TCONS_00004567 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00004567
Unique NameTCONS_00004567
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length1972

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00004567 ID=TCONS_00004567|Name=TCONS_00004567|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1972bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000045:648923..671170-

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00004567 ID=TCONS_00004567|Name=TCONS_00004567|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=22248bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000045:648923..671170- (Clytia hemisphaerica)
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TGCCGTAAAATAAGGGACTTTTTTCTTCCCTTTTCTGTTTCTCCCTTCAG CACCCCTATCTTCTCTAAAGGCCGGTAATTTTCTAAAACATTATGCGGTT TAAGGCATTGTTTCCACTTCAAAATAAAAGCAATTTTTTTGTTTTCTTAT TAAACATACTTGTATTATAGTTATAAAACTTTTAGGGTATCGCAGTCTTT CAAGAAACTTTTAACATTTACATTTTTTGTTTTATCCTTTGGGCATCAGG ATATTGGTTAAATGGTTTCATTGGGTTTTTAGGGAAGTAATTTGATTAAT ATAGCGTTTGGTGATCTTGAATATTTATAAGGAGGAGCAAAAGAGATTTT TGTTTCATTCAATTGAAAGGGTTTGTTCGTGTTTTCCCACTCACAATAAA AGGTAAAAAATTTCTTGACAGGTCCCATCAAACATAAGATCCCTTGGTAT TATTTCAAATGACAGAATTATGACAAAGTGGTTTTTGAACTTGATGGTTT AGACTGAAAGTGCCTAGAAGCTGTTTTAACCATTGATTGGACTTATTTTT CTTAGAATTTAATGTTTCAGATTTAATTTCATAATCTTTTGGAATTTTTC CTGGTTCCATTTTTTCTTGGCAAGGTTGAATTTTTTGAGAACTCTTCCTG AAGTATATAACAATATAATTAGGTACAATAGGCACAGAAGAAGGTTGAAA TGAACTTGTCTCAATGTAATTTAGGTATAAACCATCCCTGTATTTCGCTT AGTTCGCCAGCTCTCATTAAGAAGACCGGTTGAAGTACAGTACCACTAGT TGCAATTAAATCAACCGAAGTCGTTAGAAATCAAAAGTTCAATCACAACG ACCCTACCATTGGTGGATATACTTAAAGAGCGTGTAAATATTGAATTACT TTTATTTTATTCAGACGCAGAACCCATCGTGGTCGTTCGACATTTCACCT CACGCTTCGAAACCGCCTCACCTTTCACACTCGTCCGCGCTTCCAATGAC ACACGCAGACCCTTTGAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACA ACAACAACAACATCAATAATAACCATCACCATCATCAACTCGATTCAGTG CCAGGTGAAACAGGTAAATAGTTTTCTCTTTATTCACTTACATGAACTGA ACCTTGAGGAGTGGAGACCATCAAATGTGGTGGATCTCTGAAGTTTCAAA ATTTATGACGAAGGGTGTTTCTTTTATCCATACTCCTTATAAGGAAATAA CACTCTCCCTCATAAAATCTGAAGCCTCCTTCGATCAGCAACTGTGATCT ATAATGTTTCCCGCCCGTCCACCTACGCCACAAAACGCCATAAGAACCGT TTCTAACCGTTTCTGTATATCGTCAATGGAATGTTTTTTGAACATTGAAG CTAGTCGGCTCAAATCCACACTTTTTCGATATTCATTCAATCGATAATCA ATCAATGGACATCAGACGATTGTATGTAAATCACCTTAGGTAGGAATCTC GTTGGCACCTGCTTCAGTCTGATGGGGAAATTTAACATTAAAATAAAAGA TGAGCTTGGAGATTGATTCTCTGGTGGCGAAAGTGAGTAAACCATCGCAC GCAGGTTCATCTGTAGTTGTGCTCAGAACTAATTCAATTTGATCGTTGAG AATGAATAGTCTCCATTCACTAAACGAATGGCAACAGTCACGCGATGGGT GCGCTAAAAATTATCAGCATGATCAGAGCTTCGAAATCAGAATGTATATT CATCAATTCAATTTGTTCTTTGTTAACAATCTAATAATCTATACTTATGA TGGCCAAAGACTACACGTTTTTTATAAAAACAAACTAAAGAACACGAGGC TTTGACAGCAAAAATATTAAGAACAACTTGAAAATATGTTGAGGTTTTGC CAGGAGTTTTGCGGAACCTTGAACACCCGATTTCTTAGGAAAATAGCCAA