TCONS_00004496 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00004496
Unique Name	TCONS_00004496
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	4485

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000045:363508..382696+

transcript sequence

>TCONS_00004496 ID=TCONS_00004496|Name=TCONS_00004496|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4485bp
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CGAACAAACTCTACTAAAACTCTATGAAAAAACTACTATGTTGGACAGTA
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AATCACTTGCTGTCACTTCTGTTTTGAAACAACATAACGAGGAAGAAAAT
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tctcatatatcgtgcatttttaatgagctcttttatccataggtgaaatc
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transcript from alignment at sc0000045:363508..382696+

Legend: exon

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>TCONS_00004496 ID=TCONS_00004496|Name=TCONS_00004496|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=19189bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000045:363508..382696+ (Clytia hemisphaerica)
TGATTCTCATATGTTTACAATGTTGGATAAAGATAAATCATTGACCATGA
TGAACAGTGATGAAGTTTCAGAGCAACACGAAGGCGAAGGAACTAGTCTA
ACTTCAGATGAAGGAATCCAAGCTAGAGTACGCTTTCAAGGTATGGCTTT
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GATATTTTCCTCGTTTCCATTTGCTTAGTTGCACCTATCCCATGAATAGA
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attgaaattgCGGATATTAGTATATACGGTGGGATTTCTTTAACTctaac
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AATAGCtcaaaataataagtgtttttgATTTCCTGAGGTATATCCATTGT
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ACAGTAGATAATATTTGGTATTCTTTTAACACTGATCTATAACTAATTGA
CTGGATTGGGCTTTCTGTGTAGAAAGAAGCGTGTCCAGGTCTTAAAGCTA
ACTAGTCCGCCATTTGATCTGTTTggtttcaataaaataaaaagcaaact
tCAAAACTAAACAACTTTCACGGGAAATTTGTGAGCAATTAGCCTATCTA
ATGTgtaaaaaaatatgatatctGTGATTGTAAACCCTTTCCATCTTTTT
CGCAACAGGAGAATCCACACCAAAGAGACCATCTTTTGAACGGAAACACA
GTCGTAATCTTTCCGTTTCTTCAGCCCGCTTGACGCGGACCGCAACCGCT
GATCTTCCGAAATGGGATTCCGTTGATTCCAAAGTCGATCGAATTGACCA
GGTAAATATTTATGATTATATTTCTTTAACGCCGTCAATTACAATTAAAA
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TATTTCAAATCTTCTATGAAAGAAATTTTGTGGTTCGGCTCAATACATCT
GGTATTGAGTATTCCCCAGTCATAGAATTCTATGCTCCAATACAATATTC
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TTTTAACGATGTTACCAATCACATCACTTACATACTTACTCGTTTCAGCT
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taaacaaaagaaaatgcaaCTTTCTCCCTCCTGCGCCGCGAGAGTGACGT
GTTATTGTTAGATCCAGGGCATTATATCAAATCGTAATACCGGTAACTCG
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TGATGTTTACCCTACCCTCTTGCATGGTGttgattttatttgaatttaCT
CGAACACCTGTGACATTTTCTTATATCCTCTTTATTTTCAGAGTAACGGC
AAGTGAGATTCAGAAGCCAAGTTGTTTCGATCCTTCGAGTCCttttcatc
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TAAAGAAATCTACTATCTATTACCGAGTCTGGTTTAGAATTCTAGATATT
ATTTTGGCTAgttaaaaagagaaagatttAGGCGAAATGAAACGCTTTTT
CATATTATTGCATTGGTGTTAGTGCTTTAAGATTGTGCAGTATAACATAA
ACTATCGACAATTAATTATCATAagttgttttaaagttttttcatcaaat
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AGGCAGAGGATAGAACCGGGAACTCCTGCCCCGGTTTGAAGTGATGATAC
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GGATTTGGGTCTTCCGcgcaaatccgcgaaattaagtcccaatggaaatt
