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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00006526 ID=TCONS_00006526|Name=TCONS_00006526|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1492bp
CCTGGCTATCAAAGGTGACATAAAAAGTGAAACACCGAACCGAGTGTACC
CAACAAACCATGGAAAACACATCACTACCATCACCACCAGTTGGCTTTCA
AACTAAACAACAGGAAGATGCTTTTATAGTAGACTGTTCCAACATGATTT
GGTTCTATCCGAATCATCCATCATACCAAATTTCACTTCGGTTGGCAATT
TTCTTGAATACAATATTTTCCTTGTTATCAATTGTGGTGAATCTGAAGAA
TTGCCAACGTTTGTTAAGACACAAGGATGGAAAAGCACCTTCATCTAACA
TTGTCATCTTTTCAGGTTGTGTGACGGACATGGTAACAGCTTTCATGATC
CTCACCGTATGGAATGTGCAATCCATAATGGCGGTCAACCATCAATTCTC
TTGTCCAGTCTCATTTTTCACTTATCTCATTGTCATTGTTGCCGCCTTCA
TTATCTGCATGACAACCATATTATTGATCGCTGACCGTTACCTGATCGTA
ACATGCCCTTTTCTTTACGAGGAACACATTACGAAGAACGCCTCAACGTA
CGGGAAAATCATTGCTTATATTTTTATCATCGCTTTGATCCTCTCTGGCA
TCGGATTCGCTATCTCACCCCAAGTCTTGTATTTCATCATTACTGTCCCC
TATATCGGCTGTCTTCTATGGGCTGTTTTTGTATATCCTGCGTTATTCTA
TGAACGGTTTTATTTAACCACAACTTACACGTCCTACCAGTTAAAGGTTG
GTTTACATGAACGACGAAATcacgaaaaattaacaaagtgTAGCTGCTTA
CATTCTTTCATGactgtttttcttttatctCCGCATCTAATTTTTACTTA
TGGCTGGTTTCAAAAGAATCAGCAGATTACCTCCTTAATGTTCCATACAG
CTTTGTTATGGAGTTGGGTGATGATTGCATTGAAGCTTGTTATCTCCGCC
ATCTCATTTAGCTTTGGAATCGAAGGTCGAGGTTTTAAGTGGAAGATTTT
TAAACGAAAGCTGAGTAAGAGACGAATTGATGACATTCAACTTAAGAAGC
TAACAAATATTTGATGGAATTTCATGGTTAGTGGATAATTCATTATGCAT
GATGATTTTTCAAAGAGAAGGCTTTATTCACTGATTTGAGGGGGTGGTTC
TCCGACCCTTACATCCAATGACCACTAAAACTAACCTCTGGTTAGTAAAC
ACTTTTCCTTTTCTGCTGGTAATTAGCTGATAGACTAAACAACTGTTACA
ATTTGAACTGACGTCAATCCGCCAAAACATTAAATTATCTACCATGAATT
TCAAAGCAGGAAAATATAAGGAGGAATTTTTGGTCAAACAAACGGGAGAG
GAGATTGTACTTGTtaatattttaagaaatttgagAGAAGACAAAACATG
GTGCTGGGTATCTGCGGATGGTAAGGGTAAGGGTTtatcacctttcaaag
tctctctaagagtcgaaaaaatcaggaaaatttaaattagtc Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000067:530271..537534- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00006526 ID=TCONS_00006526|Name=TCONS_00006526|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=7264bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000067:530271..537534- (Clytia hemisphaerica)
CCTGGCTATCAAAGGTGACATAAAAAGTAAGTTCAATTTTGCTTTAAATT
TAAACTTTAATTGAAAAATTAAAAATTTAAAAAATCATATGTTATAATAT
TTTGCAGCCATAATTTAATTGGTTCCCAAAATACTATTTATGAATATGTG
