Error message

Warning: shell_exec(): Cannot execute a blank command in include() (line 59 of /var/www/marimba/sites/default/modules/tripal_cvterm/theme/templates/tripal_feature_cvterm.tpl.php).

TCONS_00000027 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00000027
Unique NameTCONS_00000027
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length364

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00000027 ID=TCONS_00000027|Name=TCONS_00000027|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=364bp
atttcttcttctttttttctttcaaatcaaaaaaatacttAAAGTTATAT
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CGCAGATGTTTGAG
Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00000027-protein

>TCONS_00000027-protein ID=TCONS_00000027-protein|Name=TCONS_00000027-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=120bp
FFFFFSFKSKKYLKLYLEAFASLFTHILFSWKLIFPQTQVFHIIIYAFTM
AAVHRRFLQRWGALLLGNDKIAIIHFLQGQGLLSVVKMCQTCGSPMQLEA
NRQCRDGFRWRCNRPCRRCL
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000001:731951..744536+

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00000027 ID=TCONS_00000027|Name=TCONS_00000027|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=12586bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000001:731951..744536+ (Clytia hemisphaerica)
atttcttcttctttttttctttcaaatcaaaaaaatacttAAAGTTATAT CTGGAAGCGTTTGCGTCGCTCTTCACACATATTCTTTTCTCATGGAAATT AATATTTCCACAAACGCAGGTTTTTCATATCATTATCTACGCGTTTACTA TGGCTGCAGTGCATCGGAGATTTTTACAGAGATGGGGAGCATTACTTTTA GGCAATGATAAAATTGCAATCATACATTTTCTACAAGGACAAGGTTTACT AAGTGTTGTCAAAATGTGTCAAACTTGTGGTTCGCCGATGCAACTTGAAG CTAATAGACAATGCCGTGATGGGTTTAGATGGTAAGTTCGGATCAGGTGC AGTTAGCGTGGTCACTGGTTGGATTCTTTAGTAGTGGAGAGCACTGTTAA AGAATATAACCTAATGTCGTTTAACCTAATAATgttataaaatacagacc agaaagtaTTTCACTATTAAACAATTCAACCTagccatgtccggttcact gttaaacaatccaacctagtccactgtttaacaatccaacccagtccact gtttaacaatccaacctagttcactgttaaacaatccaacctagtccact gtttaacaatccaacctagtccactgtttaacaatccaacccagtccact gtttaacaatttaacctagtccactgttaaacaatccaacctagtccact gtttaacaatccaacctagtccactgtttaacaatccaacccagtccact gtttaacaatccaacccagtccactgtttaacaatttaacctagtccact gttaaacaatccaacctagttcactgtttaacaatccaacctagtccact gtttaacaatccaacctagttcactgtttaacaatccaacctagttcact gtttaacaatccaacctagtccactgtttaacaatttaacCTATAGTCAT GCCCGGTCTACTGTTAAACAATTTAACCTACAGtcatgtccggttcactg ttaaacaatctgacgtAGTCCAACCCCTGGTCACTTTTtaacaatttgac ctagtccactgttaaacaatccaacctagtccactgtttaacaatccaac ctagtccactgtttaacaatttaacctatagtcatgtccggtccactgtt aaacaatccaacctagtccactgttcaACAATTCAACCTACAGTCAtttc