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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00003855 ID=TCONS_00003855|Name=TCONS_00003855|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5930bp
CATTTGTAGAACACagtcatttcattttatttcctAACCTTACCAAGGTA
ATCTAAAAATTCAGGTCTTTGGTTGTATTTGGATTTTATCTTAACTAGGA
TGTTGATcgctattttatttttttgctacTTACTTTGTATCCTTCTCAGG
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GTTAGATGAAAGTTTGAATCGTCATGTACAAGCTAACGTCAATAATACTA
CTAGTAATGCTTCAAATTTTGTACGCCAACACAGGCGTGGACGTAGTGAC
GAGGTAGCACGTTGTTTTGAAGGAACACCTAGTGTTCCACGGACTTCTCG
ATTTGGCTCACCACCATTAATGCGAGCTAACCATATGATGCATTCACAAA
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CACCATAGTGCATCCATTGATAATGCAGCTGTACAATCGATACTAAATGA
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CTTTATCCCAACGAAAATTGAAAGAACTAGAAAATGAAGTAGAGCAACGT
GAAAAAGAGCTCAATAAATTGTTATCAGTCCAAATGAACCCCACTGAGAA
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AATAGTCATTTCGCTCCACCACAACGCCAGTATCCGCAAATGCCGCCTCA
ACCACCTGTACCCAACATTCACACACCATCTCCGCGCAACAATATGTCTG
GCAATGTGTTATTTCCAAATTCACAATTAACAGGCAACCATACGTTACCA
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GGCCACCGCCCTCTTCACCTAATCCACGCCCTGTGACGTTGATTCAATCG
CCTACGCCAATTTCTCATCCGTTGGGAAGTCCAACCAAAACTTCTGCTCA
GGAAGAAGTTAATGAAAATGAACATTGGCTTTGCCCAACATgtactttta
aaaatttgttaGTTCCTGAATGTGAAGTGTGTTGCACTCGTAGGCCACCT
GTGGTAGGATTAAATGACTCTTTGACTGGTGGTAGTCAAGGTGCTATGCC
AATGCAAAGACTATGAATGAAGTATTTTTTatccaatttgaaaaaaagga
gacatatgaattttgtttttgaaacacTCCACTTTTAAAAGGATTTGTta
tttaaaactgaaaaatgagATACTGTGAGTTCTAATTGATTGATTCCTgg
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AAATTCCAATGTTGATTTTTTGCTCGAGTAATGCTTATAAAGATTGTGTC
CAGTTATCAATATACTTTTTCTTCAAATACATCAACTTTTGCTGTACAAA
AAGGGCTTTTTTCTAAACTTTCCCATTGTCATATGACGTCAAATGTCATT
ACATACACAATCCTAAGAGAATCAaacattttgacgtcattcaaCTCGAA
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GCATACCTCAATAAAGTTTTTCTCATGAAATGAAACCCAAATTCTAATGG
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ACacaaaaatcagcaaaacaaCTCTGATATGATACTTTCATTTCCAATTG
TTGTTATCTTTTAATTTGATAACAATCCACttataaatatattttcaaca
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TCCACTACAGATTAGTTTGAGAGAGAATTAAGTTTAAATATTCTAGCGgt
cattttaatatttttctgaggATACATAgaagtgtttttcaaaaattatt
tacattttgaagacattttaatatttttatatatacCTCAAAATGTTATA
AGGAAAACCTTTTTTTCGAGCTTGACCTCtagtttttattaaaatttatc
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AGTCTGTTTTCAAAAGTATGTGGGCACTTCACTTTTTAAAAGATTCTTCC
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TGACACTTCAGAATGTCTGTTCCTTGCTTATTTCAAATCTATGTACAGAT
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AGGCTTTTATCCGAGAAATCTCGATGCAAGGTTAAGTGTCGTCTCATGAA
TTTTCTAACCAGTatgaaaaatcttcatttttctattttttcaaaaatct
