TCONS_00001847 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00001847
Unique Name	TCONS_00001847
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	2771

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000012:922168..933218+

transcript sequence

>TCONS_00001847 ID=TCONS_00001847|Name=TCONS_00001847|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2771bp
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AGTATCAATAAGCTAAAAATC

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000012:922168..933218+

Legend: exon

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>TCONS_00001847 ID=TCONS_00001847|Name=TCONS_00001847|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=11051bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000012:922168..933218+ (Clytia hemisphaerica)
TTACAGGTTACATAGACATTAATTAATAATAGAAAATGGCTGAGCAATCT
GTAATTGACTCTGTCAATACTGGTAACCCTGAATTGGATTCCAAAGTCAA
GGATTGGCTTAAATGGGACAAGGTAACTAAAAGAGATTCAAGCTTCATAT
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TAGGCACCTACGTGTATATCTCATATGGCCGTATGTGAGCCATTTGAATT
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GATGGCGCTCCTAAGAAGACATCTAAACCTGGATTAAGTTATTTTCGTGT
ACAACTGATTGTATAAAATTCATTTCTAACAGGGTTTATGCAAATATTTG
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CGCTCGTTATGGTAGTCACAGGTAAAGTGAAGCGTTTTCGTGCCATCCTT
CGATACTGCTACCTTTAAATTTTCGCATGGTCTTATTTTCGCGGATAAAC
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AGGCCGCCTTGGTGTTTCTCCTCGATCCCTACTTATTAAGTAGTATTAAG
TAGTGTCAGTTTTAATAGCTATTCTACTTACTCCCAATAAGTATGCTTCA
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CTGAAATGGCTACCTATTTGAATTCGAAAGGAAAAACCGTAGCTGAACAC
TTAGAAGAACTTTATCAAAGGTATTTTCAACATAATCATTCTGTTTGCAT
CTCCGAGGTATTGATTTCATGATTTCACCAAGAATCTTAAATAAAAGAGA
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AAAGATCCTCAAAATCGTTTGCCTGACTTTGAATAGATTATTGTACAGTA
TATTCCATATGTTCAGAAGGCATCGAATTTAATTGGATTTCGAAGCAAAA
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GCTtgactgtttttttataatttaagTATGGTTAAGTTTGGATTTATTGA
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TTGCCACTCTCTTGAGAATAAGACAATAAGTTACGAGTCACAAGTTGCAT
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TAAAATCACGAGTTGCAAAATAAATCACGTGTATCGAAACTTACGATCCC
GGGCTGTCGCCTGTCGCGCCAAGAccacaaaggaaattttcttcaacata
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ATCCTAGGTTTATACCTACCGGCACAGGACTGAAAAATCAGCTGGTCTCA
TATAATGCCAGTTGTTATTCTTGACATTTTTTcgatatttaatttttcaa
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GTATTTAAATGTACATTTCCCTAGCGATCAAAGAAGAACTTCAGATTATT
TTTGTTGGATTTTGCTATCAAAAAATCGAGTCTAACAAACTGAACTCAAG
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AGCATCTCTTTTACTCTTTTGTTTTCAGTATCCATCGAAAGTAGGACCGT
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CTTTCTCGAtagatttttacaattttgttagtctttttctttgtcatttg
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AACATGATTACTTTCAAATTCGATGAAGGATGTGTGGCCACCATTCGAAC
AAGTGGCACTGAACCTAAAATCAAATATTATTCTGAAATCTCAAGGCAAC
CGGGTGACAGGTATGTTTTTGGTATCATTTTTAAACCGGAAAAACAAGTC
TtaagctttttttattttgctactTAGAAACGCGACTGaacgcaattaaa
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aatatttattttacacggccaattttcggGTTGTTTTGCCGATGGCACAA
ACTTCGGCTAATTTCCTTTCTCCTAAGCGTGACTAAAAAAGAACTTGACT
TGTTTGAATGTTTGTGGCGTGTAAAGGGATAATAGATTGTGGTCCCCTAA
TAAGGTGAGGTGGATTAGGGAGTCTTTGTTGTTCATTTTTTCGATGAAGA
TAATAGACACTTCATCTTCTTTTTAGTATGTGGGGAGAGGGTAGATTATA
TCCTTACTTAAGAGATTTGAAATGATGGTTTCAGGTGGCAGACAAAAAGT
CTCGGTCAAGTGGGCTTTCAGTTTTCTTCCTATTGagattttctcttctt
ttcttcctttgaaatttcttgaaaGTAAGAAGTTGACTTTAACAGagaca
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ACTTTTGAATCAGAAGaggaaataaaattgaattaacCCAAGTCTCCTCC
TTTCTTACCAGTGGGCTTTTCTTCATCCGAGATATGTGACAGCAAAAAAT
TATTGGATCAAAAAGTCACTTATTTCATAATCATGTTTTTCTTATATTCT
GCCTGAACAAATCCCCATCTTTTTGGCACAATTGCTTTTCCAATGTTAAG
ATATTTAGTTTTGAATGTACACTGTTACacgagtttttttcaaaaaaatc
ttcctGTTAGTTTTAGGAAGATTAacgttttggaaaaatttcgaGGTTTC
CCTCAGGTCTAATGAATAATGGTCCGCTATTTTCAGTATGTCATGGGAAG
ATGCCGGTAAGAAGATCGACGAATTAATTGAACATTTAGTGCAAGAATTA
TTGGAGCCTGAAAAAAATCAACTACAAAGACGTCCAGTAagttaactttt
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tatAACTAATTTATACAATGCCGTTCTGACAATCCGTACTTAGAACTAAT
TTTTAACATGACCGTAGTGGCTTTCGCACCCTGTTTCAGTTGTTTATTTC
CCTCAGTGCAGTCGTCAtctttttaagaaatatttaaacTCTTTTTAATG
TAGtgtttgggaaaatcatctaaaatattcttacggtattcatTCTTAGG
TTAGCATCAAAGTTCAACCTAAATTTAATATGCAATAAATAACTGAAaaa
ggaaattatttttttgcaaaaaatgtggAGCTTTACTTGGGGATAATTAG
CAGAGTTAAGAGTAAGAACCATCTAAAAATGGTATTCTTAACTTGAGTag
aaaaattccatgatggtgatatttttagtctctattcttgaatttttagc
caatttggtcataaaaattcttataaaaaatctttattctTTGGGCAGTA
GGTAGCAAACATTGTAAGCTTTGTGTTCAGTTACGTTTAGTTTTGTTTCA
TGTCACCTCAACAAATTTAATAAaagaatacaataaaaaaagatattttt
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TTATCTATACAATTATTTTGTAGAAATAGAAAAGATAGAAAAACTtgatt
caaatttaaaaatttcgttGTTTATTCGAATGATGTGAGTAATCGAATCT
CGACAGGGGGTTTGCTCTTTCTTATCCAACAGTATCAATAAGCTAAAAAT
C

