TCONS_00002318 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00002318
Unique NameTCONS_00002318
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length251

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00002318 ID=TCONS_00002318|Name=TCONS_00002318|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=251bp
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TATTCTTATGGTGTTTGGTTGCCAAGAATCATGGAAGAATTCAATTGTAA
TCAAGAACAAGCTGCTTGGGTTGTTTCAATGGCCAGTGGTTTATTGGTGT
TACTTGCAATGCCTGCATCAGTATCGTGCAATTATCTTGGAGTTTTCACG
ATGTCCATACTCGGTTCAATTATGTGCGGATCAGGACTCATAATATCGTC
A
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000019:531575..542450-

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00002318 ID=TCONS_00002318|Name=TCONS_00002318|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=10876bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000019:531575..542450- (Clytia hemisphaerica)
CTATGCTTGTTATGTCTTCTACAATTTATTTTCTCTTGTTTGGAACATTG TATTCTTATGGTGTTTGGTTGCCAAGAATCATGGAAGAATTCAATTGTAA TCAAGAACAAGCTGGTAAGCGTCATGGTTTATTTTTTTGTTGGAAAGTTA ATTTAGAATGGCCGATGAAAGTTAGGCTTTGAGCTAGACGATCCTATCGT CTACACCATATCACTGAATAAGGGAATAATTCAGGAGGTGGGATAAATTT GAAAACGGAGTTTAGCTCGGGACGGAGTAAACAGTGGCGGATGTGTTTAC AGTGTTCTAAACTCTACTGCCACTATTTTCCCCGTAAATCACCATGATGG TTGTAAACTTTTCCTGCACTATCCATCCAACATACGATAGCATCGTCTAG CTTTAAGTGTGGAGTCAAGTTCTCCTTTTTAATCAGAGTAATGATACCAC TAGGTGAAGACATCGGCGCTCGAATCCCCACTTTTTTCAATATCCCACGT TCAGTTCTAGATACCTGAGCCGGCCTGTAAAAACAATCGAAAGAATGTCT GAAAATCCTGGATTACTGTTTACTGAAGGTCTTATTTTACGCCATCACCG CACTCTAGAATGCTGAGGCTGCGGGGTTATTGTGTAAAATAACGTTATTA GGGATATTAGGGCCCATGCTACTTTGACCTTAGAAAAGTATCACTACGTA TATTTTAAGGAATATGTACGACTTACCTTTTTTTCCATGTAGCTTGGGTT GGTTCAATGGCCAGTGGTTTATTGGTGTTACTTGCAATGCCTGCATCTAT ATCGTGTAATTATCTTGGAGTTTTCACGATGTCCATACTCGGTTCAATTA TGTGCGGATCAGGACTCATAATATCGTCACATCTTCAAAATATCTATCAT CTTTATTTATCGTTTGGAGTGTTGCTAGGCATTGGTTTAGCCCTTCTTTA CACACCGACTTTGGTCATGGTTGGACGATGGTTTGACAAATACCAAACGC AAGCTACTACTTTTATGATGATTGGAGCTCCAATAGGGTCGCTTATATTT AACCCGCTGATGGAGAAAATCATGGAGAATTATAACCTAAGGTCTGCGAT GAATCTCTATGGTATTATGTTCCTGGGAATAACATTTATATGCTCTTTTG