TCONS_00004844 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00004844
Unique NameTCONS_00004844
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length2751

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00004844 ID=TCONS_00004844|Name=TCONS_00004844|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2751bp
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AATTCCACGCACCATCTCATCTTAAACGACATCGACTTTGTCACACTTCG
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CATGCTCATTAACTTGTAGTCTTCAGTATTTTTTAGAACCGTTGAAAATT
G
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000049:80812..101742+

Legend: exon
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>TCONS_00004844 ID=TCONS_00004844|Name=TCONS_00004844|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=20931bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000049:80812..101742+ (Clytia hemisphaerica)
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AATTCCACGCACCATCTCATCTTAAACGACATCGACTTTGTCACACTTCG
GAAAGACCTTTTCAATGTCACATTTGCAAGAAAGGTATTTTGTTGCTTCG
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TGACATAATTTACAGCccactctttttttattttttttcttctctataAC
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GCGTGACCTGCATAGTTTTCACTCAAACGCCAGATCGAAAGTAAAATCCa
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TCGATTCGTCAATCTAAAAGTGACGCAAAGCTCAAGGCTTCATTTATTCT
TGCTTGTAGATTCATTTTCAGCCCTTCAGGGTGATGCTTGATGCTTGCTG
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GTATGTTTCTGAGATTTTCCAGTATCTTTTATGGTTTATGTAACAAGCGT
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TATGCAATAAACTATAAAGTGACTGCAAAAAAGGAATGACAGGTAAGAca
ggaaaaacaaaacaaaacaaaaNTCAGCAAATCATAAATAAACACAGTAA
TTTTTGCGTGAACCTTTTCAGCGATTTCACTGTTCACGATTAAGAGCAGC
ATGGATGGCGTGATGAGAAGAGACTATGCTAGGAGTTTATTGACATAGTC
ATGCATGACCCTCTTTAAATTTTAGAGCGTCTTTTATAATACGTATCGCA
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TTTACCAAATGGGCAACGCTGTCGAGCTTGAAATTAGACCATGACCAGGG
GAATGTCCTCGTACACCATTTGCCTTATTTGAGTGATCAGCAGCCGGGCT
AGCTTCTCTATGAAATAATAAAGACCGAGATGAAAACCGTATTTCAAAGA
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GGTTCTAACATTTAAATTTTAATAACTCTCGCTCTAAACGTTTTacaaga
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ACAAAAGTAGGgacaaagagaagaaaaaaagaatttggaaAATAGAAGTC
CAGCTTGAACTTTTTTTCAGTATGTCAAATTAAAGCACTGCGGTTAGCAA
GTgctaaactttttttattttaaaagcaaaataaataGTAAGTATCAGtc
cttcttttttatttcatcctTGCTCTTGTATTTCAACGTTCTTTCTTTCC
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GACACACGGCACATTTTATTATTTTGCGATATTGTTGTGGCGcaacaaag
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GGCTTCCCATCCTACACAGGGACACTCTTTTGCATTGAGATTATTGGTTA
GCTAAAAGGTGTTTCGATAGGTGCTTTTACAACAAAATTTGTAGTTCTTG
CTTGCCAAAAATAGAAAATCGCTgccttgccaaaataagtttatATTTTA
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TTCGGTTTGTTGGCAGggtcaaaaataattaatttaccTTACCATTTTAC
TATTTGGAAAAATCAGTTTACTGTAAccgaaattgaaaattcaaacgTGA
TactatttttttagttttttttggctttttgtaTGATGATTTAATTTTGA
CTATTTTGATGATCGAGATGAGAACTTAGCAGTTGGTGTAATGAGGTGTG
CTGTTTGAGGCCTCTAAATGACTTGATATTTGAGgttaaaaattttactt
aaaagttAAAAGATTACCTTATGATCAATTTTCCTGAGAATTAATTTCAT
GTTTTAacaaatttttgctttctaaAATAAATCTTGCAAAATCATGTGAT
