaTTCAATCTTG
ATTCTGAATAGTAGGGAAATGTGAAGTTGCGGTGCACGATAGACTATAAC
ATGATATAATAGAGTAGTGTATGGAATTTTAAAGCAAAGGTTTCACACCC
ACTGTTTATAGAGAGCTTACGAAGTCGCGACGGCGTCGATGACTGCGACC
TTGATAATCTACGCATGCGCGGATGAGGTGATTCCCAAATATTTAAGTTT
TCGTTCGAGCAAGGGACTGACTTCAAATGGCTTTTCACGACGAGCTAAAA
CCTTAAAACAGCGCTTGCTGTcttttatatacattttaaattaGTTTATG
ATAATTTTGTGCATATGGAATTACCAAATTATATATTATTGTGAATATTA
CGGTACTTTTCACTCGATATGGTACTTTGTTTACGAGCGATAACGTTTTG
TGTTGGACTTTGTGTCCACCAAATATTGCCGTACAATTATGTTCAATCAG
GAGATATTGGTGACAATACTACTCATAATTTCtttttcctcgtttttagc
aatttNACAATCTCGGTCAAactatattgagaattttggttaattcctcg
tttttagcaatttaaagtttgggcgagaaagtcgcttttgggctatttgc
taaatttaatcgaatatttcaattcgggaggggtttatagacttttTCCG
AGC
Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00006539-protein

>TCONS_00006539-protein ID=TCONS_00006539-protein|Name=TCONS_00006539-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=369bp
EFHDNNSQKMVLSIILKLMQSGWKLYWVGIYALIVSLMMYATFHVMYLPP
SEHTLDVHFVYKTDCDSASTQELCSFPTGNVKLHRRPHSKEAKNAHRVLT
RGQGYDVSLELDMPLSDINQNLGMFLIQLEFLHKDNSVVDSHSRSGLLNF
QSSLLQTMSTVFYIVPLLTGWKEERQKLNIPLVENYIDDSYSPTFSINVT
LHSKRIQIYGAKLRLKALFTGLRYYMHHWPMTFSAMGFTFVLSSVFLVSL
FRFIRREFVGDDENRPRDLTSMPIPEDDYGNLSDSSGDEGVNDVINNDAI
TVEDINTQPEQQLRHRKPYNDKNERESNFNNERENNSNRERKDSGVDDDE
WTRNAINDPMDTMGRLMQF
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000067:699717..706649-

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00006539 ID=TCONS_00006539|Name=TCONS_00006539|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6933bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000067:699717..706649- (Clytia hemisphaerica)
CAGAGTTTCATGATAATAATTCACAAAAAATGGTGCTATCAATTATTCTA
AAACTGATGCAGTCAGGATGGAAGCTGTATTGGGTTGGAATTTATGCACT
GATAGTCTCTTTAATGATGTATGCAACATTCCATGTCATGTATTTACCTC
CAAGTGAACACACCCTTGATGTTCATTTTGTTTACAAGTAAGTTCTTCTT
GATTCTTCTCAAAAGAAAATTTATCAAGAGGTGTGGTGGACACCCCACAG
TTTTTTCATTGAATCAAAATTCTAACTAAGGAAACTAGAAATTTTATCAA
TCTAAGCTTTTTGGCATTGGAAAGTGGAAAGGCTAACTTTAAAAGAGTTT
GTATTATTGTTCACTTAGCTAGTTCAAACGTTCAATAGTTATTAAGATAT
ATAGTAAAAAGATTTTGTTCAAATACGGTTATTATTTACCATGAAAATAA
AATGAAATTGTATTATGTATTATGCTGTGGTTATTTCAGGTAGAAAACTA
CTTTAAAAAAAGTATTTTCATAATATTGTTTATTTTCTAGGACAGACTGC
GATAGTGCAAGTACACAAGAGTTATGTTCTTTTCCTACAGGAAATGTCAA