TGGCAGTATAGAATTTAGACGGCTGTAAGTACAGTGTAAGGATCTAAATT
TTAGAGGACTTAAAATTTGGGCCTCACAAACGGTCGCTTTCAGATAGTGT
GTCCCTTGCAATCGGGTTTCGAGCCCCTGGTTTTTAGCTAAATACGTTGT
TATATGCATCTCCATTTTGGGTTGATGCAGCCTAGTCACAACATAAGTAC
CGTGTTTGTTTCTTTGTTTATGTAACCTATGCTTATTCGCTATTTTTTCG
TCTGTTTATGTTTATGTTTCTTTCTGGTGGCGACCCCTTACTCATCACAA
GTGGATTCTTTTAATACTTCCTGAACCCATAGTAAAAACTACTTGTCCAA
AGGACCTTTCATGAAATTGTTAAGATGTATTGTATTGGATGAGTAAAGTA
AATCTAATCAATACCCATGTTGCAATAGCCGAATTGCCCAAGAAAATATG
AAATTGCAAAGGGAACGGCGGTTAGCACGTGGAAGGGGATATCTTGGGAA
TCAGTAGGTACCGTGTGCCCAAAAGGGTTACACTTTTCACTCTTGAAGAT
CTTTAGGAAAATAAATCAATCCCTGAAACGGTCCCAAAATCACAAAATTC
GGAACTTGAAGTGTCGCGTTTTCGAAATATTTGGTCTAAAATCTTTCGAA
AAATCTCTCGTCTCATAAATATCAAGATTTTTTGATCTTTTTACTCGGGT
ATATCCGTCATCTATCAAGAAAGCTGATGAAATCTTCTTTTCCTTACCTG
AAACTTGTCAAACAATCGAAACTATTATTTTGGCAACTGATGACACCGAT
TTGTTGTTACCGGCGCATCAGGCCACATCCGCTATTTTTAAAAGTTAAAA
TGACTAGCAACTTTATTAATTAACTTATAGGCGAGGTCTATCACACAGTC
CTATCTCAAATTGCGATAGTTGGTGGAAATCACGCTTTAGTTTCCCTATA
AGTAAGTATCGGTTCCAGCACGAATCTGTATTCTAGAAAAAACTTGAATA
TTAATGTCTGCAGTCTAGAGATCTAGTCAAATATTTTACCCCGAAGAAAT
TGCTCTCAATTTGTTCTTAGTTTTTTAGCCTTTTGTTCTTATAAAAAGAG
TGTAATTAACAATACAACAACAAAACGAAGGAAAAAACACAGTGTGGATG
TGTAAGGACGCTGGTATTTGCCAAGAAAACAAACCACTAACGACCCATAT
CCGTCGATAAATATAAACTAAAATGTGTAATAGACATTCCAAATCAAAAC
ATTCATTTCATTAGAATTTTATGTCAGATATTCTTCAAAACATTTGCAGT
TGATACCTGATACTGTATTCACATCTTAGCACTTTAGAGGCGGAAATATG
TTGCTATAAGGGCTATTAAAATGGTATTAAAAAAATTAAGCTTTTAAATA
CACTCAGTCATTCAGCTTTCAACACATTCTGTTCAGTGTTCTTAAACTTG
TTCTTAACATCTCAAGAAAATGTCTTGAATGGAAAACTTGTCAAACGGAA
ATGTAGTTATTCGAAAAAACATGAATTTGGAATACCACAGATTCCGTTTC
TACTACATAATTATTGATCGGATTCTCCGCAAGAGAAACAATAGACATGA
ATTTCGTAATTTTTGATTAGTCTTCAGGTTGCAGTGGGTGGAGAATGAAA
GAGGGCTCTTTTTGTCTACACATTCCTTTAAAATAAAACAAAACTTTCCT
TCTTGTGTCTTGGTGGTCTACGGGATTATTTTGAGACTTCTTAAATTGGG
CCATTCCATTAAATTTCCATACACAGGGGCGTAACCTTTTCACATAAAAA
AGTGAAAAGATCCAAAATTTCTTCAAGAGTCGAAAACCAAGAATAGCCAA
AAATGTTGCGATTCTCTTTTTAAAAACGCGTTTACAAACTTGGTCTATGA
TTTCAGTATGCCCCAATTTTCAATTCACTCACTCAGATTTTAATCTGTAA
CTTTCATCTGCAAATCAATATCAGCTTCATTTGGTATAGATAGGTTTATT
TTAATTGACAGAAAGCGAACGCTAATTAGATAATTACTTTTATTGATGAG
CTCACTCGTAAGTCACATGACTGCTTCGAGACTTTTATTCAGGAAAAAAT
TAATGCCTTAAAAATGCAATTATGACACGACCCCCTGATCAATATTAACA
AAATTATTCCAACTCGACGTAATTAATTAGGAGTTAATGATCAAGCTTCA