GTTATCTTCCCTTCAGCCAAAAGCTTATCAAAAAAGATGTTGATATAGAA TCTAAATTGGAAAAGAATAAAATTGATTGTGGATTCAAGTTCCGTAAGAA ATTGCTTAGGAACAACGCATTTTGGTTGTTCTGCGTGTGCAGATTCTTTG CAATCCTGGCTTACTACGTCCCCCTGTTTCACTTGGTAAGTTATAAAGTT CCTTAGTCTTACCAAAAATTGGCATAAAACTTAACTATGTATTAGACAAA AGATTGCATTACAAACGATTTGTTGCTCAAACTTTTCTGAGAAATTTGAC GCCTAGGTTATAACTCAAATCAAATAAGTGACCAGGTGAGCAATTTTTGC AAGTTTGAATGATTTAGGAGTTAATTTAATCGGGTTGTACAAATGTATTA GACTAGCAAGCAACTGTCTTTCTTTGGACACAGGAACGCGGGAATAGTGC TTATCTATAAAGAGTTCTTTAAAAAAATAGAAATTGCCGCGGGAGAGTGG TTTGGAAACACAATTGTATTCAGTGTAAATAGACATAGAGTGCATTGCAA GCTTAAGCTGCAGCGAAATACAACGATACAACAATGGTTTATTAATCTAT AAATGTATCAATTTCAGATCAAATACGCAATGACGATAGGAATCAGCAGT TCAACAGCTAGTCTTATGTTAGCTGTATGGTCTGGAAGTAATTTGTTTGG TCGGATCTGTTATGGCTGCTTTATTGCAAATCACCGAGAAAAATTATTGG 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TTCTCGAGTCTTCAAAATCTTTCCGACATCTTCATTTTCTAGGTAGATTT TGTTTCTTTTTGAGAATCTCTACCATTCATTTTCAATATATTTTTCTCAA CAGGTGCGATGAACGATGCGAAATTATTGAGTGCAAATTACATGTTTGTT TTTACTGGTGGTACATTCATCCTTGGAAGTATTTTCATGAACTTTGCACG GATCACACATAATCGAACTCGTCAATCAGAGATTCCAAACACAGAGCTCA AGGATGTCTACAATACTGACCAGAACGAGAGCTTGGACGAATCACACTTA CAAAAGGATGTGTATATTACTAACCAGAAAATTTCTAAAGAGAACGTAAA GTCTTCGGAATTGCCAAAACAAACCTCAGTGGAAAATTTTTCATTTGATA ATAAAACTTTCGATGTTGATATTATCCGGAATGAAAAGGAGTCATTGTCC TCAGTTGATTTTTCTAAAGATACACAAAATGGGAAAATTGTCTGATGAAT TTGTTTTAATAACAAAGCTTTTGTCTATGCCAATGAAAACTGAAAAGAGC GATAAGAAATCTACCAAATGATCAAAAGAAAATAAAGAACACAGCATTGA AGATTTCGATATGGACTTAATGAATATTAATTTGAACACAAAGAATTTTA TATTAATGTAAAGAATATTCTATACTCGACAGGGCGTAACCGACGGGGGG ATACTTAGGCGAATTGGGCGCCGGGTAAGTACGAGCCATATTGGGTATAA TCATTTAAAAGCAATCGAGTCTCTGTAAGTGTTCCAAAATCACGAAAAAA AAAATCGGCTCCCTCAAAAGATCATGAATTTTTTTTTAATTTGGACTAGA ATTGAATTTGAAAATTTTGCTTGAAATCTTAGGGAAGCTGTCTCTTTAAG TGTGACAAAAACGTCAAGAATTTAGTGTCTCGCAGGTTCTATTTTCGTAC TTTGGCTCGTCTCGCAAACCTGGTACACCCCCTGCATAACCAGTAGCAAA CCCTTGTCAGACATCCCATTTGGAAAAGTTTGACCAAAATATCGTCCCAC TGGTAAAATTTCTCACTGAGAAATTGACTTTGATTTTATTTTCATTTAGC TTTCGTAAGAAATTTATATTCCCATTGGGGCTGCGAACAGGGATGTCAGC AGATGCGATAATACAGTATTATAATATTATAGATAATTTGTACAATTTTT ACATACATATATAAGAACCTTTATAACTTCAAACGATAGTGTACTTTAAT