TCONS_00004795 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00004795
Unique NameTCONS_00004795
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length6976

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00004795 ID=TCONS_00004795|Name=TCONS_00004795|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6976bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000048:391840..459114-

Legend: exon
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>TCONS_00004795 ID=TCONS_00004795|Name=TCONS_00004795|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=67275bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000048:391840..459114- (Clytia hemisphaerica)
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000048supercontigsc0000048:391840..459114 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
2.72832 2.77285 2.83828 2.55539 25.5291 23.7077 3.30092 4.63149 8.73842 8.78127 8.64696 8.22205 11.571 11.2888 7.16048 10.7159 6.13962 7.35579 1.44259 3.55003 6.97882 7.51101 3.64581 4.94893 9.50448 9.65253 3.3325 1.73389 1.01533 1.23938
Blast
BLAST of TCONS_00004795 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: LAMC1 (Laminin subunit gamma-1 OS=Homo sapiens GN=LAMC1 PE=1 SV=3)

HSP 1 Score: 418.313 bits (1074), Expect = 3.958e-119
Identity = 289/844 (34.24%), Postives = 412/844 (48.82%), Query Frame = 3
Query: 2487 VYMSYLYG-SLYDDGFSCNCDPVGSINPAVCNTYGGQ-CNCKQNIYGRTCSTCLP-------DHYNFTSGLGCRECDCNLEGSDNNSC--DP-------NTGQCP-CKSNVIGRTCNKCALNYYGISSAQGCRACACNPLYSVSSSCDQSGNCRCKPGVSGAKCTQCANGYYDLTINGCKSCDCNPLGTAGNRCNTASGICNCKALTMGERCANCTVGYYGFSSEFPDTCLKCHCTGKTSDCDVAPGYYIMFVNTTFSTRRDNNLLEGWKSVDENGVNAGKGSWNWAPEYSIERGFLKVDDTNNSPQLYFSAPDIYLGNKRSSYMYYLTFDMTQQSVTNPRNRQQEGDIIIKGKNQNFKLVALVTLVPLQYQRFRSYKIKFYEKNWFKNTPSGDNP-----SSLEMLNTLSDLEYIYIRAKWTSNDGEFCGLSNVVMQYSTYNIGSSTGLTPARNVEYCNCPVQYSGQFCQECNVGFTRDPPNGGASDDCKACQCNSHAAFCDKANGTCFNCLHNTKGNNCEFCKDGFYGTATNKQPDDCKSCLCPGGPHAPNQFATKCSLNNDNSHTCTDCQTGYTGQRCERCSDGYYGNPMDPRGK---CQKCTCNGNIDPSAAGNCNTETGECLRCLYDTFGKECEFCRPGFFGDAI----AKSCRACSCNTLGSV--DTSCQNMTGQCNCRPNVVGRICDKCAENTYDFNSADGCKLCQCHLKGSKTQQCNLVTGKCECNPRVEGDKCDRCATGYYDL-DKGCLPCNCNTSFTVSNTTCHPQTGQCQCRDSSLGGPYSGRTCSECSVNAI--GTPPHCELCHSPCYDNWNNYINREASEIARMQANVTSL 4910
            V  SY Y  S +  G  C C+  G  +  + N +    CNCK N YG  C  CLP             S   C  CDCN     +  C  DP       + G C  C+ N  G  C +C  N++ + + + C +C C+P+ S+S+ CD  G C CKPGV G KC +C  G++ LT  GC+ C C+P G+  + CN  +G C CK    G  C  C  G++   S  P  C  C C G +S C  A GY +  +++TF    D     GW++   +G  A       + E+S ER  + V   +  P+ YF AP  +LG +  SY   L+F      V     R    D++++G         L   VPL  Q   SY  +   K  F+   + D P     +  E    L++L  I IR  ++     +  L +V +  +    G      PA  VE C CPV Y GQFC+ C  G+ R+ PN G    C  C CN H+  CD   G C NC  NT G +CE C DG+YG +T     DC+ C CPGG        TK          CT+C TG TG+RCE C DGY+G+P+   G    C+ C C+ NIDP+A GNCN  TGECL+C+Y+T G  C+ C+ GFFG+ +    A  C+AC+CN  G++   +SC  +TGQC C P+V G+ C  C    Y+  S  GC+ C CH  GS   QC++ TG+CEC P + G  C+RC   ++    +GC PC+C+   ++S   C    G+C+CR+      + G  C +C  N     + P C+ C + CY    + +     ++  +++ + +L
Sbjct:  269 VLKSYYYAISDFAVGGRCKCN--GHASECMKNEFDKLVCNCKHNTYGVDCEKCLPFFNDRPWRRATAESASECLPCDCN---GRSQECYFDPELYRSTGHGGHCTNCQDNTDGAHCERCRENFFRLGNNEACSSCHCSPVGSLSTQCDSYGRCSCKPGVMGDKCDRCQPGFHSLTEAGCRPCSCDPSGSI-DECNIETGRCVCKDNVEGFNCERCKPGFFNLESSNPRGCTPCFCFGHSSVCTNAVGYSVYSISSTFQIDED-----GWRAEQRDGSEA-------SLEWSSERQDIAVISDSYFPR-YFIAPAKFLGKQVLSYGQNLSFSF---RVDRRDTRLSAEDLVLEG-------AGLRVSVPLIAQ-GNSYPSETTVKYVFRLHEATDYPWRPALTPFEFQKLLNNLTSIKIRGTYSERSAGY--LDDVTLASARPGPG-----VPATWVESCTCPVGYGGQFCEMCLSGYRRETPNLGPYSPCVLCACNGHSETCDPETGVC-NCRDNTAGPHCEKCSDGYYGDSTAGTSSDCQPCPCPGGSSCAVVPKTK-------EVVCTNCPTGTTGKRCELCDDGYFGDPLGRNGPVRLCRLCQCSDNIDPNAVGNCNRLTGECLKCIYNTAGFYCDRCKDGFFGNPLAPNPADKCKACNCNLYGTMKQQSSCNPVTGQCECLPHVTGQDCGACDPGFYNLQSGQGCERCDCHALGSTNGQCDIRTGQCECQPGITGQHCERCEVNHFGFGPEGCKPCDCHPEGSLS-LQCK-DDGRCECREG-----FVGNRCDQCEENYFYNRSWPGCQECPA-CYRLVKDKVADHRVKLQELESLIANL 1059          