ttgatagaagaaaaatatcttttcaactgtacacaatttttttaatatag
CATAGGGGCGTCCAGAAATTATTCAAAAAGCAAAGTATCCACAacctttt
gagacagactttttagaaaatattcTACTTTTTTGGTGAGATAATGGCTC
TTTgcaacatttttgaagaaaaacaattttgctaTTTTAGCCTCTTGTAA
ATATAATCTAATAACAATCTCTCGTGCgctatcttttcaaaatttccgaT
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tcaaaCATCAGATTCATTATATTTCTTATCTTTGAACTGGGCAAGGATCA
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AATTTAGGAATAAAAATAAAGTGTTCTTCTTTATTCCTTTGTGTATaaat
tgatattttgaattACTTTTCTAAATAAAC Run BLAST on NCBI protein sequence of TCONS_00003855-protein >TCONS_00003855-protein ID=TCONS_00003855-protein|Name=TCONS_00003855-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=452bp
MADAEYDQARMHGNRSPTRQHVYENVHSFQRPLPPTIPNRTGSRVDNISS
PEHTSYFTNIQQQQLNQSHDGLRTRHDGWSEQPPSYQEVVPSPNQRKSLD
ESLNRHVQANVNNTTSNASNFVRQHRRGRSDEVARCFEGTPSVPRTSRFG
SPPLMRANHMMHSQSTTSLDQQHPHHHTHSLHHSASIDNAAVQSILNEKL
YQQNTVYVNLTTGITLSQRKLKELENEVEQREKELNKLLSVQMNPTEKDY
RHLKGEVAILHQEIAQMYNECDKMNISIDPTNSHFAPPQRQYPQMPPQPP
VPNIHTPSPRNNMSGNVLFPNSQLTGNHTLPTNYHKTISDPSPDHSGSFQ
QTPELFRSQSTIPRRPPPSSPNPRPVTLIQSPTPISHPLGSPTKTSAQEE
VNENEHWLCPTCTFKNLLVPECEVCCTRRPPVVGLNDSLTGGSQGAMPMQ
RL Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000031:840066..845995 Legend: exonthree_prime_UTRCDSfive_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00003855 ID=TCONS_00003855|Name=TCONS_00003855|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5930bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000031:840066..845995 (Clytia hemisphaerica)
GTTTATTTAGAAAAGTaattcaaaatatcaatttATACACAAAGGAATAA
AGAAGAACACTTTATTTTTATTCCTAAATTCTCATGTTTTCAGAACacaa
atttcatttgaaaaaccCGGGCTAAAATTATGATCCTTGCCCAGTTCAAA
GATAAGAAATATAATGAATCTGATGtttgactttcaatttttcatccaAA
ATTTGTCTTCAGAAAGTCAATTTCCGCTCTGAAAATCTTCCCAGCCGAAT
AACAACATAACCCTTTCGCTGTTTATAGAAGCAAAGCTAAACTTGTCCAG
GAATTAGCTCTTATTTATGGAGATATTCCTGGCTCCTTATTTATAACCAC
AACGACTACGTTAACTCTGTATCATTAAAGGTTGTGAGTATAAAGGTTTG
GCAGCAAATTTTGTGAACATCGAAACTACGAtcggaaattttgaaaagat
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TGTTTAAATCCTACTGCACTGGGCTGAAAAATCTGTACATAGATTTGAAA
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tttaatctttagcattattttcctcagaaatatcttttcaacggtgtaCG
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GAAGTGCCCACATACTTTTGAAAACAGACTTTAGTATGTGTATTACCGGT
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ataaaaatattaaaatgtcttcaaaatgtaaataatttttgaaaaacact
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CAGTTTGATTGTGATTAATAAATTCTATTTGCTTTTGATCAAGACTTAAA
ATTTTAGACACAGAAGCATTGATATTGAAGCtttatcaaaaatcttttaa
aaagacTTAATGAACCTAGACTGCATGAAATGAAAAGtcgaaaaatttaa
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GAACCTATTTTGAAGCTCCAAAATGAAAATACTCCTCAGGCTAAACACCT
