TCONS_00004785 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00004785
Unique NameTCONS_00004785
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length3633

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00004785 ID=TCONS_00004785|Name=TCONS_00004785|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3633bp
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Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00004785-protein

>TCONS_00004785-protein ID=TCONS_00004785-protein|Name=TCONS_00004785-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=1194bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000048:282627..301578-

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00004785 ID=TCONS_00004785|Name=TCONS_00004785|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=18952bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000048:282627..301578- (Clytia hemisphaerica)
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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000048:282627..301578-

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GGGAGATTCTTGCCTACCTTGCAAACACATTGATTTTCTTCATTGTTGGT
GTAGCCATTATGGAGAAAGCCTTTGATGTCATTGAGGAACTTGATTGGTT
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GGTGAAAATGTCCTTGGTGTGTCTGGAGTCTTAGCTGTTGTCATGTTGGG
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GATCCCGTAGCTGTGGTAGCTTTGCTTAGTAGTTTAGACTTGCTACTGTC
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TTGTCTTGATCATGCTTGGTGTTTGTTTTGGTCTCATCTCGCGATCCTAT
CCTTCTGTTAAAAGAACTTTCACAATGATACAGACTTGCTCAATTCAGCT
CTTTGCATAACAAACCTTCTCAACATGGGAGGCGAAGTGTTACTTCACGA
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CCTAAGTATAATTTAAAGAAATTGCCACGAATCATGATCATCATCAACCA
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GCAACGCGCCATGAAGCGTTTCAATGGTCTGACTGAAGGCCTATGGAAAG
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CAGCTTCTTGGTGTTTCTATGGGAACGGTTGATTTCCAACAATTAGCTAG
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CTTATGCTGAAGATGATAACGATATCTTGATTCACACAGCCGGTATTGTA
TTATTGACGTTATTTGTCAACGCCACCACCATTCGTCCACTTTTGAAAAT
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CCGTGAATAGAACTTTTGTAGTTGTGCTGTTCAGTCCAATGTTGACTCGC
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GAGTCTTAGCTGTTGTCATGTTGGGAATCGAGATTAATCAACACAGAACT
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GTCTTGTACAATATCTTCTACAATTTGTCTTTTAAACAGATGACTCGTTT
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ATGGCTCACTTTGTGTTCTATTACAACTGGTCATGGATGGAGTGTTTCTT
GTTCGGTTCAATCATCAGTGCTACGGATCCCGTAGCTGTGGTAGCTTTGC
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GGTCTGACTGAAGGCCTATGGAAAGTTTGTGGCATGCGTATGGCTGTACC
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CCGTGAATAGAACTTTTGTAGTTGTGCTGTTCAGTCCAATGTTGACTCGC
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TCONS_00004785-exon-sc0000048-1491911889:286121..286311TCONS_00004785-exon-sc0000048-1491911889:286121..286311Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00004785-exon-sc0000048-1491911889:283556..283733TCONS_00004785-exon-sc0000048-1491911889:283556..283733Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00004785-exon-sc0000048-1491911889:282627..282732TCONS_00004785-exon-sc0000048-1491911889:282627..282732Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000048supercontigsc0000048:282627..301578 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
TermDefinition
IPR000595cNMP-bd_dom
IPR014710RmlC-like_jellyroll
IPR005821Ion_trans_dom
IPR006153Cation/H_exchanger
IPR018488cNMP-bd_CS
IPR018490cNMP-bd-like
Vocabulary: Molecular Function
TermDefinition
GO:0005216ion channel activity
GO:0015299solute:proton antiporter activity
Vocabulary: Biological Process
TermDefinition
GO:0055085transmembrane transport
GO:0006811ion transport
GO:0006812cation transport
Vocabulary: Cellular Component
TermDefinition
GO:0016020membrane
GO:0016021integral component of membrane
GO Annotation
GO Assignments
This transcript is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0006812 cation transport
biological_process GO:0006811 ion transport
biological_process GO:0055085 transmembrane transport
cellular_component GO:0016021 integral component of membrane
cellular_component GO:0016020 membrane
molecular_function GO:0005216 ion channel activity
molecular_function GO:0015299 solute:proton antiporter activity
Blast
BLAST of TCONS_00004785 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: SL9C1 (Sodium/hydrogen exchanger 10 OS=Homo sapiens GN=SLC9C1 PE=2 SV=2)

