TCONS_00000208 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00000208
Unique NameTCONS_00000208
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length1142

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00000208 ID=TCONS_00000208|Name=TCONS_00000208|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1142bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000001:1202685..1243453-

Legend: exon
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>TCONS_00000208 ID=TCONS_00000208|Name=TCONS_00000208|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=40769bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000001:1202685..1243453- (Clytia hemisphaerica)
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TGTACTAACGCGACAACTTTTCACAATTGTATTTTGGTGAATTTTTTAAT ATCACTTGATTTTCGGCTTTTCCGTGAAAATCTCCGCAGAAAAAAGTCTT TCGGTACAAATACTATACAAAAGAAACTCAAAATTGCTGAAAATTCTTCA TCTTTCTTCACATTGTAAAAAGCCTGTAAAAGTCAGATACAGTATGCCTG CTATGACATGGAAGTATACAAGTCGTAAGAAGAAACGACGGACGATTCGG ATCAATAGTTTGATTAAGAAATATGTAGTTCCTGATCATATACGATTGAA AGTTCAAGTAATTAGTGATTTTCTTCTATTTTTACTTACATACCAACTTT CCAAGCCGACATCAGGCATCGTTTTAAAGTACCCTTTATGAACTTTAGAT GAACGAGCGTTATGGTGCTTTATACCTAGCGGGATAGGCAGGTAATAGAA TATTTTGTTGACTTCACTTTGTTGACATAATGCCAGCCTTTCCATAAAAT ACTGTATAGTGATTGAATCTCAGGTTTGATATGATGTATTAATATTTTCC CACCATAGTCTAAGGTATTATTAATGACTACAAAAAAAATCCCTAAGATT CGAACTAATATCTTAAGAAACTAAGTGATCAATTACAAAATCATAAGTTT TGAAAAAGCAGGATTAGGGTATCCGTCCCACACTTTATAAAAAAGAGTGG AGTCTTTTATAAAGAAGGCGGGGATATAAACAGCCTTAATCCTCCAACGT AAACAAAGCAAGGAATAGAGGCTATGAGCTCCTTTAGTGGGGAAGGATAG ATGGATCAGATGGTAAAAGGGGGAGGCGCAAAATATCATGAGAATCAATA GGTGCTTGAAAAACGTATAGTTGAAAAAAATCAAATTAAAAACAACAAGA GCTTTATCGTTAAATACGGTATAGCTAGAAGAAGGGTTTTAGCTTTTGAA 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GCTCGGTTTATGGTAGGGAGATTGCTGACAAAATCGTTAATCGTTAAGGT GGTCGTTAACAAACTTTTTGAAAATGTCAAAAAATATTAAAATTGAAATA TCTCAAAATGTATAAATGATATATTGTTGAAATTTTGTATCATGATACTT CATTATTATCAATATCTAAAAATAGAAAAAAATGTAAGAAATTTTAAAGA CGGGGGTCATGACGTCATTTCTAAAAATAGATATCAAAATCTTGTGGCAG AAGAATCTCAACAACCAGATGGAGTTAGATTTTGATATTTGGCAGTTATG TTACAATATTGACCTACTGTGTTTTGAGTGAAAAAAATTTTTAAAAAAAT CAAAAACCGGGGGTAAAAACGCAAAAAAATGTTTTTTTAAATTTTGAAAT CAACAAGACATTTTTTGAAAAATCTGTTTCACTCAAAACACCCCTTGCAC TAAGAGAAAGCTGTGTACAAAATTCCAATTAAATCGGACCAGCCAATCCT GAGATTCTTCCGCCACAAGATTGAAAACCCCCGGTTTTGCTGTTTTGCGT AAACTGGCCTTAAAATTAATATTCCTTTCGGGTAGGCGAAATATTTCGTT CTCTGGGCCAAAACATGGCCCTTGAATGTTACAGTCTAGGAAAATGCGTA GATCTTTATCTTACAAAGAATGATTTCTTCTTTATAGAGGTCAAAGAAGC ATTTGCAATTTTCGATAAAAATGGTGATGGCACAATCACGACGAAAGATT TNCATTTGCAATTTTCGATAAAAATGGTGACGGTACAATCACGACGAAAG ATTTGATTACGGTCATGAGGTCGTTAGGGAAAAACCCAACAGAAGATGAA ATTGACGACATGATTAATGAAGTGGATACTGATGGTGAGACAAGATTTTG CATTGTTTCGCTATGCTTTTAATGCAATTTTGATTGCTCTAGTTCTACCC AAATACATACTTTTCCAAATTGGCTATTCCAATAATTCTACCAAGTCACT ACGGTAATCCGCTTTGGAAGGTCAATCCAACATTCATAATTGCGCTGCTT TAGCCTAAAAACCATAGACCTATAGTTCCAATTTAATTTTTTTGTTTTCA CTATAGGTAATGGAGTGATTGACTTCATTGAGTTTCTGGAGATGATGGCC AAGATGTCAACAGATGTTGATGAGACAATCAAAGAAGCTTTCTACATCTT