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transcript sequence >TCONS_00005843 ID=TCONS_00005843|Name=TCONS_00005843|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=568bp
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TTGTAATTCAACATTTCC Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000061:336355..352056+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00005843 ID=TCONS_00005843|Name=TCONS_00005843|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=15702bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000061:336355..352056+ (Clytia hemisphaerica)
ACGGTCGTACGTAGATAATTCCATTTagttttttatataatataccTCTG
ATGGTTCATATTATCTGAGTAGGTGACCAAAAGAGCAATATAAAACAACC
AGCAATATTATCCCCATAATACTCCACACATTTGTTATATCTACTTCTAC
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GGttattgtttacattttaattAANGAATCTTATGCCGGGCCGAATGACA
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TGAGGTGATGATGTCACTGGTTATAATCTGACTGGTTGGTCGGGTCCTGA
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TGTATGTGTGAAGTGGTGTATGTTGTGCGTGTAGTGTTATGCATGATCTG
TTTTTCCTAAATCAAGTCCTGAAAATATACGTCGAATCCAAAATGGAGAA
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AATCGTGCATTATGTGCAAGCAATTTTTATGTATGATGTTGAGCAAAAAC
TCTTACATATCTtaccgaacgaacgaacgaacgaacgaacgaacgaacga
acgaacgaacgaacgaacgaacgaacgaacgaacgaacgaacgaacgaac
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GTGAATCAAACTTGCATGTATTGTGCTGATTTTTCATTAGTGCGATACTT
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TGAGTGAGGGTTAGAGTGCTCCCTGAATTTCGATTACAACAGAAAACCAA
GTTCCGAATAAGTGCATCTTTAATAGCCTAAGATTGGAGTCTTGTAAAAA
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CCTGGTCCATCTGTCACAAAAGGTTCTAGAAACATTCCGAAATAAAAAGG
GCGCCCTTTCACATCCCTTACCTTCATGTCTGCTATCAGCGCCTCTGCTT
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GAATAAGTTACTTTTGATTCTGTGTAAATTTTACGGAAGATGTCAAGCAA
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CCACTGTATAGACCTCGTGAAAAACTGTCTAAAATTCGCAGATCAGCCTT
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TCCCATATGTCGTTCCCTGAAATTCCGGAACAGTCAATATAatatacagt
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ACCGTCCTCAGGCTCGTATAGGATTAAAGAACCCTGGTGGCACATCTCCT
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GTCCCAAAGCGATGTCGACATTGACTAGGGGGACAGGATCTGCTAAAAAT
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ttttttgttgatttcattAGTTTAAATCAGAGTGAGTTAAAATccgtctc
aaaataatttgcagctgtgACAGAAAggactgtaacttttgatagaattt
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aaaaatgaaaatgaaaaatgaagaagaaaaaaatcaacttcttgtggAAA
TGTGATATGAGTCATTCTTCAATCTTAGTAAAAAACGAGGTCTGAGAATA
TCTCAAAACGCCCTATATGAACAAGCATCTATATTCAAGTTCAAGCTATG
AGGAGTCTGATAAACTTTTATCTAGCGATAATCTACGAAAAACATCTGCG
ATTTGCTGGTCTAAATGTTGATTCACCGGACGCCGGTCGGCTTGgatccc
ggtgggaaaaataactttgatttcatctccatttgaaattcaatagaaaa
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aaagaaatcttctTCCCCATTGTGTGAAGAAGTTCAACTGAGACAGGGTT
GTCTTAAAACAAGCAACTAACTTTGAAACAAGCTCGTGCCCAGTCTTTGA
AAGATTCTTCTTGTCCATTCAGCTCGTCTCCTTCGCCCATTGGGTAGATC
TGTTCACCACCAAGTTTTGCGAAACTGTTGTCTAACAAATGTCCGAATTC
ACAGAATTTAGGATAAGCACGTGAACCGAGACCGAATACTGAGTACCTGT
GGCATATAGAATTTAAGATAAAATTTCATCAACATTATAATTATAGTACA
GTccactctctgtaattcgaacctctgttaTTCGAACCTTTCTAAAGTTT
GAACTAAAGCATTGGGCCCTTCAGCTGGAAAGTCGTTTAAAGTACTCtct
ttttcgaatctttctataatccgtttaaattttctgatcccttaaagatc
gaattagtTGATTAAGTACTATATAAATCCTCGGCGACCTGAAGGCTCTA
CTTTCGGAACCTTGGCATCTAGTACAATGGACTTTAGTATAAACAGCAAC