TGGAAGGTCTAGTAGAGACCATTAGTTTTTAAAATGATAATTAGTCGACG GAAGGTTAGACAAACAATGAACGGTATAATTCGATGTAATAATTTATTGC TTATTTTGATAATGTCTGGTTATTTTTATCTATTTGCCAAAGATAACTCA TGCCATGAAGAAATAGAGTCTCATTTGCTCGTTAGTCAGGAGTTGCTCAG CTATCGTGGTTAGCCATTTTAAATGGACATTCGAAGGTGGACGACCTTCG AGGGTGGACATTCGAGGGTGACCTTGAAAGACTTTGAAAGGCTTTGAACG AAATTTGATATTTGGAAAAGGAAAAAAGAATGAGTAATCAAATTTCAAAG CGCTCTTGAAAATGTTCAAATAAGAAGATTAGAAAAAGAAAAAAAATACA CACTTTCACAGTTATCATTTTGAGGCTGAAAATTGACCAATTGAAAGATC AATACAGAAAAGGCGCCAGAAATAATTCCTAGATGCTTAAAAATCGCTAG CGAAAAGCTTCATGCCAGAATGAGAGAGTTCCGATTTAAATGTCTTACTA GCCATAATTTTCATTAAAGTGCCACCGCAGAAGAATGGTCAAATAAATTT TTGAATTTGGAAAGAAATGTTACTGATAGCCGTTACTTCAGTTTGAATGG CATCTCATCTGAAGCAAAATTTAGTCTACAAATATTAGGAGGGGGCGTAC GGGGGTCACAGACACCGAAATACCTACGCATATTTCTTGGACTACCGTCA ACACCGACAGCAAAATTTGGTAAAATCCTTAATTTTGTCACCGTATGGCA TGTTTGACACCGAAATACCGTCACTTTTTTCTTCAAACACCGAATATTAC CAAAATAATGGTATATTATGGTTTGTTTATATCATACTAAACGCTACTGT ACTAAACTGCCATTTTACTGTAATATGCAAACGACAAGTTTTTGAAAGGA TGAAAATTTCTAATTTGCGTTGCTCAGAGCGGTTAATAAATAGGGAATTT CCCAACAAAAAAGGAATTTCCCTTAATTCGACTCCCTGAGGTAATAAAAA AAGACATATAGAGCTTTGAAAATGGGTAATCAGATCAAAAAAAATCCGGA AAAGTACAATACAGTCAAGCTAAGAATGTTACCGGTACACAATTTAACCG GAACTAAAATACTGAAAAACGTGCGCAAAATCCCGCGATGGCAATAGTAT AGATGTATATCATCTTTATTGGAAAACCGCATCAATGTTAACCCGAATGC CTTCTCGGGTAACTTAATGCGAGACTTAATGCATGTCGGGTAACTGCATG TCCCAAAATTGCATTAATTTTTCGCCCCCAGTTCCAGTTCATAAACAATA AAAAATTATATATTTTTGTGAGCGTAATTGGATGTAGAATATCGGATTTG GTGTTACTTAAATTTTTTCTCAGTATAATTAGAGATATCTTAAGAAAACC TGCTTATGACGTCATAATATTGATGACGTCATAAATACAAAATGTTGAAT ATCTCAAGAAATATAAATCAAAACTTTATGAAATTTGGACCAGTGATAGA GCACATTGAGATAATTCTAGACTAGTCATAGCTTTCACTATCCTAAATGC CCCCACTGAAAGGTCATGTCATGCACTTNAAAGTACAAAGTATTTCCAAA AATTGATGACGTCAGCAGCAACTGCAGAAATTCGAATTTTTGCAATAAAA TGCTGACATCAGCTAATTTTCAATTTTTTTGAAAACATTTCTCCTACTCT TGATGAGTTCTATCATTGGTGCAAATTTCATTAGCATTAGTTCTTGAGAT ATTCAACTTTTTAAATTATGACGTCATGAATAATGACGTCATAATTAGGT TTTCTTACAAAAACTCTAATTATGCTGAGAAAAAAATTAGGTATCACCAA ATCCAACATTCTATATCCAAATACGCTTCCAAAAATGTATACCTAATTTG TTATGGTTTAAGGGCTGGAATTCGGGGCGAAGACGAAAAGCAGATTTTGA ATAATTTGGGACATGCATTAAGTTACCCGAGTTGGTTTACCCATAAAAGC