TGTGGTAAAAATATGAATATGTTAAGAAAATCTTTTGGCTTAAAACGCAA AAATCAAAATCCGTAGGCTTTAAAAATTTTGGATGTTCTTAAAAAAATGT GTATTTGAAGAACGGACCTATCCCAATCTAAGACCACACCCATGTTCAAA AAATGTTTTCCTCCAGGAGTATTTATCGAAGATTTGTTTAGATGTGATAG CTGATAATAATTCATCATTCATTTATTTCGAAAGTTTTGACACTAATATC AAGTGATCACCTTGAGCTGCTTGATTGATTACAATCTATCCCTCTTTCTT TATTTTCTAATCCATGAACAGGAGGATTTGGAATCCTATCAAATTAATAT TTTTTTTTACTTTTCCCGACATTAAGTAGTTTTGATCCGGCGACAACCTA TTTTTTCTTCTCCAGCCAAAGTTCATAATATCTGGAATGGGTTAATTTTT TACAATAAAAGTGGACGCTGAAATTTGACCCAGTGAATTGATAAATATAC AACAGTAATATGCGTTTTTTTTTTTATAAGTACGTCAAAAATTTTCGAAG CCTTCGGATGTTCTTAGTTTTTTAGATTTGAAGCCTAAAAATGTTCTTAT AATGTTCTTATTTTCAGCATTTTTTGAGCATTTTGATGTAATTTCTTAAG AAAATGCATGTTTTTAAGTCTCCAAAGCCTTAGAATGTTCTTAGGTTGTT CTTAAATTTTTGGGCCTCGAAGCCTTATGTTCTTATATAGTTTGTTCTTA TAAAAAAAAAACGTGTATGCTTCTAGCTATACCAGCCTTGTTAATCTAAT ATGATTACACCATTACACAATTTTAAGATATTAGATTACAATGGACAATC AATACCCATTTTCGATGAATTTGTAGGACAATAGAATTGTTCTCAAAGAG TGCTTAATTAAGCTCTTCATTTGATAGCGTGAAATTGTAACCTACTACAA GTCCCCGTAATTGAATTTATAAGCCACACTTTCCTGTCACAGTTTCAAAC AGATTCCATTTTAAATGATTGAAATGTCTACTAAAGACGGCGTGTGAATG AATGGAAGGTTGGTTTTCTGTGGAAGTTTTTTAGAGGAAGAATTTTCTTT TGAAATTTTGCTTGTGATGAAAGGCATTCAAGCGTGTGAAGTATTTCTTT CAAAAGTGTCAAAAAGTTTATTCGTTTCTTGTCTTCAGGCTGTAAATGTT ATCAGTTTTTCAATCAAAATTTCTGTTTGGTTCAAATATGGTTCAATCAA CATATTTTTGGTTCAAGCAGTAATTTTTAGAAACTATTTTTGTAACAAGG TTTATGTTATAGTTAGTGTAATAATTCGTAAACAAATGTTCTTCGCTATA CAGCTGGTGCGAAAATTTTCGAACATCCTGTCGTAAACTTGTCATATCGA AATTGCTCGTAGCTATTCAAACAGTGTGAAAAGTGTCGAAATTTCATGTC GAAAATAAACTTGTCTAGGGATTATCTGTCATTTGCTAATTATTTTTTTG GTAAATTTTTTTAACATCTGTTTACGGTAAGTGGCATTTCTTGTCGTGAA AAACTGACAAATAAATTTTTTAGATGATACCAAAATAAAATTATTTTGTG AATTTCATTGATGGTTAGCTATATGGGCTCTTGGTTTTCTTGTAAATTTT GTAGAAGAGTTTTTGGGTAGAAATCGCAAGTTTAACCATCATGGGAGAGA AAGATGTTTATTGTATTGATAAAACTATGGCTGTACTGTATAACATTATA ATGTCATTGATAGATTGCAGGTTTGTTAGCTTTGAAAATCGGAATGTGTC TTTTGTAGATGTTCTAAAAGAAGTTGGCGTGAAAAATTACGGAGAATATA CGTGAATGTATTTTTGGTCTAAAATGTGAAGTTACAGTGATGGTAAATAG CCAAGCCTGGCTATTTCAAACGAAGATGTGTTGATGAGACCTCGACCAGT AATCACGTGGTCAAATTTCGCCGTTAGATTTCTGTTGACCCTAAAATTGC ACACTTTTTATGAAAAAAATTCTATATGGAGATTGAGAAAAGTCACGATA AGAAAATTTATAAAATGTAACCCAAAGGAATTATTATCTTCGGTAATTAA AAAACGAATTTATTCTTCTTTCACCAGATTTGAACAGTGCTGTATCATCA GAAACGATGCCAGATTCCGAAGATTCCATTTTCAAAGATGACGAAGATGA GAAAGACAAAAGAAAACAAAAGAAACGAGGGATTTTTCCCAAAATGGCCA CCAATATCATGAAAGCTTGGTTATTTCAACATTTAAATGTAAGCAGTATA TTCAATATCTCATTTAGGCTTTGCGAAATTGAATACGATTGTAATTTTCA AAACCACTCTTGTTTGAGTTGATTCTACTCACATGTTACCTACTTAGGCT CATTAGTTTGGACTCCCACAGTAATAATGTAATAACTAAATTGATGCCTA AGCAGATTATTCACGTTAAAGTGTTACCCCATCTATCAATGCATTCATGA ACCTATCTGCCGCATCTGTAACTGAAACTTTTATGAATATTTAACACTTC TTTTTTTTCTAGCATCCATACCCCTCAGAAGAACAAAAACGTCAACTGGC AAATGAAACTGGTCTTACCATACTTCAAGTTAATAATTGGTATGTTTTCC AACAATCTTTTAACAACCTGGCTATTCGTAAACGATAGACAGTATTCCGG