ATTGCATAGGCGACCACATTCTAAAGAAGCTAAAAATGCACACAGGGTAA
AACCTTCTCGGTTCATTTTTTCTCATTATATCCCTCCTAATCAGTGTCTC
GTGCAGATTGATCTAATCTGATCTAATCAGTATAATGCAAAGAGAATTTA
TATTTATGGATTCATACGTGTTTCCAGTGATACCGTCAAGTGTAACTTAA
TTATACTCCGATCTAAAAACTTAAAACTTGCAACAACAACATCCTCCTGT
TTTTTAGGTTTTAACAAGAGGTCAAGGCTATGACGTTAGTTTGGAATTAG
ATATGCCATTGTCTGATATCAACCAAAACCTTGGTAAGAACTATATTATT
TGATACCTTTTTTTAAAACCAACGCCTTCTATTAGCTTTTATTCACTAAT
CTTTTCTAAGTATTCAAGCATTGGGAATATTTTTTAACAAAACTTGCGTA
CTCAAAAATGAATCACATTAAAAAGCGGATCGTTTCATCTGAATTTATTT
TTATTCAAACATCCAGCAACCATAGCAATTTTTCTCACGTTTCCCAGGAT
CAAAGCTGGACCGTGTAATCCANCATCCAGCAATCATAGCAATTTTTCTC
ACGTTTCCCAGGATCAAAGCGGGACCGTGTAATCCTGTTTAGTTAATTTC
CCTCAAATTATTAATTTTTCACTATTTTCGTTTCAATGCCAGGCATGTTT
TTAATTCAACTGGAATTTCTTCACAAAGACAACAGCGTGGTGGATTCGCA
TTCTCGCTCTGTAAGCTTCTTCATAATAATAATAGGATTGAATGATATTG
AACTTTTCCCTACTTAATTTTATACTGACCATATTTATATTGGCCATCAG
AGACGAAGTTTAGACAATTTAGTCCAATAATAATAAACTTATAATTTCCT
GTTTCTGATACAAAGTAGTCTCCATAACTTGAACACGCACGGGAAATGCA
AACTTGTTTCAGTTATAGAAATTTTGAGTTAGAGAGACTTGTTTTTAAGA
GTGTAATGACTTCTAAAGGGACTAGCAATCTCGAGTAAAGGAGACATTTG
AGTGATAGAGGTTCGAGCAAAGATTTATTATACACTGGATAAACGACTCA
TAAAACGATGGAGAGCGATCATTGTATTTTCATTGTTTCAGAAAACAATT
GATGTTTAAGCTTTGTCCGCAAAGGACAACTGTCATGGCGGCTCAAAGAT
GTCTGATTAAAAAAAAATTTTTATCAGTTTTAAAAAAGTTCTCCAACGTT
TTCTTTTTGTACATTTGCAGAAAAAAAGTTTGAAAGTAAGGCTAGCATAC
CAAGCTGGATACATTTGTGAAATCTGGTGTGAGAAAATCACCATTAGACA
AGAAATTCAGACAAAATGCTTATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNATTGGAAATATCTTTCCAAGACTGTCCCCAGAAGAGCTGAAATTAG
CATACATAAGACTTGAGTGTCTTGGCTCCACTGTGGTATGAAAATCCTTT
GGAGGCACGTGGTGGCAAGGTGGTTTTTTTTAGGTTGAAGTTTGAAAATT
TCCGGTGCCAACATTCAATTTCTTATACACAACACTTTTGCATGTTTCTC
ACAGCTTGAAACGTCATAACGACTTATAATTATCAATTAAGTGGAAGAAT
CTGACTCTCACAGGAAAGTTTTAAGACTCTTTTGGGAATTGGATGAGTGG
TTTTAGATAAGAAATGCAATAAAAATGCTTCGAAAAAACATTCAATGAGG
GAAGGAGAGTGAACAATAATATCATTACTGCGGACATAGCTAGTACACGA
GAAATCGGCAAAAATCTTTTACTTGTATATCCAGTGTATAATAAATCCTT
GGTTCGAGTTATGGAGACTCCACTGCAATACGTTTAATGTTTGTATTAAA
GATAGTTGATTGTTCTTTCTATACATTCTCAATTTCTAACGCTATTTAAC
GTCTATTCTACAGGTTTGAAGAATTTTAATTTATCCTTAGACCTGTTCCC
AAAGCTATGTGTAATAACTACTCTCTTTTTTCGAAGATTACTATTATTAA
TTAATTTTCCTGCTTTTCTTTTTTAAGGGTTTGTTGAATTTTCAAAGTAG
TTTATTACAAACTATGAGTACTGTGTTTTATATCGTTCCTCTCTTGACGG
