TCONS_00003572 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00003572
Unique NameTCONS_00003572
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length1885

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00003572 ID=TCONS_00003572|Name=TCONS_00003572|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1885bp
GAAAGACTTCAGCTTTCTAGTTAGCATTGCTAAACCTTAGTCAACCTTTT
GGAAGCAATAGTTTGGTTGATTCTTCAAGCTCAACTTAGATTCAAACAGC
CAAGAgAACGTTACAATTACGGAAGAACGACATGGACACATTgaagatga
ttttgattttgacttcaTTAATGACGTCATACTCCAATGCCTTCCCAACA
GTTATGAGGAAGAACAAACCAAATTTTGCTGGAATTCCATCACTGGCTGT
AGATATAATAGACGAAAGCCTTTGCATAGATGACGCTAGTTGTAAGACTG
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GAGAGACATGTCGTAAAAACTCAGACTGTGAAGAATTATTTTACGCATGC
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AGCGAGCTACAGACCAAAAAATAGAACATTAGTATTTTTATATCATGATA
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aatattatattttaaaaactaaaagatttatttattttcaaattataaag
ttTTAGTAAAAAGATATATATTGTGTACAAAAAAA
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000030:818129..828605+

Legend: exon
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>TCONS_00003572 ID=TCONS_00003572|Name=TCONS_00003572|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=10477bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000030:818129..828605+ (Clytia hemisphaerica)
GAAAGACTTCAGCTTTCTAGTTAGCATTGCTAAACCTTAGTCAACCTTTT
GGAAGCAATAGTTTGGTTGATTCTTCAAGCTCAACTTAGATTCAAACAGC
CAAGAggtaaatgttttttcaatCTTGTAATCGGAGCAACTTTTTTGATT
TAACTGATGACTTTTCTATCAGAATTAGAACCAGACAAGGGGAAGGGTTT
GAGTTTTTTGTCTCCTTGGTGGACAACCCTTTACAAACTATCAATTTAGA
TAGGGATATCGTATCTGAGGTTTTAAACAGCATGGtcgtttttttccaaa
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CCTTAAATTGACAGACCTTAATCCCCTACGCGTGCTTAACTTTTGACCAC
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aaatacCCTATTGAATAGGAAATGTCAATTTCCACCTTATTGCTTGTTGC
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AAATACCCTATTGAATGGAAAATGTTAATTTCCACCTTAATGTGTCTTTC
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ACACTTAGTTTGATATATTTCACCTAAtcttctaaattttcatttaattt
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AAAAACCAAGATACCTTTTACatatcttaattttttaaatttgatcaatT
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GGGAACTAACTGTACTTTATATATCCTGACACCAATTAAAGTTTGCTGTT
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ACCGTTTCGTTTTCCGTTTCAACTATACTTTCAAATTGTATAACAGTCTT
AATATCATGACATGACATCATGACATGGTTAGAATTTTTGTCGGTATATT
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TATCACCATTgtcaaaatttttgtaattgtTAGTGATTGCAATTCCTAAA
TTTAGTAGAATGACTTGTTTAAACTGCAGTGTTGGTTTGGTTGGCAAGAG
GAAAGCCACGAGTGGGTTAGAAAAAGGAAACGCCTTTCAAAGCAGCTGTT
GTAGAAAGTAGAAGGTGCaaactgaaaaacaaaaaaggataaTTGAAATA
GGATATGATTGTAGAGGATTATGTGTAGTTTAATTNCTGCAAACTTAAGA