CATAAATTATTACGGTCATTTCGGGTAGGTATAAAAATGTAATGAAGGGG
AGATATACATGGTTAATTAGCGTTTGTCCAGCTCCAGCAAGCAACTCACA
GCTGTCTTTGAAGTCTAAGGACAATNAACACATTCTGTTCAGTGTTCTTA
AACTTGTTCTTAACATCTCAAGAAAATGTCTTGAATGGAAAACTTGTCAA
ACGGAAATGTAGTTATTCAAAAAAACATGAATTTGGAATACCACAGATTC
CGTTTCTACTAAATAATTATTGATCGGATTCTCCGCAAGAGAAACAATAG
ACATGAATTTCGTAATTTTTGATTAGTCTTCAGGTTGTAGTGGGTGGAGA
ATGAGAGAGGGCTCTTTTTGTCTACACATTCCTTTAAAATAAAACAAAAC
TTTCCTTCTTGTGTCTTGGTGGTCTACGGGATTATTTTGAGACTTCTTAA
ATTGGGCCATTCCATTAAATTTCCATACACGGGGGCGTAACCTTTTCACA
TAAAAAAGTGAAAAGATCCAAAATTTCTTCAAGAGTCGAAAACCAAGAAT
AGCCAAAAATGTTGCGATTCTCTTTTTAAAAACGCGTTTACAAACTTGGT
CTATGATTTCAGTATGCCCCAATTTTCAATTCACTCACTCAGATTTTAAT
CTGTAACTTTCATCTGCAAATCAATATCAGCTTCATTTGGTATAGATAGG
TTTATTTTAATTGACAGAAAGCGAACGCTAATTAGATAATTACTTTTATT
GATGAGCTCACTCGTAAGTCACATGACTGCTTCGAGACTTTTATTCAGGA
AAAAATTAATGCCTTAAAAATGCAATTATGACACGACCCCCTGATCAATA
TTAACAAAATTATTCGAACTCGACGTAATTAATTAGGAGTTAATGATCAA
GCTTCACATAAATTATTACGGTCATTTCGGGTAGGTAAAAAAATGTAATA
AAGGGGAGATATACATGGTTAAATAGCGTTTGTCCAGCTCCAGCAAGCAA
CTCACAGCTGTCTTTGAAGTCTAAGGACAACCTATCATAGTTTGAAGCTT
ATCTTCGAGTAAGAAGTGCCAGAATCATTCCTAGGGGTAGAGGTACTATC
CGCTGAGGCTTGAAAATGAACCCAACGTAGGGCCTGAAATTCCAAATAAT
TTTAAGAAAACAGACATTTACAATCCTACCCTGTGATCATTGAAAGTATG
TCTTATCCAATTCTAGCTGAAAGTCATTAGAACATTAGAAATATTTCTTG
GTAAAACAGTAAAACGACCATAAGAAGACAGATTTAACGAATGCAATTAA
CCAAAACGAAACTGTTAAGTTTCTAAGTATTATAAAATAATTGATTTTTG
ATTAAAATCTGAAATACCAGTCATCATATGATTGAAAGTGCCTTCTGTGC
AATTTGTTTATTGTTGTCATTTGTGGAAACTTTTAGTTTGGTGAATCATA
TTCTGGTATCTCTGATTCTTTCTTCAAGAGACCAAATAGATTCTCGGTTG
AGGTGTTCATCGGGCTTTCTATTTAATATCCATTCGGGGGAGTTGTAGAT
GTAGATGAAAATTTCCAAAAGGGTATCCACACATTTTTAAGAATTACCAT
ATGATTTGGCTTGAAATGGTTCGTCCAACCCTGTATGGATATTAAAACCA
AATAGGCCATCATTTTAGTGGTCAGTGCCACAGAGATAAAAAAGACGGCT
CCAATCAGAAAGAGTGGCGTGTATTTCTAGAGATAACGAATAACTTTCCC
CCCATGTCTAGAATACAGAAAGAGCATTTACCAATCAGCCCCAGCACTTC
AAGGGGAATAGGTCCGAGTTACGTAGGTCTGATCGACATCAAATGCACCA
GTATCTTTGAGCGCCTGTGAGCCATCAATGGTCTAATTTTAGACCTTTAA
CATCATTTGACCCCAGTGAGCTTGAAACCAGACCCTATTCGTGAAGCTTT
TAATGCAAACGTCGACGGGATTATTTGGCTGAGTTTTATGGCTGACTTTT
GACAATAATTCGGTAGATTTTTAAAAAATTTTCATAAGAGAATATTTTTG
CTTGTGCAATTGAAAATTTAACTCTATTTCTAATTTGTGGACTGAATTCG
CAAAAAACAGTAGACTAAAATCTAAGATAGACAAATATTTTATAAGAGAT