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CTGCGTAAAAACTTGGGAAATCAGAAACCTTGCACACCCTTCATAACGAA
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CAAAACTACCAATTTTAATACTCAAGTATTCAGTTTTACTAcattaaaag
gaagaaatttgggtgggaatttaatttggcggatgaaggacatttttggg
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gaaaaaattaaattttggcgggaactttaaaatttggcagattttgacca
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CATCAGTAGCAAAGGTAGTATTTTGACAATCATACAATGTGTTCTGTTAT
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TTGAATGACGAAGATCTAAAACCGACAGCTTCCATACACGTTATCGTGGA
CACACCTGACAAATTGATCAATAGATCATGCTTAACGAAATCCACTTTGG
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ACATTTTCTCATCACAGGAAAGACATCTTCAACACCAGCTGGCAAAGAAC
ATAGTGTCATCAAAGCTAACGAATTTAtcacaaaatcaaaatcaatggaA
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CTCCATGAACAGTGACCCTGCGTCACCCATGTCACCTACCTTTCCTTCAA
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GTTGTAAAACGTTCACAACGATTGACTCGTTACAACACCACCATGATGCT
TGCAAGCAACGACACATCCCATTGTCAACTCGTCCAACTCCTCCATTGCT
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CCTGTATCTCCTGGTGGCCGCTCCTCAACCTCTGATACCACCTTCGATCG
CCTACTACCGCCGTACAACAGAGAACCAGCTCTTTACGAATGTCCCCATG
GTTGTGAATGTAGGAAACCTCCTACTAACTTGAACAACAAAATGGTACAA
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TGTTCAATTAATGGAAGCTATCAAGGTATCAAGAAAATAGAACGTCTTCT
AAAAAACTAATAACCGCTCGACTTATAACCAGACGACCAACTTTCGTCAG
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AATCAGAGACTAATACAAACGACTGTATCCTAGAACACGATGCAAAACAT
ATTATTATTCTGTGGTTCTAATACGTCTTTTTTTCTTATGAAGATGTGAT
ActgctttttttatctttaaaaatttgactACAGATAATATATCTGGATT
CTTTAAAATAACTCCTTTAGAGTTTACTTTGGTaattaaaattatttatt
tcttcCTTAGATTTTTTGGTgttcatattttgttttttatttcaattttt
ataaccTTGACTTAAGACATAATCAAGTGTCtatatttacaaaataattt
ataatcaataattaaagattttgcccattttttatgggtgacaaattttt
tgacgacaatttttaaaagagaaatttagaaaatctaaTAAATTTTATAG
AACGGTGTGAGTGATCTTTTACTCTCGCTTCTCTTCAACGGACTATCAAA
TGCACACATTTAGTTGTGACCCCAATTTGCAAAGAAATCTTTTAGTTTCA
ACCTGGTTTTGCAATCAAACTGATCATATGGATATGTTAAACCTCGGATA
TTTATTGCCTCAACTTGTACGGTATTTCCCaaacttcattttcaaatacT
TTTTGTTCCTAATAAAATTCCTTAAGAGCACgaacaaaattaaaattgac
tttTCTATTGCTTttaatttcatccaaaaattaaaggttttgtttttaaa
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ttggcacggatgtggagcaagaaagaggaaaagaaagacattttctgctt
atatcagcataatataacaatagacagacacATTTCATATCAGGAAAGTC
TATgcttattgttatattgtgctgatataagcagaaaattgtttttctat
tcctctttctgaccatattgctccacatctgtgtcaattccATGTGAAGA
AGCttgtattttaaaattgatgagtaagaaaacgatgtcactcttatcta
aaaacaaaacctttaagggaTTTCAAGAAATCGCTAAAATGTGTTACGAT
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tttttgacgATACTGACCTCTTATGGTTGGTTGATATTACGACGATTTGA
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_002745XLOC_002745Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000049supercontigsc0000049:80812..101742 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values : 
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Blast
[Close]
BLAST of TCONS_00004844 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: ZN701 (Zinc finger protein 701 OS=Homo sapiens GN=ZNF701 PE=1 SV=3)