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GCGCGTGGCTTACGCAGTTAGCGCACATATTTTACGTGTGCAAGCTTTTC
GCGTGTGATTGGGGGCTATTTTATGTCTGGAACAGCCTTCGCAACTTCGG
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TGGATAATACTgcttcgcgacttcggcgcagcGACGAAACATATCGCGCA
GCGCCAATCTTTGTTAACAGCAACTGAAGCTCATACAGAGTTTCTGAGAA
TGAAAGTGACGTCAGATCAAATGTCGTCAGAAAAGAAAGTGTAATCAAGC
GAAAGGTTGCGCTGCGTAATATGTTTCGCCGTTGCGCCGAAGTCGcgaaa
gtaaaaattttgaataagaaaaaactatatctTGCGAAAGGCTGCGCAGC
GGCGAAGTAATTGTGCAAATCGCCGGCCCTTTGGAAAATATTGCCAACCA
ACAGTGCCATTTGATTGGCTGAGAATTGCATATGTAAACATTCACTTGCC
TTTTATATTTCCGTTTGCGTTCGTGATTATACCGGTGCATTTAACCTCGC
TAATACATTCGCTGCAAAAATATTCACTTACTCCTGTCGACTTTTTTTTC
AGCCGTGAAAAGCACAAGATGGCGGTTTTCTACGTAGCGCCTGGTCAAGA
GGATAAACACTCGATATTATCCAATTCCAAAGGAAGCACTAAATTTGAAC
ATTTCGTTTCACAACTCGGATGGGAGGTAACTTCTTGTCAGTTATAAGGC
TCATAGTAAAATCTAAATCAGGTATTCTTTTCTTCAGCCAGCCTTCTGTT
TGCTTTATTGGATAAGAAACCAATCACTCGACCATCTATCATAGATTTAG
CTAGGCATAAAAATGATGTACgtaaaaattagattttctcTTAAAGGACA
CTCACTTTCTTAGAAGGAATAATTAAAATTAACCTAACTTTACTCCCTTG
CTGATAAGATAAAACTAAAAACTTCAACCGCTTATATTTTAGGTTGATCT
TTCCACGCATGCTGGTTTCATGGGAGGTTTGGAACGGAATCTATCAACAG
GTGTTTCTGCACCTTATTATGCTACACATTCTTTGGAGTTGATTTTCCAC
GTGTCAACGCGCATGCCCGGGTCTGAAGAAGAATCACTCAAAACGAAGGT
GAGACACTTTGTAATTATCTTGTCTATTTTTTACTCTCAGTATTTATTAA
GAGAGCAACCGATAAACGAAAACAAATAAATCCACCATGTCACATTTTAC
AATAATCCTTATGTAGTATGACAATAATTCTTCACAACGCACCCCCTTCC
TCTTAAACCAAAATGGTCCAATTGTCTTCGAAATGAACCGTTAAAAGACA
TCAACCTTATTTGTAAACATGAAACTACTTGTTATCACCAACCATAGCTA
CGTCACCTTGGTAACGATGAGGTTCACATTGTTTGGTCAGAGCACTCACG
TGACTTTCGTCGAGGGATTGTCAACACTGAATTTGGTGATGTTTTGATAG
TCATCTATCCCATGAAAAATGACCTCTATCGAATACAAATTGACCGTCAT
CCAAAGGTTTGTTAAGATAAAATAGCCGACCATCTCAACTTAACCCTACA
TTAGCAATTTCACTTTGGGAATATTATTGGACCAGTGCATTTTTCTGAGA
AAGGGAATTTAATCATGTTTTTCTCATTCTTCCGACTAACTAACTACTCA
GCTAATAGTGGCTCAATATGTTACCTCAATTTCGTGCATTTCAggctttt
gatttttcttaatcGCTAATCTTCGTTCTTTTAGATCCAGCCATTTGGAC
CATTGTTTGATGGTGCCATCATCAATGGCGATATGTTAGCCAACCTTGTA
CGGTGTACTGCAGTCAATGCAGGCCGTGCCAACCGGGCCACCCTATCAAT
GTATTATCAACAGTATCCTTTTCATGTTCTTTCGCACAAAGGGTTTGTCT
CGTTGCATAATCAAGACCTCAATAATGCTTTTAAATGCTATATTTGTTTG
GTCTAATGAAATGAGAGTTGGTTGATATCACCTTTTTCTAGTGCTTTATC
AGTAAAGCTGTATGACCAAATAATAGAATAAGTAAGCGTGTAGAGGGTTA
GGTAGGGCTGTGAAGAAGAGAAAGATGCTTCCTATTTCTGGGAAGGTCGC
CGCCGAAAAGACGGTAAAAATCAGTTGACAAATTTACTTAGTAACACTTA
TTGTAAGTCATGATGCCCAAAAGTCATATTCTTTCTTTCTCCATATTTGA
AGATGTAAGTTTCATTAAACTAAGGGATGGCAGCTGTTTGTGTTCGAATT
GTTAACGATTAGAATAtagtcagaaagtatctacctTGACGCTACTTAAC
CAATAACAACACAGCTACGAAGAAAGAGCACGTTGTATCGGAGAAATCTC
ACGGAATTGTGCCCGCCCAACTACTTTCGAAGACTTTTGCTCAAAGATTT
TCGCGCCCAACCTTCCGCCCTCTGGTCACACACACAAAGATGATGATGGT
GGTTTACATAGAACTTTTAGTGCGCCATCTCAATCAAGGTcaaactcact
aaaagattCTGCAGGTGTTCTAAGGTTTATGGAGATGCACGAAACACAGA
CGTTTAGAAGTCGTACGCAAAGTGCGCTTCCAAAAAACTCCAAACCTGTA
GACCACAAACAAGTCTGTAAGTGATAACAAGTCATTTAAAAGTACATTCT
TTATTGAACTCCTGACATTCTCCTTTCTTAACCTGAAGATTACATCAAAG
TAGTAATGCATGCGTACAGTTGAACTCAGACAGCCAAGTTATTAATGATG
AGAGATGTTACATCATTCGCATAAGACTTCCATTGTATGTAAACCTGCAA
CCATTCTATGCAATTCTATGATAATGTCCGTTTTCCCGTTTTTCTGCGAC
TAACTATGAACCAAAACGTTGTTACGGTATAAATGCATGTAgtctagaaa
tctaagctagtttgatctTAAAATCCttaaatatttgtaaaaaaatcttt
GTCACAAGCCGtatgtcctagccttgtgataTACGGGTTTAGTAAACTAG
