|
|
Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00002860 ID=TCONS_00002860|Name=TCONS_00002860|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4176bp
CtctttcggggaaaatttttttctggtttATAGaactggaaatatgccgg
aaatggctgtgttttttggatttccacGACATTTTTAGATTCAATTTGAT
CTTATCCTAAAACAGAAAAAGGTATCCCATGGTGATGCCTAAATCTTTGc
ctcgtttgatttccaaaacttttttaaactcGAAACTCCTTAAAATCACC
GGAACaaccgaaaaccggcgtaaacgggtttccttattttttgagttGCA
CTTGACAAATTTTCGTGATTCGTGAAAATTTCGGTCGACGGATGATCCGG
AAATTTCCagaaagaagtattttttttcttattttcttttaatgttaatg
ttttctgTTTATATGTTAAGTATGTCTATACAAAGTCTTGTTTTTTTCAT
GGAAAGGTTTATAATGATGCTGTCATCAGAAAATTTTACACCTCGAAAAC
TTATTCGATTTAACATTAGATTTcgaatattttaaaaacaataatttttg
cttagccacctgatgacgtcattttgcagGTAGCTAGGTGACATAAGTCA
GTTTTTGAGTCAAATCTGTCTGTCGGACAGCTTATTACTTCTAAATATGT
AGCGATCCTCGGTTGGCCAAGCTTtcgttattttcaaaaagatgaagAGG
CTTGTGTTGACGGGATTTAGGATAATTGTTTTGAACTCTACTTAGCTATC
TCAAAAGTGACCCTGTAAAATTTGCGCGCCAAATTAATCAAAGCAAACAT
CTTGTCTTGACATCAAAATGACTGGCAGTTTCAGcccatttaaaatattt
ttaaaataatgatgTGCATAAAAATGTAATGTGGAGGCAGATTAATTGGT
TTTCATATATAGATCCCTTTTTAAATGACTTTTTGTGCCTTGTTTGATTT
ACACGAGTTGCCGTATTACATTGATGGGTTTTAAATCGATTAGGAACGTC
TCTTGATCTTGTCCTTATTTGGCGAGATAAATCATTCATTCTGCTGACAC
AGCAGAATTAGCAGcgagaaaataatttgaatgtGATTGTTCAATGCAGG
TTATGGGTCTGGTTTTGCCATTCGAACGTTTTTTTCTTCACAGTACATTG
TTTCCGGAAAGAAACGGAATATGGGTTACATTCGTTACCCTCGCCCAGAT
TGAAAAACTCttacgaaaaagtgaaaaaatatgttttctatGAACAGGGT
GTTCCGTCCTCAGGTTATCTGATTTCTTCCATCGAAGAGACTTCATCATT
ATTGTCATTTAAAACATAAAGTGAAAGGTTTTCTGTTGACATAAATTCTG
ATCCGCTTTCTTTACGGACACACTGTATTCGACCCTTCTTGATgttcatt
tctttttcttctttacttACTAGTTTCTTCTTCTGTGCTGTGTTTCTATC
ATATTCTTACCACAGCACGACATTACATTTATTACATTTTCGCTTGGGAC
ACTTCACAGTCCAAACTCAGTTGCTGCCCATAGAGTTCGTTTTTCCCTTT
TACCTATAAAATAGTTAACTAATCCTAAtataataaaatttatattttaa
tgaaaatttaatcATCAAAGCTCCTTCTATTGTGGAAGAAATGAATCACT
AAAGATCTGCAAAAATAAAGTAGTTTAAAACTGAAGCATTTTACAAAAGC
ATATCTACAAAACATACAAAGTGCTGTATCTTAAaggtgaaaaaattcaa
aggatTATCATTCAGACAAACTCTCTCGAATTGTTCACAATATTTAGTCT
ACGAGTAAAGATGTGAATCCTAGAAACTATCGGGCAAATTATTTCCGTTC
GCAGAGTGATATTGACCTTTTAAAGATGCCGTACCAACCTGGAAAGAATA
ACATTTTTGGTTTCGTTACCATATGTTTTGGTGTTTTATCACTATGGTTA
CTTTTAATTACGGCCGGTGGAAACAACATGGTAACCTTAACTTCGACTCA
GCCATCACCAACTATCAATCATACTCAACCGAAACATCAAACGAAATTTC
GAATCGATCTATGGAAGATATGCCAAATACAACGTTCAAGACGCAACGGC
TTGCCTCGGTTCGCATCGTGTCGTGCGTTCGATGATTCCGTACCAAGCTG