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_000976	XLOC_000976	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000012	supercontig	sc0000012:922168..933218 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
21.2303	21.6664	4.86906	4.0193	5.93283	3.86622	8.18955	9.95773	5.49851	8.27599	8.84978	4.59429	13.3169	13.8298	19.9165	24.0114	17.9054	17.8883	10.9602	10.5565	21.3762	23.6165	28.9605	30.2582	11.1098	21.6154	45.8511	35.5949	63.8071	42.4828

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00001847 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: PGM2 (Phosphoglucomutase-2 OS=Homo sapiens GN=PGM2 PE=1 SV=4)

HSP 1 Score: 632.869 bits (1631), Expect = 0.000e+0
Identity = 311/599 (51.92%), Postives = 399/599 (66.61%), Query Frame = 3

Query:   75 NPELDSKVKDWLKWDKNEQTSSEIQNLLKMKDYEALSKCLLKRMEFGTAGLRSALGAGFSKMNDLTVIQASQGLCKYLIGQFEDIKERGVVIGHDARY------GSHRFARLSAAIFLHCGIKVYLYSDIVCTPFVPFGVVKYNCVAGIMVTASHNPKEDNGYKVYYSNGAQIIPPHDKGISDSIMANLEPLATSWDEDIHKTSPLCIDPLDEVMNDYMKTIQTHCHHRDVNKTSTYNITYTAMHGVGERFEIEAFKAFSLKPFFTTPEQAKPDPDFPTVKYPNPEEGKGALTLAMKTAEANNSSFIIANDPDADRLAIAEKNKDGAWKIFTGNEIGLLLGWWSFNKHKEQNPSLYPGDSVNMIHSTVSSMILQSIGKVEGFKVHETLTGFKWMGNVADELQKGKKHVLFAFEEAIGFMFGTQVLDKDGISAGAIISEMATYLNSKGKTVAEHLEELYQRYGMHISNNSYLICHSQPTIKSIFHRMRTME-NGSYPSKVGPFKVLGVRDLTGEGYDSSTPDKKPTLPTS-SSNMITFKFDEGCVATIRTSGTEPKIKYYSEISRQPGDSMSWEDAGKKIDELIEHLVQELLEPEKNQLQ 1847
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Sbjct:   12 DARLDQETAQWLRWDKNSLTLEAVKRLIAEGNKEELRKCFGARMEFGTAGLRAAMGPGISRMNDLTIIQTTQGFCRYLEKQFSDLKQKGIVISFDARAHPSSGGSSRRFARLAATTFISQGIPVYLFSDITPTPFVPFTVSHLKLCAGIMITASHNPKQDNGYKVYWDNGAQIISPHDKGISQAIEENLEPWPQAWDDSLIDSSPLLHNPSASINNDYFEDLKKYCFHRSVNRETKVKFVHTSVHGVGHSFVQSAFKAFDLVPPEAVPEQKDPDPEFPTVKYPNPEEGKGVLTLSFALADKTKARIVLANDPDADRLAVAEKQDSGEWRVFSGNELGALLGWWLFTSWKEKNQDRSALKDTYMLSSTVSSKILRAIALKEGFHFEETLTGFKWMGNRAKQLIDQGKTVLFAFEEAIGYMCCPFVLDKDGVSAAVISAELASFLATKNLSLSQQLKAIYVEYGYHITKASYFICHDQETIKKLFENLRNYDGKNNYPKACGKFEISAIRDLT-TGYDDSQPDKKAVLPTSKSSQMITFTFANGGVATMRTSGTEPKIKYYAELCAPPGNSDP-EQLKKELNELVSAIEEHFFQPQKYNLQ 608

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00001847 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00001847 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
PGM2	0.000e+0	51.92	Phosphoglucomutase-2 OS=Homo sapiens GN=PGM2 PE=1 ...	[more]

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TCONS_00001847 (transcript) - C. hemisphaerica