CCACGATTGTATCTACGAAACACAAGGTGAGAATTTTAGCTGTCAGCAAT AATAAGAATAAGTCTCTATAGAAGAATCTGAGATGAACAGCTTGTATTTC CATATTAATGATATGTGTAACCAATATAATATTTAAAAGTTCATTTTGTT CAGCTGCTATGGTAGCAAAAATCCTTATTCAATTATAGAATTCCAAAAGA CAAAAAGAGTATAAGGCATTAAAAATTCCACCAAAGATTTATCAGCTTCA AGCTGTGTTCATTCTTACATAATTGAAAATTATGGCAATTAAGATTTTAC ATTGATAATTGGAGGCTATGGAGACACGAATTTATTTAATGACTTTTCTT CCTCTCCATACATGTGGTTTACCGTCTCAATGTAGAAATATCATAAGTCA GACAAAAAATTATACTAGTCAAAGATTGATTAAATGATTCAGTGAGGGTA CTCATTAATCACCCCGAAGTCGACCTCATACCTAGNTTACATTTACCGTT TCAATGTAGAAATATATCATAAGTTAGATAAGAAAAATATACTAGAGTCA AAGATTGATTAAATGATACATATTCAGTGAGGGCACTCATTAATCACCCT GAAGTCGACCTCATACCTAGAGCAATTTAACCTTAACAAGAAACTCTTTG ATTTTACTGTTCTTCGTAGATTTTCGAAAAGAGGATATTTTCAATATGTT AAGTTTCAGAGCACCAACGGTAGATAAAAGCCTATGTTGGCCTATGTTTA TTTCTTCAATGATAATCTATTTTCTCCTGTTTGGAACGTTGTATTCTTAC GGTGTTTGGTTGCCAAGAATCATGGAAGAATTTAATTGTAATCAAGAACA AGCTGGTAAGCGTCATAGTTTATTTTTTTGCAGACAGAAATTCTCCCGAT GAAAATTTTCTGATCGGTGAGCCAAAAGCTAGAGACGAATCTCCTACGTA GGGTTTGAAACGACTTTTTTCATACATAAGTCTCATGGTCAAAGTGGTTT TCATACAAATGTAGTCTGCTATACTAGATTACTAATTCAGACATAGTAGA CACTAAGCGAATAAGCAAAAATAAGTAAGTAAGTCTGCGACCGCTGTCGG AAGCGACCCGAAGGCTCCTCTTTCGATACACCTATATCTACCCGAAGGTA GAGGAGTTTGTCACTCTTTCTCACTGGATTTCTTCACTTACCTTTGGTCC TTTTCTTAAATGTTGGGCATCAAGCAGAGCAGAAAGGCATCAAGTACCAT TTTGAGGATCTTTGGTATGACCTGAACCGTAGTCGGATGCTCTACCACTG CACCACGGTTCGCAAAAATAATGGAAGGGAGGAATTGTAAAAATCATCAT ATTATCATATAACGTACTCGTGCATAGGCGTATCGAGAATTTTTGAGGGA GTGCAGACGTTTATGACATATTCATTATCTTTTGATAAAACAAAGACAAT AATTACAGTGCCGTAAAAACCGCTCTCATACATAAATTTTGCAGGGTATC TCGCTACGACTATAACACCCCCTGATACGGATAGAGTTGAGGTAGCAAAA ATATTTTTAAAAGCATGCCACCCTATGGTTAAATATCTTTTTAGATCTAC AGCTTTGGGGTCAGCCTAGTTTCTAATATTTCGAAAACGTTCTTGAAGAC GGAACTGATGAACTACATGTTAGTTTGGTCTAACTAAAACTTTTCACACC TGACCACTTAACTTATTCTCAAATATTGCATGGCATGTTCACTTTGACAT TTTGACAAATGTTCTTGTGTAAGGAGAGATAGATATTACAAAGTACTCAT AAAAAAAAAACACATGTTTGAAACTTCAATTCAGCTGAGTGGATTTTATT TTGAGATTCGACAAGAGGATAAGAATTCATGGCTCAGGCAGAGCTCAAAT ACTCTCCTTTACATCTATTTTACAATATAATCTTGCACTGAGGCCCCCTT TTGGTTTGGATTAAGGTCATTAAGAGGTTAAACTATNATGGAAGGGAGGA ATTGTAAAAATCATCATATTATCATATAACGTACTCGTGCATAGGCGTAT