TCONS_00071953 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00071953
Unique Name	TCONS_00071953
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	5767

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_65:189512..198559-

transcript sequence

>TCONS_00071953 ID=TCONS_00071953|Name=TCONS_00071953|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5767bp
CTGATTGACAGCTTTCATAAAAGTTAGCCTGGAGGCAGTTTAAAtattta
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AGTTACCCAATCTGCCCATACTTCAGGACATGAACAATCTCCAGTCTTAC
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TTACAAAGTACACCGCCACATTTTCAAAAGTCACCGCATACCCCAAATAA
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CACACGTCCATAACAATAATTCAACATTTAATAGTGTTAAAAGAACGTCC
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GAAATTATGGATAGATATTTCTCGAAATCGTTCCTGAGCCTGTGCAATAT
GGAAGGTGCTAATGGCAAATTCGCCTTTAAAAATTCCTTGGCATACAAAG
CCATATCTGATGTGATCACCACCCGATACTCCTCAACAACCGATCATGAT
GTGGCTAAGAAGGTGCAAAACAAGTTACGGAATGCTCCAGCCCAAAAAGG
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ATCTTGGCATTTTACAGCGAATCTTTTGTAACTCATGAATAAGCTCGAAT
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TATTTATTTTCCAGATTTCATTTGTAAATAGAGATTAATTTATACTTAAA
TAACTCTTCATCAAGTA