GAGTATGCTCCAAGTTTGCCGTATATCGTGCGTTATTGCACTTTCAATCA
CTTTTCTCGGAATCATTTTAAATACGGGACATCTTATTAACCATAAACTC
TCCTTGTGGTTTGCTTTCTCATTTTACGCATGCGCGTTTACATTTCAAGC
AATTTCAACATTGCTCTGGGTGAAAAACGCTAGACCGTTTCTGGTTGAGT
GGATAGGAGGAAATTCAACACATGGTTGGACTTTTTATGTTAGTGTGGCT
GCTGTCACTTCCCTTGTGATGACAGCTCTCTTTTCTGCGCTTGCGCAAAC
GAGAATTTGTAGAAGACGCTCTTCAAGATTTCGCTCAGTCAAATCTCGTG
CTTTGCtgactgattttcaaaaaaattaaaacttagtTGAAGATAGTTGA
ATTCTTGTAGTAATCTAATCGGGAATCTTTGTTAGATTTTGGGGGAACAT
TCGCCATGTAAAATTTCATTCAATCATCCCAACAAAACGTTATAAGGAAC
TGAGCTTGCATTGGTGTTGCATCGGTGTTGCATCAGTGAGTGTTCGATGA
GGTTAAATGTCTGAAAAGATAGACAAGACGCGCAtacttttgatttcatt
ttactTCATTATTTAAATTTGGAGATGCGATTCGCCTTaaatggaagaaa
tttttgtagaaagaaatgaaaagttcCAGACAGTGTTCACCCTTTTCCAG
ATAAAATATACATTTAGAATTGTGataaaataatctaaaatgatAGGTTA
TTAACCAAAATAAAATCCACCAAATCGtattaaaattaaaaccttAGTTA
AAaccttaaattaaaaaattggcaAATTCGTCAAAAAGTATTTTGAATAA
ATGGTGACCTTAAACCCAATAAACCGGTGATATTTTACCCCCCCTTCTTT
TTTTTAAGAGGTAAAACTAGGATTTTatcaaatgaaatgaaattgaaaat
gaaaaaaggtttGAAAGCAGATTGAATTTAGAATCTCAAAAGGTGGCCAT
TTGTGTCGATGCTGCTTCTTCATATATTTTACAATATGACCGAGTATATT
TCGTGTTATAGAACATTCAGCGGGTAACGTTGAATAAGACATTTTAATCT
AATAACTACACTAGTAATTTATCGTACTTTACAGCTGTAAATTAGACTGT
AATTATTGGAAAGATTATCTGGAATTAACCGCTGAACAAATCTTATTAAA
ATGTAACATAATCTCATTATCGACCTTTTCCCGCTAATACTCCGTTTCTG
ATCAAAATCTCTTAGTGATCGGCCCGCTAAGCTAGGATAATTTCTTGTAA
ACAGGAATCAATTAGAGGAAGGATGTGGTGGCTACCGGAAGATATAAGTT
ACGGAGTTTCCTGTCTAACGGTCGATTTCAGACGATAGCGCTTCCTTGTT
AGTTCTTAATTCTTAAGACGTCGGTTAAATAGATTTGAATTGATTAGTGC
AAAGATTATGTGGTATAAGTTGATCAAAATTCTTCAATATTTGTTGAGTC
ATACATTCTTCTTTATGCCTGTCCACGAGTTACGTCATCATTAAACAACA
CTTGTTTTCGAAATAATTCTATGTGATAATAACCAATGAGATTTAGCGAA
GTCAGGAGTCGAATCTCATGTGTACTACAGTttcagggtgtctacgggac
cttgaaaaccttgaaaaccttgaaagtgaatgtaatttcagagaattcct
tgaaaaccttgaaaaagcaTGATTGTGATTGTATAGTTGTCTTGTATTGG
CATCTGAAGTTTCGGTCTATGCTAATGCtctaaaaattttcttgcttGCT
TCACTCGCAATCATTGTTTCTAAATCAAACGCTGGTAGTCACCTTTATTG
CACCTTGTCAAGACAGTCATATCCTACTATTTAAGTCTATTTTACTtctg
aaaaaccttaaaaaacactaaaactttgccaaaagaaccttgaaaacctt
gaaaatggtgaaaaataatccgtagacaccctgatAGTTTTGAGCTATTC
AATTTCTACATAAGTTCCGCGACCTACGCTGTTTTCATATACGCGCTTAG
gggccactcacatatcgatgttTCCC Run BLAST on NCBI protein sequence of TCONS_00002860-protein >TCONS_00002860-protein ID=TCONS_00002860-protein|Name=TCONS_00002860-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=217bp