CGAGAATTTTTGAGGGAGTGCAGACGTTTATGACATATTCATTATCTTTT GATAAAACAAAGACAATAATTACAGTGCCGTAAAAACCGCTCTCATACAT AAATTTTGCAGGGTATCTCGCTACGACTATAACACCCCCTGATACGGATA GAGTTGAGGTAGCAAAAATATTTTTAAAAGCATGCCACCCTATGGTTAAA TATCTTTTTAGATCTACNCGGTCAACAACAAGTAATCAAAATTTTATACA GACAAGTAGTGTATCTAGAGTATTTGTTGATCAACTAGATTTAGATTTTT CTTCTTCAGAAGAGGCTGGTTTAAATGTACAGAAGGCGAGTCAAGGCAGA AGATTGACAAAAGCCAATACAACTCAAGTAGAATAATATATGGTAAACCA GGAAATCAGTGTTTTTGTTTTAAAGGGTGACAATTTAGTTGAATAAAGCT TGGGCATAGAAGATGAGCTAACAATTTTCTGGAAATATTCCAGACCAAAG TATACACAGAACATCGACCAACATTAACAGGCATAAAATGAAAGTTTAAG GGAAAATTCCGTTTATTTACGCATACTGCAAAATCAGTCTTCTTTCTGCA GTAAAATTGAATCTTGGAAAATCATGAAATTAGTTCTTGGTTAATTCAAA GGCTAGGCCAGTGGCACTCCAGATGTTACAATAAATACGAGAGCTTTGTG AGTGTGTTATGTGTGTTTATTTCCCAGGTCGGGTCCTAGTTAAGGGGAGT CACTTCTTTGAGAGAATTTCGAACGGCGGTACGGTTCTCTCAGAAACTTC GACAGCCGTCTGGTAACCTCGACAGTGGTCTGGTTACCTCGGCGGCGGCT TGGTTTCAACCATAAAAGTGTCTCAGGTCGGGTCCTATTAAGGGGAGTCA CTTCTTGAGGGAATTTCGTAACGGCGGTTCGGTTCTCTCAGAAACCTCGA CAGCCGTCTGGTAACCTTGACGGCGGTCTGGTTACCTCGACGGCGGCTTG GTTTCAACCCTAAAAGTGTCTCAGGTCGGGTCCTACTCAAGGGAGTCACT TCTTTGAGGGAATTTCGAACGGCGGTTCGGTTCTCTCAGAAACCTTGACG GCGGTCTGGTTTCAACCCTAAAAGTGTCTCAGGTCGGGTCCTACTCAAGG GAGTCACTTCTTTGAGGGAATTTCGAACGGCGGTTCGGTTCTCTCAGAAA CCTTGACGGCGGTCTGGTTTCAACCCTAAAAGTGTCTCAGGTCCGGTCCT ACTCAAAGGGAGTCACTTCTTTGAGGGAATTTCGAATGGCGGTTCGGTTC TCTCAGAAACCTTGACGGCGGTCTGGTCTGCAACCATTGTCTTGTTTTGG GGATACCTTCGGTTGGGACTAAATTTTCCCCAAAACTGATTATGGGTTAG CCAAATATGTGAACGCCAAACTTAATTGAAAAATGTCTCAATCTATTCTA CTCCCCTCCAAACACATGAACGAATTTGGAAATTAAACACAGATCTAATA TGAAAACAAAAAGAAAGATTTAATAATGCAAAGATCTAGCCCGGGGTCCA CTCAAAGCCTTTTTTATAGACTGATGACACGATTAAAGTGGCCCAGTAGT ATGTGGTAATACACAAAGACGGACAGAGATAGTTATTTTTGAATACCGCA GATGGGTAGGCTATCGCCATTATTAGCTGTAAACCCTATGTAGGGTTATT TTCTCCCTGTTTGATATTCTTATAAACGGGAAATATATATCGTTTTAATT TCTAGAAACATCAATTAAAAAACTATTTATCGTCATGTTAAGATTCAAAT CACCGACCGTTGACGCAGGTTTTTGCTGGCCTATGCTTGTTATGTCTTCT ACTATATATTTCTTGTTATTTGGAACGTTGTTTTCTTACGGTGTTTGGCT GCCAAGAATCATGGAAGAATTTAATTGCAATCAAGAACAAGCTGGTAAGT GTCATCGTTTATTTTTTTGTTTGAAAATGTTAATTCAGAATGGCCAATGA AAATTAGGCGTTGAGCTAGACGATCCTATCGTCTACACCATGTCACTGAA