HSP 2 Score: 176.022 bits (445), Expect = 1.023e-43
Identity = 137/472 (29.03%), Postives = 210/472 (44.49%), Query Frame = 3
Query:  501 NEGFNLNI--NSLCGSPPEDFCA--GVDCNFK----CDGNDPTNSYSPSRITDAYELE--TFWKSR------NFDEPVTMVFDFGSKMILHQITITFQFEFPNGLYIQKSSDDGTTYLTLMYYAIRCNDTFQLAEANKYNRLDVLCFKLNPTSNQQLYQISYA---PRRDNYVATEVLKGG----------IVRDYYIATNVKIILEEF--FKPSDFN-PNVADRRKFYFAIRDVDIQASCYCNGMSNQCDDKDFGK--CVCQKNTEGNNCERCKPLFNNKPWTFGQA-----CDGCTCNNHASSCF-----YNAAKGVGVCQNCIHNTKGDECDECKSGFFRNTTFLISSPEACAECDCDTAGVLFGSHICDPLSGKCICKIFVEGDRCDTCKDGFFGLSGELIQGCDVCDCSTSGTVAGQQVCNKTSGQCLCKEGFTDRRCSTCKPGYYGFPVSAPSQCVECNCNPSGSV 1784
            N  FN+ +   + CG+PPE++C   GV    K    CD   P   +  + +TD       T+W+S+       +   + +    G    +  + + F    P    I K + +   ++   YY+  C +T+     +K NR  +   +      Q L    ++   P     VA   L+G           +++++  AT++++ L     F    FN P V   + +Y+AI D  +   C CNG +++C   +F K  C C+ NT G +CE+C P FN++PW    A     C  C CN  +  C+     Y +    G C NC  NT G  C+ C+  FFR     + + EAC+ C C   G L  S  CD   G+C CK  V GD+CD C+ GF  L+     GC  C C  SG++     CN  +G+C+CK+      C  CKPG++    S P  C  C C    SV
Sbjct:   56 NAAFNVTVVATNTCGTPPEEYCVQTGVTGVTKSCHLCDAGQPHLQHGAAFLTDYNNQADTTWWQSQTMLAGVQYPSSINLTLHLGKAFDITYVRLKFHTSRPESFAIYKRTREDGPWIPYQYYSGSCENTY-----SKANRGFI---RTGGDEQQALCTDEFSDISPLTGGNVAFSTLEGRPSAYNFDNSPVLQEWVTATDIRVTLNRLNTFGDEVFNDPKVL--KSYYYAISDFAVGGRCKCNGHASECMKNEFDKLVCNCKHNTYGVDCEKCLPFFNDRPWRRATAESASECLPCDCNGRSQECYFDPELYRSTGHGGHCTNCQDNTDGAHCERCRENFFR-----LGNNEACSSCHCSPVGSL--STQCDSY-GRCSCKPGVMGDKCDRCQPGFHSLTE---AGCRPCSCDPSGSI---DECNIETGRCVCKDNVEGFNCERCKPGFFNLESSNPRGCTPCFCFGHSSV 503          