ACAAAAAAGGATAATTGAAAAAGGATATGATTGCAGAGGATTATGTTTAG
TTCAATTTACATCTGGGTTTGAAGTCGTGAGTCAATTAACATTCACGATG
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tctttctttctttgaaaGTTGGGTTGTCAGACAAATGTTGATTTTGATTT
AGgattaaaaaagaaatgtaCTTTTAAATGTACTGTAGTTTGTTAATGAA
ACGATTTTTCAGTGACTTGTCTATCCAAATATTTTGATTAGCACTACGTC
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CAGTCGAGACATTCATACTGCTTACTGTGTTGAAAGTAGTTTCAAATTTA
GTAGTTTCAAGTCATTTTAgcataaaattttctttatgatCAGCTGTTAA
AACCAGGAAAATGGTTAAAATGAACCTGTCAAATTATTGGATAACGATTA
GAGGGTCCTTGAGAAAAAACATGTTTTCAAGTATTCAAAAAACCAAACcg
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GTCACGTTTTTTGACAAGAGATATTTAAATAATTTCTCACATATTACCTT
TTGGAATTCTCTCAAACCCTCTACcaaaaactaaaatgaccatttGTCTG
TGAGGCACTTTTGTAATATTGATTCAAGATTATCCAAATGAAAGTTGATT
ATTGCATTATTCATCCATGATCTCTTTCTTCCTACATATTTGACTGTCTG
TGAGGATGTTTTGGCAGACTTTTTATTAAACGATGAGTAACAGTGAAACT
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TATTTTGttgaaaactattcaaaaaATGTCATCCATTTCATACACGTTAG
GAACCTCGCCAGCTtatcagctggcacacaacgttgtttcaacgtttatc
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gGAACCTCGCCAGCTTATAGATAATAGACATGGTGTTATAGACATGGAGG
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TGATCACCAATGATAAAAACATATCCATCGTGTATTGAGCTCAAATGAAT
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GGATAAGGTGGGTTTACTGCGTAGCATTGAAGTGctagtttgtttatttt
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ATAATTCAATGAACAGAAAAATTTTCGAGATGCCGTACGTAATAATGCTG
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TGTTCAGCAGAATTCAACTGTgagcaaatatttaaaaacgTATTCAAAAC
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TGAACTAGAGTAGGCAAAAACTTTGGCACAAATTTGACAGTTAAAAtatt
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aaagattagaaaaaaaaacgatCTTCAATAAATTTAGAACATCATTTGGA
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GACCCTACTGGACTTCAATACTTTTTAACACCGGGCAATCTCAACACCGG
ACTTGAGTTCGGTGCGTCCGATTTTTTGGCACCAGACAAAACACTGGAAT
GTCcagtgcgtcggcagggtcatGTGCTGACACGCTGAACTTTGAAATGT
AGTAGGTCTATTAAAAGTACCTGACGCTGATATactaaatcattaaaaaa
gtcGTAAATTTCTTCAATTATCAAATCTCGCGTTTCCTTCTCATGTTTTT
TAATTCTGATTTAGCTGATTTTTGCCTTGAAACAAAGACCTATTGTTTTA
TATTTCAGGGTATTTGGCAATACCTATAGAAAGTAGTCTTAATACCTTTT
TATTCCATTCGAAAAAGACTGATTAAAGTGATCTTCAATACATATTGATG
CTTAGGTCGGATTAGGATGGCTGTCTTTTCCTGCTGAATAGCTTACGTGC
ACCGTTATCACAGCAGGAGACTAATACAATACTATTAAGAACTATACATT
TAAATGTTTAAGTGAATAATAGAACAGACCGTTATCAATTGCAATAGGAA
AACCACAAAGTTTGATCTTTTAAATACAACAACGTTTGGTTATAAAAGTG
AGGATTCTTTATGCCCCGGTCCAAAGAGTCAATAGCTTGGTCTCTCTGAC
ATTTAATTTTTCAGTGTATTTCTTTTGTCTTGTACTGTTATCTTTAATGT
TATCTACATTATAAAGGTACCGTTATGTTAAAACAAAAAGTGTATGTTAT
CACTACGTTAGCAAAGAGCGTATTGAGAAATTTCTTAAACACGANTATGT
TATCACTAACGTTAGTAAAGAGGGTATTGAGAAATTTCTTAAACACGAAA
AATGTTGTATAGAAAAAGATAGCGGAAAGGTAGAGGTAACTCTTGTCTCT
CTCCCGcgctttttttttgatttttatgtattGATTAATGATTAATGTAA