TGACAGTGATGGTTCAGGTGAGAAATCAATTTTTAGGGGTTATCTCCTCC ATTGGGGCTTTTCCAGAACTATACTGTAAACCCCCTGTTGAGGAGGTCCA TTTCCGTTCCAATGGGGTATGGTTTGATATGTGGTGGTGTTCAATAAAAA TAACTGGAATTACATCGACTTTGTTTCAACCATCAAATTAATCCTAGAAA AATTCAGAATCTTAGAGGATGTTAAACCTAAATTTTCCATTTTTCTGGAA AAGCCAATTGTCGCTAAGTTTAACTGGACAGAGATATATACAGCGCCTTG TAAATTTAAATGCAACTCACTTAGTTCTTATTGTCTGGTTATTTGAGTTC TCGTGTAAAATCTTCCCGTTCTTAAGTCCTATTTTGAACCCCTTTTGAAA ACAAATAAGAACTAAATTTTCAAAATTTCCTCTAATAATTTTTAGAGCAA TTAAAACTTCAAGTCAACGTTCACATGAGTTTTTTATGGGTATTTCGGTG GGGTATAGGATGGAAATATTTTTCAAGCGGGATAGCAGTATAACACGGTC TAATCGTCTTATTATTTATCAGGTGCCATTAGTTCAGAGGAGTTTCGTAA AGTGATGATGACGTTAGGTGCTCAAATGACTGACGAAGAAGTGACAGAAA TTATTGAAGAGGTTGATGTGGATGGTGATGGTCAAATTAATTTAGAAGGT GCGTTTAGTACACTTTCTCTTTTCTTAAGCAGCCATGTGCAAAGGTAGAG CATCCAGCTACGGTGCACAAGGTCGTGGGTTTAATCCCTGATTGAGTATA TCTTTGTACTTAGTGCTACAATGGTGCTTGATATATCACTCAGCTTGCTG CTCAGCACTTAAGAGAAGGATCAAGGGTAAGTGGAGCAATCCAGGGAGAA AAAGTGACGCCTTCCTCTACCTTCAGGTAGATAGCTATCGAAAGAGGAGC CTTCGGGTCGTCTGCAACTGCGGCCACAGATTTGATTATTTACTACTTAG CAATTCTTACTTTTTAGAATTCGTTAACATGTTGAAAGGTGGAATCTAAA GAAAACACTATAACACAACCACTACAACAAATTATAAATGAATTTGCAAC AATCAACAAAAACGAAATTAATAATTCCGACCCCGACATTGTGCAGTGAA TAAAGGCGGCGAAAAAATGTGAGCAGAAAAACATAACTTGCAACAGCTTT CGAGTCTTTGAATACGATTGTTTTCCGACATGATCCGTTATTGTTATTTG AGCTGGCGCATGACGTCTATTTGACGTTGTTTGGGATGTTATGGACGCAA GATGAATGTTACTTTGACTTTGTGTACCCGCTTGAATGCGAGTTGTTGGC GGAATTGGAGGAAAACAGAACAAAATGGAAATCTGATGATCGTATGCAAG ATTGAGAAATGAATGAATCCATTCACAGAAAAAAACGTTGAATATTATGA ACAATTTTAAAATATAAGACAAAAATATTTTTAATACATAATATCTCTTA CGTGCGTATTTCAGGAACTGAGCAGAATTTCTATGTCTTTCAATGTGCCT TTGGCGAAAGAAGAAATAC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_000112XLOC_000112Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000001supercontigsc0000001:1202685..1243453 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0 0 0 7.23851e-10 0.836877 0.02323 1.19973 0.00480111 0 0 0 0 0 0 0 0 9.00573 5.26045 0 0 9.03365 3.50582 1.27958 0 0.000525839 0.00028732 0 0 0 0
Blast
BLAST of TCONS_00000208 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: CALM3 (Calmodulin-3 OS=Homo sapiens GN=CALM3 PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 137.887 bits (346), Expect = 1.331e-38
Identity = 85/130 (65.38%), Postives = 103/130 (79.23%), Query Frame = 2
Query:  224 FAIFDKNGDGTITTKDLITVMRSLGKNPTEDEIDDMINEVDTDGNGVIDFIEFLEMMAK--MSTDVDETIKEAFYIFDSDGSGAISSEEFRKVMMTLGAQMXXXXXXXXXXXXXXXXXXQINLEEFVNML 607
            F++FDK+GDGTITTK+L TVMRSLG+NPTE E+ DMINEVD DGNG IDF EFL MMA+    TD +E I+EAF +FD DG+G IS+ E R VM  LG ++TDEEV E+I E D+DGDGQ+N EEFV M+
Sbjct:   17 FSLFDKDGDGTITTKELGTVMRSLGQNPTEAELQDMINEVDADGNGTIDFPEFLTMMARKMKDTDSEEEIREAFRVFDKDGNGYISAAELRHVMTNLGEKLTDEEVDEMIREADIDGDGQVNYEEFVQMM 146          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00000208 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
CALM31.331e-3865.38Calmodulin-3 OS=Homo sapiens GN=CALM3 PE=1 SV=1[more]
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