HSP 1 Score: 133.265 bits (334), Expect = 1.964e-32
Identity = 67/147 (45.58%), Postives = 91/147 (61.90%), Query Frame = 2 
Query:    8 GGRPLRFQCPDCDRKFHAPSHLKRHRLCHTSERPFQCHICKKGFLQAWHLGRHMTIHTGNKPFQCPECPKTFGSRFEMKTHCNYIHRGIKEHECTVCNKMFTLRSNLKVHMRKHTGEKPYQCEICLKRFGQRGHLQYHMRKHEGKTS 448
            G +P  ++C +CD+ F   SHL+RHR  HT E+P++C +C K F +  HL +H  IHTG KP++C EC KTF     +  H   IH G K ++C  C K+F  +SNL  H R HTGEKPY+C  C K F ++ +L+ H R H GK S
Sbjct:  388 GEKP--YKCEECDKVFSRKSHLERHRRIHTGEKPYKCKVCDKAFRRDSHLAQHTVIHTGEKPYKCNECGKTFVQNSSLVMH-KVIHTGEKRYKCNECGKVFNHKSNLACHRRLHTGEKPYKCNECGKVFNRKSNLERHHRLHTGKKS 531

HSP 2 Score: 105.916 bits (263), Expect = 1.473e-23
Identity = 57/139 (41.01%), Postives = 78/139 (56.12%), Query Frame = 2 
Query:   26 FQCPDCDRKFHAPSHLKRHRLCHTSERPFQCHICKKGFLQAWHLGRHMTIHTGNKPFQCPECPKTFGSRFEMKTHCNYIHRGIKEHECTVCNKMFTLRSNLKVHMRKHTGEKPYQCEICLKRFGQRGHLQYHMRKHEGK 442
            + C +C + F   S L  H+  HT E+P++C+ C K F Q  +L RH  +HTG KP++C EC K F  +  ++ H   IH G K ++C VC+K F   S+L  H   HTGEKPY+C  C K F Q   L  H   H G+
Sbjct:  336 YTCNECGKTFSHNSALLVHKAIHTGEKPYKCNECGKVFNQQSNLARHHRVHTGEKPYKCEECDKVFSRKSHLERH-RRIHTGEKPYKCKVCDKAFRRDSHLAQHTVIHTGEKPYKCNECGKTFVQNSSLVMHKVIHTGE 473

HSP 3 Score: 105.531 bits (262), Expect = 1.794e-23
Identity = 58/143 (40.56%), Postives = 81/143 (56.64%), Query Frame = 2 
Query:   14 RPLRFQCPDCDRKFHAPSHLKRHRLCHTSERPFQCHICKKGFLQAWHLGRHMTIHTGNKPFQCPECPKTFGSRFEMKTHCNYIHRGIKEHECTVCNKMFTLRSNLKVHMRKHTGEKPYQCEICLKRFGQRGHLQYHMRKHEGK 442
            R   FQ  +  + F+  S LK+H++ H  ++ ++C +C K F Q  +L  H   HTG  P+ C EC KTF     +  H   IH G K ++C  C K+F  +SNL  H R HTGEKPY+CE C K F ++ HL+ H R H G+
Sbjct:  277 REKSFQRNESGKAFNGSSLLKKHQIIHLGDKQYKCDVCGKDFHQKRYLACHR-CHTGENPYTCNECGKTFSHNSALLVH-KAIHTGEKPYKCNECGKVFNQQSNLARHHRVHTGEKPYKCEECDKVFSRKSHLERHRRIHTGE 417
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00004844 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
ZN7011.964e-3245.58Zinc finger protein 701 OS=Homo sapiens GN=ZNF701 ... [more]
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