GTTGGAAAGAAGAACGACAGAAATTGAACATACCTTTAGTGGAAAATTAT
ATCGACGATTCTGTAAGCCGTTCTTTCTTTTCTTTATTTGATAAAATATT
TATCGTTGTGTATCATCGTTTTGGCTTTGCAAATTTAAAGCTTTATTCAA
CCAATGAAATCAATTTGTCTCTACTGATGTGATTACTTTTTAGACCAAAT
CCGGGAAAATATCAGTTTTTGTAGATGATGAGGTTTTGAATCTGTTTGAA
TTATTCGCGCATGATAAAAACTGTTTTTACTGGAAAAAATCCTGTTCTTG
TAAACTACCTGAGAACCCTATTGATTCTAATAACCTTGATTCAGGGTCCG
ACATNTTGTTCTTGTAAACTACCTGAGAACCCTATTTATTCAATTAACCT
TGATTCAGGGTCCGACATATTTTAATGATTTTCGAATGATTATTTTTTAG
TACTCTCCAACATTTTCTATCAATGTCACGTTACATTCAAAACGAATTCA
AATCTATGGTGCAAAGCTACGACTGAAGGCTCTATTCACCGGCTTAAGGT
AAATCGTTAGCGAGTTAATATTTTTGAAGACGGCGGATTGACCGAGGCGA
TTTAGAAAAACCCCGCAGTTTTGACCTGCAAAATTGAGTAAAAGTGCTTG
TTTACCGTCGTCCTCAGTTGATCAGGATCTAGACAAATCAGAAGCTAACT
GTATTTTGGGAAAATTGGAAATCCTTATTAATAAAGAAACGAATTTCTTT
CCTTGCGGGAGTTCAAAAAGTTGTTTCAGGGTACTTTTGTTTTTAATTTT
CGACAAAGTAACTCTAAGATAACTTTTTTTTCTCCTTCTCTAATCCCACC
CAATCTAATCTTACGGTTATTGCTTCGATGATGCAATTTCTCCCAAAAAC
TTCTCTCAAAATCTTTTTTATACGCTCTTCTGGAAAATGCTTGAAATCAG
TGCAAGATTTATTTTCAAAGTATTTCTGTCAATGCTATAATGTTTTTGTA
TCAAAACTGATAATGGTTTTTTGGAAACATATATTATGAAAATGTGGCTT
GGATTCTATGTTCTATTTGTAAACAAGACCTGGAATTATTTTGATACATC
TCGAGAAGAGTTTATTAAATGTAACAACGTACCGAAACATTAGTTTATTA
CCGTTGTTATGCGGTATATGATAGGGACTTAATTTAAAACGACTTTGTGA
GTATTTAGTAAAGTCCAACACAAAGTGATGAGAAATGGCGAAGGTTATTC
TCTCAGCCTCTCTTTTTTCACCTATAAAAATGAATTTCTTGACGTTTTTC
TGTTACGTTGGAACATTACAAGCTGTTTAATGGTTTGTTTTTCTAGATTT
TGAAATATTTAACTCTATAAATGAAACTCTTCTCTTGTTGCAATGCGGGG
AATTTCTTTCCCACTGTATTCTAACTTTTTACGGCCTTGTATTACAAAAG
TTTTAAGATGTTTTTCTAACTCTAGTCTAGACAATAATACAAAACATGTG
GCCCTGCCGAAAGTACCTTTTTGGCCACAAGGTAACGTAATTGATATAGC
AGGATAGCAAGAAAATCTTATTTGATGATTTTATTATTATTTTTTTGAAG
GTATTACATGCATCATTGGCCGATGACGTTCAGCGCAATGGGTTTCACTT
TTGTTCTCTCCTCTGTTTTCCTTGTCTCGCTGTTCCGCTTTATACGCCGC
GAGTTCGTAGGCGATGATGAAAATCGACCGCGCGATTTGACATCGATGCC
AATCCCAGAAGACGATTACGGTAATTTGAGTGACAGTTCAGGTGATGAAG
GAGTCAATGACGTCATCAATAATGACGCCATTACTGTAGAAGACATTAAT
ACACAACCTGAGCAACAGCTCAGGCATAGAAAACCATATAATGATAAAAA
CGAAAGGGAGAGTAACTTTAATAACGAACGAGAGAATAATTCGAATCGCG
AACGAAAAGATTCTGGAGTAGATGATGATGAATGGACTAGAAATGCTATT
AATGATCCTATGGATACAATGGGACGTTTGATGCAGTTTTAATGGATGGG
GATGATCTGCAACTTGGATATCTTTCTATAATTCCATATATTATGGCTGG
TAATTAAGCTTGGGTCGCTTTTGTTCGGCTTTTACGTACAAACTACAGTT
