TCONS_00001800 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00001800
Unique Name	TCONS_00001800
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	2345

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000012:655472..663390+

transcript sequence

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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000012:655472..663390+

Legend: exon

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>TCONS_00001800 ID=TCONS_00001800|Name=TCONS_00001800|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=7919bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000012:655472..663390+ (Clytia hemisphaerica)
CTTGTTATCGTTACAGAGTTGTTTGGTGCTCAGGGAGCTGAATTCTTAAA
AAGTTTTGGAGCGCATCACAATTTCTTTGAAATCAACGCGTTTTTCATTG
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CTATTATGGAGCGTGCATCTCAACAAAGgatcaaagatttttcttgaaat
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CCTCGAAGAGAAACCCTTagttgtttttaatcaattactttttatatttt
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tgttttatactGAATTTGTTTAATGAACTATCCCAATTTTTTGGTAcagt
atttgatttttttaagcca

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_000965	XLOC_000965	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000012	supercontig	sc0000012:655472..663390 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0	0	0	0	3.70504	1.06764	0.000234861	3.27681	3.05248	17.7628	1.61839	13.3283	1.05884	1.50311	3.67848	0.98718	0.41451	0.312605	0	0.18028	0	0	0.424612	0.192517	0.122448	0	0.77346	0.237066	0	0.411802

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00001800 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: GHC2 (Mitochondrial glutamate carrier 2 OS=Homo sapiens GN=SLC25A18 PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 274.633 bits (701), Expect = 1.664e-84
Identity = 150/316 (47.47%), Postives = 200/316 (63.29%), Query Frame = 3

Query:  309 SFSAKLINGGIAGSIGTCCVFPLDLAKTRIQDQRTFSKTTGQAATRLYKNVFHCMYIVGKTEGVRGLYKGLGINLFLVNPEKAIKLAVNDQCRQHLGSKQGSMLPLRYEAMAGGLAGMCQIFITTPMEFLKIQMQVAGRNAESAQ----------------------TSAVKVAVNLMRQRGIAGIYKGTGATFIRDVPFSCVYFPLFSYLNSLGYKD-GRKPHPVHSLASGLGSGVFSAVLVTPMDVVKTRLQVLKRMEGEPIYNGWSDAVSKIYRNEGLSAFFKGAITRAIVVAPLFGIAQMVYFVGFAETIME 1187
            S +AKLINGG+AG +G  CVFP+DLAKTR+Q+Q       G+A   +YK +  C+    + EG  G+Y+G  +NL LV PEKAIKLA ND  R+ L  + G    L+ E +AG  AGMCQ+ +T PME LKIQ+Q AGR A   Q                       SA  +A  L+R +G+AG+Y+G GAT +RD+PFS +YFPLF+ LN+LG+ +   K    HS  SG  +G  +AV VTP+DV+KTR+Q LK+  GE +Y+G +D   K++  EG SAF KGA  RA+V+APLFGIAQ VYF+G  E I++
Sbjct:    7 SITAKLINGGVAGLVGVTCVFPIDLAKTRLQNQH------GKA---MYKGMIDCLMKTARAEGFFGMYRGAAVNLTLVTPEKAIKLAANDFFRRLL-MEDGMQRNLKMEMLAGCGAGMCQVVVTCPMEMLKIQLQDAGRLAVHHQGSASAPSTSRSYTTGSASTHRRPSATLIAWELLRTQGLAGLYRGLGATLLRDIPFSIIYFPLFANLNNLGFNELAGKASFAHSFVSGCVAGSIAAVAVTPLDVLKTRIQTLKKGLGEDMYSGITDCARKLWIQEGPSAFMKGAGCRALVIAPLFGIAQGVYFIGIGERILK 312

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00001800 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00001800 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
GHC2	1.664e-84	47.47	Mitochondrial glutamate carrier 2 OS=Homo sapiens ...	[more]

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TCONS_00001800 (transcript) - C. hemisphaerica