cggtccactgttaaacaatttaaCCTACAGCCATGTCGGGTCCACTGTTC AACAATTTAACCTACAgccatgtccggtccactgttaaacaatttaaCCT ACAgccatgtccggtccactgttaaacaatccaacctggtccactgttaa acaatccaacctagtccactgtttaacaatccaacctagtccactgttta acaatccaacctagtccactgtttaacaatccaacctagtccactgttta acaatccaacctagtccactgtttaacaatttaacctatagtcatgtccg gtccactgttaaacaatccaacctagtctgTTGTTAAACAATTCAACCTa cagtcatgtccggtccactgttaaacaatttgacctagtccactgatAAA CAATCGCCAACCTAGTCCCATCCCTTGTCACGAGTAAACAACCTAACCTA GTTTCATTCCAGGTCACTgggttcttaaaaaaagaagaaactctCAGGCT CTCAGCTATTCAACGAGCTATAACAAAAAAGTCTAAATCTTTCTGGTTCA GGAAGTATTGGCATTTAGATATTTTCCTAGCTCATTGTAACAAAAAAGAT ACAGAACGCTGCTTGGTGAAAATACAGTACATGGTGTGAtttgcgttgtt actaaaagaggtaacgagtggtaaggatgtggtaacgagtggtaacgagg 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GAGATTAATTTTTCTgaagaaacttttgcgaattaGGGCCATATTcgtga aaaattcgtttttttggattttaagggGGTGTGCGCTTTTATtcgagaat tttgaaaaattaaacacgaagaattgtttttgataatgcgatgatacata tatttttataccataacaacatttttaaaaattatcgaTGTTCTTGTTCT TGTGTGTCGAAGTATCCATTTCTCTCTCAAAATGAAAGTTTCGACTAAGA GcctatttttaaataaaaaaacccTTCCAGGGAAGAGCGTTTATTTGAGG AGGAGACGTTTATTaattattttcctaaaaaagggGGCTTTTATCCGAgg aggcgtttaaaagaaggggtgtttattctaagtaataaattattttaaga tGTATTTCTAGCCTTTTTGCAAGGAGGAGCCTTTAACTTAACCCAGAACC CAAAGGGAGCAAGTTGGATTTCAAATTGCCTCAAAACTAAAGGTACGATT ACAACTTCATGATAAAAACTTACCATCTAAACCCATCACGGCATTGTCTA TTAGCTTCAAGTTGCATCGGCGAACCACAAGTTTGACACATCTTGACAAC ACTTAGTAAACCTTGTCCTTGTAGAAAATGTATGATTGCAATTTTATCAT TGCCTAAAAGTAATGCTCCCCATCTCTGTAAAAATCTCCGATGCACTGCA GCCATAGTAAACGCGTAGACAATGATATGAAAACCCTGCGTTTGTGGAAA TATTAATTTCCGTGTGAATAGCGACGCAAACGCTTCCTGATATAACTTTa agtatttttttgatttgaaagaaaaaaagaagaaaaaattgtagACACTA TTGTTAATGCCTTTTCAATATGCATGATAAATAATAATAGTCTTTTTCTT GAACTTCATTCTCACATTCTCAAAATGGAGTACacatatgtttttatttt tttcttctactCATTTGCCGCAAGGACAAgacgcaatctgattggctaaa agaATCTTTAtatgactttttaattttaatagcTGACATAACTGAGAACA GATACGATATCCGATAACAAATCACTGACAAATCATTTAGGTAAAGAGTT ATGACCAATAGAGAGTGTCCGGTTCACACCGGTAGGCTGtgtgaaaaagc agaaaaagtttaaacaaATTCCACAATACATTAAATCACACGTTGTtagg gagcggtcataaagtatctactagaggggggtggaggatattttgaaaaa tccaaaaaaaaattcgcaccccctcccctaaCCTGGANTAATtcgttttt tggattttaagggGGTGTGTGCATTTATtcgagaattttgaaaaattaaa cacgaagaattgtttttgataatgcgatacatatatttttttaccataac aacatttttaaaaattatcgaTGTTCTTGTTCTTGTGTGTCGAAGTATCC ATTTCTCTCTCAAAATGAAAGTTTAGACTAAGAGCCtatgttttaaataa aaaaaacccttCCAGGGAAGAGCGTTTATTTGAGGAGGAGACGTTTATTa attattttcctaaaaaagggGGCTTTTATCCGAGGAGGGGTTTAAAAGAA GGGGTGTTTATTCTAagtaataaattattttaagatGTATTTTTAGCCTT TTTGCAAGGAGGAGCCTTTAACTTAACTCAGAACCCAAAGGGAGCAAGTT