MPYQPGKNNIFGFVTICFGVLSLWLLLITAGGNNMVTLTSTQPSPTINHT
QPKHQTKFRIDLWKICQIQRSRRNGLPRFASCRAFDDSVPSWSMLQVCRI
SCVIALSITFLGIILNTGHLINHKLSLWFAFSFYACAFTFQAISTLLWVK
NARPFLVEWIGGNSTHGWTFYVSVAAVTSLVMTALFSALAQTRICRRRSS
RFRSVKSRALLTDFQKN Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000023:268608..272838- Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00002860 ID=TCONS_00002860|Name=TCONS_00002860|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4231bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000023:268608..272838- (Clytia hemisphaerica)
CTCTTTCGGGGAAAATTTTTTTCTGGTTTATAGAACTGGAAATATGCCGG
AAATGGCTGTGTTTTTTGGATTTCCACGACATTTTTAGATTCAATTTGAT
CTTATCCTAAAACAGAAAAAGGTATCCCATGGTGATGCCTAAATCTTTGC
CTCGTTTGATTTCCAAAACTTTTTTAAACTCGAAACTCCTTAAAATCACC
GGAACAACCGAAAACCGGCGTAAACGGGTTTCCTTATTTTTTGAGTTGCA
CTTGACAAATTTTCGTGATTCGTGAAAATTTCGGTCGACGGATGATCCGG
AAATTTCCAGAAAGAAGTATTTTTTTTCTTATTTTCTTTTAATGTTAATG
TTTTCTGTTTATATGTTAAGTATGTCTATACAAAGTCTTGTTTTTTTCAT
GGAAAGGTTTATAATGATGCTGTCATCAGAAAATTTTACACCTCGAAAAC
TTATTCGATTTAACATTAGATTTCGAATATTTTAAAAACAATAATTTTTG
CTTAGCCACCTGATGACGTCATTTTGCAGGTAGCTAGGTGACATAAGTCA
GTTTTTGAGTCAAATCTGTCTGTCGGACAGCTTATTACTTCTAAATATGT
AGCGATCCTCGGTTGGCCAAGCTTTCGTTATTTTCAAAAAGATGAAGAGG
CTTGTGTTGACGGGATTTAGGATAATTGTTTTGAACTCTACTTAGCTATC
TCAAAAGTGACCCTGTAAAATTTGCGCGCCAAATTAATCAAAGCAAACAT
CTTGTCTTGACATCAAAATGACTGGCAGTTTCAGCCCATTTAAAATATTT
TTAAAATAATGATGTGCATAAAAATGTAATGTGGAGGCAGATTAATTGGT
TTTCATATATAGATCCCTTTTTAAATGACTTTTTGTGCCTTGTTTGATTT
ACACGAGTTGCCGTATTACATTGATGGGTTTTAAATCGATTAGGAACGTC
TCTTGATCTTGTCCTTATTTGGCGAGATAAATCATTCATTCTGCTGACAC
AGCAGAATTAGCAGCGAGAAAATAATTTGAATGTGATTGTTCAATGCAGG
TTATGGGTCTGGTTTTGCCATTCGAACGTTTTTTTCTTCACAGTACATTG
TTTCCGGAAAGAAACGGAATATGGGTTACATTCGTTACCCTCGCCCAGAT
TGAAAAACTCTTACGAAAAAGTGAAAAAATATGTTTTCTATGAACAGGGT
GTTCCGTCCTCAGGTTATCTGATTTCTTCCATCGAAGAGACTTCATCATT
ATTGTCATTTAAAACATAAAGTGAAAGGTTTTCTGTTGACATAAATTCTG
ATTCGCTTTCTTTATGGACACACCGTATTCGACCCTTCTTGNTACATAAA
TTCTGATCCGCTTTCTTTACGGACACACTGTATTCGACCCTTCTTGATGT
TCATTTCTTTTTCTTCTTTACTTACTAGTTTCTTCTTCTGTGCTGTGTTT
CTATCATATTCTTACCACAGCACGACATTACATTTATTACATTTTCGCTT
GGGACACTTCACAGTCCAAACTCAGTTGCTGCCCATAGAGTTCGTTTTTC
CCTTTTACCTATAAAATAGTTAACTAATCCTAATATAATAAAATTTATAT
TTTAATGAAAATTTAATCATCAAAGCTCCTTCTATTGTGGAAGAAATGAA
TCACTAAAGATCTGCAAAAATAAAGTAGTTTAAAACTGAAGCATTTTACA
AAAGCATATCTACAAAACATACAAAGTGCTGTATCTTAAAGGTGAAAAAA