ATCAAACTATAGAGCTAAAAAGAGCTCTTTAAAGAttgatatttgaattt
tttcatattattctttatttttcccaGAAAATACATACAATACAAGTCGG
CTAGCCAGGTCTACAGATAACAGGTAATGAGAGGATAGCTTGATCTAGGA
AAAGTTTCAATAGCCCACTAAACTTTGATTAGAAGAACTTTACCTTAAAT
TACACAAGAGTCCTTTTTGATTTTCTGGTATTTCATTTAGTCCTTGATGA
AGGTTCGAAAAACTTCGATATTTTTTCATGCTATAAAAAAAAGTGGACCA
AAAATTAAGTCAGTGTTATTTCGGTCAGTATTAAGTAAGAGAGAAAAATC
ATACAGACTACCTTTATTCCCAGTATCTAACCCTAACCTAAACAGGAAAA
TAATGTGCGATAacatcaaatcaatcaaaaattaccTTTCAGTGGGATAA
ATCATTTGATGAAGACCTTTGACAAAATCCTATGATACGAAAGCAAGAAT
TCATATCGTTACCGTATGAATATAATCTGGTATATTAATAGTTGTTTAGC
CTGGTTGCTTTCGCAAAGACTCTAACGGTCGATTCTAGGCCAAAACAGTT
TTCCTGATATCCTAACATATATATCCACAACAACTTACTTAAAAAATTAC
AGCTGAGGAAAAAGAAAGTTTGATGGTCGAGCCCGAAAGACCCTAAATGA
AGCAACCTCTTCCCCGCATGCAAAAGATTCCTAAGCATACTTTTACATAC
AGCTTGAGAAAAGTTATAAATTCAAGAAAttctttggaaattttttggaa
atctcggaAATATTCTAAGTTCATGATATACATGACGTAATGAAAACACG
GAAACGCCCCTGTTTTTTGCCAGTAATGGCAAATTTTCAGTAACTTCTCT
AGCTTAactttgccactactggcaaaaacccgGGTGTTTCCgtttaaaac
attacgtcatgttTATCATGAATTAAGTAAGCAAGTAaatttgcgaccgc
agtcggagccGACATgttctaccactgcactacggtcgcttgaATTAGTT
ATAATGAATTAGTTATACCTGTCCGTTGTCAGGGGGTTCACCATTTCCAA
AAGTACTTGCTACAAACAATACACATTGTTCATTTTCGATGTCTGTCACT
CGATAATCTTGCATGCAATACACTTTGGAATCGAAACCATGTAAAAAGAC
TTCGTTAAGCAGGTTGGCAAACGCTTTCGATTTTCCTGTGAAAGAGATGG
AGTTAAGTAAATAATTAATATCAAACTAATTCTTATCaagattttaaatt
caattcaGCGGAGACTATCCCAAgttaaaacctttttttataaacGTTGT
AAATTTATTTGTTGAGAAGACTTTAGTAGAAAGAATCTTTATCTACGGTC
ATGTGCTAGGTGAGGCGGTTCTTAGTATGAAAAAAGATTCTAAATAATGA
AGTTGATGCTTTTTGAAATCATTAACAAAATACAAACACCGGTCGGGTGC
AACGCCCTTCGGTACGAACAGTAAATATTAGTGGACTAAGAAAAACAAAC
TGAACGAAATATAGCGGAAAGACACGACTTTGGCGTTCAGGGTGGTACAG
AGTCAGAAAATTAAGGCGATAAATACTAACCAGTTTCTGTAGCATACAAA
ATACTGACTTTTGATCTTCGTTTCAAAATTCCACCGAATAGTGAATTTGA
TAGCTCGACTATCCTATAAAAAGTTAATAGAAATTGATTATatgcccagg
ttttcgggcgcataacattcgattttttgacgtcactttaaactttcgaa
gctcctgcagtagcgaaAATATCGAATTAGCGTCAAAGCACAGActtctt
attttaaaaaatcgtcaaagtggaactcaccacTGCTCACCAAGAAACGG
GATGAAAAATCCGGGTTTTTGGAAAGGCTCTCACTAGTCCAAGACCCACA
ATCTTGCGGGCCTTGCGAGCTTTAGCCGAATGCTCTATCTCTAAAAAAAG
GGTATTTGGAAAATGCCAAATGATTGACTTACTTTACCACATCTTTGaaa
gttcttcttttctttaaaggCGAGGGTCGTTCAACACGAAGATATTTCCA
CGCGTCCTCCAAATATTCGTATGATGGATATAACTTGTAATTCAACATTT
CC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00005843-exon-sc0000061-1491911889:336355..336839 | TCONS_00005843-exon-sc0000061-1491911889:336355..336839 | Clytia hemisphaerica | exon |
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Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000061 | supercontig | sc0000061:336355..352056 + |
Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
| Term | Definition |
|---|
| IPR001503 | Glyco_trans_10 |
Vocabulary: Molecular Function
| Term | Definition |
|---|
| GO:0008417 | fucosyltransferase activity |
Vocabulary: Cellular Component
| Term | Definition |
|---|
| GO:0016020 | membrane |
Vocabulary: Biological Process
| Term | Definition |
|---|
| GO:0006486 | protein glycosylation |
GO Annotation
GO Assignments
This transcript is annotated with the following GO terms.
| Category |
Term Accession |
Term Name |
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GO:0006486 |
protein glycosylation |
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GO:0016020 |
membrane |
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GO:0008417 |
fucosyltransferase activity |
Blast
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