GACTCTCGCTAAAATTCTAACTCGAGCGTGGAATTTCAATTGTTAGAATT
ACAGAGATATTTGGATAGTTTTTTTAGTGAGTGTCTTCCTTGAGGTTGAC
TGGGAATAACTTACTGGGTGTCCCAAAAGAAACTTTACATGTCTTCAAAT
GCTAATATTTTGCCGTAANATAATTTAACGGGTGTCCCAAAAAAAATCTT
TGTCTTCAAATGCTAATATTTTGACGTATTTTTGTTAAAACACTTCGAAA
TTTTAATGGTTTCTAAAGAATTCATATTGATAACTTTGTGCGAAATTTCA
GGTAAATTTCATTTGTTGATAGGCTTTAAAAAAGTAACAAAAAGGTCTGA
ATAAATAATAGGCGAGAGTCTACTGTATTGTGAAACTTAAGCTCTAAAAA
TAAGGAAAGCAACACGCGGCAAGGGGCAATTCTCGTACTTTCATGAGAAC
GTGCTCCTGTAAAAAAACCTCCCACTCAAGAAGGAAAGTCAGTCATCAAT
GTTTTTTTTCGTTTGTAGGTCTAAAAGAAACATTTTTTTAAGGGAAATCT
TCTTTTTGTGTTTGAAGGGAAGTCTTCTTTTTGTTTTTGTTTTGCTTTAC
AGGATGAATTTTGAGGTTTTGCTACAATTTTAAAGATTTGAATTAAGAAA
TTTGTTACTTAAACATAAGATTATGGGCTGATAAGGGGCTCGACTTGGTT
CCTAAACATAAGATAAAGAAGACTTTTTTATTAAAGATTTGACTGATAGT
CTCTCAAAATAACCTATACAGAACTTTATTAAATTTTGACTGACGCTCTG
TTGTTCAAAGTAGTTCGTTATATATATTTTCAGGCTTAAATGTTTTTAAA
ACATACACTATTAAAATATTGGCTTTAAAATTTTCATTGTCTAAGTCGTT
TTATGAAGCTTTTAGTTTGCTTTTTTTGTTGTTTTTAATTGTTTCTTATA
GAGAGTCTGTGTATAGTGAAGAAAACCAAAACAACTCTTCGAAACGACAT
AACTTTAGAACGAATGGGAGATTTTCAGGTTAAAGTTCGTTTAGTGAGAG
CATAGTCATATGAATATATGGTGAGAAGGTGTGAAAAGGAGTTTCGTTTT
CGATTACGATATTTATCAGTGCTCTCGACTTGTTTTGCGGATGACCACTA
TTCTCAATTTCGAAGTATTGAAAATGCTTCGAAGTAGGCTGGAGACTTGA
TTGAATCGACTCAAATGGTTGAAATTTGGTTCATTTGTTCCTTGGGAATG
GGGGCGTTTTTTTATTCCCGAAAAAAATTTTTTTTTTAGAATTCATTTGA
CTGGAATTTGTTTATGTTCCTTGGATAACCATAAAGTGGTGATTCTTTAT
TTTTTAAATCATGTTTTTGATTCAATCTTGATTCTGAATAGTAGGGAAAT
GTGAAGTTGCGGTGCACGATAGACTATAACATGATATAATAGAGTAGTGT
ATGGAATTTTAAAGCAAAGGTTTCACACCCACTGTTTATAGAGAGCTTAC
GAAGTCGCGACGGCGTCGATGACTGCGACCTTGATAATCTACGCATGCGC
GGATGAGGTGATTCCCAAATATTTAAGTTTTCGTTCGAGCAAGGGACTGA
CTTCAAATGGCTTTTCACGACGAGCTAAAACCTTAAAACAGCGCTTGCTG
TCTTTTATATACATTTTAAATTAGTTTATGATAATTTTGTGCATATGGAA
TTACCAAATTATATATTATTGTGAATATTACGGTACTTTTCACTCGATAT
GGTACTTTGTTTACGAGCGATAACGTTTTGTGTTGGACTTTGTGTCCACC
AAATATTGCCGTACAATTATGTTCAATCAGGAGATATTGGTGACAATACT
ACTCATAATTTCTTTTTCCTCGTTTTTAGCAATTTNACAATCTCGGTCAA
ACTATATTGAGAATTTTGGTTAATTCCTCGTTTTTAGCAATTTAAAGTTT
GGGCGAGAAAGTCGCTTTTGGGCTATTTGCTAAATTTAATCGAATATTTC
AATTCGGGAGGGGTTTATAGACTTTTTCCGAGC

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000067:699717..706649-