HSP 1 Score: 359.377 bits (921), Expect = 2.534e-104
Identity = 289/1076 (26.86%), Postives = 538/1076 (50.00%), Query Frame = 3
Query:  168 ICILGAVIRQLMNDTNLPYTVVLIMLGVCFGLISRSYPSVKSYT-SLATSNPHXXXXXXXXXXXXESAFAMDVHIFYKMFTQVCIXXXXXXXXXXXXXXXXXHFVFYYNWSWMECFLFGSIISATDPVAVVALLSSLGTSKQLGIIIEGESLLNDGAAIVLYNIFYNLSFKQMT------PTEIGLYFPRVXXXXXXXXXXXXKVVVLWLQHVFNDAMVEIAITVSSTYLVFYIGENVLGVSGVLAVVMLGIEINQHRTSISPEVEVFLHRFWEILAYLANTLIFFIVGVAIMEKAFDVIEELDWFYILVDYCGIFVIRTFVVVLFSPMLTRIGYGLPWKDAVVMVWXXXXXXXXXXXXXXXXXDHEEVGN-----KILIHTAGIVLLTLFVNATTIRPLLKILGMSEISDAKRAAMNNAVNRLQQNQDQSLATLKTDRFLADADWSLAERACTICNPYAEDDNDDLEHHNLSYLKRSTNCPKCHSLVPNQPSPKEFSDMA-EDGRQAVIKAQKMSFWKQFERGVLSSDAVNVLVNLADTCLDERDRLFKLTELSSHWKVPKYWEKTRQRLEKFRQARASDRVPPPRNLFLRYNYMTSTHVAFDPVMNVLIAVNMIPIFL----ELSVPDDNEMMPYLKYINYVYCGVYVIELTIKILAFRGYFFRDGWNLLDFGXXXXXXXXXXXXMATSGATGSFSPSILKVARVFRILRMGRLLRLTKGLIPKLIDLVNNRINRQLSFGYDIGKGFVVSEEEVAKIIDQLVLDPKIASDLKMRLDFIRLQVVRSLGLLQRQHPGIAISVKTRQAIRSVLNNARDTLYELRSNGVLDKNEANKLEREIEVKMKQQLHAPAFIPPKKPEDLLKSLLWLQGMEDDAVTYITSNAEMLSFDYGDVIVKQGEVCDGIYLIISGMVKLLGVSMGTVDFQQLASSNKQQFQ-ISADYLFAGNVIGEMGLLTDSVRNASITCETTVQVYFISVDKMQRAMKRFNGL-TEGLWKVCGMRMAVPLLMEHQKYQIWSKEHLRIICENSQMASL---DDTMIYRLPENTEEAILIHGDIQCVRTKEQFTSPIILP 3329
            I  +GA + + + D  +P  V+L +LG  F ++S +   V+ Y  ++   +P L   +F PV+ F +AF MD ++  K+F Q+ ++++PG  V   L       V        +  LF +I+ ++DP+   A +  LG S+ L  +I GESL+    +++ +    +   +  +        EI        +     G+++ K++  W+  VF D +  I++  S  YL+FYI E ++G+SG+  + ++G+ +N      + E E  L  FW  L+ +A  ++F   G+ I    +  IE +D +Y L  Y  + V+R   ++L SP+L+R+G+   W+   +MV   ++G   + +AL +A      G+     +IL H   + L+TL VN   +   + ILG+ + +  K  ++       Q+    + + LK D+ LA+ADW++ E+A T+ NPY  ++ +  EH  +        CP C     N+   + F+  A E   + ++ AQ  S+ +Q+   +LS  AV VLV  A++  +++ +   L  + ++ +  K     R+ L  +      ++  P +  F R  +       F+ V  ++I +N+ P  +    +L+V   +E    LK+ NY +  +Y++E  +KI A R  FF   WN+ +  I ++ ++ +   +     T  +  +  +V    ++++  R+LR+ K + PKL+ +++ R++ Q +F Y I KG+V  E ++  IIDQ+    +I   L  ++       ++ LG L+  HP IA++VKT++ I  +LN A + L      G++ K E   + + I  K K+ L + + I P   E++L  + WL     D + +I   A++++FD G+ I ++G+   GIY+IISGMVKL     G +   Q+  S ++ F  I  DY+ +G +IGE+  LT+     S TC+T V+  FI    +  A ++ + L  + +W   G+ +    + EH  Y+ W+  ++++   N  +  +     T IY   EN    ILIHG ++    ++ + +P ++P
Sbjct:   25 ISSIGAFLNRHLEDFPIPVPVILFLLGCSFEVLSFTSSQVQRYANAIQWMSPDLFFRIFTPVVFFTTAFDMDTYMLQKLFWQILLISIPGFLVNYILVLWHLASVNQLLLKPTQWLLFSAILVSSDPMLTAAAIRDLGLSRSLISLINGESLMTSVISLITFTSIMDFDQRLQSKRNHTLAEEIVGGICSYIIASFLFGILSSKLIQFWMSTVFGDDVNHISLIFSILYLIFYICE-LVGMSGIFTLAIVGLLLNSTSFKAAIE-ETLLLEFWTFLSRIAFLMVFTFFGLLIPAHTYLYIEFVDIYYSLNIYLTLIVLRFLTLLLISPVLSRVGHEFSWRWIFIMVCSEMKGMPNINMALLLAYSDLYFGSDKEKSQILFHGVLVCLITLVVNRFILPVAVTILGLRDATSTKYKSVCCTFQHFQELTKSAASALKFDKDLANADWNMIEKAITLENPYMLNEEETTEHQKV-------KCPHC-----NKEIDEIFNTEAMELANRRLLSAQIASYQRQYRNEILSQSAVQVLVGAAESFGEKKGKCMSLDTIKNYSESQKTVTFARKLLLNWVYNTRKEKEGPSKYFFFRICHTIVFTEEFEHVGYLVILMNIFPFIISWISQLNVIYHSE----LKHTNYCFLTLYILEALLKIAAMRKDFFSHAWNIFELAITLIGILHV---ILIEIDTIKYIFNETEVIVFIKVVQFFRILRIFKLIAPKLLQIIDKRMSHQKTFWYGILKGYVQGEADIMTIIDQITSSKQIKQMLLKQVIRNMEHAIKELGYLEYDHPEIAVTVKTKEEINVMLNMATEILKAFGLKGIISKTEGAGINKLIMAKKKEVLDSQSIIRPLTVEEVLYHIPWLDK-NKDYINFIQEKAKVVTFDCGNDIFEEGDEPKGIYIIISGMVKLEKSKPG-LGIDQMVESKEKDFPIIDTDYMLSGEIIGEINCLTNEPMKYSATCKTVVETCFIPKTHLYDAFEQCSPLIKQKMWLKLGLAITARKIREHLSYEDWNY-NMQLKLSNIYVVDIPMSTKTDIY--DENLIYVILIHGAVEDCLLRKTYRAPFLIP 1074          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00004785 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
SL9C12.534e-10426.86Sodium/hydrogen exchanger 10 OS=Homo sapiens GN=SL... [more]
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