TTCAAAGGATTATCATTCAGACAAACTCTCTCGAATTGTTCACAATATTT
AGTCTACGAGTAAAGATGTGAATCCTAGAAACTATCGGGCAAATTATTTC
CGTTCGCAGAGTGATATTGACCTTTTAAAGATGCCGTACCAACCTGGAAA
GAATAACATTTTTGGTTTCGTTACCATATGTTTTGGTGTTTTATCACTAT
GGTTACTTTTAATTACGGCCGGTGGAAACAACATGGTAACCTTAACTTCG
ACTCAGCCATCACCAACTATCAATCATACTCAACCGAAACATCAAACGAA
ATTTCGAATCGATCTATGGAAGATATGCCAAATACAACGTTCAAGACGCA
ACGGCTTGCCTCGGTTCGCATCGTGTCGTGCGTTCGATGATTCCGTACCA
AGCTGGAGTATGCTCCAAGTTTGCCGTATATCGTGCGTTATTGCACTTTC
AATCACTTTTCTCGGAATCATTTTAAATACGGGACATCTTATTAACCATA
AACTCTCCTTGTGGTTTGCTTTCTCATTTTACGCATGCGCGTTTACATTT
CAAGCAATTTCAACATTGCTCTGGGTGAAAAACGCTAGACCGTTTCTGGT
TGAGTGGATAGGAGGAAATTCAACACATGGTTGGACTTTTTATGTTAGTG
TGGCTGCTGTCACTTCCCTTGTGATGACAGCTCTCTTTTCTGCGCTTGCG
CAAACGAGAATTTGTAGAAGACGCTCTTCAAGATTTCGCTCAGTCAAATC
TCGTGCTTTGCTGACTGATTTTCAAAAAAATTAAAACTTAGTTGAAGATA
GTTGAATTCTTGTAGTAATCTAATCGGGAATCTTTGTTAGATTTTGGGGG
AACATTCGCCATGTAAAATTTCATTCAATCATCCCAACAAAACGTTATAA
GGAACTGAGCTTGCATTGGTGTTGCATCGGTGTTGCATCAGTGAGTGTTC
GATGAGGTTAAATGTCTGAAAAGATAGACAAGACGCGCATACTTTTGATT
TCATTTTACTTCATTATTTAAATTTGGAGATGCGATTCGCCTTAAATGGA
AGAAATTTTTGTAGAAAGAAATGAAAAGTTCCAGACAGTGTTCACCCTTT
TCCAGATAAAATATACATTTAGAATTGTGATAAAATAATCTAAAATGATA
GGTTATTAACCAAAATAAAATCCACCAAATCGTATTAAAATTAAAACCTT
AGTTAAAACCTTAAATTAAAAAATTGGCAAATTCGTCAAAAAGTATTTTG
AATAAATGGTGACCTTAAACCCAATAAACCGGTGATATTTTACCCCCCCT
TCTTTTTTTTAAGAGGTAAAACTAGGATTTTATCAAATGAAATGAAATTG
AAAATGAAAAAAGGTTTGAAAGCAGATTGAATTTAGAATCTCAAAAGGTG
GCCATTTGTGTCGATGCTGCTTCTTCATATATTTTACAATATGACCGAGT
ATATTTCGTGTTATAGAACATTCAGCGGGTAACGTTGAATAAGACATTTT
AATCTAATAACTACACTAGTAATTTATCGTACTTTACAGCTGTAAATTAG
ACTGTAATTATTGGAAAGATTATCTGGAATTAACCGCTGAACAAATCTTA
TTAAAATGTAACATAATCTCATTATCGACCTTTTCCCGCTAATACTCCGT
TTCTGATCAAAATCTCTTAGTGATCGGCCCGCTAAGCTAGGATAATTTCT
TGTAAACAGGAATCAATTAGAGGAAGGATGTGGTGGCTACCGGAAGATAT
AAGTTACGGAGTTTCCTGTCTAACGGTCGATTTCAGACGATAGCGCTTCC
TTGTTAGTTCTTAATTCTTAAGACGTCGGTTAAATAGATTTGAATTGATT
AGTGCAAAGATTATGTGGTATAAGTTGATCAAAATTCTTCAATATTTGTT
GAGTCATACATTCTTCTTTATGCCTGTCCACGAGTTACGTCATCATTAAA
CAACACTTGTTTTCGAAATAATTCTATGTGATAATAACCAATGAGATTTA
GCGAAGTCAGGAGTCGAATCTCATGTGTACTACAGTTTCAGGGTGTCTAC
GGGACCTTGAAAACCTTGAAAACCTTGAAAGTGAATGTAATTTCAGAGAA
TTCCTTGAAAACCTTGAAAAAGCATGATTGTGATTGTATAGTTGTCTTGT
ATTGGCATCTGAAGTTTCGGTCTATGCTAATGCTCTAAAAATTTTCTTGC
TTGCTTCACTCGCAATCATTGTTTCTAAATCAAACGCTGGTAGTCACCTT