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_65:189512..198559-

Legend: exon

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>TCONS_00071953 ID=TCONS_00071953|Name=TCONS_00071953|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=9048bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_65:189512..198559- (Clytia hemisphaerica)
CTGATTGACAGCTTTCATAAAAGTTAGCCTGGAGGCAGTTTAAATATTTA
GCCTTATTTTTTTTCGAGTTTTCGCTAAAGTGAAAGTAAAAACAAAACGT
TCGTTAGTTGGATAGTACAACGTATTAGAACTCTGAAGATAACTCTGGCT
ACATTTACATCTTTTATCTAACGCAATGGAAAGAAGTTGAAGACATGCAT
ATGGGTTGTATCTTTCCTTTTCACTTTCTATTTCATAAACACATTCTATA
AATGATGGGTGATGGGAATCATCTACCTTTCCCTTTTTCTATATATCCTA
AGCAATTTTCTTCAAACACAATATGGATTTTTGATAGGCTCAATTCTGAT
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TGTAAATTCAATTATAATTGTCCTTTAATTTCATACGTTTTGTTTAAATC
TGGCATCAAAACAATTTTAGAAAATATAAATTATTCGGTCAGTCGGTATG
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TTGGTCGGTATGATGGGAGATGTCGGTGTCTGTATGGGGATGCCGGTTAT
GGTATGGGGGATGTCGTCTTCCATTGCGACAGTGGTTGGCTCACAGGCTA
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GTTTGACCCCCCTAAAAATGATGTCAAGAAACAAAACATTCTTTGTTTTG
ATTCTGTCCTCACTTACTTAAATGCATTCCTTTCTCAGAATAAAGTCAGA
AATTATTCATTTTAGGATGACTAAAAATACTGGGTTGGTGTCCAGCGCGG
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CGCTTTTGGATATTTTGTTCAGAATAATGAAAAAAACATCCCCTGAAATA
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GCCTTTTTTAACTGAACAAAAATTTGTAGGAAAGTTGAATGGTTACTTTT
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TTCAGCAAAAGTGAAAATTTTGAATAATTACAACTTTTTAGAGTTTCCTC
TGTTTCATATTTTGATACTAAAACTTCAGGAATTTGAGTTTTTCTTTGGT
ATTACCACGAAGCAAAGCGTCGTATTATCTGAGATTTTCGCACTGACCCC
CTCTCTTGTTTTATTCATAGTTGGCGTAGTTTTGTCTAGTTATTGTTCAA
ATATTTTAAAGATTCAATAAATTGTGAGGAATTTCTTTCTTGAAACTTAC
TTTTGTCGTCTATGTGACAAGACTCTGTTAACATTAGGGAAGATTTTTAT
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TTTTTATTGAGTTATTACCTATCTATGCACTTAAATATTTTTATTTTTCT
TCGATATACTGTTCTCAAAAAGTTTCTTTTTGTCTCATTTTTTTTTTTAA
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GCATGCTTTATTGGCCCAGAACGAATTGGTCATCTATGATGAAAAGACGT
GCTCCACCAAAAGACAGTTGGATCCAAGTGCCGAACCCAACAGTTTTATT
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TGTAGCATCCTTTATAAATACCAGGAGTTTGGTTACATGCAAGGAGTGAT
GATGAAAATAGGCTGATCCTGTTAATATTCTTAATATTCAAATTTACCTG
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CTATTGACAGTGGGACCGAGGCTGAAAGTGAAGGAGAAAACAATATGACC
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CTATACCTCTTCTCTGCTTTATTTTATTTTTCAATCAAAAAATTGAAAAC
GTAGTATCTTTTTATTTAGAACCGAAACAAATTTTAAATTAACAACATCG
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GTTATAAGTGTCATTCTAAAAAGGTGTACCAAGACTTTCTGTTAATCTTA
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GATTTACTTTACATATTACATCCAGTTTGGATATTGGGCAAGGAAAAACG
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ACATGAACAATCTCCAGTCTTGTAAGAATCTACAAATTGACTTTCATTGG
GTCTAAACGTTTGCTAACTATATGACCTGTCCACGTCTCAATCAGTTAAT
GAAATATTCTTACATTTCTTACATAAAGCCGGTTTTAGCTTTGTATTGGT
TTCAAAGACTCCCACACGAGCAGGGCATTCCAAATTAGCTTTAGAGAAAT
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GAAGCAAACTCAATTTACAAAGTACACCGCCACATTTTCAAAAGTCACCG
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ATTGTTGTTCTCTTATTCTTATTAGAAGAGACGCAGAGGAGATCATGAGC
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TTTTAGACAGAATTTAGAGAAGAGCTATATTCGTCGTTTTATTAGAATAC
TTAAGACTGTTTGTCTAAAGTTCTTTTAGATAAGTTACACCGGGTTGAAC
