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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00000027 ID=TCONS_00000027|Name=TCONS_00000027|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=364bp
atttcttcttctttttttctttcaaatcaaaaaaatacttAAAGTTATAT
CTGGAAGCGTTTGCGTCGCTCTTCACACATATTCTTTTCTCATGGAAATT
AATATTTCCACAAACGCAGGTTTTTCATATCATTATCTACGCGTTTACTA
TGGCTGCAGTGCATCGGAGATTTTTACAGAGATGGGGAGCATTACTTTTA
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CGCAGATGTTTGAG Run BLAST on NCBI protein sequence of TCONS_00000027-protein >TCONS_00000027-protein ID=TCONS_00000027-protein|Name=TCONS_00000027-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=120bp
FFFFFSFKSKKYLKLYLEAFASLFTHILFSWKLIFPQTQVFHIIIYAFTM
AAVHRRFLQRWGALLLGNDKIAIIHFLQGQGLLSVVKMCQTCGSPMQLEA
NRQCRDGFRWRCNRPCRRCL Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000001:731951..744536+ Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00000027 ID=TCONS_00000027|Name=TCONS_00000027|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=12586bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000001:731951..744536+ (Clytia hemisphaerica)
atttcttcttctttttttctttcaaatcaaaaaaatacttAAAGTTATAT
CTGGAAGCGTTTGCGTCGCTCTTCACACATATTCTTTTCTCATGGAAATT
AATATTTCCACAAACGCAGGTTTTTCATATCATTATCTACGCGTTTACTA
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GGCAATGATAAAATTGCAATCATACATTTTCTACAAGGACAAGGTTTACT
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gtttaacaatccaacctagtccactgtttaacaatccaacccagtccact
gtttaacaatttaacctagtccactgttaaacaatccaacctagtccact
gtttaacaatccaacctagtccactgtttaacaatccaacccagtccact
gtttaacaatccaacccagtccactgtttaacaatttaacctagtccact
gttaaacaatccaacctagttcactgtttaacaatccaacctagtccact
gtttaacaatccaacctagttcactgtttaacaatccaacctagttcact
gtttaacaatccaacctagtccactgtttaacaatttaacCTATAGTCAT
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GTAGACTTTTCTTCATTTCAACCTTGGCATGtttttaagatgttcttaat
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AGAATTAATTTTCGTGATTGACCCATTTGACTCCGATTTAACTAAAATCA
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TCAGCACTTTTCACAGGAACTTACACAAAACAATTTTACTGACCACTGTA
CATTTCATAAGTATTCCTCGCACCCAAGACAAGTATACATCGCACCCAAG
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TGTTTGGTCTAGTCCATACCAGTCCctaaaaaagaattacaaaatcATTT
AATTGCCTATCCTATTGATTATCAAATGACGTTTAAACCCAATAAAAATT
TAGGACTAGCTGTTTTATTCCTTGCAAGAGGGACGAGATTGAATTTTTAC
AAGCTCTCATTTGATtcggttggtcgttaaccagtaataaaacaattttg
ttactttttctaaaggacACGTCATtgttattacttcaaatgaccaatta
ttaaagtatcttataaaaacttcatctCATCTGTTATGAGAGGCCTGCCA
GTGTCACGTAGCTTCAAATGCATTTCTTTCCGattgaaaaataattacct
cCACATGAACTCGTTCATGTAACTTTGTAAATTGGCTCGTTCGACACCTT
TCATAGCTTTCAGTTTCAGCTTAAAACGGTTCCAGTACGATTCAATGttc
taatgaaaaaaaagaaagggtttgaaaaaaagtataaacttttctaaaat