HSP 3 Score: 130.954 bits (328), Expect = 4.809e-30
Identity = 84/243 (34.57%), Postives = 115/243 (47.33%), Query Frame = 3
Query: 1182 CQKNTEGNNCERCK------PLFNNKPWTFGQACDGCTC-NNHASSCFYNAAKGVGVCQNCIHNTKGDECDECKSGFFRNTTFLISSP-EACAECDCDTAGVLFGSHICDPLSGKCICKIFVEGDRCDTCKDGFFGLSGELIQGCDVCDCSTSGTVAGQQVCNKTSGQCLCKEGFTDRRCSTCKPGYYGFPVSAPSQCVECNCNPSGSVNMTCDQSGQCFCRDFYFDRTCSSIRIGYFSANVW 1886
            C   T G  CE C       PL  N P      C  C C +N   +   N  +  G C  CI+NT G  CD CK GFF N   L  +P + C  C+C+  G +     C+P++G+C C   V G  C  C  GF+ L     QGC+ CDC   G+  GQ  C+  +GQC C+ G T + C  C+  ++GF    P  C  C+C+P GS+++ C   G+C CR+ +    C      YF    W
Sbjct:  795 CPTGTTGKRCELCDDGYFGDPLGRNGPVRL---CRLCQCSDNIDPNAVGNCNRLTGECLKCIYNTAGFYCDRCKDGFFGNP--LAPNPADKCKACNCNLYGTMKQQSSCNPVTGQCECLPHVTGQDCGACDPGFYNLQSG--QGCERCDCHALGSTNGQ--CDIRTGQCECQPGITGQHCERCEVNHFGF---GPEGCKPCDCHPEGSLSLQCKDDGRCECREGFVGNRCDQCEENYFYNRSW 1025          

HSP 4 Score: 112.849 bits (281), Expect = 1.848e-24
Identity = 83/254 (32.68%), Postives = 114/254 (44.88%), Query Frame = 3
Query: 1125 CYCNGMSNQCDDKDFGKCVCQKNTEGNNCERCKP-LFNNKPWTFGQACDGCTCNNHASSCFYNAAKGVGVCQNCIHNTKGDECDECKSGFFRNTTFLISSPEACAECDCDTAGVLFGSHICDPLSGKCI-CKIFVEGDRCDTCKDGFFG--LSGELIQGCDVCDCSTSGTVAGQQVCNKTSGQCLCKEGFTDRRCSTCKPGYYGFPVSAPSQCVECNCNPSGSVNMTCD-QSGQCFCRDFYFDRTCSSIRIGYF 1871
            C CNG S  CD  + G C C+ NT G +CE+C    + +        C  C C   +S       K V VC NC   T G  C+ C  G+F +          C  C C           C+ L+G+C+ C     G  CD CKDGFFG  L+      C  C+C+  GT+  Q  CN  +GQC C    T + C  C PG+Y   + +   C  C+C+  GS N  CD ++GQC C+     + C    + +F
Sbjct:  724 CACNGHSETCD-PETGVCNCRDNTAGPHCEKCSDGYYGDSTAGTSSDCQPCPCPGGSSCAVVPKTKEV-VCTNCPTGTTGKRCELCDDGYFGDPLGRNGPVRLCRLCQCSDNIDPNAVGNCNRLTGECLKCIYNTAGFYCDRCKDGFFGNPLAPNPADKCKACNCNLYGTMKQQSSCNPVTGQCECLPHVTGQDCGACDPGFYN--LQSGQGCERCDCHALGSTNGQCDIRTGQCECQPGITGQHCERCEVNHF 973          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00004795 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
LAMC13.958e-11934.24Laminin subunit gamma-1 OS=Homo sapiens GN=LAMC1 P... [more]
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