TTACGAAGTTTTAATTAAAATGACGGATAAATGTAAGAACCAATCAGATT
AGAGATAAGCAATCAAGTGACCGTTATATAGAGAGATTGGTCGAGATGAC
ACGATCAGTATTTATCTGATGTCTGAACTGAGCACaactaaaattataca
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TAAGATATTTTATTTGGAACACTTTTGTTGTGGAAAAAAGGTTTGTTGTG
AATTATTTTGATTCTTGTTTATGGCGTACCGTACACGTATTTTCATCTTT
TACGGATGCAGAAATTTAGAGATATTGCGACATTTATAGAAACAGTCGGA
TATGCATTCCGCTATAACTAGAATTTCTTGTCCTTTATGTCGCCTCATTA
ATTGTACCAACATCCTTATTTACGGAGGGTATGATATATTCCGCCGCGGA
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GAATATTACGTTTTTTTATAcaagaacaaactgtataagaacatgaggct
tcgattgctaaaaaatatgaacaagttaagaacattttaaggctttgtgg
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tcaaaatttttactatgttctttaaaaagaacatGTATTACGTCAATTGA
AGCTAACGGGATTCATAAGGAAAAAGTTTGCTGATGTTTCTattctttgg
ttttcttgaatACTAATCGAATGTAATCAGAAGGAATTAGTTTAACGGTT
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TTAAAAAGTAGCGACTTTCAATCGCTCGTTATTTGCGAATAGCCAATCAG
AGCGTGTATTTTATTCAACTAGCCAATCAGAATGCGTCTTTCTCATCTCA
CGGATGtgtaaaaagttacaaaaaaacCTTCGGAGGTATCCGGCCAAGAA
CAAAAGACAGGGCAATTAGTATCTATTAACTGTTTTCGCTGAACAATCAA
CATTGTCGAATATTTTTCTCTAACTATGACTATAGGGGtatataagaaaa
atatccaTAGCTTTTTTTTTACTATTGATACAGTTATCTTCAAGGAAGAT
CTCTTATCCTTTGTTTAACACAGCATTTAAGTCTTGGCACTTATTATTGC
AAGACTTTGATAAGCTTTTTTTTTACTATTGATACAGTTATCTTCAAGGA
AGATCTCTTATCCTTTGTTTAACACAGCATTTAAGTCTTGGCACTTATTA
TTGCAAGACTTTGATAAGCTTTTTTTTACTACGCGCTTATAAAGAGAGTA
TAACTATATAATATTTGTAAAGTAAGTGTATTTATTTTTATGCATTCGAA
TTTTCAAGGACTTTAAAATTTGAGGATCTGGACTGATTTCGACTGATTGA
TAAAATTTgaccaatatttttttctcgttaTTTTTGTAGAACGTTACAAT
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TTAATGACGTCATACTCCAATGCCTTCCCAACAGTTATGGTGAGTTCTGA
TTGGTCGAATACAGTATTATTGAATCTCTTACTCTTCAAATGCGAATCTG
CTGGTTTCAAACTTGAAAGTGTGGCTGTTTGTTTCCCAGCTGgtaacaac
gttgtttcaacgttcatctaaccttatatggacgttgtgaacattagact
AACGTTGGAACAACGTTGTTTGCCAGGTTGGTTATAGGGGTTGTAGGGTA
TCGAAGTAGTTTTGGCTGGGGTATTTTGTATGCTTTAGTCTTTTGAGTTT
AATGGTCGATTCATTATAGcgtaacatttttttaaatttattcttataGA
GGAAGAACAAACCAAATTTTGCTGGAATTCCATCACTGGCTGTAGATATA
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TGTATTCATTAAATCTAATGAGTATAACGGCATTCCATTTCAACGACTAG
CTTCCTTTTGTTTATAAACAGTTATGATTGGAATCTTAAAAAAACATATT
CTGTGTCTcgtcattctattggttaaaatcTAGGTGGAAAATATTGATTA
TAAAAAAGATTACAAGAACAGCCTTAACAATTTTCAAAGTTCTTTGCCCC
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GAGATTCTTTCGGCTAGGCCTTTCGGAATGTTTCGCGCTTAAGAAAAGAT
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GCGAAGATAGCAGCTTTATGGAAAACTTGTTTGGAAAGAATGCAgtcaag
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AATGTTAAACGTAAGTCATTTATATTCTACACATACATTCAAAAGTGAAA
ATTGCATTGCTAAAAATGTCTAGATCCGACTTATAATAAGTTATATTAGG
CTCTATAAGCAAGCAAGCGAGGGATTAAGGAGTATTAAATTGATATCTGC
TGGATTCTCGCCACGAGCCTCATTGAAAAGAGATTAATTGGAAGCTAAAT