GGATTTCAAATTGCCTCAAAACTAAAGGTACGATTACAACTTCTTCATAA AAACTTACCATCTAAACCCATCACGGCATTGTCTATTAGCTTCAAGTTGC ATCGGCGAACCACAAGTTTGACACATCTTGACAACACTTAGTAAACCTTG TCCTTGTAGAAAATGTATGATTGCAATTTTATCATTGCCTAAAAGTAATG 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AAAATGGATTCAAGGCATTGATAGATGGGCACGCCAGATGAGCCTTAGGG TAATGATATATTTAAAATAGAGGACACAATGAAAAAAACAGACCTTTATG TCCTTCGTAAATACTAACCTGATATTCATATGCTGAATTTTCTATCGGTA CGTTTTTAAAGCTCTAAAGACACGCCATCTACGTAGGCTAGGTCATCTTT TCAAAGCCCTACCTTAAGCTTAAGTAGCTAAATGCATACCCAGCAGGCAT gggacgttgttttaacgtccaaaaaacgttttaagaaattttaagcCCTT AACAAGTTCGGTccagtttaaaaataaaaaccagTAAACAGTTTAAAATG TCTGCGAAATTTTCATGTAATGAAATATACTTTGATTCTTTAGGAGATTG CTGAGGATTTGGACTTGTCGATTCCTACAATAAGCCAAATGATGAAGCAT TTTCGAGAGCAGTGTCAAAGTTTTTTCGACCGCAATCTTCATGAAACTGG TGGCCCTGGTATTCAAGTAAAAGTTAAAGAACTTAAGGTAATACCATTTT TACCGGTTGAAAGAGAGATCGCTACAATCGACACAAAATCCTTTTTGCTT ATTACCTAACCCTAACAAGaaactatttaaaaacaaaaggttGTTGAATC AAAACTAACCAGATGACCCGGCTGGTATCCTACTTAAAATTTGGGTATTT CTTAAAAAAGAGAATAGATAACATCGGGTGCCTAGGATTTGTTAGTCTTA ATCTAGACTCAAATtagttttatactttttttttcaatagaaatgcACCA ACACGTGTAATATTCTTATCGCGTTAGATGGCAGTTGCGGACGAGGATAC CTTTTCCACAATACCAATGGAAGGTTCCAGGAAGAAGATTATATGTTTGT GTCTCCAATCAAGTCTGGAACCATGGTCTTCACCGACATTCGTGATTTAA 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aacagtggactaggttggattgttaaacagtggactaggttggattgtta aacagtggactgggttggattgttaaacagtggactaggttggattgttt aacagtgaaccggacatggctAGGTTGAATTGTTTAATAGTGAAAtactt tctggtctgtattttataacATTATTAGGTTAAACGACATTAGGTTATAT TCTTTAACAGTGCTCTCCACTACTAAAGAATCCAACCAGTGACCACGCTA ACTGCACCTGATCCGTAAGTTCTTATGAAGAAGTTGTAATCGTACCTTTA GTTTTGAGTTATTGAAATCCAACTTGATCCCTTTGGGTTCTGGGTTAAGT TAAAGGCTCCTCCTTGCAAAAAGGCTAAAAATACatcttaaaataattta ttacttagaataaacaccccttcttttaaacgcctccTCGCATAAAAGCC cccttttttaggaaaataattAATAAACGTCTCCTCCTCAAATAAACGCT CTTCCCTGGaagggtttttttttatttaaaacataGGCTCTTAGTCGAAA CTTTCATTTTGAGAGAGAAATGGATACTTCGACACACAAGAACAAGAACA tcgataatttttaaaaatgttgttatggtataaaaatatatgtatcatcg cattatcaaaaacaattcttcgtgtttaatttttcaaaattctcgaATAA AAGCGCACACCcccttaaaatccaaaaaaacgaatttttcacgAATATGG CCCtaattcgcaaaagtttcttcAGAAAAATTAATCTCAGACAGGCAATt cgcaaaatatttctttcgcgAAAATTACCGTTCCAATCAAATTTTTAGTC agagataaaaaaatattaaaatgatcTAAGAGACAAACATTAATTAATAC AGATACATTTTCTAGTCCATAACAACTAATGTTtcctttttttcattaaa acgtGATTAAAACAGTGCgcatttttatataatttgcgAAAACTTCTTCC GTAAAAGTAATTTCGGTGAGCTCAATACACGAAATATTTTCCGCGAAAAT TACTTCCCTTAGGGTAGGAGCGATAATGGAATGTAGTTAGAAGGTCGGTT ATGACAACATAAATTTTATCCAGACAATTTCTAACACAGATATTTTTGTT TAGGAGGTGTAACCGACCATGTCGCAGATGTTTGAG