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GACAATGGGAAAGTTTAGAAAAAAGCCCTTTTTGTACAGCAAAAGTTGAT
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GGCGTGGATTAGGTGAAGAGGGCGGTGGCCGCCTTGGTATTGTTGATTGA
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TTAATTGTGAATTTGGAAATAACACATTGCCAGACATATTGTTGCGCGGA
GATGGTGTGTGAATGTTGGGTACAGGTGGTTGAGGCGGCATTTGCGGATA
CTGGCGTTGTGGTGGAGCGAAATGACTATTTGTTGGATCAATTGAAATGT
TCATTTTATCACATTCATTATACATTTGCGCAATTTCTTGGTGTAAAATG
GCGACCTCTCCTTTCAAATGTCTATAATCTTTCTCAGTGGGGTTCATTTG
GACTGATAACAATTTATTGAGCTCTTTTTCACGTTGCTCTACTTCATTTT
CTAGTTCTTTCAATTTTCGTTGGGATAAAGTAATCCCAGTTGTTAAGTTA
ACATAAACAGTATTCTGTTGGTAAAGTTTTTCATTTAGTATCGATTGTAC
AGCTGCATTATCAATGGATGCACTATGGTGTAATGAGTGCGTGTGGTGGT
GTGGGTGTTGTTGATCCAAAGACGTAGTGCTTTGTGAATGCATCATATGG
TTAGCTCGCATTAATGGTGGTGAGCCAAATCGAGAAGTCCGTGGAACACT
AGGTGTTCCTTCAAAACAACGTGCTACCTCGTCACTACGTCCACGCCTGT
GTTGGCGTACAAAATTTGAAGCATTACTAGTAGTATTATTGACGTTAGCT
TGTACATGACGATTCAAACTTTCATCTAACGATTTACGTTGGTTAGGTGA
CGGAACTACTTCTTGATAGGAAGGTGGTTGCTCAGACCAGCCATCATGAC
GTGTACGAAGCCCATCGTGTGATTGAttaagttgttgttgttgaatgtTT
GTGAAATAAGAAGTATGTTCTGGAGATGAAATGTTATCAACTCGTGAACC
TGTCCTGTTTGGTATTGTTGGCGGAAGTGGGCGTTGAAAACTGTGTACAT
TCTCATACACGTGTTGTCTTGTTGGAGAACGATTCCCATGCATCCTTGCC
TGGTCATACTCAGCATCAGCCATTGTTTAGACTTTGTTGTTATTATTCTT
TCGTACTTCTTATTATTTCATCTGTAAATAAATAAACGAATATGTAAAGA
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ATACCTTATACCAATCAAAATGATCCTATGGAAAATATTCATCCCAAAAT
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TCTGGTTCTGCAATAAATAAATGATCCCACAAAAGAAATTTGAGCTTTGT
CTTATTCAGACCTCATCATAAAACATTCACCAAAACTTaaataatacctt
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caaatcttgaaaaaatttatgtttcacagaatttaattttgtgggTTTGT
CAAAAaactgcgaaattaaattccgcaaaaatttcttcacttaagGTAAT
TCAAAATTGACCACCAAAACCAAAAATTATCATAAACATAACCGAACAAT
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ATTCCTCAATAGTCTTGAGGTAGGGCTTTCCAAAGGTATTGATTGGAATC
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TGGGCGGAAGATGACGGTAGCCTTTGGTTTGTAGGACTTGTTGGTGTTGT
TGGCTGTGGTTCTGGTCCACCCATCTCAtcacaaaaaagattttggacGG
AGTACCTAAggttttttatttcagtttttatATCCACAATATCCTGTTCT
GATGGATTCTTTTGAATTCGATTCAACTGTGAAAGTTCATCTTCCTTAAT
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CTTGGTTTAAATATTTGATACAGTTCTGTTGTTTGTAAAGTTGCTCAGCA
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ttgttgtgaatGATGATTATATGACGAAAAATGATCATATTCACTAACAG
TCCGCCTCATGGGATTTGTGGTTGGGTATAAGTGATCATAATATGATTGA
TGAGGTCCAGTATTGACATTATTTGTAGGGTTTGTTCTCGAAGATTGAAC
CTGATATCTTGAGTGCTCTTCAAATATCTGGTCATCGTATTCAGAAGGGC
GAGTGTTATAACCCATTGGTGGATTATGGATAGTGCTGGAATTCGAACCA
GGATACATAgtacatttttagatttttgcacTTCAAGAAAATTAAGGTGT
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GCAAATTaatagaaaaacaacaaaagttgCAAACTGATCGAAACCCTAAG