ataaaaacgttaaaaatatcatttttcaaagcttttacTTTTAGGGGTGG
GGTGGGGTTTTTAGGGACCTGCAAACTTTACAAGAATTTTACAGAGAACT
AAAAAAATGTACCGAGCCCAATGgctaattttacaaaaaattattgTCTG
GTTACCTGTGTGTGGGCTCCTGTTAGAGGATCGACAAAGTTGTATGTATG
GTTTACGGTATCGTGTTGTATGCAGTTCGGTACAAAGTTTCGAAGCCTAT
TGTAAGCACGCCATTCATCGCTATGTATGACAGAGTTAGGGTTCAAAACC
CGATTAATTACAGCAGTGAGAGTGGGCCTATTTCGCCTGTTCACAATTTC
CATATAGCCTTTGGCGGGTGTGTATTGAGTATCGGCCAAGCCAAATACCC
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CTttggaaaatattcaatttttttgttaagACTAAACTGCAAAATATGCA
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GAATTGGCTCTCGTCAATCTGGACAACAAAATTAGCACCCCCACCACCAA
TAGCAACTGGGTTTCTGGCTAGATCATTCGTACAGACTTGGCGCAGAAGC
TGCAACATTTTGATCACTGTTTTTTTTGGTATTCCAACAATATTCGTTAT
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CTCAAACATCTGCGACATGGTCGGTTACACCTCCTAAACAAAAATATCTG
TGTTAGAAATTGTCTGGATAAAATTTATGTTGTCATAAACGACCTTCTAA
CTACATTCCATTATCGctcctaccttaagggaagtaATTTTCGCGGAAAA
TATTTCGTGAATTGAGCTCTCCGAATTTACTTTTACGGAAGAAGTTTTCG
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ggaAACATTAGTTGTTATGGACTAGAAAATGTATTTGTATTAATTAATGA
TTGTCTCTTAgatcatttttatatttttttatctctgactaaaaatttga
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GAGATTAATTTTTCTgaagaaacttttgcgaattaGGGCCATATTcgtga
aaaattcgtttttttggattttaagggGGTGTGCGCTTTTATtcgagaat
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GcctatttttaaataaaaaaacccTTCCAGGGAAGAGCGTTTATTTGAGG
AGGAGACGTTTATTaattattttcctaaaaaagggGGCTTTTATCCGAgg
aggcgtttaaaagaaggggtgtttattctaagtaataaattattttaaga
tGTATTTCTAGCCTTTTTGCAAGGAGGAGCCTTTAACTTAACCCAGAACC
CAAAGGGAGCAAGTTGGATTTCAAATTGCCTCAAAACTAAAGGTACGATT
ACAACTTCATGATAAAAACTTACCATCTAAACCCATCACGGCATTGTCTA
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ACTTAGTAAACCTTGTCCTTGTAGAAAATGTATGATTGCAATTTTATCAT
TGCCTAAAAGTAATGCTCCCCATCTCTGTAAAAATCTCCGATGCACTGCA
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agtatttttttgatttgaaagaaaaaaagaagaaaaaattgtagACACTA
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GAACTTCATTCTCACATTCTCAAAATGGAGTACacatatgtttttatttt
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GGATTTCAAATTGCCTCAAAACTAAAGGTACGATTACAACTTCTTCATAA
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GACAAAATTCTGAACaaaaaaaactggttttgggcGCCACCTAGCCGTTA
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TTCTCATTTCTCAATTGCTAGAATCCGGAAATGTTCTCTTTCTGGCGGTA
TTGAAAGAGCTAAAACAACGCTCCGTGCCTGCTATTACGGTTCTCTAGAG
AATTGGACTCGTATATAGAAGAACAtctaaggctgaaaattgagaaaata
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AATGGAGAGTTTTTAGATTTGGCCGCGGGTTGAAttctttcattcattca
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TTTCCCCCAAAAgagccagaaaaaaatttaatcacgtgtttttttttctt
tcgcgttttcttcttttgtatccccttttcatttttctttctttatttgt
tGGCTTGAACGTTAGACGTTCACATTAATAAACTTTGAGGGAGATTTCAT
