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transcript sequence >TCONS_00004844 ID=TCONS_00004844|Name=TCONS_00004844|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2751bp gccATATGGAGGAAGACCACTTCGTTTCCAGTGTCCTGATTGTGATCGAA AATTCCACGCACCATCTCATCTTAAACGACATCGACTTTGTCACACTTCG GAAAGACCTTTTCAATGTCACATTTGCAAGAAAGgaTTCTTACAAGCTTG GCACTTGGGACGTCACATGACCATTCATACCGGAAACAAACCTTTCCAAT GTCCGGAATGTCCCAAAACATTCGGAAGTCGTTTTGAGATGAAGACTCAT TGTAACTACATTCATAGAGGTATCAAGGAGCATGAATGTACAGTCTGCAA TAAGATGTTCACGTTGAGAAGTAACTTGAAAGTTCATATGAGAAAACATA CTGGTGAAAAACCTTACCAATGTGAAATTTGTTTGAAGAGATTTGGTCAA CGAGGACATCTTCAATATCATATGAGAAAACATGAAGGAAAGACATCTTC AACACCAGCTGGCAAAGAACATAGTGTCATCAAAGCTAACGAATTTAtca caaaatcaaaatcaatggaAGAAGATGAGAAAGACCTTACTACATCTTCT GATTACGGTAGTGAATCTGACTCCATGAACAGTGACCCTGCGTCACCCAT GTCACCTACCTTTCCTTCAATGACTACCCCTGTATCGCGGGCTCGATACT CTCCATTATCACCTGTCAGCAGACCCATCCCGATGTCCAGAAGCCCGTAC AATCCACCATCTCCTCCCGAGAGTAGTTTCTTCAGATTCGCTGGTAACGA TATCCCACTTTCAGGACGCATGTTTGATCACACGAACCCTACAGAAATCA AACCTTTCGTTTGCGTGTCCTGCAATTGCGGGTTCGGTGAGATCCGCTCG ATCCGCGCACATGTGCGACATTCACACGCTCGAAATAGTATTCATAACGA GCTCTTCTCGTGTGCTTTTTGTTGTAAAACGTTCACAACGATTGACTCGT TACAACACCACCATGATGCTTGCAAGCAACGACACATCCCATTGTCAACT CGTCCAACTCCTCCATTGCTCAAGAAAGAACACATCGATTATGACTACAA TCCAAGACCATTGAAACGTTCCGGATCCtcagaaatttattttcaatacg gAAAACGACAAATGTACGGGCCTGTATCTCCTGGTGGCCGCTCCTCAACC TCTGATACCACCTTCGATCGCCTACTACCGCCGTACAACAGAGAACCAGC TCTTTACGAATGTCCCCATGGTTGTGAATGTAGGAAACCTCCTACTAACT TGAACAACAAAATGGTACAAGCCAGATACATCAAATATTTGGAACAATGT CAACAAATGTTGGAATCTCATGTTCAATTAATGGAAGCTATCAAGGTATC AAGAAAATAGAACGTCTTCTAAAAAACTAATAACCGCTCGACTTATAACC AGACGACCAACTTTCGTCAGGAGAATGTGGAAAAGTTAAGACATAGAGTT ATCCTTATATTTGAACGTTTAATCAGAGACTAATACAAACGACTGTATCC TAGAACACGATGCAAAACATATTATTATTCTGTGGTTCTAATACGTCTTT TTTTCTTATGAAGATGTGATActgctttttttatctttaaaaatttgact ACAGATAATATATCTGGATTCTTTAAAATAACTCCTTTAGAGTTTACTTT GGTaattaaaattatttatttcttcCTTAGATTTTTTGGTgttcatattt tgttttttatttcaatttttataaccTTGACTTAAGACATAATCAAGTGT Ctatatttacaaaataatttataatcaataattaaagattttgcccattt tttatgggtgacaaattttttgacgacaatttttaaaagagaaatttaga aaatctaaTAAATTTTATAGAACGGTGTGAGTGATCTTTTACTCTCGCTT CTCTTCAACGGACTATCAAATGCACACATTTAGTTGTGACCCCAATTTGC AAAGAAATCTTTTAGTTTCAACCTGGTTTTGCAATCAAACTGATCATATG GATATGTTAAACCTCGGATATTTATTGCCTCAACTTGTACGGTATTTCCC aaacttcattttcaaatacTTTTTGTTCCTAATAAAATTCCTTAAGAGCA CgaacaaaattaaaattgactttTCTATTGCTTttaatttcatccaaaaa ttaaaggttttgtttttaaataagagtgatatcgtttggttacccatcaa ttttaattcacaagcttgaattggcacggatgtggagcaagaaagaggaa aagaaagacattttctgcttatatcagcataatataacaatagacagaca cATTTCATATCAGGAAAGTCTATgcttattgttatattgtgctgatataa gcagaaaattgtttttctattcctctttctgaccatattgctccacatct gtgtcaattccATGTGAAGAAGCttgtattttaaaattgatgagtaagaa aacgatgtcactcttatctaaaaacaaaacctttaagggaTTTCAAGAAA TCGCTAAAATGTGTTACGATATCGTTATACGCTTGCTATTGTATTATACT AATTATatcatattatatattttttgacgATACTGACCTCTTATGGTTGG