GAGTCTTGGGTTGATAAAGATAAGAAACTAGGAGAAGATAAGACTTGAAA
AGGAATGAATGAAAGAGAACAACTCTTGTAATAAAGCATTCCTTAAAAAC
AAAAGGTTTATTGACTGCCAGTCCGAGGGATTATTTTAAAATAAGGATAC
GTTATGGTAACCTCCCCTAAAACGCCAAATCCTGAGAAGGATACAAAGTA
AgtagcaaaaaaataaaatagcgATCAACATCCTAGTTAAGATAAAATCC
AAATACAACCAAAGACCTGAATTTTTAGATTACCTTGGTAAGGTTaggaa
ataaaatgaaatgactGTGTTCTACAAATG Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000031:840066..845995 >TCONS_00003855 ID=TCONS_00003855|Name=TCONS_00003855|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=1359bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000031:840066..845995 (Clytia hemisphaerica)
TCATAGTCTTTGCATTGGCATAGCACCTTGACTACCACCAGTCAAAGAGT
CATTTAATCCTACCACAGGTGGCCTACGAGTGCAACACACTTCACATTCA
GGAACtaacaaatttttaaaagtacATGTTGGGCAAAGCCAATGTTCATT
TTCATTAACTTCTTCCTGAGCAGAAGTTTTGGTTGGACTTCCCAACGGAT
GAGAAATTGGCGTAGGCGATTGAATCAACGTCACAGGGCGTGGATTAGGT
GAAGAGGGCGGTGGCCGCCTTGGTATTGTTGATTGACTTCGAAAAAGTTC
AGGTGTTTGTTGAAAAGACCCTGAATGGTCTGGTGATGGGTCGCTGATGG
TTTTATGGTAATTCGTTGGTAACGTATGGTTGCCTGTTAATTGTGAATTT
GGAAATAACACATTGCCAGACATATTGTTGCGCGGAGATGGTGTGTGAAT
GTTGGGTACAGGTGGTTGAGGCGGCATTTGCGGATACTGGCGTTGTGGTG
GAGCGAAATGACTATTTGTTGGATCAATTGAAATGTTCATTTTATCACAT
TCATTATACATTTGCGCAATTTCTTGGTGTAAAATGGCGACCTCTCCTTT
CAAATGTCTATAATCTTTCTCAGTGGGGTTCATTTGGACTGATAACAATT
TATTGAGCTCTTTTTCACGTTGCTCTACTTCATTTTCTAGTTCTTTCAAT
TTTCGTTGGGATAAAGTAATCCCAGTTGTTAAGTTAACATAAACAGTATT
CTGTTGGTAAAGTTTTTCATTTAGTATCGATTGTACAGCTGCATTATCAA
TGGATGCACTATGGTGTAATGAGTGCGTGTGGTGGTGTGGGTGTTGTTGA
TCCAAAGACGTAGTGCTTTGTGAATGCATCATATGGTTAGCTCGCATTAA
TGGTGGTGAGCCAAATCGAGAAGTCCGTGGAACACTAGGTGTTCCTTCAA
AACAACGTGCTACCTCGTCACTACGTCCACGCCTGTGTTGGCGTACAAAA
TTTGAAGCATTACTAGTAGTATTATTGACGTTAGCTTGTACATGACGATT
CAAACTTTCATCTAACGATTTACGTTGGTTAGGTGACGGAACTACTTCTT
GATAGGAAGGTGGTTGCTCAGACCAGCCATCATGACGTGTACGAAGCCCA
TCGTGTGATTGAttaagttgttgttgttgaatgtTTGTGAAATAAGAAGT
ATGTTCTGGAGATGAAATGTTATCAACTCGTGAACCTGTCCTGTTTGGTA
TTGTTGGCGGAAGTGGGCGTTGAAAACTGTGTACATTCTCATACACGTGT
TGTCTTGTTGGAGAACGATTCCCATGCATCCTTGCCTGGTCATACTCAGC
ATCAGCCAT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00003855-exon-sc0000031-1491911889:840066..845995 | TCONS_00003855-exon-sc0000031-1491911889:840066..845995 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00003855-exon-sc0000031-1510915933:840066..845995 | TCONS_00003855-exon-sc0000031-1510915933:840066..845995 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00003855-exon-sc0000031-1575043694:840066..845995 | TCONS_00003855-exon-sc0000031-1575043694:840066..845995 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000031 | supercontig | sc0000031:840066..845995 . |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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