TTCGGTCATTTGCAAATTGAAATCGTAATCATGACCTTTGAAGACATCTT
AGCGATTTGTGAAGATGAGCAAGTTTTGATAAGGGAGCTGATGGATGCTG
GCTTATTAGCGAGTACAAGAAAATGTATGAACCGGAGAAAACACGAAGAA
GATATTCAGATGATATTATTGCCAGATATGAAGACTTGGTAAGACGTTTT
AATTTGCTTTTGTTTACCCTGAAAAATCATTTACGTTTCTATGAAGCTCT
TTCTCCTTTCATGAATCTGATAAATATCAATCTCAAAGATGTTTGATACT
TTCATTTGAAGTCTTAAAAGCctttaaatataaaatatatcaagaaacaa
agtttaataaaatatCAACACAATATATCAGCAGTAAACAAATAACTGAC
GCTTAAAAGCGGCCATTTTTTAATCCCCAGTAAGTTaagtatttttaatt
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GCTTCATTCAAGACGGGGTCGTTTTTTTCGCAAACAAATATACCACTTTC
AAAATGGATTCAAGGCATTGATAGATGGGCACGCCAGATGAGCCTTAGGG
TAATGATATATTTAAAATAGAGGACACAATGAAAAAAACAGACCTTTATG
TCCTTCGTAAATACTAACCTGATATTCATATGCTGAATTTTCTATCGGTA
CGTTTTTAAAGCTCTAAAGACACGCCATCTACGTAGGCTAGGTCATCTTT
TCAAAGCCCTACCTTAAGCTTAAGTAGCTAAATGCATACCCAGCAGGCAT
gggacgttgttttaacgtccaaaaaacgttttaagaaattttaagcCCTT
AACAAGTTCGGTccagtttaaaaataaaaaccagTAAACAGTTTAAAATG
TCTGCGAAATTTTCATGTAATGAAATATACTTTGATTCTTTAGGAGATTG
CTGAGGATTTGGACTTGTCGATTCCTACAATAAGCCAAATGATGAAGCAT
TTTCGAGAGCAGTGTCAAAGTTTTTTCGACCGCAATCTTCATGAAACTGG
TGGCCCTGGTATTCAAGTAAAAGTTAAAGAACTTAAGGTAATACCATTTT
TACCGGTTGAAAGAGAGATCGCTACAATCGACACAAAATCCTTTTTGCTT
ATTACCTAACCCTAACAAGaaactatttaaaaacaaaaggttGTTGAATC
AAAACTAACCAGATGACCCGGCTGGTATCCTACTTAAAATTTGGGTATTT
CTTAAAAAAGAGAATAGATAACATCGGGTGCCTAGGATTTGTTAGTCTTA
ATCTAGACTCAAATtagttttatactttttttttcaatagaaatgcACCA
ACACGTGTAATATTCTTATCGCGTTAGATGGCAGTTGCGGACGAGGATAC
CTTTTCCACAATACCAATGGAAGGTTCCAGGAAGAAGATTATATGTTTGT
GTCTCCAATCAAGTCTGGAACCATGGTCTTCACCGACATTCGTGATTTAA
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AATGACGATCAGGCGACACAAGCAATTAGATGGCTCAGGCACTTCAGAGG
GGTACAATGTCAAAAGGCTGGTGCCctattatctgaatataatttGCGCT
TTTGGGTTGATGATGGACTGGAATTccatgaaagattttttcaagctttc
gtAAGAAACTATGAAAATGaatttgtataaactaaaatataTTGATCGCT
AATTGTTGATTAAAGATAGTTTTTTATGGATCTATGAAaatcttatattt
tttattgttctttttttgagaaaaaaaatataaacttaATTTCTATGCTT
TCATCGCCTATGCTTTCATCAATTTGACTgggtcaaattgtttaacagtg
aaccggacatggctctaggttggattgttaaacagtggaaggttggattg
ttaaacagtggactaggtcaaattgtttaacagtggaccggacatgactg
taggttaaattgttaaacagtggactgtaagttggattgtttaacagtgg
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aacagtggactgggttggattgttaaacagtggactaggttggattgttt
aacagtgaaccggacatggctAGGTTGAATTGTTTAATAGTGAAAtactt
tctggtctgtattttataacATTATTAGGTTAAACGACATTAGGTTATAT
TCTTTAACAGTGCTCTCCACTACTAAAGAATCCAACCAGTGACCACGCTA
ACTGCACCTGATCCGTAAGTTCTTATGAAGAAGTTGTAATCGTACCTTTA
GTTTTGAGTTATTGAAATCCAACTTGATCCCTTTGGGTTCTGGGTTAAGT
TAAAGGCTCCTCCTTGCAAAAAGGCTAAAAATACatcttaaaataattta
ttacttagaataaacaccccttcttttaaacgcctccTCGCATAAAAGCC
cccttttttaggaaaataattAATAAACGTCTCCTCCTCAAATAAACGCT
CTTCCCTGGaagggtttttttttatttaaaacataGGCTCTTAGTCGAAA
CTTTCATTTTGAGAGAGAAATGGATACTTCGACACACAAGAACAAGAACA