TTGATATTACGACGATTTGATATATTAGAATAATactttatctttttatt ccGATTGTAAACTTTTTACCATGTTGTTTTGGAAAGCAATAGAACTGTCC CATGCTCATTAACTTGTAGTCTTCAGTATTTTTTAGAACCGTTGAAAATT G Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000049:80812..101742+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00004844 ID=TCONS_00004844|Name=TCONS_00004844|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=20931bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000049:80812..101742+ (Clytia hemisphaerica) gccATATGGAGGAAGACCACTTCGTTTCCAGTGTCCTGATTGTGATCGAA
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TGGCACTCATTCTATGCAGAAATTATTTTAACGACATTGTATACATTTAT
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GAAGTCACATCAATTTTCGAATCAATAATGATGTTGTATCTTTCATAGAC
TTTTATCATCAATAAAGATGTGACGATTAAAAAAATAGCATTACGGCTTA
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TTAGAAaatgcgaaaaaaaaacaatcttacaacTAACTTTCTTTGAGCGA
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TTAAATCTAAATTTAGACGAAAGATATTTCCCATTTGGATAGGAATTACA
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CCATACTGAAGAGTGAATCCAGAAAAGTTGTTTTCTATCATTTGCTCTAC
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AAGCGACTCTTTTGTGAATAACCTTTAGAAAAACGATTGTCCGAGAAATT
TTCTACCCTGATATCTTATCCCattgattttatcaaattttcattcagaa
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GACCATTCATACCGGAAACAAACCTTTTCAATGTCCGGAATGTCCCAAAA
CATTCGGAAGTCGTTTTGAAATGAAGACTCATTGTAACTACATTCATAAA
GGTTagatatttgactttgaagTCTAAAACCTATATCAGAAAAAAGTGTA
GATCTTTCTtagtttttttacattttacaaaatACCAAGACTAAGAAGTA
CTTAGGTTGTTTCATCATAGCTAAAACtcgttttcttatttttggaatac
gaattcaaaatttctttatctcatttctcaatttttccaaatatcaagtt
tttccaaaatatgaaaGACTACTCTAAATTTAACAAAGATGAATTGAGAA
CGATGTTTTTTAAAGATAATTCTTCATTCTCCTTCACCAGGTATCAAGGA
GCATGAATGTACAGTCTGCAATAAGATGTTCACGTTGAGAAGTAACTTGA
AAGTTCATATGAGAAAACATACTGGTGAAAAACCTTACCAATGTGAAATT
TGTTTGAAGAGATTTGGTCAACGAGGACATCTTCAATATCATATGAGAAA
ACATGAAGGTAAGGGAGATGATCCACTTTGAAATTTCTTACCAATAGACA
CCTTTGTCACCAACGCTAGGCTAACCTTTTTCCAGAAAGAAAGGTTCAAT
TAAGTGTCGATAATACACTATTGTTCACTGGCGAATTTGGGACAAAAGaa
caagtacgtcggaaacatgcgaaggagtgcaacgctcgttaaaagacaat
aaaattacaattacacatctcttcctctgataggttcgacgtggtctaaa
accgcctataaTTGTTGGTCTTATCTTATCACCAGTAAAGTCAATAATCT
ACATTTTCTCATCACAGGAAAGACATCTTCAACACCAGCTGGCAAAGAAC
ATAGTGTCATCAAAGCTAACGAATTTAtcacaaaatcaaaatcaatggaA
GAAGATGAGAAAGACCTTACTACATCTTCTGATTACGGTAGTGAATCTGA
CTCCATGAACAGTGACCCTGCGTCACCCATGTCACCTACCTTTCCTTCAA
TGACTACCCCTGTATCGCGGGCTCGATACTCTCCATTATCACCTGTCAGC
AGACCCATCCCGATGTCCAGAAGCCCGTACAATCCACCATCTCCTCCCGA
GAGTAGTTTCTTCAGATTCGCTGGTAACGATATCCCACTTTCAGGACGCA
TGTTTGATCACACGAACCCTACAGAAATCAAACCTTTCGTTTGCGTGTCC
TGCAATTGCGGGTTCGGTGAGATCCGCTCGATCCGCGCACATGTGCGACA
TTCACACGCTCGAAATAGTATTCATAACGAGCTCTTCTCGTGTGCTTTTT
GTTGTAAAACGTTCACAACGATTGACTCGTTACAACACCACCATGATGCT
TGCAAGCAACGACACATCCCATTGTCAACTCGTCCAACTCCTCCATTGCT
CAAGAAAGAACACATCGATTATGACTACAATCCAAGACCATTGAAACGTT