TATTGCACCTTGTCAAGACAGTCATATCCTACTATTTAAGTCTATTTTAC
TTCTGAAAAACCTTAAAAAACACTAAAACTTTGCCAAAAGAACCTTGAAA
ACCTTGAAAATGGTGAAAAATAATCCGTAGACACCCTGATAGTTTTGAGC
TATTCAATTTCTACATAAGTTCCGCGACCTACGCTGTTTTCATATACGCG
CTTAGGGGCCACTCACATATCGATGTTTCCC Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000023:268608..272838- >TCONS_00002860 ID=TCONS_00002860|Name=TCONS_00002860|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=654bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000023:268608..272838- (Clytia hemisphaerica)
ATGCCGTACCAACCTGGAAAGAATAACATTTTTGGTTTCGTTACCATATG
TTTTGGTGTTTTATCACTATGGTTACTTTTAATTACGGCCGGTGGAAACA
ACATGGTAACCTTAACTTCGACTCAGCCATCACCAACTATCAATCATACT
CAACCGAAACATCAAACGAAATTTCGAATCGATCTATGGAAGATATGCCA
AATACAACGTTCAAGACGCAACGGCTTGCCTCGGTTCGCATCGTGTCGTG
CGTTCGATGATTCCGTACCAAGCTGGAGTATGCTCCAAGTTTGCCGTATA
TCGTGCGTTATTGCACTTTCAATCACTTTTCTCGGAATCATTTTAAATAC
GGGACATCTTATTAACCATAAACTCTCCTTGTGGTTTGCTTTCTCATTTT
ACGCATGCGCGTTTACATTTCAAGCAATTTCAACATTGCTCTGGGTGAAA
AACGCTAGACCGTTTCTGGTTGAGTGGATAGGAGGAAATTCAACACATGG
TTGGACTTTTTATGTTAGTGTGGCTGCTGTCACTTCCCTTGTGATGACAG
CTCTCTTTTCTGCGCTTGCGCAAACGAGAATTTGTAGAAGACGCTCTTCA
AGATTTCGCTCAGTCAAATCTCGTGCTTTGCTGACTGATTTTCAAAAAAA
TTAA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00002860-exon-sc0000023-1575043694:271549..272838 | TCONS_00002860-exon-sc0000023-1575043694:271549..272838 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00002860-exon-sc0000023-1575043694:268608..271493 | TCONS_00002860-exon-sc0000023-1575043694:268608..271493 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00002860-exon-sc0000023-1510915933:271549..272838 | TCONS_00002860-exon-sc0000023-1510915933:271549..272838 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00002860-exon-sc0000023-1510915933:268608..271493 | TCONS_00002860-exon-sc0000023-1510915933:268608..271493 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00002860-exon-sc0000023-1491911889:271549..272838 | TCONS_00002860-exon-sc0000023-1491911889:271549..272838 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00002860-exon-sc0000023-1491911889:268608..271493 | TCONS_00002860-exon-sc0000023-1491911889:268608..271493 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000023 | supercontig | sc0000023:268608..272838 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
|