>TCONS_00006539 ID=TCONS_00006539|Name=TCONS_00006539|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=7770bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000067:699717..706649- (Clytia hemisphaerica)
GTATTACATGCATCATTGGCCGATGACGTTCAGCGCAATGGGTTTCACTT
TTGTTCTCTCCTCTGTTTTCCTTGTCTCGCTGTTCCGCTTTATACGCCGC
GAGTTCGTAGGCGATGATGAAAATCGACCGCGCGATTTGACATCGATGCC
AATCCCAGAAGACGATTACGGTAATTTGAGTGACAGTTCAGGTGATGAAG
GAGTCAATGACGTCATCAATAATGACGCCATTACTGTAGAAGACATTAAT
ACACAACCTGAGCAACAGCTCAGGCATAGAAAACCATATAATGATAAAAA
CGAAAGGGAGAGTAACTTTAATAACGAACGAGAGAATAATTCGAATCGCG
AACGAAAAGATTCTGGAGTAGATGATGATGAATGGACTAGAAATGCTATT
AATGATCCTATGGATACAATGGGACGTTTGATGCAGTTTTAATACTCTCC
AACATTTTCTATCAATGTCACGTTACATTCAAAACGAATTCAAATCTATG
GTGCAAAGCTACGACTGAAGGCTCTATTCACCGGCTTAAGGGTTTGTTGA
ATTTTCAAAGTAGTTTATTACAAACTATGAGTACTGTGTTTTATATCGTT
CCTCTCTTGACGGGTTGGAAAGAAGAACGACAGAAATTGAACATACCTTT
AGTGGAAAATTATATCGACGATTCTGCATGTTTTTAATTCAACTGGAATT
TCTTCACAAAGACAACAGCGTGGTGGATTCGCATTCTCGCTCTGTTTTAA
CAAGAGGTCAAGGCTATGACGTTAGTTTGGAATTAGATATGCCATTGTCT
GATATCAACCAAAACCTTGGACAGACTGCGATAGTGCAAGTACACAAGAG
TTATGTTCTTTTCCTACAGGAAATGTCAAATTGCATAGGCGACCACATTC
TAAAGAAGCTAAAAATGCACACAGGGAGTTTCATGATAATAATTCACAAA
AAATGGTGCTATCAATTATTCTAAAACTGATGCAGTCAGGATGGAAGCTG
TATTGGGTTGGAATTTATGCACTGATAGTCTCTTTAATGATGTATGCAAC
ATTCCATGTCATGTATTTACCTCCAAGTGAACACACCCTTGATGTTCATT
TTGTTTACAAGTATTACATGCATCATTGGCCGATGACGTTCAGCGCAATG
GGTTTCACTTTTGTTCTCTCCTCTGTTTTCCTTGTCTCGCTGTTCCGCTT
TATACGCCGCGAGTTCGTAGGCGATGATGAAAATCGACCGCGCGATTTGA
CATCGATGCCAATCCCAGAAGACGATTACGGTAATTTGAGTGACAGTTCA
GGTGATGAAGGAGTCAATGACGTCATCAATAATGACGCCATTACTGTAGA
AGACATTAATACACAACCTGAGCAACAGCTCAGGCATAGAAAACCATATA
ATGATAAAAACGAAAGGGAGAGTAACTTTAATAACGAACGAGAGAATAAT
TCGAATCGCGAACGAAAAGATTCTGGAGTAGATGATGATGAATGGACTAG
AAATGCTATTAATGATCCTATGGATACAATGGGACGTTTGATGCAGTTTT
AATACTCTCCAACATTTTCTATCAATGTCACGTTACATTCAAAACGAATT
CAAATCTATGGTGCAAAGCTACGACTGAAGGCTCTATTCACCGGCTTAAG
GGTTTGTTGAATTTTCAAAGTAGTTTATTACAAACTATGAGTACTGTGTT
TTATATCGTTCCTCTCTTGACGGGTTGGAAAGAAGAACGACAGAAATTGA
ACATACCTTTAGTGGAAAATTATATCGACGATTCTGCATGTTTTTAATTC
AACTGGAATTTCTTCACAAAGACAACAGCGTGGTGGATTCGCATTCTCGC
TCTGTTTTAACAAGAGGTCAAGGCTATGACGTTAGTTTGGAATTAGATAT
GCCATTGTCTGATATCAACCAAAACCTTGGACAGACTGCGATAGTGCAAG
TACACAAGAGTTATGTTCTTTTCCTACAGGAAATGTCAAATTGCATAGGC
GACCACATTCTAAAGAAGCTAAAAATGCACACAGGGAGTTTCATGATAAT