TTTATTTAGATGATAGTCTAACCTAAATTTTACTTGTATTCGGATGATCA
GTTCAAAAGCTATTGTCATTTAATCACCTATTTTTAATCTTATTTTGTAT
TCTTCGAAAGGTGATTTTTTACACTGAATTTTAGCTACACCTTTTAAACC
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CTTCTATATTCAAGCAAAGTATGGCTCGCAGATTAGTTTGACAGGTCTGA
AAAAACTGCCAAACATCCGTAGATTTTTTTTAAGCACCCAGTACATGAAA
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TGAAATATCAATGGTCACAACTCAAGAAGAAATGGTTGATCTTGAGCAAA
ATCTTGCCGACCAAGAATACCTTGACAAATTTGTAAGAAATTATTGCTTT
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TNTTTTTTTAGAATTTACTTCTACTTTTTTCACAATCGTGTTTCAAAAAA
TCTCTTATACTATACTCTGACTCTTTTTTCAAACAAACTTTTTTTGCAGT
GATAGTGCTACCTGGATGTTTTTCTTTTTAACCTCAAATCAAGATTAGAA
ATTGTTAGTTACTGTTCATTTCATACACCCCTTTCTCACAGACCCGGTGG
GATTTTTTCAGGTGGTTGGGATAAAAATAACGGGCTGAAACTCAATAGGG
ATTGATATTTCTATATTTCTTATAGCTGGGGATTTCAGTTCTTTTGTTTT
CAAGTCAGATAATTCAGTGGGGATAAGAAAAATAGCATATTATTTTATAG
TATTTTTCAGTGAGGATTGGCTTATTTGTTTATTTTCAGTGGGGACAAAA
ATGGGAACAATTTTCCACCGGGACGATATTTTGGCCAATTTTTCCGGTGG
GAAGGAGTCCTAGTGGGTCTGTGAGAAGGGGGTGTATTTCATATATCTGA
AAAGGAAAAATATATTAAAATTTCAATTTTCAGTGGAGTGCCCCTTTAAA
CTTACATCTAAATCTTTGACACGGAATAATGTTCGTCTTTTTGTTTAATA
AGCATAACGCTTGTAAGTGTCCCTGGCTCTAGAGTTGGGTTTTAAAACAA
TGGATGAATTCTAAAGTAAATGCTGGACCTCACCAATAGACAGACACTTA
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TCTCTGCATTTTCCATGGTCTTTCAGTAAGTCGTGAGTCTTAAAAATCCT
TTACTGAATATGTAAACACTGCTTCAGTGTTATTATAAATTAATTAATAC
CATCGTAAAAATAGAAGAGTCGAGGGCGAGCGAAGTATATCATTAATAAC
CCTATACTAACTGTTTATGAAGGCAATACCATGTAATACTACACCTCTGC
CTTAAAGCCAATATGAAGTTTCAAAGTATTGAAGTTCTACTAAAATATTT
GCTCCTGATTCAAACAGAACGTCAAAAATTGCTTTTTGATTCAATTTTTC
ACCTCGTCATTTCAATATTTTATCTTTCATTTAGATATTTCTCGAAATCG
TTCCTGAGCCTGTGCAATATGGAAGGTGCTAATGGCAAATTCGCCTTTAA
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TTGAACCAATCAGCTATTAGGTGGAATGGAAGACATTGCAATGGTGCATA
TCATGAATAAATGTAAACCAGTAACATCTTTTTCATATTTCAATTCGGTT
AGTCGCAGTTCCACCCCTGTTCAAGATAGGATCTATTCATTCATGCTATT
AACTATGTTAGTGATTTTGATCTTAGGGCTAGGACCTACTAGATTCACCC
TTCTTGAGTTTTAAAACAATTCTTCTGATTCTTTCTTCAGATGTGATCAC
CACCCGATACTCCTCAACAACCGATCATGATGTGGCTAAGAAGGTGCAAA
ACAAGTTACGGAATGCTCCAGCCCAAAAAGGTGGTCTCGGTCGCAAAAAG
AAAAATTGATTTTTAGGATTTTCAGTATTTTAAAAATTTCGTCTCGCAAA
ATTCAGAAAACAGCCTTCAGTTGCAACGGAGATCTTGGCATTTTACAGCG
AATCTTTTGTAACTCATGAATAAGCTCGAATAACCCTGAAAAGAACTTCT
TTGACTCCAAAGAGAGTAACAGAAATTCCCAATAATTAATGAGTTTTCAA
TTTTCTGACGTTGCTCTCGTTGATTCCTGATTATAGAAAGACCATGTTAT
GACACTCTTTCATTGAATATTTTCTTTGTATTTGAGGTCTTCATTGATTA
AGCCTTCAGAGCAAGAATGATAGCACACTATTATGCTGGCTTAATCAAAT
CTTTGCTTTTTCTTTTGCAAGAGTGCTTTTGTGAACATAAAGGATTTTCT
GCTAAATTGTGAATATGAAATTGTAGATATGTATTTATTTTCCAGATTTC
ATTTGTAAATAGAGATTAATTTATACTTAAATAACTCTTCATCAAGTA

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_044671	XLOC_044671	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_65	supercontig	scaffold_65:189512..198559 -

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
2.75302	2.82381	1.28443	0.00655654	1.21143	0.636542	2.3907	3.37804	4.6762	1.5965	3.67338	5.51784	2.74878	4.50801	4.23507	3.92554	2.61057	4.22986	6.81255	4.46567	6.90382	8.79541	0.817722	3.15796	2.71367	2.75858	5.30049	0.410839	2.63986	3.84289

Blast

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00071953 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00071953 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

You are here

TCONS_00071953 (transcript) - C. hemisphaerica