TTTTCCTTCACAATCATAAATTTAACCAGTTAACCCTAAGATATATAATT
TATTGATAGAGGAAAATTCACTTTTTATTTAACAACGATCCCCACACAAA
AATTCTACTTCAAAAGTTAAACCTATAAAATTTTGTTATGCATAAATAAA
ATAGTCGTTATGTAAAATCTAAAACACTATTGTAAAATAGAAGAGTTTTT
TCAATAATATTTTGGAGAAATTTTATTGAAAATATTTTGTATTAGTAGGA
GGGAGTGCTTAGTTTTTCAAAGAAATAGAAAAGCTCTTATGGTGGTGACT
TAAAACAAAATTTCTCGAAAAAGGCTAAAGACACATAACATTGATAGGCT
TTTTGGTTGCGAAGGATAAACAGCAGTCTGATGAATCTTTTGGATAATTT
CAATGATTATTTGTTATCACATCCATATGATCGCCTATCGGATTCAGAAG
ATTCAATTTCAATTTACTTAGGGCAAGAATTGCTGGCGTGTAATAAATTA
TCTAAAAGGCAAGTAAACATGATCATTCTTATTTTGCAGTTTTTAATTTT
TAGCTCTATAAAAAAATGGTCATTGTTTTCAAAAGTTTCAAGAAATACCT
TAAAGGAAATCATTTTTGCGAATTTTGTTGAATTTTGCTATAAAAAAAGT
CTACCTCTCCAAAATAAGCCAAGTCAAAATTTTCTATTAAGGTTTATGAT
TTTGTTATTTCTTCGATTCTTGTGAGATTTGGTTCCTATCTCGGCATTTT
TGAACACATGACAGAATATTTTTTTATGACAACCCATGATCTCAGAATAT
TTTCCACAACCCTTCAGCACAGGTGAAACACCGAACCGAGTGTACCCAAC
AAACCATGGAAAACACATCACTACCATCACCACCAGTTGGCTTTCAAACT
AAACAACAGGAAGATGCTTTTATAGTAGACTGTTCCAACATGATTTGGTT
CTATCCGAATCATCCATCATACCAAATTTCACTTCGGTTGGCAATTTTCT
TGAATACAATATTTTCCTTGTTATCAATTGTGGTGAATCTGAAGAATTGC
CAACGTTTGTTAAGACACAAGGATGGAAAAGCACCTTCATCTAACATTGT
CATCTTTTCAGGTGAGATATTGTTCATTCCCATGCCGAGGAAATAATTTC
TACGTCCAGAGAATGCCTTCAAAAAAGCTTGCAAATCTAAGGGATTGAAT
TTTTGTGAAAATATCCAGTTGGTGTCCAAAGTCGAACCCAGTTCCTTTAA
TCACTTTTTTATGATTCTGGATAGCGCTCATTATTGTTCATCAGTAAAAT
TAAAAAGTAGTGGCTCTGGGTACAAGATTGAATTAATGTTTTAAGAATAA
GCTGAAATCTAGTGGAGAACTCTGAAAACTTTTTGGCAAAGAACCGAGAA
TGTACCTCAGAAATTTCCCAGAAAACCATGATATTTCTTAAGTGACCCCT
CAAATTGGGAGGTAATGTCTATTAAAATGAGTAATTTAAGTTTCTCAGAA
AAATAAACGATACGGAGAACAGTTGTAGAATCAGACTTGAGAAAGGCGTA
TCAAGTTTTTTTTAAAGAATGAATTATTGTTTTTCAGGTTGTGTGACGGA
CATGGTAACAGCTTTCATGATCCTCACCGTATGGAATGTGCAATCCATAA
TGGCGGTCAACCATCAATTCTCTTGTCCAGTCTCATTTTTCACTTATCTC
ATTGTCATTGTTGCCGCCTTCATTATCTGCATGACAACCATATTATTGAT
CGCTGACCGTTACCTGATCGTAACATGCCCTTTTCTTTACGAGGAACACA
TTACGAAGAACGCCTCAACGTACGGGAAAATCATTGCTTATATTTTTATC
ATCGCTTTGATCCTCTCTGGCATCGGATTCGCTATCTCACCCCAAGTCTT
GTATTTCATCATTACTGTCCCCTATATCGGCTGTCTTCTATGGGCTGTTT
TTGTATATCCTGCGTTATTCTATGAACGGTTTTATTTAACCACAACTTAC
ACGTCCTACCAGTTAAAGGTTGGTTTACATGAACGACGAAATCACGAAAA
ATTAACAAAGTGTAGCTGCTTACATTCTTTCATGACTGTTTTTCTTTTAT
CTCCGCATCTAATTTTTACTTATGGCTGGTTTCAAAAGAATCAGCAGATT
ACCTCCTTAATGTTCCATACAGCTTTGTTATGGAGTTGGGTGATGATTGC