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CCTGTATCTCCTGGTGGCCGCTCCTCAACCTCTGATACCACCTTCGATCG
CCTACTACCGCCGTACAACAGAGAACCAGCTCTTTACGAATGTCCCCATG
GTTGTGAATGTAGGAAACCTCCTACTAACTTGAACAACAAAATGGTACAA
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AATCAGAGACTAATACAAACGACTGTATCCTAGAACACGATGCAAAACAT
ATTATTATTCTGTGGTTCTAATACGTCTTTTTTTCTTATGAAGATGTGAT
ActgctttttttatctttaaaaatttgactACAGATAATATATCTGGATT
CTTTAAAATAACTCCTTTAGAGTTTACTTTGGTaattaaaattatttatt
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TTTTGTTCCTAATAAAATTCCTTAAGAGCACgaacaaaattaaaattgac
tttTCTATTGCTTttaatttcatccaaaaattaaaggttttgtttttaaa
taagagtgatatcgtttggttacccatcaattttaattcacaagcttgaa
ttggcacggatgtggagcaagaaagaggaaaagaaagacattttctgctt
atatcagcataatataacaatagacagacacATTTCATATCAGGAAAGTC
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature Name | Unique Name | Species | Type |
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Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
sc0000049 | supercontig | sc0000049:80812..101742 + |
Blast
BLAST of TCONS_00004844 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: ZN701 (Zinc finger protein 701 OS=Homo sapiens GN=ZNF701 PE=1 SV=3) HSP 1 Score: 133.265 bits (334), Expect = 1.964e-32 Identity = 67/147 (45.58%), Postives = 91/147 (61.90%), Query Frame = 2
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G +P ++C +CD+ F SHL+RHR HT E+P++C +C K F + HL +H IHTG KP++C EC KTF + H IH G K ++C C K+F +SNL H R HTGEKPY+C C K F ++ +L+ H R H GK S
Sbjct: 388 GEKP--YKCEECDKVFSRKSHLERHRRIHTGEKPYKCKVCDKAFRRDSHLAQHTVIHTGEKPYKCNECGKTFVQNSSLVMH-KVIHTGEKRYKCNECGKVFNHKSNLACHRRLHTGEKPYKCNECGKVFNRKSNLERHHRLHTGKKS 531 HSP 2 Score: 105.916 bits (263), Expect = 1.473e-23 Identity = 57/139 (41.01%), Postives = 78/139 (56.12%), Query Frame = 2
Query: 26 FQCPDCDRKFHAPSHLKRHRLCHTSERPFQCHICKKGFLQAWHLGRHMTIHTGNKPFQCPECPKTFGSRFEMKTHCNYIHRGIKEHECTVCNKMFTLRSNLKVHMRKHTGEKPYQCEICLKRFGQRGHLQYHMRKHEGK 442
+ C +C + F S L H+ HT E+P++C+ C K F Q +L RH +HTG KP++C EC K F + ++ H IH G K ++C VC+K F S+L H HTGEKPY+C C K F Q L H H G+
Sbjct: 336 YTCNECGKTFSHNSALLVHKAIHTGEKPYKCNECGKVFNQQSNLARHHRVHTGEKPYKCEECDKVFSRKSHLERH-RRIHTGEKPYKCKVCDKAFRRDSHLAQHTVIHTGEKPYKCNECGKTFVQNSSLVMHKVIHTGE 473 HSP 3 Score: 105.531 bits (262), Expect = 1.794e-23 Identity = 58/143 (40.56%), Postives = 81/143 (56.64%), Query Frame = 2
Query: 14 RPLRFQCPDCDRKFHAPSHLKRHRLCHTSERPFQCHICKKGFLQAWHLGRHMTIHTGNKPFQCPECPKTFGSRFEMKTHCNYIHRGIKEHECTVCNKMFTLRSNLKVHMRKHTGEKPYQCEICLKRFGQRGHLQYHMRKHEGK 442
R FQ + + F+ S LK+H++ H ++ ++C +C K F Q +L H HTG P+ C EC KTF + H IH G K ++C C K+F +SNL H R HTGEKPY+CE C K F ++ HL+ H R H G+
Sbjct: 277 REKSFQRNESGKAFNGSSLLKKHQIIHLGDKQYKCDVCGKDFHQKRYLACHR-CHTGENPYTCNECGKTFSHNSALLVH-KAIHTGEKPYKCNECGKVFNQQSNLARHHRVHTGEKPYKCEECDKVFSRKSHLERHRRIHTGE 417
The following BLAST results are available for this feature:
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