GCTAAAATGCACCTTGCTAGagaaatcatatttcttttgttgtgtTAAGT
AACTGTAATCCAAATATGATAACATGAGATATTTGAAACGTTTTTCCATa
cgaaaacatttaaaaggatGTCTGTTTGTACAAGTAATCGCATTTCCTTG
TCAACCGTCTCTTGTTAACAACTATGACGCTTACCTTTCTAGctagtgga
ggctaacatgcatagccctcaaataaatgacctggctggtccttaaaata
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gggctatgcatgttagcctccactgatgcaagttacccgacttcacggta
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TACTGTATACTACTTCTCGGACTTCTTTACAGGAATATTTTTAAGGGCAT
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TCGGTCGTAGtagcggcaattggcggctacggtcgaaaaggtgtatacta
CTTCTCGGACTTCTTTACAGGAATATTTTTAAAGGCACCTCTCCCCTCTC
TCTTCCTCTTGAACAGACCACCGAAGTTAAAATTATCAGTTTGGATGACA
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ATCATTAGTGTTACTGTTTAGTTTTAAAGAGACAGAGGTGTGATCAAAGG
CCCCCTTCTCAAATTATTGATATTCTTTGATAGAAGATAGTGGGtacttt
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actaGACTAAGGACTAAGGTctcgaaaatcttaaaaataagaCCAAGCAG
TCGAGCCTGGAATGGCtgagttttagaaaaatatagggTAAAATGCCTTG
AAATACCGAAAGGGGACgaaggatttttttttgtttcgtcagctcttaag
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AATTTcgtaatattttaataaaaatgcttaaataataataaaaactgATA
TTTCTCctcattaaaataattttttcatttctgaaagttttgatttttgt
ttttctttgcacGATTTTTGTTCCTATCTTTCTCTTCAAACTTACTTGGG
CTTTTGAACGTTGATTTTTCAAGATAGTATAATTTTACTCTACTCTTGCC
AAAGTAAAAACCACCAGATTAAACAATCAGGACTCTGAGCAAATCCAATT
TTCTGCTCAAACAAAAGATAGATTTTGAAGTTAATTGCCTCTCATGTAAT
GACTTGTCATTAATTCAGTCAAGAAATAAGTTGAATCATTCAATTATAAT
TAAAAGTGGTTTtgctatcaaaacaaaaaatgttacTTTGAGTGCAAAAG
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TTGACTTCAATGTCAACAAAATAATtcgaaaaatgttattttatttaAGA
TCTACCAGTAAGCCAACATAAACCCCTCAATTTTCCGTCTTACTTTTTTC
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CTTTTAAAACCCaggacattttttgtgttggcAGATAAGAACATTTGACT
TACAGCTCATTCATAAAAAAAGTAGCGTTTTTTACATCTTACATTTGCGA
TTGAATTGATCATAAAATATGAATTCTTATTTTGtattaaaacaaaatta
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AAGACAACGAGAATACCTTATAACAAAATTCATTGGGAAAAAAAGCATGT
TTCAGTTAAGAATTCTCATTCATTTATAGATTTTTCCGTCACTTTTTGTC
GACGATTTTTTACCGATTTCATGATTAACAAAGTTTAACGATCACGTGAC
TAAATTTTAAACCAAATTAACCAATCAGTATCGCTGAAGAAGGAATCACA
ACTAATAACAACTAACTGTGAGGTAATGTTGATGATTTACCTAAATAACC
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TTTAAAGTTTGAAGAGTATTTTAAAACAGAGTATTGATAGCTGCATGTTT
TCGTCAGTCTTTCTTAATGGACAAAAGTGGGTTCCTCGATTTTCGGAATT
CTTACCAATCTTGAGAGTTGATGCActaatttacagaaaaaaatattgta
tttaAGGAATTTTCGGTCCTTATTTACATCACTATGTTCTTCTACTAAAT
TCCTGAAATATTCTGATTTTTCTACATTTCAGATCGTACAGCTTCGAACA
CGTCACTCCAAAACATCAATGAAGATTCAAACTTGTTGTTATCACCTGAT
TTTTGTGACGCGAGCGGCAGCGGTGACAATAAAGACAGTATGTCAGCCAA
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ATGCGTTATAGCAGCTATAGCAACCTTGTTTTACTATTAAGTCTATTAAA
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GGGAATTTTTATAGTACACCATTATTTACCCTATCTTATTACCCCTTGTA
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ttcataataCTTAGTAGTAATAAATATTGTCAAATTGATTGTTCAGTTGT
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TCAATAAGCTTTTCTGTCCAAACTTTCGGATTAGACTGTCAAACATCTGT
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tgtaaccaagctcgccctacgattaaaaaagttacgatgtgtgcatgctc
ataatctcatatatcgtgcatttttaatgagctcttttatccataggtga
aatcctattggctcatttaagctttagaaattagatgag