ATTGAAGCTTGTTATCTCCGCCATCTCATTTAGCTTTGGAATCGAAGGTC
GAGGTTTTAAGTGGAAGATTTTTAAACGAAAGCTGAGTAAGAGACGAATT
GATGACATTCAACTTAAGAAGCTAACAAATATTTGATGGAATTTCATGGT
TAGTGGATAATTCATTATGCATGATGATTTTTCAAAGAGAAGGCTTTATT
CACTGATTTGAGGGGGTGGTTCTCCGACCCTTACATCCAATGACCACTAA
AACTAACCTCTGGTTAGTAAACACTTTTCCTTTTCTGCTGGTAATTAGCT
GATAGACTAAACAACTGTTACAATTTGAACTGACGTCAATCCGCCAAAAC
ATTAAATTATCTACCATGAATTTCAAAGCAGGAAAATATAAGGAGGAATT
TTTGGTCAAACAAACGGGAGAGGAGATTGTACTTGTTAATATTTTAAGAA
ATTTGAGAGAAGACAAAACATGGTGCTGGGTATCTGCGGATGGTAAGGGT
AAGGGTTTATCACCTTTCAAAGTCTCTCTAAGAGTCGAAAAAATCAGGAA
AATTTAAATTAGTC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00006526-exon-sc0000067-1575043694:537509..537534 | TCONS_00006526-exon-sc0000067-1575043694:537509..537534 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00006526-exon-sc0000067-1575043694:531924..532212 | TCONS_00006526-exon-sc0000067-1575043694:531924..532212 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00006526-exon-sc0000067-1575043694:530271..531447 | TCONS_00006526-exon-sc0000067-1575043694:530271..531447 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00006526-exon-sc0000067-1510915933:537509..537534 | TCONS_00006526-exon-sc0000067-1510915933:537509..537534 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00006526-exon-sc0000067-1510915933:531924..532212 | TCONS_00006526-exon-sc0000067-1510915933:531924..532212 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00006526-exon-sc0000067-1510915933:530271..531447 | TCONS_00006526-exon-sc0000067-1510915933:530271..531447 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00006526-exon-sc0000067-1491911889:537509..537534 | TCONS_00006526-exon-sc0000067-1491911889:537509..537534 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00006526-exon-sc0000067-1491911889:531924..532212 | TCONS_00006526-exon-sc0000067-1491911889:531924..532212 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00006526-exon-sc0000067-1491911889:530271..531447 | TCONS_00006526-exon-sc0000067-1491911889:530271..531447 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000067 | supercontig | sc0000067:530271..537534 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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