AAAGAAAATAAATCGGGAGGCGGGATAGATTTGAAAATTGAGTTTAGCAT GGGATGGAGTAAACAGAGGCGGAGGTGTTTACAGTGTTCTAAACTCTACT GCTTCTATTTTCTCGTAAACCACCGTCATGGCTGTAAACTTTTCCCGCGC TATCCCTCTAACGGACGATAGCATCGTCTAGCTTTGAGCGCGGAGTCAAG ATCTCCTTTTTAATCAGAGTAGTGACCACTAGGTCAAGGCATTGGTGCTC AAATCCCCACTTTTTCCAATATCCCACGTTCAGTTCTAGGTAGCTGAGGC GGCCTGTAAAAACAATCGAAAGAATGTCTGAAAATCCTGGATTACTGTTT ACTGAAGGTCTTATTTTACGCCATCACCCATCTCTAGAATGCTGATGCTG CGGAGTTATTGTGTAAAATATCGTTATTAGGGATATTAGGGCCCATGCTA CTTTGACCTTAATTTTTTTACTTACTTTTTTTCATGTAGCTTGGGTTGTT TCAATGGCCAGTGGTTTATTGGTGTTACTTGCAATGCCTGCATCAGTATC GTGCAATTATCTTGGAGTTTTCACGATGTCCATACTCGGTTCAATTATGT GCGGATCAGGACTCATAATATCGTCA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_001224XLOC_001224Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00002318-exon-sc0000019-1575043694:542337..542450TCONS_00002318-exon-sc0000019-1575043694:542337..542450Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00002318-exon-sc0000019-1575043694:531575..531711TCONS_00002318-exon-sc0000019-1575043694:531575..531711Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00002318-exon-sc0000019-1510915933:542337..542450TCONS_00002318-exon-sc0000019-1510915933:542337..542450Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00002318-exon-sc0000019-1510915933:531575..531711TCONS_00002318-exon-sc0000019-1510915933:531575..531711Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00002318-exon-sc0000019-1491911889:542337..542450TCONS_00002318-exon-sc0000019-1491911889:542337..542450Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00002318-exon-sc0000019-1491911889:531575..531711TCONS_00002318-exon-sc0000019-1491911889:531575..531711Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000019supercontigsc0000019:531575..542450 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0 0 0 0 111.894 85.7052 55.9504 22.6429 3.38758 5.68932 1.84514 1.4686 2.00747 0 0 0 0 0 7.75399 0.839411 2.08116 1.87831 0 0 0 0 0 0 0 0
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00002318 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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