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_002531	XLOC_002531	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000045	supercontig	sc0000045:363508..382696 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00004496 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: RGPA1 (Ral GTPase-activating protein subunit alpha-1 OS=Homo sapiens GN=RALGAPA1 PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 697.582 bits (1799), Expect = 0.000e+0
Identity = 401/1026 (39.08%), Postives = 598/1026 (58.28%), Query Frame = 2

Query:  245 SVIEGGTEVGWTPLSSVILWRRMLGIMGNINHIKDPEIHATVFKHLIDLWQMLASICKNQGVSLDNKSSPDPPGLTPALFFPVSWCFQAMTQEFGGSHKPGRVLAFKLMCMLTTRSHRLKPSTEHIKHFYRFLHEGLKGSDQNVINAIIGECS-SFFTLNFPGASCLINDFIHGTKTIISTIYMQYPRKEAVTLLGSLLCFPAAFPSMKIFKLNAMSKQPDDFI-RCKDLREKILLPLLKAAKNDPSCRARCIALNGLALFVIEVMQHGQNHNRIPECLSVILASLDFHSQTVSNVALDVLWSLSYYHDQLQTYDKDIPVKIIESMCLIALRLHTTKSSIEEGIPEEKLPEYISRLLLVLLDWVMVTPRDVLLR---QRAGNQDELKLTYLSLIMRTFKDCIKTYDSNNKFERRQSLNINQMFTGEPRP-IQLKRVHNDLGMDDPQGITDEEDTETDFFMSAKTEQDNKKTILVLTARYCINQVLNYYLHFPTIGGATCPTSKVHETDDAVHKPSDVGSTPNAPDEQTLLKLYEKTTMLDSNNMQFLLLNGIALLTVVELPQEEDFL---TRSGTEGQKSVCRMIIRDTTGTHSWE---------VSNLFKMVQMNDILSQGESTPKRPSFERKHSRNLSVS---SARLTRTATADLPKWDSVDSKVDRIDQLLRYVGQSSPECLIYPDQQLNLPAPVPVGLDAGIQSLAVTSVLKQHNEEENYIHEIASDARVTASEIQKPSCFDPSSPFHLSKMLLHQLGYFTWENRKHFELLERNEKLLRQIKNLDKQGSREKHKMAVFYVAPGQEDKHSILSNSKGSTKFEHFVSQLGWEVDLSTHAGFMGGLERNLSTGVSAPYYATHSLELIFHVSTRMPGSEEESLKTKLRHLGNDEVHIVWSEHSRDFRRGIVNTEFGDVLIVIYPMKNDLYRIQIDRHPKIQPFGPLFDGAIINGDMLANLVRCTAVNAGRANRATLSMYYQHYEERARCIGEISRNCARPTTFEDFCSKIFAPNLPPSGHTHKDDD 3259
            SV+ GGT  GW    + ++WRRMLGI+G++N I DPEIHA VF +L +LWQ LA I  N G+S DN +SP PP L P L     W F+A        +K G++ A+KL+C    R   + P+ + + HFY  +H GL   DQ+++N II  CS  FF+L  PGA+ LI DFI     + S+ ++  PR EA  LLGSL+CFP  +  +     N     PD  + +  D++E I+  +L +A+++PS  ARC+AL  L +++ E + H  +H +I E L+VI  SL F ++TV++VA ++L  L +Y  +LQ Y  D P+KII+   LIA   H   S+  E    E     +  LLL LLDW+M  P   LL+         D+ + + L+ I +    C+      +   R   ++++ + + +  P + L+ +     +  P     E  ++       KT+   +  ++ + AR  I  ++N+  H+P  GG    TS+V E  D  +      ST  +P+            + +S N+QF +LN   L++ +++  EE+       +G     S  R+I+RD +G +SW+         VS L +       LS  E  P+ P    +   +++V    S +  R     +P WD++  + D +D+LL+Y+G +SPECL      LN+PAP PV +    ++  + ++LKQH EE+ ++ +  +D  + A E  +P    P S F+  ++LL  LG  +W+ R+ F LL++NEKLLR+++NLD +  RE HK+AVFYVA GQEDKHSIL+N+ GS  +E FV+ LGWEV+L+ H GFMGGL++N STG++ PY+AT ++E+IFHVSTRMP   ++SL  KLRHLGNDEVHIVWSEH+RD+RRGI+ TEFGDVLIVIYPMKN ++ IQI + P++  FGPLFDGAI+NG +L  +VR TA+NA RA ++ + +Y   YEERAR +  I ++   PTTFEDF +++F+P   P  H   D D
Sbjct: 1046 SVMAGGTLTGWHADVATVMWRRMLGILGDVNSIMDPEIHAQVFDYLCELWQNLAKIRDNLGISTDNLTSPSPPVLIPPLRILTPWLFKATM--LTDKYKQGKLHAYKLICNTMKRRQDVSPNRDFLTHFYNIMHCGLLHIDQDIVNTIIKHCSPQFFSLGLPGATMLIMDFIVAAGRVASSAFLNAPRVEAQVLLGSLVCFPNLYCELPSLHPNI----PDVAVSQFTDVKELIIKTVLSSARDEPSGPARCVALCSLGIWICEELVHESHHPQIKEALNVICVSLKFTNKTVAHVACNMLHMLVHYVPRLQIYQPDSPLKIIQ--ILIATITHLLPST--EASSYEMDKRLVVSLLLCLLDWIMALPLKTLLQPFHATGAESDKTEKSVLNCIYKVLHGCVYGAQCFSN-PRYFPMSLSDLASVDYDPFMHLESLKEPEPLHSPDS---ERSSKLQPVTEVKTQM--QHGLISIAARTVITHLVNHLGHYPMSGGPAMLTSQVCENHDNHYS----ESTELSPE------------LFESPNIQFFVLNNTTLVSCIQIRSEENMPGGGLSAGLASANSNVRIIVRDLSGKYSWDSAILYGPPPVSGLSEPTSFMLSLSHQEK-PEEPPTSNECLEDITVKDGLSLQFKRFRET-VPTWDTIRDEEDVLDELLQYLGVTSPECLQRTGISLNIPAPQPVCISEKQENDVINAILKQHTEEKEFVEKHFNDLNMKAVEQDEPIPQKPQSAFYYCRLLLSILGMNSWDKRRSFHLLKKNEKLLRELRNLDSRQCRETHKIAVFYVAEGQEDKHSILTNTGGSQAYEDFVAGLGWEVNLTNHCGFMGGLQKNKSTGLTTPYFATSTVEVIFHVSTRMPSDSDDSLTKKLRHLGNDEVHIVWSEHTRDYRRGIIPTEFGDVLIVIYPMKNHMFSIQIMKKPEVPFFGPLFDGAIVNGKVLPIMVRATAINASRALKSLIPLYQNFYEERARYLQTIVQHHLEPTTFEDFAAQVFSP--APYHHLPSDAD 2035

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00004496 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00004496 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
RGPA1	0.000e+0	39.08	Ral GTPase-activating protein subunit alpha-1 OS=H...	[more]

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TCONS_00004496 (transcript) - C. hemisphaerica