tcgataatttttaaaaatgttgttatggtataaaaatatatgtatcatcg
cattatcaaaaacaattcttcgtgtttaatttttcaaaattctcgaATAA
AAGCGCACACCcccttaaaatccaaaaaaacgaatttttcacgAATATGG
CCCtaattcgcaaaagtttcttcAGAAAAATTAATCTCAGACAGGCAATt
cgcaaaatatttctttcgcgAAAATTACCGTTCCAATCAAATTTTTAGTC
agagataaaaaaatattaaaatgatcTAAGAGACAAACATTAATTAATAC
AGATACATTTTCTAGTCCATAACAACTAATGTTtcctttttttcattaaa
acgtGATTAAAACAGTGCgcatttttatataatttgcgAAAACTTCTTCC
GTAAAAGTAATTTCGGTGAGCTCAATACACGAAATATTTTCCGCGAAAAT
TACTTCCCTTAGGGTAGGAGCGATAATGGAATGTAGTTAGAAGGTCGGTT
ATGACAACATAAATTTTATCCAGACAATTTCTAACACAGATATTTTTGTT
TAGGAGGTGTAACCGACCATGTCGCAGATGTTTGAG Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000001:731951..744536+ >TCONS_00000027 ID=TCONS_00000027|Name=TCONS_00000027|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=720bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000001:731951..744536+ (Clytia hemisphaerica)
ttcttcttctttttttctttcaaatcaaaaaaatacttAAAGTTATATCT
GGAAGCGTTTGCGTCGCTCTTCACACATATTCTTTTCTCATGGAAATTAA
TATTTCCACAAACGCAGGTTTTTCATATCATTATCTACGCGTTTACTATG
GCTGCAGTGCATCGGAGATTTTTACAGAGATGGGGAGCATTACTTTTAGG
CAATGATAAAATTGCAATCATACATTTTCTACAAGGACAAGGTTTACTAA
GTGTTGTCAAAATGTGTCAAACTTGTGGTTCGCCGATGCAACTTGAAGCT
AATAGACAATGCCGTGATGGGTTTAGATGGAGGTGTAACCGACCATGTCG
CAGATGTTTGttcttcttctttttttctttcaaatcaaaaaaatacttAA
AGTTATATCTGGAAGCGTTTGCGTCGCTCTTCACACATATTCTTTTCTCA
TGGAAATTAATATTTCCACAAACGCAGGTTTTTCATATCATTATCTACGC
GTTTACTATGGCTGCAGTGCATCGGAGATTTTTACAGAGATGGGGAGCAT
TACTTTTAGGCAATGATAAAATTGCAATCATACATTTTCTACAAGGACAA
GGTTTACTAAGTGTTGTCAAAATGTGTCAAACTTGTGGTTCGCCGATGCA
ACTTGAAGCTAATAGACAATGCCGTGATGGGTTTAGATGGAGGTGTAACC
GACCATGTCGCAGATGTTTG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00000027-exon-sc0000001-1491911889:731951..732281 | TCONS_00000027-exon-sc0000001-1491911889:731951..732281 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00000027-exon-sc0000001-1510915933:731951..732281 | TCONS_00000027-exon-sc0000001-1510915933:731951..732281 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00000027-exon-sc0000001-1575043694:731951..732281 | TCONS_00000027-exon-sc0000001-1575043694:731951..732281 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00000027-exon-sc0000001-1491911889:744504..744536 | TCONS_00000027-exon-sc0000001-1491911889:744504..744536 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00000027-exon-sc0000001-1510915933:744504..744536 | TCONS_00000027-exon-sc0000001-1510915933:744504..744536 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00000027-exon-sc0000001-1575043694:744504..744536 | TCONS_00000027-exon-sc0000001-1575043694:744504..744536 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000001 | supercontig | sc0000001:731951..744536 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
|