AATTCACAAAAAATGGTGCTATCAATTATTCTAAAACTGATGCAGTCAGG
ATGGAAGCTGTATTGGGTTGGAATTTATGCACTGATAGTCTCTTTAATGA
TGTATGCAACATTCCATGTCATGTATTTACCTCCAAGTGAACACACCCTT
GATGTTCATTTTGTTTACAAGTATTACATGCATCATTGGCCGATGACGTT
CAGCGCAATGGGTTTCACTTTTGTTCTCTCCTCTGTTTTCCTTGTCTCGC
TGTTCCGCTTTATACGCCGCGAGTTCGTAGGCGATGATGAAAATCGACCG
CGCGATTTGACATCGATGCCAATCCCAGAAGACGATTACGGTAATTTGAG
TGACAGTTCAGGTGATGAAGGAGTCAATGACGTCATCAATAATGACGCCA
TTACTGTAGAAGACATTAATACACAACCTGAGCAACAGCTCAGGCATAGA
AAACCATATAATGATAAAAACGAAAGGGAGAGTAACTTTAATAACGAACG
AGAGAATAATTCGAATCGCGAACGAAAAGATTCTGGAGTAGATGATGATG
AATGGACTAGAAATGCTATTAATGATCCTATGGATACAATGGGACGTTTG
ATGCAGTTTTAATACTCTCCAACATTTTCTATCAATGTCACGTTACATTC
AAAACGAATTCAAATCTATGGTGCAAAGCTACGACTGAAGGCTCTATTCA
CCGGCTTAAGGGTTTGTTGAATTTTCAAAGTAGTTTATTACAAACTATGA
GTACTGTGTTTTATATCGTTCCTCTCTTGACGGGTTGGAAAGAAGAACGA
CAGAAATTGAACATACCTTTAGTGGAAAATTATATCGACGATTCTGCATG
TTTTTAATTCAACTGGAATTTCTTCACAAAGACAACAGCGTGGTGGATTC
GCATTCTCGCTCTGTTTTAACAAGAGGTCAAGGCTATGACGTTAGTTTGG
AATTAGATATGCCATTGTCTGATATCAACCAAAACCTTGGACAGACTGCG
ATAGTGCAAGTACACAAGAGTTATGTTCTTTTCCTACAGGAAATGTCAAA
TTGCATAGGCGACCACATTCTAAAGAAGCTAAAAATGCACACAGGGAGTT
TCATGATAATAATTCACAAAAAATGGTGCTATCAATTATTCTAAAACTGA
TGCAGTCAGGATGGAAGCTGTATTGGGTTGGAATTTATGCACTGATAGTC
TCTTTAATGATGTATGCAACATTCCATGTCATGTATTTACCTCCAAGTGA
ACACACCCTTGATGTTCATTTTGTTTACAAGTATTACATGCATCATTGGC
CGATGACGTTCAGCGCAATGGGTTTCACTTTTGTTCTCTCCTCTGTTTTC
CTTGTCTCGCTGTTCCGCTTTATACGCCGCGAGTTCGTAGGCGATGATGA
AAATCGACCGCGCGATTTGACATCGATGCCAATCCCAGAAGACGATTACG
GTAATTTGAGTGACAGTTCAGGTGATGAAGGAGTCAATGACGTCATCAAT
AATGACGCCATTACTGTAGAAGACATTAATACACAACCTGAGCAACAGCT
CAGGCATAGAAAACCATATAATGATAAAAACGAAAGGGAGAGTAACTTTA
ATAACGAACGAGAGAATAATTCGAATCGCGAACGAAAAGATTCTGGAGTA
GATGATGATGAATGGACTAGAAATGCTATTAATGATCCTATGGATACAAT
GGGACGTTTGATGCAGTTTTAATACTCTCCAACATTTTCTATCAATGTCA
CGTTACATTCAAAACGAATTCAAATCTATGGTGCAAAGCTACGACTGAAG
GCTCTATTCACCGGCTTAAGGGTTTGTTGAATTTTCAAAGTAGTTTATTA
CAAACTATGAGTACTGTGTTTTATATCGTTCCTCTCTTGACGGGTTGGAA
AGAAGAACGACAGAAATTGAACATACCTTTAGTGGAAAATTATATCGACG
ATTCTGCATGTTTTTAATTCAACTGGAATTTCTTCACAAAGACAACAGCG
TGGTGGATTCGCATTCTCGCTCTGTTTTAACAAGAGGTCAAGGCTATGAC
GTTAGTTTGGAATTAGATATGCCATTGTCTGATATCAACCAAAACCTTGG
ACAGACTGCGATAGTGCAAGTACACAAGAGTTATGTTCTTTTCCTACAGG