TTAGGTCAAATTTTAAGGTTAAGCCTAATCCGTGGATCTCTGAAACGAAC
GGAGGTACCAACACCAGCCAAAGGTTTCTTCTCGATTTCAAGATATCATT
TCGTTTGGATCTATAAGGATTTAAGGGAACTATAGGGCAAATATGTGAGG
TATTTTTGAGGTATTTTCAACACAAAAGCTCTCACTACAGGACATCTGTG
TCAATGCAAATCTATATAAAATAAATCTGTGTCTTACGTAGAAAGTATAG
AGTGCTCTTAGCTTGAAACACAGTTGGGGTACTAAAAAATCTGCAATATG
TATAATCTATGTTGCTATCTCAAAAAAAAGGTATTGGGTTTGTTATTTAA
TCTttaatatttctttactttttcttaatctttacAGGAATTTCTCAGAT
GACTCATTAAGCATGGTACGATTGACATTTATGGATGATCAAGGAGGGAC
AACAAAAGAAGGACATCAAACCTTCTTAAACAAAACATtgacgaaaaaaa
gaaataaaaatcattCATTACTGGAATCAAATTCCAGgtaaattttcatt
tctttattcttaaaattttaataattcTTCCCTAAATCTAATTCATtaat
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GGTCCAGTGGTTCTTAAACTCAATATTTGTATTGTTGTGAACCATAAAAG
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GACGTGATGAGTGGTGCTAATTTGgcgaatcaaatcaaaatttaatgaca
TTTATTGAATGCGCAAAACAAAGAACAAAACAAATCGATTTCAATTTCAT
CCATTGTTGTCATGACAACACTGCAATCAAAATTATGATTGGTAAAGCAC
TTTTGAATTACGTCACTCATCGAAGTTGCCCATTTTTGGTGGTGTTAATT
AGCTACAGAGTATCATATGTCGAGAGTTTGGAGTTTGATTTTAGCGAGCT
ACAGACCAAAAAATAGAACATTAGTATTTTTATATCATGATAATAAATGC
AAGtcgtttaaaggttttatttttacacaagtgttcccgtttcatatcag
ccacatatttcatatcaggacagtgtctgcttaTTGTTCCATTATGCTGA
tagaagcaaaaaatgtttttcttttcttctttttggccaatcttgctcca
tattcgtgtcaatccaatatgaaaaagcttgtgcattaaaattgacgagt
aagcaaaagatatcactcttatttaaaaacaaaacctttaacttgtTCAT
ATTTAATTAATTTACAAGACAATTATTGAAACACTGAATATATTTTGATG
AATTCAACGATTTACAGATGTGATTTAGTGCGAATTACACGACTTATTTT
TCTTTCCATATTTTATAGTGTATatttattgaaaacaaaattgatgaaaa
agggaaatttaTAATAAAAGATATAAATATTGTGAGACTGtaaatattat
attttaaaaactaaaagatttatttattttcaaattataaagttTTAGTA
AAAAGATATATATTGTGTACAAAAAAA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_001995XLOC_001995Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00003572-exon-sc0000030-1491911889:818129..818234TCONS_00003572-exon-sc0000030-1491911889:818129..818234Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00003572-exon-sc0000030-1491911889:827668..828605TCONS_00003572-exon-sc0000030-1491911889:827668..828605Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00003572-exon-sc0000030-1510915933:827668..828605TCONS_00003572-exon-sc0000030-1510915933:827668..828605Clytia hemisphaericaexon
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000030supercontigsc0000030:818129..828605 +
Expression

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Values : 
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0	0	0	0	4.27524	2.71842	3.35442	0.000563019	0	0	0.520973	0.000175606	6.35161	5.07545	0	0	0	0	11.3233	11.3034	0.000238524	1.73232	0	0	0.000928772	9.64772e-05	0	8.4158e-09	0	0
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00003572 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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