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000001:731951..744536+

>TCONS_00000027 ID=TCONS_00000027|Name=TCONS_00000027|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=720bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000001:731951..744536+ (Clytia hemisphaerica)
ttcttcttctttttttctttcaaatcaaaaaaatacttAAAGTTATATCT
GGAAGCGTTTGCGTCGCTCTTCACACATATTCTTTTCTCATGGAAATTAA
TATTTCCACAAACGCAGGTTTTTCATATCATTATCTACGCGTTTACTATG
GCTGCAGTGCATCGGAGATTTTTACAGAGATGGGGAGCATTACTTTTAGG
CAATGATAAAATTGCAATCATACATTTTCTACAAGGACAAGGTTTACTAA
GTGTTGTCAAAATGTGTCAAACTTGTGGTTCGCCGATGCAACTTGAAGCT
AATAGACAATGCCGTGATGGGTTTAGATGGAGGTGTAACCGACCATGTCG
CAGATGTTTGttcttcttctttttttctttcaaatcaaaaaaatacttAA
AGTTATATCTGGAAGCGTTTGCGTCGCTCTTCACACATATTCTTTTCTCA
TGGAAATTAATATTTCCACAAACGCAGGTTTTTCATATCATTATCTACGC
GTTTACTATGGCTGCAGTGCATCGGAGATTTTTACAGAGATGGGGAGCAT
TACTTTTAGGCAATGATAAAATTGCAATCATACATTTTCTACAAGGACAA
GGTTTACTAAGTGTTGTCAAAATGTGTCAAACTTGTGGTTCGCCGATGCA
ACTTGAAGCTAATAGACAATGCCGTGATGGGTTTAGATGGAGGTGTAACC
GACCATGTCGCAGATGTTTG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_000016XLOC_000016Clytia hemisphaericagene
The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00000027-proteinTCONS_00000027-proteinClytia hemisphaericapolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00000027-exon-sc0000001-1491911889:731951..732281TCONS_00000027-exon-sc0000001-1491911889:731951..732281Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00000027-exon-sc0000001-1510915933:731951..732281TCONS_00000027-exon-sc0000001-1510915933:731951..732281Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00000027-exon-sc0000001-1575043694:731951..732281TCONS_00000027-exon-sc0000001-1575043694:731951..732281Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00000027-exon-sc0000001-1491911889:744504..744536TCONS_00000027-exon-sc0000001-1491911889:744504..744536Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00000027-exon-sc0000001-1510915933:744504..744536TCONS_00000027-exon-sc0000001-1510915933:744504..744536Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00000027-exon-sc0000001-1575043694:744504..744536TCONS_00000027-exon-sc0000001-1575043694:744504..744536Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000001supercontigsc0000001:731951..744536 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.228889 0.446405 0 0 0 0 2.64845 3.30593 2.12168 1.19457 3.24653 1.06707 0.304453 0.316178 0.259941 0.418435 0 0 0.243314 0.763831 0.442605 0.323831 0.524878 0 0 0.877295 0.313852 0 0 0
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00000027 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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