AAATGTCAAATTGCATAGGCGACCACATTCTAAAGAAGCTAAAAATGCAC
ACAGGGAGTTTCATGATAATAATTCACAAAAAATGGTGCTATCAATTATT
CTAAAACTGATGCAGTCAGGATGGAAGCTGTATTGGGTTGGAATTTATGC
ACTGATAGTCTCTTTAATGATGTATGCAACATTCCATGTCATGTATTTAC
CTCCAAGTGAACACACCCTTGATGTTCATTTTGTTTACAAGTATTACATG
CATCATTGGCCGATGACGTTCAGCGCAATGGGTTTCACTTTTGTTCTCTC
CTCTGTTTTCCTTGTCTCGCTGTTCCGCTTTATACGCCGCGAGTTCGTAG
GCGATGATGAAAATCGACCGCGCGATTTGACATCGATGCCAATCCCAGAA
GACGATTACGGTAATTTGAGTGACAGTTCAGGTGATGAAGGAGTCAATGA
CGTCATCAATAATGACGCCATTACTGTAGAAGACATTAATACACAACCTG
AGCAACAGCTCAGGCATAGAAAACCATATAATGATAAAAACGAAAGGGAG
AGTAACTTTAATAACGAACGAGAGAATAATTCGAATCGCGAACGAAAAGA
TTCTGGAGTAGATGATGATGAATGGACTAGAAATGCTATTAATGATCCTA
TGGATACAATGGGACGTTTGATGCAGTTTTAATACTCTCCAACATTTTCT
ATCAATGTCACGTTACATTCAAAACGAATTCAAATCTATGGTGCAAAGCT
ACGACTGAAGGCTCTATTCACCGGCTTAAGGGTTTGTTGAATTTTCAAAG
TAGTTTATTACAAACTATGAGTACTGTGTTTTATATCGTTCCTCTCTTGA
CGGGTTGGAAAGAAGAACGACAGAAATTGAACATACCTTTAGTGGAAAAT
TATATCGACGATTCTGCATGTTTTTAATTCAACTGGAATTTCTTCACAAA
GACAACAGCGTGGTGGATTCGCATTCTCGCTCTGTTTTAACAAGAGGTCA
AGGCTATGACGTTAGTTTGGAATTAGATATGCCATTGTCTGATATCAACC
AAAACCTTGGACAGACTGCGATAGTGCAAGTACACAAGAGTTATGTTCTT
TTCCTACAGGAAATGTCAAATTGCATAGGCGACCACATTCTAAAGAAGCT
AAAAATGCACACAGGGAGTTTCATGATAATAATTCACAAAAAATGGTGCT
ATCAATTATTCTAAAACTGATGCAGTCAGGATGGAAGCTGTATTGGGTTG
GAATTTATGCACTGATAGTCTCTTTAATGATGTATGCAACATTCCATGTC
ATGTATTTACCTCCAAGTGAACACACCCTTGATGTTCATTTTGTTTACAA
GTATTACATGCATCATTGGCCGATGACGTTCAGCGCAATGGGTTTCACTT
TTGTTCTCTCCTCTGTTTTCCTTGTCTCGCTGTTCCGCTTTATACGCCGC
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AATCCCAGAAGACGATTACGGTAATTTGAGTGACAGTTCAGGTGATGAAG
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CAAGAGGTCAAGGCTATGACGTTAGTTTGGAATTAGATATGCCATTGTCT
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TTATGTTCTTTTCCTACAGGAAATGTCAAATTGCATAGGCGACCACATTC
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ATTCCATGTCATGTATTTACCTCCAAGTGAACACACCCTTGATGTTCATT
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GGTTTCACTTTTGTTCTCTCCTCTGTTTTCCTTGTCTCGCTGTTCCGCTT
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ATGATAAAAACGAAAGGGAGAGTAACTTTAATAACGAACGAGAGAATAAT
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AAATGCTATTAATGATCCTATGGATACAATGGGACGTTTGATGCAGTTTT