TTCTAGAAGGCTGCCCTGTCCGTAGACGTCAAATTTCATTTTTTTACCTT GCGCTGTAATTTTACATAAAACTATTTGTTTTTTTTTTAGATTGACGATG TGCTCAAGCGCTAAACATTGAATTTCAAAAATTTTCATCATCTGTTGAAA CTATAGTCCCCGATCAATACTTTTCTTTTCCCTTTTCAGAAAAGCTTATC ATCGTCAATATTTTTTCATATTTCATGTAGGTTTATCAATGCAAGGCGGC GTATCGTCCAACCCATGATCGATGCATCAAACCGGGCAGGTAAATCACCG GTTGTCACAGTATATAAATCACGTAAACGTAAAAATTCGGGATCGGACAG TATTTCACCAGGACCTTTTCCCTATCCACCAATGGGTGGCCATTATTCGG CGCCATATTTAAACGAACATTACTCTGGGATGTATTCACAATACCATAAT GACATCACAGGAGCTTCAACGACTACACCGCATGCGCACTACAGTCCAAG GTCGTACGGGTGTGGCGCATCTGATCAACATTCGATGGGTGTCTCTCTAC CTCCACAAACCAGCTGTGCTCCTATGAGACAGCATTCTTCATCTTCTTAT GGAACTTATAGGACCTCCCCGGTCCCTCCTACTCCACAGTCTCCCTTCTT AGGGCACACACATCCTTCAATGATGCCACCGTCTACGAATACGCCCAACC TTCATGGTTACCACCAGACACACCCAGCATCTTATCCGCCCCCTCCGCCT CACCAATACACGCCCCACGAAGAACTCACGCCCCATACCGTTCATAGTGT TATGAATATGCATAATATATAACACTTGCCTCCCTTCTTTCTCCCTTATT ACGATATAAATAGTTTTCACCATTAATTTTTTCTGTGTGTTGTTTTTTAT ACTATTTTTTAAGAAATTTTATGTTGCTGTTATATTAAATAAATCATAGT TCATTCTCCTTAGGGCCATGTAATGGTCTGGAGAATTTTTTAAAAGAAAT TTTAACCATTTTGTTAGATAAAAAAAAGTTAAAAGCGGTCGTTAATATAT GTTTTCTATAATATTTTTAACCTAACTTCGGAGAATCGGTGATGAATATC CTTAAATAACATATTTTCACATTTTAGGAAGCTATTTCTAATGGATTCCT TTTGAAAATGCAATCGTTTGATGTATTTTGAGTTTTTTAAATTCTAATTT TTCTTAAAATTCCAGTTGCTTTTCTGTCTTAACTTTAAATTAATTAAAAA GTGCTTAATATTTATTTTATATTATTTCGCTTGATTTTTTAAAGAAAATA CTTTTTTCTGCTTTTAGAAATTTTTGACCGTTTAATAATGGGCTGTAAAT AATGATGTAGCTTTGTCCTTTTTGTAATTTTACCATATTTTAATTAAAAG CAAGAACTTTAGTTCTTACCTTATTATATGAGAAAATTTGAAATAGAA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_002564XLOC_002564Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000045supercontigsc0000045:648923..671170 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0 0.226454 0.626669 0.442689 4.18334e-08 0 0.893272 0.258174 0.00108797 0.311068 0 3.63708e-07 0.873938 0.483178 0.521096 0 0.701092 2.80402 0 0 8.12229 7.09843 1.59684 7.63872 7.27195 11.9468 5.83543 3.89546 0.502008 0
Blast
BLAST of TCONS_00004567 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: ME3L1 (Putative homeobox protein Meis3-like 1 OS=Homo sapiens GN=MEIS3P1 PE=5 SV=2)

HSP 1 Score: 135.961 bits (341), Expect = 2.264e-35
Identity = 59/73 (80.82%), Postives = 66/73 (90.41%), Query Frame = 3
Query:  615 RGIFPKMATNIMKAWLFQHLNHPYPSEEQKRQLANETGLTILQVNNWFINARRRIVQPMIDASNRAGKSPVVT 833
            RGIFPK+ATNIM+AWLFQHL+HPYPSEEQK+QLA +TGLTILQVNNWFINARRRIVQPMID SNR G+    +
Sbjct:  165 RGIFPKVATNIMRAWLFQHLSHPYPSEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINARRRIVQPMIDQSNRTGQGAAFS 237          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00004567 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
ME3L12.264e-3580.82Putative homeobox protein Meis3-like 1 OS=Homo sap... [more]
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