AATACTCTCCAACATTTTCTATCAATGTCACGTTACATTCAAAACGAATT
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_003697XLOC_003697Clytia hemisphaericagene
The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00006539-proteinTCONS_00006539-proteinClytia hemisphaericapolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000067supercontigsc0000067:699717..706649 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values : 
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
5.43012	4.76212	2.09778	1.81979	9.68098	8.24694	18.146	24.4791	19.358	23.6861	17.8656	11.3017	5.39557	6.19839	6.98869	7.98289	7.27946	8.19657	5.20359	7.93441	7.74159	7.68407	6.54088	6.34692	11.3497	11.7152	6.28228	5.04516	12.8211	9.99777
Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
TermDefinition
IPR009617Seipin
Vocabulary: Biological Process
TermDefinition
GO:0019915lipid storage
GO Annotation
GO Assignments
This transcript is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0019915 lipid storage
Blast
[Close]
BLAST of TCONS_00006539 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: BSCL2 (Seipin OS=Homo sapiens GN=BSCL2 PE=1 SV=3)

HSP 1 Score: 174.866 bits (442), Expect = 7.680e-47
Identity = 94/220 (42.73%), Postives = 141/220 (64.09%), Query Frame = 3 
Query:   54 LMQSGWKLYWVGIYALIVSLMMYATFHVMYLPPSEHTLDVHFVYKTDCDSASTQELCSFPTGNVKLHRRPHSKEAKNAHRVLTRGQGYDVSLELDMPLSDINQNLGMFLIQLEFLHKDNSVVDSHSRSGLLNFQSSLLQTMSTVFYIVPLLTGWKEERQKLNIPLVENYIDDSYSPTFSINVTLHSKRIQIYGAKLRLKALFTGLRYYMHHWPMTFSAMG 713
            L+Q G  L+   +  L VS+ +Y +F+  Y+P   H   VHF Y+TDCDS ST  LCSFP  NV L     +K  ++  RVL  GQ Y V+LEL++P S +NQ+LGMFL+ +    +   ++ + SRS +L+++S LLQ + T+ +   LL G+ E++Q L + L  +Y ++SY PT    + +HSKRIQ+YGA LR+ A FTGLRY ++++PMT + +G
Sbjct:   28 LLQFG-VLFCTILLLLWVSVFLYGSFYYSYMPTVSHLSPVHFYYRTDCDS-STTSLCSFPVANVSL-----TKGGRD--RVLMYGQPYRVTLELELPESPVNQDLGMFLVTISCYTRGGRIISTSSRSVMLHYRSDLLQMLDTLVFSSLLLFGFAEQKQLLEVELYADYRENSYVPTTGAIIEIHSKRIQLYGAYLRIHAHFTGLRYLLYNFPMTCAFIG 238
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00006539 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
BSCL27.680e-4742.73Seipin OS=Homo sapiens GN=BSCL2 PE=1 SV=3[more]
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